CH2D+, the Search for the Holy Grail

CH2D+, the singly deuterated counterpart of CH3+, offers an alternative way to mediate formation of deuterated species at temperatures of several tens of K, as compared to the release of deuterated species from grains. We report a longstanding observational search for this molecular ion, whose rotational spectroscopy is not yet completely secure. We summarize the main spectroscopic properties of this molecule and discuss the chemical network leading to the formation of CH2D+, with explicit account of the ortho/para forms of H2, H3+ and CH3+. Astrochemical models support the presence of this molecular ion in moderately warm environments at a marginal level.Comment: 25 pages, 6 Figures Accepted in Journal of Physical Chemistry A. "Oka Festschrift: Celebrating 45 years of Astrochemistry

Validação de um método para detecção e quantificação de soja culticance tolerante a herbicidas imidazolinonas por PCR convencional e quantitativo.

bitstream/item/71972/1/ID-30956.pd

Prediction of potential novel microRNAs in soybean when in symbiosis.

MicroRNAs (miRNAs) are small molecules, noncoding proteins that are involved in many biological processes, especially in plants; among these processes is nodulation in the legume. Biological nitrogen fixation is a key process, with critical importance to the soybean crop. This study aimed to identify the potential of novel miRNAs to act during the root nodulation process. We utilized a set of transcripts that were differentially expressed in soybean roots 10 days after inoculation with Bradyrhizobium japonicum, which were obtained in a previous study, and performed a set of computational analyses that led us to select new miRNAs potentially involved in nodulation. Among these analyses, the set of transcripts were submitted to an in silico annotation of noncoding RNAs, including a search of similarity against miRNA public databases, ab initio tools for miRNA identification, structural search against miRNA families, prediction of the secondary structure of miRNA precursors, and prediction of the sequences of mature miRNAs. Subsequently, we applied filter procedures based on miRNA selections described in the literature (e.g., free energy value). In the next step, a manual curation inspection of the annotation was performed and the top candidates were selected and used for prediction of potential target genes, which were later checked manually in the database of the soybean genome. This prediction led us to the identification of 9 potential new miRNAs; among these, 4 were conserved in other plants. Moreover, we predicted their target genes might play important roles in the regulation of nodulation

Caracterização molecular e microscópica da resistência à Ferrugem asiática da soja mediada pelo gene RPP4.

Cinco genes de resistência à ferrugem asiática foram identificados em soja: Rpp1, Rpp2, Rpp3, Rpp4 e Rpp5. Para obter maiores informações sobre a função dos genes Rpp4 candidatos, o presente trabalho teve como objetivo analisar o perfil microscópico da interação planta patógeno através de análises microscópicas além de analisar o padrão de expressão dos genes Rpp4 candidatos em diferentes tempos após inoculação através da técnica de PCR quantitativo em tempo real (RT-qPCR), durante a interação com o fungo. Entre os períodos de 24, 48, 72, 96, 120 hai, não foi observado nenhuma diferença significativa de expressão entre o material inoculado quando comparado com o falso inoculado. Entretanto nos horários de 308 e 504 horas após a inoculação podemos observar que os genes Rpp4 candidatos tiveram a expressão induzida em 1,88 e 2,16 vezes quando comparado com o material falso inoculado. Na análise microscópica, P. pachyrhizi iniciou o processo de penetração 9 hai, sendo observados pontos de perfuração no tecido foliar próximos às junções celulares. Transcorrida 12 horas da inoculação, foi possível visualizar a formação da hifa primária de infecção. A colonização do mesófilo avançou nas horas subsequentes, sendo que em 72 hai foi possível observar o mesófilo bem colonizado por hifas septadas de P. pachyrhizi. Estes estudos permitiram melhor compreender os mecanismos moleculares no envolvimento da interação entre soja e P. pachyrhizi

Subtractive library of soybean roots in response to inoculation with Bradyrhizobium japonicum.

ABSTRACT: Soybean [Glycine max (L.) Merr.] is the most important legume cropped worldwide, with an economic value attributed mainly to the high protein content of the grain, which, in turn, demands a heavy supply of nitrogen. An environmentally friendly source of nitrogen at low cost to farmers is represented by the biological fixation of atmospheric nitrogen that takes place is association with symbiotic bacteria. For the soybean, the association occurs mainly with bacteria belonging to the species Bradyrhizobium japonicum and Bradyrhizobium elkanii, but our knowledge about gene expression associated with the symbiosis is still poor. This work - part of an effort by the Soybean Genome Consortium (Genosoja)?was conducted with the aim of achieving better understanding about the functionality of the genes expressed in soybean roots in the early stages of the interaction with B. japonicum. The study was performed with soybean plants growing under greenhouse conditions, inoculated (or not) with strain CPAC 15 (=SEMIA 5079) of B. japonicum, which is broadly used in Brazilian commercial inoculants. Total RNA was extracted, the mRNA was isolated and a subtractive library was constructed. Sequencing analysis generated 4,621,072 reads, which were assembled in 3,776 sequences, defined as the differentially expressed sequences of the inoculated versus non-inoculated treatments. The sequences were categorized according to their molecular function and grouped with representatives of antioxidant activities, molecular transduction, transporters and enzyme regulation activities, but with an emphasis on catalytic and molecular binding/signaling. RESUMO: A soja [Glycine max (L.) Merr.] é uma leguminosa de grande expressão mundial, com valor econômico atribuído, principalmente, ao teor proteico elevado dos grãos, que, por sua vez, demandam altas doses de nitrogênio. Uma fonte de nitrogênio ambientalmente favorável e de baixo custo para os agricultores é representada pela fixação biológica do nitrogênio atmosférico, que ocorre através da associação com bactérias simbióticas. Na soja, essa associação ocorre, principalmente, com bactérias das espécies Bradyrhizobium japonicum e Bradyrhizobium elkanii, mas o conhecimento sobre a expressão gênica associada com a simbiose ainda é escasso. Este trabalho ? parte integrante do Consórcio do Genoma da Soja (Genosoja) ? foi conduzido com o objetivo de obter um melhor entendimento sobre a funcionalidade dos genes expressos nas raízes de soja nos estágios iniciais da interação com B. japonicum. O estudo foi conduzido com plantas de soja cultivadas sob condições de casa de vegetação, inoculadas (ou não) com a estirpe CPAC 15 (=SEMIA 5079) de B. japonicum, utilizada em larga escala em inoculantes comerciais no Brasil. O RNA foi extraídos das raízes, o mRNA foi isolado e a biblioteca subtrativa construída. O Sequenciamento gerou 4.621.072 leituras que, após a montagem resultaram em 3.776 sequências, definidas como diferencialmente expressas dos tratamentos inoculado versus não inoculado. As sequências foram agrupadas de acordo com sua função molecular, que resultou nas categorias de atividade antioxidante, transdução molecular, transporte, regulação de atividades enzimáticas, mas com ênfase nas atividades catalíticas e de ligação/ sinalização molecular.bitstream/item/74161/1/ID-34066.pd

Manual de biossegurança da Embrapa Soja.

Definição. Tipos de Risco. Riscos de acidentes. Riscos Físicos. Riscos químicos. Riscos biológicos. Classificação de risco biológico. Níveis de contenção física para riscos biológicos. Classificação de risco biológico de organismos geneticamente modificados (OGMs). Níveis de biossegurança para trabalhos com OGMs. Métodos de controle de agentes de risco. Recomendações gerais. Barreiras de proteção. Procedimentos para descarte dos resíduos. Instalações físicas e procedimentos em contenção para atividades e projetos com vegetais geneticamente modificados. Manuseio dos materiais GM. Rotinas de esterilização. Anexo 1 - Procedimento para uso de cabines de biossegurança. Anexo 2 - Legislação referentes às atividades descritas neste Manual.bitstream/item/110870/1/Doc-354-online.pd