Demographic and clinical profile of idiopathic pulmonary fibrosis patients in Spain: the SEPAR National Registry

BackgroundLittle is known on the characteristics of patients diagnosed with idiopathic pulmonary fibrosis (IPF) in Spain. We aimed to characterize the demographic and clinical profile of IPF patients included in the IPF National Registry of the Spanish Respiratory Society (SEPAR).MethodsThis is a prospective, observational, multicentre and nationwide study that involved 608 IPF patients included in the SEPAR IPF Registry up to June 27th, 2017, and who received any treatment for their disease. IPF patients were predominantly males, ex-smokers, and aged in their 70s, similar to other registries.ResultsUpon inclusion, meanSD predicted forced vital capacity was 77.6%+/- 19.4, diffusing capacity for carbon monoxide was 48.5%+/- 17.7, and the 6-min walk distance was 423.5m +/- 110.4. The diagnosis was mainly established on results from the high-resolution computed tomography in the proper clinical context (55.0% of patients), while 21.2% of patients required invasive procedures (surgical lung biopsy) for definitive diagnosis. Anti-fibrotic treatment was prescribed in 69.4% of cases, 51.5% pirfenidone and 17.9% nintedanib, overall with a good safety profile.Conclusions The SEPAR IPF Registry should help to further characterize current characteristics and future trends of IPF patients in Spain and compare/pool them with other registries and cohorts

Genomic epidemiology of third-generation cephalosporin-resistant Escherichia coli from Argentinian pig and dairy farms reveals animal-specific patterns of co-resistance and resistance mechanisms

Control measures are being introduced globally to reduce the prevalence of antibiotic resistance (ABR) in bacteria on farms. However, little is known about the current prevalence and molecular ecology of ABR in bacterial species with the potential to be key opportunistic human pathogens, such as Escherichia coli, on South American farms. Working with 30 dairy cattle farms and 40 pig farms across two provinces in central-eastern Argentina, we report a comprehensive genomic analysis of third-generation cephalosporin-resistant (3GC-R) E. coli, which were recovered from 34.8% (cattle) and 47.8% (pigs) of samples from fecally contaminated sites. Phylogenetic analysis revealed substantial diversity suggestive of long-term horizontal and vertical transmission of 3GC-R mechanisms. CTX-M-15 and CTX-M-2 were more often produced by isolates from dairy farms, while CTX-M-8 and CMY-2 and co-carriage of amoxicillin/clavulanate resistance and florfenicol resistance were more common in isolates from pig farms. This suggests different selective pressures for antibiotic use in these two animal types. We identified the β-lactamase gene blaROB, which has previously only been reported in the family Pasteurellaceae, in 3GC-R E. coli. blaROB was found alongside a novel florfenicol resistance gene, ydhC, also mobilized from a pig pathogen as part of a new composite transposon. As the first comprehensive genomic survey of 3GC-R E. coli in Argentina, these data set a baseline from which to measure the effects of interventions aimed at reducing on-farm ABR and provide an opportunity to investigate the zoonotic transmission of resistant bacteria in this region

The Helicobacter pylori Genome Project : insights into H. pylori population structure from analysis of a worldwide collection of complete genomes

Helicobacter pylori, a dominant member of the gastric microbiota, shares co-evolutionary history with humans. This has led to the development of genetically distinct H. pylori subpopulations associated with the geographic origin of the host and with differential gastric disease risk. Here, we provide insights into H. pylori population structure as a part of the Helicobacter pylori Genome Project (HpGP), a multi-disciplinary initiative aimed at elucidating H. pylori pathogenesis and identifying new therapeutic targets. We collected 1011 well-characterized clinical strains from 50 countries and generated high-quality genome sequences. We analysed core genome diversity and population structure of the HpGP dataset and 255 worldwide reference genomes to outline the ancestral contribution to Eurasian, African, and American populations. We found evidence of substantial contribution of population hpNorthAsia and subpopulation hspUral in Northern European H. pylori. The genomes of H. pylori isolated from northern and southern Indigenous Americans differed in that bacteria isolated in northern Indigenous communities were more similar to North Asian H. pylori while the southern had higher relatedness to hpEastAsia. Notably, we also found a highly clonal yet geographically dispersed North American subpopulation, which is negative for the cag pathogenicity island, and present in 7% of sequenced US genomes. We expect the HpGP dataset and the corresponding strains to become a major asset for H. pylori genomics

Multiancestry analysis of the HLA locus in Alzheimer’s and Parkinson’s diseases uncovers a shared adaptive immune response mediated by HLA-DRB1*04 subtypes

Across multiancestry groups, we analyzed Human Leukocyte Antigen (HLA) associations in over 176,000 individuals with Parkinson’s disease (PD) and Alzheimer’s disease (AD) versus controls. We demonstrate that the two diseases share the same protective association at the HLA locus. HLA-specific fine-mapping showed that hierarchical protective effects of HLA-DRB1*04 subtypes best accounted for the association, strongest with HLA-DRB1*04:04 and HLA-DRB1*04:07, and intermediary with HLA-DRB1*04:01 and HLA-DRB1*04:03. The same signal was associated with decreased neurofibrillary tangles in postmortem brains and was associated with reduced tau levels in cerebrospinal fluid and to a lower extent with increased Aβ42. Protective HLA-DRB1*04 subtypes strongly bound the aggregation-prone tau PHF6 sequence, however only when acetylated at a lysine (K311), a common posttranslational modification central to tau aggregation. An HLA-DRB1*04-mediated adaptive immune response decreases PD and AD risks, potentially by acting against tau, offering the possibility of therapeutic avenues

CD39+ conventional CD4+ T cells with exhaustion traits and cytotoxic potential infiltrate tumors and expand upon CTLA-4 blockade

ABSTRACTConventional CD4+ T (Tconv) lymphocytes play important roles in tumor immunity; however, their contribution to tumor elimination remains poorly understood. Here, we describe a subset of tumor-infiltrating Tconv cells characterized by the expression of CD39. In several mouse cancer models, we observed that CD39+ Tconv cells accumulated in tumors but were absent in lymphoid organs. Compared to tumor CD39− counterparts, CD39+ Tconv cells exhibited a cytotoxic and exhausted signature at the transcriptomic level, confirmed by high protein expression of inhibitory receptors and transcription factors related to the exhaustion. Additionally, CD39+ Tconv cells showed increased production of IFN[Formula: see text], granzyme B, perforin and CD107a expression, but reduced production of TNF. Around 55% of OVA-specific Tconv from B16-OVA tumor-bearing mice, expressed CD39. In vivo CTLA-4 blockade induced the expansion of tumor CD39+ Tconv cells, which maintained their cytotoxic and exhausted features. In breast cancer patients, CD39+ Tconv cells were found in tumors and in metastatic lymph nodes but were less frequent in adjacent non-tumoral mammary tissue and not detected in non-metastatic lymph nodes and blood. Human tumor CD39+ Tconv cells constituted a heterogeneous cell population with features of exhaustion, high expression of inhibitory receptors and CD107a. We found that high CD4 and ENTPD1 (CD39) gene expression in human tumor tissues correlated with a higher overall survival rate in breast cancer patients. Our results identify CD39 as a biomarker of Tconv cells, with characteristics of both exhaustion and cytotoxic potential, and indicate CD39+ Tconv cells as players within the immune response against tumors

. 42. Arqueología

Este número, que se caracteriza por una temática variada, todavía no sale con la periodicidad que quisiésemos; además, dicha periodicidad da una idea clara de los múltiples enfoques que se manejan en la investigación arqueológica en México. Pues lo mismo se ofrecen estudios de arqueología de área, que de elementos culturales específicos, de aportaciones técnico-científicos y también de índole más especializada. Tres de los trabajos presentados tratan sobre los resultados de la prospección arqueológica de área. Alberto Mena y Rubén Manzanilla presentan los resultados de sus diversos trabajos llevados a cabo en el curso bajo del río Papagayo, en los cuales brindan información sobre el desarrollo cultural desde un Preclásico inferior hasta el Posclásico tardío. Víctor Hugo Valdovinos escribe acerca de “La distribución espacial de sitios y ‘artefactos líticos y aislados’: proyecto Corindón Reno Sur 3D”; asimismo, cuando lleva a cabo el análisis de su documentación, observa que son campos abiertos y lomas sin recurso de agua cercano; respecto de lo que la asociación de artefactos líticos sugiere, comenta que representan lugares con actividades de caza y recolección. Por su parte, Vicente Suárez Aguilar y Heber Ojeda Más ofrecen los resultados de sus trabajos de prospección y salvamento arqueológico en un tramo de la carretera federal 180 (Sabancuy-Champotón); no obstante que analizan sobre todo los resultados obtenidos, no dejan de dedicar especial atención a los asentamientos de los periodos formativos medio y tardío que son los que caracterizan a esta costa central de Campeche. Un texto escrito por Berenice Flores Montes de Oca, que estudia objetos de concha procedentes de 13 tumbas de tiro del sitio La Playa, forma parte de los trabajos de investigación arqueológica del Proyecto Presa Hidroeléctrica El Cajón en el Estado de Nayarit. En su documento presenta los resultados de identificación biológica y arqueológica de los ornamentos de concha hallados en las mencionadas tumbas; la colección consiste tanto de elementos recolectados como de artefactos que muestran una elaboración compleja. La autora se propone realizar un estudio específico sobre las técnicas de manufactura de estos elementos. Diana Zaragoza Ocaña, en su escrito “Uso Ritual de la Cerámica: el caso de las vasijas funerarias del noreste de México, sureste de los Estados Unidos y costa del Perú”, explica la razón por la que existen vasijas tan similares en las tres regiones, así como el modo en que las ideas se transmitieron hacia o desde regiones tan distantes como la costa peruana. Aparte de indicar que la explicación debe darse como convergencia estilística, Zaragoza Ocaña propone que para llevar a cabo esta clase de estudios, deben considerarse los siguientes aspectos: función del objeto, el contexto arqueológico, la cronología, así como el estilo y la iconografía. Por su parte David Yiro Cisneros García, al analizar diversas piezas que tienen la representación del pato, lleva a cabo un estudio iconográfico mediante un análisis comparativo de 43 figurillas procedentes de diversas áreas mesoamericanas, así como de diferentes tiempos; el autor nos habla sobre la importancia, las asociaciones y el simbolismo de esta ave; complementa su estudio con referencias teóricas e información obtenida del contexto en que se recuperaron algunas de estas piezas. “Caracterización de huellas de manufactura en objetos lapidarios de obsidiana del Templo Mayor de Tenochtitlan”, es la aportación de Emiliano Ricardo Melgar Tisoc y Reyna Beatriz Solís Ciriaco, en la cual como el título mismo lo indica, clasifican, a través de las huellas de manufactura, los objetos lapidarios recuperados en las ofrendas del Templo Mayor de Tenochtitlan, aplicando técnicas de microscopía estereoscopía y electrónica de barrido. Analizan 184 objetos de obsidiana y logra identificar dos patrones de manufactura: una temprana en la que se observa gran diversidad en las herramientas empleadas, y una posterior con una marcada estandarización de las piezas, las que al parecer las hicieron artesanos especializados. En su artículo, María Alejandra Espinosa Vázquez ofrece los avances de su estudio de la industria lítica tallada de la fase Tierras Largas y Hacienda Blanca en el Valle de Oaxaca. Se estudian las diferentes modalidades de producción de los artefactos en esta etapa temprana de grupos sedentarios y se analizan los principales aspectos que los caracterizan. Aplicando técnicas de activación neutrónica (INAA), Patricia Fournier, M. James Blackman y Ron L. Bishop logran identificar las fuentes de materias primas utilizadas para la producción de mayólica en Nueva España y las comparan con la factura contemporánea ibérica. Con base en la aplicación de esta técnica (INAA) y utilizando pruebas con significado estadístico se logran identificar, con un alto nivel de confianza (95%), tres grupos composicionales de materiales cerámicos. Por último, en el artículo se hace referencia a “las tecnologías asociadas con la manufactura de mayólica y de los contextos en los cuales se produjo, utilizó y dispersó, lo que conlleva a conocer en qué direcciones fluyeron los objetos y las ideas”. Con base en el estudio del centro ceremonial del Pahñú y los sitios ceremoniales de Xajay, ubicados al poniente del Valle de Mezquital, Gustavo Sandoval analiza la construcción del espacio prehispánico apoyándose en tres escalas de observación: las ofrendas de consagración, el centro ceremonial y el altepetl. Por su parte, al seguir su línea de investigación, Roberto Velázquez Cabrera nos presenta un texto intitulado “Silbato de la muerte”, el cual está asociado con rituales de la muerte debido a su rostro decorativo de calavera, según el autor. Se estudian las características organológicas, funcionales y acústicas  del silbato y de sus modelos experimentales; asimismo, se ofrece la información disponible de un fragmento de barro del cerro Mazatepetl. Francisco Rivas Castro proporciona información y analiza un petrograbado que formó parte de la pirámide que cierra por el oriente el Conjunto de Juego de Pelota 5 de Cantona, Puebla; realiza un análisis iconográfico asociado a su contexto arqueológico y efectúa comparaciones de sus diseños con los de otras regiones. Para su análisis de las formas, toma como referencia al contenido y la significación simbólica de los Mapas de Cuauhtinchan y la Historia Tolteca- Chichimeca. Por su parte Julie Gazzola aporta información sobre construcciones arquitectónicas de fases tempranas de Teotihuacan, apoyándose en los datos obtenidos de excavaciones extensivas llevadas a cabo entre 2002 y 2008 por los proyectos de investigación y conservación del templo de la Serpiente Emplumada y el de las primeras ocupaciones en Teotihuacan. El análisis de la documentación recuperada por estos programas de investigación llevan a Julie Gazzola a proponer las características generales de un conjunto arquitectónico ocupado durante Tzacualli temprano (1 a 50 d. n. e.) por un grupo de elite, en el área de la ciudad, en Teotihuacan. Por otro lado, Patricia Castillo Peña, Miguel Guevara Chumacero y Ma. Teresa Pedraza presentan un texto sobre el “Auge y colapso de los centros provinciales toltecas”, en el cual estudian tales centros de esa etapa cultural de la Cuenca de México. En la sección de Noticias se presentan semblanzas de Enrique Nalda Hernández y Juan Pedro Laporte Molina, ambos recientemente fallecidos, mientras el Archivo Técnico presenta el texto “Las reconstrucciones en arqueología”, escrito por Carlos R. Margain, el cual comenta ampliamente Daniel Juárez Cossío. No nos podemos despedir sin antes reiterar una cordial invitación a los investigadores para que nos envíen sus trabajos y de esta forma compartir el resultado de sus valiosas investigaciones.</p