Potential gain from including major gene information in breeding value estimation

Two indexes were compared for the selection of a quantitative trait in the case of a mixed inheritance. The first index did not consider the major genotype information (standard method) whereas the second index took this information into account (modified method). Two types of selection scheme were considered: individual selection and selection based on a progeny test. The model for the estimation of genetic progress and evolution of allele frequencies takes overlapping generations into account. All of the effects studied suggested a large number of interactions. However, it can be concluded that information about the major gene should be put into the selection indexes when the heritability is low, the major gene effect high and its initial frequency small, in particular for a recessive major gene. The selection pressure has little influence on the results. In the short term, the modified method is of more value in the case of individual selection than in the case of selection based on a progeny test. On the whole, the extra genetic gain of the modified method is limited and considering the major genotypes in the selection indexes without any change of the selection scheme is probably not the best way to use this information.Le but de l’étude est de comparer l’application de deux indices dans le cas d’une sélection sur un caractère quantitatif soumis à l’effet d’un gène majeur. Dans le premier cas, l’indice ne prend pas en compte l’information sur le génotype au locus majeur (méthode standard) alors que le deuxième indice prend en compte cette information (méthode modifiée). Deux types de schémas sont considérés : sélection individuelle et sélection sur descendance. Le calcul du progrès génétique et de l’évolution des fréquences alléliques est réalisé pas à pas en considérant des générations chevauchantes. Tous les effets étudiés sur la supériorité de la méthode modifiée sur la méthode standard suggèrent de nombreuses interactions. Cependant, il ressort que la prise en compte de l’information sur le gène majeur dans l’indexation est avantageuse dans les cas de faible héritabilité, de fort effet du gène majeur et de faible proportion initiale de l’allèle favorable surtout lorsque cet allèle est récessif. Le taux de sélection n’a que peu d’influence sur les résultats. Enfin, l’intérêt de la méthode modifiée est plus visible et plus rapide dans la sélection individuelle que dans la sélection sur descendance. Il n’en demeure pas moins qu’en dehors des conditions extrêmes précédemment citées, l’intérêt de la méthode modifiée sur la méthode standard reste pour le moins limité et la prise en compte de l’information sur les génotypes au locus majeur dans l’indice de sélection, sans modification du schéma de sélection, ne constitue sûrement pas le meilleur outil de valorisation de cette information pour la sélection

Effect of including major gene information in mass selection: a stochastic simulation in a small population

Using a system of recurrence equations, best linear unbiased prediction applied to a reduced animal model (RAM) is presented for marker-assisted selection. This approach is a RAM version of the method with the animal model to reduce the number of equations per animal to one. The current RAM approach allows simultaneous evaluation of fixed effects and total additive genetic merit which is expressed as the sum of the additive genetic effects due to quantitative trait loci (QTL) unlinked to the marker locus (ML) and the additive effects due to the QTL linked to the ML. The total additive genetic merits for animals with no progeny are predicted by the formulae derived for backsolving. A numerical example is given to illustrate the current RAM approach.Sur la base d’un système d’équations de récurrence, la méthode du meilleur prédicteur linéaire sans biais appliquée à un modèle animal réduit (MAR) est présentée pour la sélection assistée par marqueur. Cette méthode est une version MAR de celle du modèle animal pour réduire à un le nombre d’équations par animal. Cette méthode MAR permet d’estimer simultanément les effets fixés et la valeur génétique globale, qui est la somme des effets génétiques additifs des locus de caractère quantitatif (QTL) non liés au locus marqueur et des effets additifs des QTL liés au locus marqueur. La valeur génétique globale des animaux sans descendance est prédite par un système d’équations reconstitué à partir du système principal. Un exemple numérique est donné pour illustrer la méthode MAR présentée ici

Sharp Global Bounds for the Hessian on Pseudo-Hermitian Manifolds

We find sharp bounds for the norm inequality on a Pseudo-hermitian manifold, where the L^2 norm of all second derivatives of the function involving horizontal derivatives is controlled by the L^2 norm of the sub-Laplacian. Perturbation allows us to get a-priori bounds for solutions to sub-elliptic PDE in non-divergence form with bounded measurable coefficients. The method of proof is through a Bochner technique. The Heisenberg group is seen to be en extremal manifold for our inequality in the class of manifolds whose Ricci curvature is non-negative.Comment: 13 page

Using spatiotemporal modulation to draw tactile patterns in mid-air

No description supplie

Influence du locus de la caséine αs1 sur les performances laitières et les paramètres génétiques des chèvres de race Alpine

L’influence du polymorphisme de la caséine αs1 sur les performances laitières et sur les paramètres génétiques a été étudiée sur 883 lactations de chèvres Alpine à la station caprine de Moissac. Les différences entre génotypes, les héritabilités et corrélations génétiques ont été estimées avec un modèle animal, en considérant les effets fixés de la date de mise bas, de la campagne, du numéro de lactation, du génotype caséine αs1 (AA, AE, AF, EE, EF, FF), et les effets aléatoires de l’environnement permanent et de la valeur génétique additive. L’allèle fort A a un effet significativement favorable (P AE, AF > EE, EF > Ff) et le taux butyreux (AA, AE, AF > EF et FF). Les chèvres AA ont significativement moins de lait que les chèvres AE, AF, EE et EF. Les chèvres AA, AE, AF et EE ont plus de matière protéique (P AE, AF > EE, EF > FF) and the fat content (AA, AE, AF > EF and FF). AA goats produced less milk yield than AE, AF, EE and EF goats (P < 0.01). Genotypes AA, AE, AF and EE produced more protein yield than FF (P < 0.01). Heritabilities of protein content with and without including the αs1-casein genotype in the model, were 0.34 and 0.66, respectively. Including the αs1-casein genotype in the model also modified the genetic correlations between protein yield and protein content (-0.22 vs 0.09) and protein and fat contents (0.35 vs 0.45). This study confirms that the strong allele A is beneficial for improving goat milk quaLity. Moreover, previous results indicate that A is associated with higher casein/protein ratio and beneficial physico-chemical characteristics for cheese-making. We thus recommend use of αs1-casein polymorphism in goat selection

Simultaneous quantification of 12 different nucleotides and nucleosides released from renal epithelium and in human urine samples using ion-pair reversed-phase HPLC

Nucleotides and nucleosides are not only involved in cellular metabolism but also act extracellularly via P1 and P2 receptors, to elicit a wide variety of physiological and pathophysiological responses through paracrine and autocrine signalling pathways. For the first time, we have used an ion-pair reversed-phase high-performance liquid chromatography ultraviolet (UV)-coupled method to rapidly and simultaneously quantify 12 different nucleotides and nucleosides (adenosine triphosphate, adenosine diphosphate, adenosine monophosphate, adenosine, uridine triphosphate, uridine diphosphate, uridine monophosphate, uridine, guanosine triphosphate, guanosine diphosphate, guanosine monophosphate, guanosine): (1) released from a mouse renal cell line (M1 cortical collecting duct) and (2) in human biological samples (i.e., urine). To facilitate analysis of urine samples, a solid-phase extraction step was incorporated (overall recovery rate ? 98 %). All samples were analyzed following injection (100 ?l) into a Synergi Polar-RP 80 Å (250 × 4.6 mm) reversed-phase column with a particle size of 10 ?m, protected with a guard column. A gradient elution profile was run with a mobile phase (phosphate buffer plus ion-pairing agent tetrabutylammonium hydrogen sulfate; pH 6) in 2-30 % acetonitrile (v/v) for 35 min (including equilibration time) at 1 ml min(-1) flow rate. Eluted compounds were detected by UV absorbance at 254 nm and quantified using standard curves for nucleotide and nucleoside mixtures of known concentration. Following validation (specificity, linearity, limits of detection and quantitation, system precision, accuracy, and intermediate precision parameters), this protocol was successfully and reproducibly used to quantify picomolar to nanomolar concentrations of nucleosides and nucleotides in isotonic and hypotonic cell buffers that transiently bathed M1 cells, and urine samples from normal subjects and overactive bladder patients

Prenatal diagnosis of a rare form of congenital mid-ureteral stricture: a case report and literature revisited

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