Comparison of similarities of mass spectra and structures of small molecules

Methods for measuring the similarity of mass spectra and the structures of small molecules are crucial for advancements in medicinal chemistry, pharmacology, and metabolomics. One commonly used method for comparing the mass spectra of molecules is cosine similarity. This measures the similarity between two non-zero vectors by calculating the cosine of the angle between them. Comparing the mass spectra of molecules enables searching in molecular databases, clustering of spectra, and exploration of spectral libraries. Structural similarity is measured based on various molecular fingerprints, such as Daylight, RDKit, Atom-Pair, Topological Torsion, Extended-Connectivity fingerprints, and others. These fingerprints are compared using similarity coefficients. The methods for comparing structures and mass spectra of molecules mentioned can be applied using bioinformatic libraries such as RDKit and CDK for generating and analyzing structural fingerprints, and the MatchMS library for comparing mass spectra. The work provides a theoretical overview of molecular descriptors, including various types of molecular fingerprints and techniques for measuring structural similarity, as well as the principles of mass spectrometry and approaches to comparing mass spectra. The practical part of the work focuses on...Metody pro měření podobnosti hmotnostních spekter a struktur malých molekul jsou důležité pro pokroky v lékařské chemii, farmakologii a metabolomice. Mezi běžně využívané metody pro porovnání hmotnostních spekter molekul patří kosinová podobnost. Jedná se o míru podobnosti mezi dvěma nenulovými vektory, která měří kosinus úhlu mezi nimi. Porovnání hmotnostních spekter molekul umožňuje vyhledávání v databázích molekul, klastrování spekter a vyhledávání ve spektrálních knihovnách. Strukturní podobnost se pak měří na základě nejrůznějších molekulárních fungerprintů, jako jsou například Daylight fingerprint, RDKit fingerprint, Atom-Pair Fingerprint, Topological Torsion Fingerprint, Extended-Connectivity Fingerprint a další. Tyto fingerprinty jsou pak porovnávány pomocí koeficientů podobnosti. Zmíněné metody pro porovnávání struktur a hmotnostních spekter molekul lze aplikovat pomocí bioinformatických knihoven RDKit a CDK pro generování a analýzu strukturních fingerprintů a knihovny matchms pro porovnání hmotnostních spekter. Práce poskytuje teoretický přehled jak molekulárních deskriptorů, zahrnující rozmanité typy molekulárních fingerprintů a techniky pro měření strukturní podobnosti, tak principu hmotnostní spektrometrie a přístupu k porovnání hmotnostních spekter. Praktická část práce je zaměřena na...Department of Cell BiologyKatedra buněčné biologiePřírodovědecká fakultaFaculty of Scienc

Changes of Immunological Profiles in Patients with Chronic Myeloid Leukemia in the Course of Treatment

In the previous paper of ours we compared, prior to start any treatment, a number of immunological parameters in 24 chronic myeloid leukemia patients with the same number of healthy subjects matched by age and sex. We found significant differences in the levels of immunoglobulins, the C4 component of complement, the C-reactive protein, interleukin 6, the composition of lymphocyte population and the production of some cytokines by stimulated CD3+ cells. Eleven of these patients were followed longitudinally. After treatment with hydroxyurea, interferon alpha, imatinib mesylate and dasatinib, or various combinations thereof, hematological remission was achieved in all patients and complete cytogenetic remission in nine of them. There was a nearly general tendency towards normalization of the abnormalities observed in the patients at their enrollment

Impaired Deoxyribonuclease I Activity in Patients with Inflammatory Bowel Diseases

Background and Aims. Deoxyribonuclease I (DNaseI) is an endonuclease that facilitates chromatin breakdown and promotes susceptibility to autoimmune disorders. The aim of current study was to investigate serum DNase I activity in patients with inflammatory bowel diseases (IBD). Patients and Methods. A cohort of 110 IBD patients was evaluated, aged 35 ± 12 years, 77 with Crohn's disease (CD) and 33 with ulcerative colitis (UC). 50 SLE patients and 50 healthy blood donors were examined as control groups. Results. DNase I activity in IBD patients was significantly lower than in healthy individuals, but higher than in SLE patients (P < .0001). Patients with UC showed higher DNase I activity than CD patients, P = .21. DNase I activity in female patients with IBD was significantly lower than in males, P = .024; however, no differences in DNase I activity were found in relation to gender in healthy individuals. DNase I activity has shown a strong negative correlation with the serum concentration of anti-nucleosomal antibodies in the autoimmune (SLE + IBD) cohort, as well as in the separate IBD cohort. Conclusions. Reduced serum DNase I activity probably has pathogenetic consequences in IBD. Induction of autoantibodies towards nucleosomes could be a reflection of impaired DNase I activity

Archetypální analýza chování studentů v bankovním sektoru

Archetypální analýza je metoda používaná pro analýzu segmentace trhu, avšak nebyla doposud mnohokrát použitá v ekonomii. Tato metoda se snaží nalézt typická chování - archetypy. Každý jedinec se skládá z jednoho či více archetypů a každý archetyp se skládá z několika jedinců. V práci zkoumáme chování studentů českých vysokých škol v bankovním sektoru, jelikož doposud nebyla žádná zmínka o takovém průzkumu. V modelu se čtyřmi archetypy vznikly archetypy pojmenované Chud'as, Buffett, Elvis a Šípková Růženka.Archetypal analysis is statistical method used in market segmentation, however, it has minor results of application in economics. This method finds out typical behavior - archetypes. Every sample point consists of one or more archetypes and every archetype consists of few sample points. In this thesis, we explore behavior of college students at Czech universities in banking sector as there is no evidence of this research. In the model with four archetypes, the archetypes named the Pauper, the Buffett, the Elvis and the Sleeping Beauty arose.Institut ekonomických studiíInstitute of Economic StudiesFakulta sociálních vědFaculty of Social Science

Archetypal analysis of students' behavior in banking sector

Archetypal analysis is statistical method used in market segmentation, however, it has minor results of application in economics. This method finds out typical behavior - archetypes. Every sample point consists of one or more archetypes and every archetype consists of few sample points. In this thesis, we explore behavior of college students at Czech universities in banking sector as there is no evidence of this research. In the model with four archetypes, the archetypes named the Pauper, the Buffett, the Elvis and the Sleeping Beauty arose

Biuding of legal opinion of an appellate administrative body

Binding of legal opinion of an appellate administrative body Abstract This thesis concerns quite a narrow subject, the binding of a legal opinion of an appellate administrative body. This principle is enshrined in Section 90 paragraph 2 subsection b) of Administrative Procedure Code, i.e. in a provision concerning a decision of an appellate administrative body. Binding legal opinion is linked with a cassational way of deciding, which indicates a type of decision which resides in sole annulment (revocation) of a challenged administrative decision and returning the case for new consideration. The first chapter maps an evolution of anchoring issued principle in legal regulations of administrative procedure effective in Czech lands. Furthermore, it discusses a binding legal opinion in relation to remedial principles. The thesis highlights the negative tendency of overusing the cassational way of deciding by appellate administrative bodies, on the contrary, it also points out situations that disallow administrative bodies to use it. First chapter also presents some possible characters of issued legal opinions, which mainly means to what exactly is the administrative body that issues the new proceedings. This is connected to possible defects of challenged decision for which they are revoked. Second chapter is...Vázanost právním názorem odvolacího správního orgánu Abstrakt Práce se zabývá poměrně konkrétním tématem, a to vázaností právním názorem odvolacího správního orgánu. Tento princip je zakotven v § 90 odst. 1 písm. b) správního řádu, tj. v ustanovení upravující rozhodnutí odvolacího orgánu. Závazný právní názor je spojen s kasačním postupem odvolacího správního orgánu, tj. s rozhodnutím, kterým odvolací orgán napadené rozhodnutí zruší a vrátí věc prvostupňovému orgánu k dalšímu projednání. Tato práce ve své první části nejprve mapuje vývoj zakotvení tohoto principu v právních předpisech upravujících správní řízení na území českých zemí, dále daný institut vykládá v kontextu opravných systémů. Práce upozorňuje na negativní fenomén nadužívání kasačního postupu odvolacími orgány, v kontrastu čehož však zároveň zdůrazňuje situace, ve kterých tento postup uplatněn být nemůže. Součástí první části práce je i rozbor toho, jakou mohou mít vyslovené právní názory podobu, tj. v čem spočívají a k čemu prvostupňový orgán zavazují, což autorka navazuje na možné vady, kterými mohou napadená rozhodnutí trpět a pro které mohou a mají být rušena. Druhá část práce je věnována rozsahu a míře závaznosti vysloveného právního názoru, zejména pak situacím, které mají potenciál způsobit průlom této závaznosti. Autorka závazný právní...Katedra správního práva a správní vědyDepartment of Administrative Law and Administrative ScienceFaculty of LawPrávnická fakult

Archetypal analysis of students' behavior in banking sector

Archetypal analysis is statistical method used in market segmentation, however, it has minor results of application in economics. This method finds out typical behavior - archetypes. Every sample point consists of one or more archetypes and every archetype consists of few sample points. In this thesis, we explore behavior of college students at Czech universities in banking sector as there is no evidence of this research. In the model with four archetypes, the archetypes named the Pauper, the Buffett, the Elvis and the Sleeping Beauty arose