\u3cem\u3eArabidopsis thaliana\u3c/em\u3e GLX2-1 Contains a Dinuclear Metal Binding Site, but Is Not a Glyoxalase 2

In an effort to probe the structure and function of a predicted mitochondrial glyoxalase 2, GLX2-1, from Arabidopsis thaliana, GLX2-1 was cloned, overexpressed, purified and characterized using metal analyses, kinetics, and UV–visible, EPR, and 1H-NMR spectroscopies. The purified enzyme was purple and contained substoichiometric amounts of iron and zinc; however, metal-binding studies reveal that GLX2-1 can bind nearly two equivalents of either iron or zinc and that the most stable analogue of GLX2-1 is the iron-containing form. UV–visible spectra of the purified enzyme suggest the presence of Fe(II) in the protein, but the Fe(II) can be oxidized over time or by the addition of metal ions to the protein. EPR spectra revealed the presence of an anti-ferromagnetically-coupled Fe(III)Fe(II) centre and the presence of a protein-bound high-spin Fe(III) centre, perhaps as part of a FeZn centre. No paramagnetically shifted peaks were observed in 1H-NMR spectra of the GLX2-1 analogues, suggesting low amounts of the paramagnetic, anti-ferromagnetically coupled centre. Steady-state kinetic studies with several thiolester substrates indicate that GLX2-1 is not a GLX2. In contrast with all of the other GLX2 proteins characterized, GLX2-1 contains an arginine in place of one of the metal-binding histidine residues at position 246. In order to evaluate further whether Arg246 binds metal, the R246L mutant was prepared. The metal binding results are very similar to those of native GLX2-1, suggesting that a different amino acid is recruited as a metal-binding ligand. These results demonstrate that Arabidopsis GLX2-1 is a novel member of the metallo-β-lactamase superfamily

Intrusion Detection Systems for Community Wireless Mesh Networks

Wireless mesh networks are being increasingly used to provide affordable network connectivity to communities where wired deployment strategies are either not possible or are prohibitively expensive. Unfortunately, computer networks (including mesh networks) are frequently being exploited by increasingly profit-driven and insidious attackers, which can affect their utility for legitimate use. In response to this, a number of countermeasures have been developed, including intrusion detection systems that aim to detect anomalous behaviour caused by attacks. We present a set of socio-technical challenges associated with developing an intrusion detection system for a community wireless mesh network. The attack space on a mesh network is particularly large; we motivate the need for and describe the challenges of adopting an asset-driven approach to managing this space. Finally, we present an initial design of a modular architecture for intrusion detection, highlighting how it addresses the identified challenges

Spectroscopic Studies on \u3cem\u3eArabidopsis\u3c/em\u3e ETHE1, a Glyoxalase II-like Protein

ETHE1 (ethylmalonic encephalopathy protein 1) is a β-lactamase fold-containing protein that is essential for the survival of a range of organisms. In spite of the apparent importance of this enzyme, very little is known about its function or biochemical properties. In this study Arabidopsis ETHE1 was over-expressed and purified and shown to bind tightly to 1.2 ± 0.2 equivalents of iron. 1H NMR and EPR studies demonstrate that the predominant oxidation state of Fe in ETHE1 is Fe(II), and NMR studies confirm that two histidines are bound to Fe(II). EPR studies show that there is no antiferromagnetically coupled Fe(III)Fe(II) center in ETHE1. Gel filtration studies reveal that ETHE1 is a dimer in solution, which is consistent with previous crystallographic studies. Although very similar in terms of amino acid sequence to glyoxalase II, ETHE1 exhibits no thioester hydrolase activity, and activity screening assays reveal that ETHE1 exhibits low level esterase activity. Taken together, ETHE1 is a novel, mononuclear Fe(II)-containing member of the β-lactamase fold superfamily

Chan-Vese Attention U-Net: An attention mechanism for robust segmentation

When studying the results of a segmentation algorithm using convolutional neural networks, one wonders about the reliability and consistency of the results. This leads to questioning the possibility of using such an algorithm in applications where there is little room for doubt. We propose in this paper a new attention gate based on the use of Chan-Vese energy minimization to control more precisely the segmentation masks given by a standard CNN architecture such as the U-Net model. This mechanism allows to obtain a constraint on the segmentation based on the resolution of a PDE. The study of the results allows us to observe the spatial information retained by the neural network on the region of interest and obtains competitive results on the binary segmentation. We illustrate the efficiency of this approach for medical image segmentation on a database of MRI brain images

Fast Marching Energy CNN

Leveraging geodesic distances and the geometrical information they convey is key for many data-oriented applications in imaging. Geodesic distance computation has been used for long for image segmentation using Image based metrics. We introduce a new method by generating isotropic Riemannian metrics adapted to a problem using CNN and give as illustrations an example of application. We then apply this idea to the segmentation of brain tumours as unit balls for the geodesic distance computed with the metric potential output by a CNN, thus imposing geometrical and topological constraints on the output mask. We show that geodesic distance modules work well in machine learning frameworks and can be used to achieve state-of-the-art performances while ensuring geometrical and/or topological properties

Tarkkaanharkittua mielikuvamainontaa : vahvojen suomalaisten kahvibrandien televisiomainosten semioottista tulkintaa

Only abstract. Paper copies of master’s theses are listed in the Helka database (http://www.helsinki.fi/helka). Electronic copies of master’s theses are either available as open access or only on thesis terminals in the Helsinki University Library.Vain tiivistelmä. Sidottujen gradujen saatavuuden voit tarkistaa Helka-tietokannasta (http://www.helsinki.fi/helka). Digitaaliset gradut voivat olla luettavissa avoimesti verkossa tai rajoitetusti kirjaston opinnäytekioskeilla.Endast sammandrag. Inbundna avhandlingar kan sökas i Helka-databasen (http://www.helsinki.fi/helka). Elektroniska kopior av avhandlingar finns antingen öppet på nätet eller endast tillgängliga i bibliotekets avhandlingsterminaler.Tutkimuksessa analysoidaan neljän suomalaisen kahvibrandin vuoden 2003 aikana esitettyjä televisiomainoksia semioottisesti. Tarkoituksena on selvittää, minkälaisia merkityksiä Juhla Mokkaan, Presidenttiin, Kulta Katriinaan ja Costa Ricaan on luotu mainonnan avulla ja millaiseksi kuluttajan halutaan niiden kautta kokevan itsensä. Tarkoituksena on myös selvittää brandien mielikuvalliset erot sekä se, välittävätkö mainokset katsojilleen samaa tarinaa ja samoja merkityksiä kuin mitä paahtimot ovat halunneet niillä kertoa sekä tukevatko mainokset paahtimoiden mainonnan tavoitteita vai onko niissä keskenään ristiriitaisuuksia. Lähtökohtana on, että elämme mielikuvayhteiskunnassa, jossa vahvojen tuttujen brandien ja hyvien tarinoiden merkitys korostuu. Ihmiset valitsevat kahvinsakin mainonnan luomien mielikuvien varassa. Ostaessamme kahvia ostamme mielikuvia, tunteita ja sosiaalista hyväksyntää. Tutkimuksen teoreettisena lähtökohtana on mediatutkija Douglas Kellnerin kriittinen näkökulma mediakulttuurin, siten myös mainonnan, vaikutuksesta ihmisen identiteetin rakentumiseen. Hänen mukaansa mainokset ovat ideologisesti ja poliittisesti koodattuja tekstejä, jotka välittävät merkityksiä ja arvoja, tarjoavat identiteettimalleja ja ylistävät olemassaolevaa yhteiskuntajärjestystä. Peilaan myös tanskalaisen tulevaisuudentutkija Rolf Jensenin väitteitä unelmayhteiskunnan lainalaisuuksista ja siitä, kuinka ne todentuvat kotimaisilla kahvimarkkinoillamme. Tutkimusmenetelmänä on Judith Williamsonin semioottinen dekoodausmenetelmä, joka perustuu mainoksen juonen ja sisäisen merkitysrakenteen purkamiseen. Sen rinnalla käytän Erwin Panofskyn ikonograafista menetelmää, jonka avulla mainoksen denotatiivinen ja konnotatiivinen taso voidaan liittää laajempiin kulttuurisiin merkityksiin ja ideologioihin. Tutkimuksen tulokset kertovat vahvojen suomalaisten kahvibrandien luottavan televisiomainonnassaan yhä perinteiseen kerrontaan ja klassiseen symboliikkaan. Kahvimainonta tukee yhteiskuntamme vallitsevia instituutioita ja ylläpitää niiden perinteistä arvomaailmaa. Kaikki kahvimainokset viestivät tarinoissaan kahvin suurta merkitystä henkilökohtaisella tasolla sekä korostavat kahvihetken pyhyyttä ja maun nautinnollisuutta. Televisiomainokset tukevat merkkien erilaisia brandimielikuvia ja siten myös auttavat kuluttajaa erottamaan ne toisistaan. Juhla Mokan vahva markkinajohtajuus selittyy myös tutkimuksen tuloksista. Se on aito ja ajanhenkinen kahvi, joka perustaa brandimielikuvansa suomalaisiin perusarvoihin. Vain Costa Rican voi sanoa hillitysti rikkovan kahvimainonnan kirjoittamattomia kultaisia sääntöjä. Se tavoittelee avoimesti ja rohkeasti markkinajohtajan kohderyhmään kuuluvia ihmisiä, erityisesti nuoria kahvinjuojia