The MH1 domain of Smad3 interacts with Pax6 and represses autoregulation of the Pax6 P1 promoter

Pax6 transcription is under the control of two main promoters (P0 and P1), and these are autoregulated by Pax6. Additionally, Pax6 expression is under the control of the TGFβ superfamily, although the precise mechanisms of such regulation are not understood. The effect of TGFβ on Pax6 expression was studied in the FHL124 lens epithelial cell line and was found to cause up to a 50% reduction in Pax6 mRNA levels within 24 h. Analysis of luciferase reporters showed that Pax6 autoregulation of the P1 promoter, and its induction of a synthetic promoter encoding six paired domain-binding sites, were significantly repressed by both an activated TGFβ receptor and TGFβ ligand stimulation. Subsequently, a novel Pax6 binding site in P1 was shown to be necessary for autoregulation, indicating a direct influence of Pax6 protein on P1. In transfected cells, and endogenously in FHL124 cells, Pax6 co-immunoprecipitated with Smad3 following TGFβ receptor activation, while in GST pull-down experiments, the MH1 domain of Smad3 was observed binding the RED sub-domain of the Pax6 paired domain. Finally, in DNA adsorption assays, activated Smad3 inhibited Pax6 from binding the consensus paired domain recognition sequence. We hypothesize that the Pax6 autoregulatory loop is targeted for repression by the TGFβ/Smad pathway, and conclude that this involves diminished paired domain DNA-binding function resulting from a ligand-dependant interaction between Pax6 and Smad3

Evaluation de la population folliculaire de l'ovaire de la chienne Beagle

La chienne est une espèce présentant de nombreuses particularités quant à sa folliculogenèse. Notre travail a pour but d évaluer par histologie les différentes populations folliculaires (follicules mono et poly-ovocytaires, sains et atrétiques, stades de développement) présentes dans 8 ovaires de Beagles prélevés à des âges et stades du cycle connus. Le nombre total de follicules varie entre environ 11600 et 61700 par ovaire selon les chiennes, avec 51,2 et 1,2% en moyenne de follicules primordiaux et antraux respectivement. 51,8% des follicules antraux sont atrétiques. Tous stades de développement confondus, les follicules poly-ovocytaires représentent 6,8% du total des follicules. Le nombre de follicules antraux est en moyenne 2,35 fois plus important en œstrus qu en anœstrus ou prœstrus. Des études supplémentaires seraient nécessaires afin d établir une éventuelle existence de vagues folliculaires chez la chienne.TOULOUSE-EN Vétérinaire (315552301) / SudocSudocFranceF

A TaqMan real-time PCR based assay targeting plaice (Pleuronectes platessa L.) DNA to detect predation by the brown shrimp (Crangon crangon L.) and the shore crab (Carcinus maenas L.)—Assay development and validation

We describe a protocol for the preservation, extraction, and detection of plaice (Pleuronectes platessa) DNA from the stomach contents of the brown shrimp, Crangon crangon and the shore crab, Carcinus maenas. These two predatory species are thought to be important sources of mortality of small juvenile plaice on inshore nursery grounds. Previous studies of predation on juvenile plaice have used visual examination of stomach contents but this is time consuming and may under-estimate true predation levels as remains may become unidentifiable due to maceration and digestion. Molecular based tools for detecting the presence of prey tissue in predator stomachs and scat are becoming increasingly used in marine ecology and provide an alternative or complementary approach to visual identification. We sequenced a part of the cytochrome-b region of plaice mitochondrial DNA and designed a species-specific, TaqMan real-time Polymerase Chain Reaction (PCR) based assay which was successfully tested for intra- and inter-species-specificity. For application to predator stomach contents, two tissue preservation and two DNA extraction methods were tested followed by a set of aquarium experiments to determine the effect of digestion time on detectability. The quality of the extracted DNA was comparable for the two preservation and two extraction methods tested and the detectability remained similar for all of them. However, levels of PCR inhibition were significant for samples from both predators but could be overcome using serial dilution and 1.25 μg/μl Bovine Serum Albumin to reduce the incidence of false negatives. Successful amplification and detection of plaice DNA from stomach contents was possible up to 24 h after ingestion for both predator species. For extracts of C. crangon stomachs the half-life detection rate (T50) was ~ 10 h at water temperatures of 14–16 °C. The effects of a wider range of temperatures were tested for stomach contents of C. maenas where the T50s were ~ 7 h at 6–10 °C and ~ 6 h at 14–16 °C but only 2 h at 19–20 °C. Our results indicate that the TaqMan method is applicable in field studies providing species-specific T50s, PCR inhibition and water temperatures are taken into account

The deubiquitinating enzyme UCH37 interacts with Smads and regulates TGFbeta signalling

Disruption of components in the transforming growth factor-beta (TGF-beta) signalling cascade is a common occurrence in human cancers. TGF-beta pathway activation is accomplished via serine/threonine kinase receptors and intracellular Smad transcription factors. A key regulatory step involves specific ubiquitination by Smurfs that mediate the proteasomal degradation of Smads and/or receptors. Here, we report a novel interaction between Smads and ubiquitin C-terminal hydrolase UCH37, a deubiquitinating enzyme that could potentially reverse Smurf-mediated ubiquitination. In GST pull down experiments, UCH37 bound weakly to Smad2 and Smad3, and bound very strongly to Smad7 in a region that is distinct from the –PY– motif in Smad7 that interacts with Smurf ubiquitin ligases. Endogenous Smad7 and UCH37 formed a stable complex in U4A/JAK1 cells, and FLAG-Smad7 co-immunoprecipitated with HA-UCH37 in transfected HEK-293 cells. In addition, we show that UCH37 can deubiquitinate and stabilize the type I TGF-beta receptor. Furthermore, overexpression of UCH37 upregulates TGF-beta-dependent transcription, and this effect is reversed in cells subject to RNAi-mediated knockdown of endogenous UCH37. These findings support a new role for deubiquitinating enzymes in the control of the TGF-beta signalling pathway, and provide a novel molecular target for the design of inhibitors with therapeutic potential in cancer

Identification of marine fish egg predators using molecular probes

Mortality during the egg and larval stages is thought to play a major role in determining year-class strength of many marine fish. Predation of eggs and larvae is normally considered to be a major factor but the full suite of predators responsible has rarely been identified. Potential predators on a patch of plaice Pleuronectes platessa eggs located in the eastern Irish Sea were mapped using acoustics and sampled by trawl and a plankton multi-net. Gut contents of 3373 fish, crustacea and cephalopods sampled in the area were screened using a plaice-specific TaqMan DNA probe. Herring Clupea harengus and sprat Sprattus sprattus dominated trawl catches and showed high positive TaqMan responses (77 and 75% of individuals tested respectively). Locations of clupeid schools also broadly corresponded with the distribution of fish eggs in the plankton. Whiting Merlangius merlangus were also reasonably abundant in trawl hauls and 86% of their stomachs tested positive for plaice DNA. Species showing lower levels of positive TaqMan response included mackerel Scomber scombrus, poor cod Trisopterus minutus, squid Loligo spp., dogfish Scyliorhinus canicula and weever Trachinus vipera. Non-reactivity of all negative controls precluded the occurrence of cross-contamination, and positive reactions from demersal species, such as dogfish and weever, may have resulted from secondary predation. No benthic macro-crustaceans tested positive. Samples of planktonic organisms yielded 13% positive TaqMan reactions, mainly from clupeoid or sandeel (Ammodytidae) larvae, but also included some Malacostraca and Amphipoda. Use of the molecular approach allowed rapid screening of a large number of potential predators of plaice eggs, and the results provide a more holistic description of the predator community than has previously been achieved

EVA (Eau, Végétation, Albédo) EVALUATION QUANTITATIVE DE L’IMPACT SUR LE MICROCLIMAT, LES CONSOMMATIONS ENERGETIQUES DES BATIMENTS ET LE CONFORT INTERIEUR ET EXTERIEUR DE TROIS PRINCIPES DE RAFRAICHISSEMENT URBAIN. APPLICATION AU QUARTIER DE LA PART-DIEU A LYON

Les grandes agglomérations françaises doivent faire face à des enjeux environnementaux impératifs et complexes, en particulier, la difficile compatibilité entre densification et adaptation climatique. Pour limiter l’étalement urbain et les nuisances qui lui sont attribuées (consommation énergétique des déplacements urbains, émission de gaz à effet de serre, consommation d’espace, imperméabilisation des sols…), il faut reconstruire la ville sur elle-même, la densifier. Cependant, une densification mal organisée conduit à un environnement urbain dans lequel la qualité de vie risque de s’appauvrir. Il s’agit donc d’organiser cette densification pour la rendre acceptable, mais aussi, de l’expliquer, et de la justifier sur des critères objectifs et démontrés. Simultanément, il s’agit d’anticiper l’évolution climatique et ses conséquences. Parmi celles-ci, s’impose, pour les grandes villes, la synergie d’un réchauffement climatique planétaire et d’un effet d’îlot de chaleur urbain. Si cette évolution n’est pas envisagée du point de vue de la planification urbaine, la réponse sera à dominante énergétique (rafraîchissement des bâtiments pour solutionner les nécessités sanitaires et les exigences de confort des citadins), mettant ainsi à mal les objectifs de réduction de la consommation énergétique des bâtiments.Les deux objectifs environnementaux que nous venons de rappeler se traduisent dans la pratique des projets urbains par des interrogations récurrentes sur les rôles relatifs de la forme urbaine, des matériaux et des aménagements (végétal, eau…). Pour améliorer le confort d’été dans les villes, une des principales solutions avancées est l’accroissement de la place de la végétation. La présence de l’eau est également questionnée. Eau et végétation, ont par ailleurs des rôles d’agrément qui les rendent fortement attractives. Cependant, la ville dense laisse peu de place aux surfaces naturelles et l’impact de tous les types de surfaces est questionné. Dans le projet EVA, l’étude porte sur toutes les surfaces urbaines - sols et surfaces des bâtiments- et la composition de trois solutions qui permettent d’abaisser les températures de surfaces : la végétalisation, l’humidification et l’utilisation de matériaux à fort albédo (réfléchissant le rayonnement solaire).Les applications concernent l’échelle du quartier et le quartier choisi est celui de la Part-Dieu à Lyon du fait de sa forte densité et de la présence de bâtiments tertiaire dont la réhabilitation sera difficile. Elles prennent en compte des évolutions du quartier (aménagements, usage) et des évolutions liées au changement climatique.Le travail s’appuie sur l’expérimentation pour la mise en place d’un modèle pour représenter l’humidification des chaussées et sur la simulation numérique à l’aide des modèles de connaissance Solene-microclimat, EnviBatE et ARPS-canopée.Le premier résultat est la mise en place et la validation d’un modèle d’humidification/arrosage. Celui-ci, basé sur les mesures faites dans le cadre du projet ROSURE réalisé par l’IRSTV à Nantes (IFSTTAR/LHEEA) a ensuite été appliqué sur les mesures réalisées par Veolia dans la rue de la Buire à Lyon. Ce modèle de surface humidifiée/arrosée a été intégré aux modèles Solene-microclimat, EnviBatE.Le second résultat est le choix et la mise en place de scénarios d’aménagement des zones étudiées : A partir de l’analyse du quartier existant et des éventuelles évolutions déjà connues, plusieurs types de scénarios de déploiement des dispositifs ont été développés : 3 scénarios mono-dispositifs extrêmes (couverture maximale par le dispositif), dont les résultats permettront de mettre en évidence les meilleures conditions de performance de ces dispositifs ; Un scénario d’optimisation avec plusieurs dispositifs dans lequel les avantages de chaque type de dispositif seront exploités ; 3 scénarios décomposés par dispositif à partir du scénario optimisé, afin de comprendre comment les effets des dispositifs se cumulent. Ces situations sont soumises à des séquences de climat actuel et le scénario optimisé est croisé avec un scénario climatique (scénario A2 2050) ce qui, avec les scénarios de référence donne 8 cas actuels par quartier plus deux avec le scénario futur.Deux étapes de simulation sont nécessaires. La première concerne la simulation de l’état existant et des scénarios monodispositifs. C’est à partir de leur analyse que la définition du scénario d’optimisation a été décidée. Les résultats numériques des simulations ont été analysés en termes d’impact sur les besoins énergétiques des bâtiments climatisés (Consommation sur l’été et puissances de pointe), de confort thermique à l’extérieur (pourcentage de temps par types d’inconfort), d’impact climatique à l’échelle du quartier et des quartiers environnants (température, vent, humidité). Le choix de travailler sur des besoins en rafraichissement, supposant ainsi à tort que tous les bâtiments sont climatisés permet, notamment pour les climats futurs de mesurer l’impact énergétique que pourrait entrainer l’évolution climatique dans le cas où les usagers s’équipaient de climatisation pour assurer leurs exigences de confort et la manière dont l’aménagement peut réduire les besoins et donc le recours à la technique.Du point de vue scientifique, le projet a permis de mettre au point la représentation dans les modèles d’un nouveau type de solution de rafraichissement (l’humidification de chaussée) et de le valider. Il a également permis de proposer une méthode de comparaison des impacts des dispositifs étudiés. Par ailleurs, l’analyse des résultats contribue à une meilleure connaissance des effets de chacun des dispositifs et de la manière dont ils interagissent entre eux et avec la forme urbaine. La synthèse des résultats des simulations a permis de tirer les enseignements les plus importants quant aux paramètres d’efficacité de chacun des dispositifs, aux modalités de composition et d’interaction des effets. A l’approche énergétique et climatique, a été ajoutée une comparaison des impacts sur la ressource en eau ainsi qu’un bilan en coût global de chacun des dispositifs et des scénarios. Celle-ci nous amène à conclure sur les points suivants :L’augmentation des albédos des façades et des toits est essentiellement bénéfique pour réduire les besoins énergétiques des bâtiments. L’impact sur les températures d’air et sur le confort est très réduit et peut même s’avérer localement négatif en raisons de réfections solaires vers les usagers des espaces. Cette action, notamment sur les voiries a une empreinte maximale sur la ressource carbone. Elle ne peut donc être préconisée que lors d’opérations prévues de ravalement, réfection de toiture ou de voirie.La végétalisation est la solution qui est la plus efficace en termes de confort thermique extérieur, notamment en présence d’arbres qui apportent de l’ombrage aux surfaces horizontales et verticales environnantes. Cependant, dans certains cas, la présence trop importante d’arbres, qui font barrière au vent peut dégrader localement le confort. Il faut donc, pour le confort d’été, veiller à distribuer les masses d’arbres de manière à ne pas bloquer les écoulements d’air. C’est également la solution la plus favorable en terme de biodiversité.L’humidification des chaussées a également un effet favorable sur le confort proche de celui de la végétalisation, mais qui est restreint au niveau des surfaces d’application des solutions. Cette solution est par ailleurs moins consommatrice en eau que la végétalisation.Pour l’humidification comme pour la végétation, à certains moments de la journée, la réduction moyenne de température d’air peut atteindre 2°C.La composition de ces trois solutions permet d’optimiser les impacts à la fois sur le besoin énergétique des bâtiments (donc, en l’absence de système de rafraichissement sur le confort intérieur) et sur le confort extérieur. Cependant, pour l’un comme l’autre de ces objectifs, on n’observe pas une addition directe des effets. L’humidification et le végétal étant appliqués à des surfaces différentes, on constate lors de l’utilisation simultanée des deux solutions une amélioration supplémentaire de la température d’air et de l’indice de confort. Par contre, pour les besoins énergétiques, du fait du remplacement des surfaces de sol à fort albédo par de la végétation ou de l’humidification, on a pu observer, dans les cas de composition des réductions moindres de celles obtenues pour les simulations avec uniquement les matériaux réflectifs. Les simulations avec les données du scénario A2 projeté en 2050 montrent dans le cas de référence une augmentation de 18% des besoins de rafraichissement, avec pour les bâtiments les moins bien isolés et orientés, des augmentations de l’ordre de 30 à 40%. L’utilisation de l’humidification des chaussées réduit en moyenne de moins de 1% cette augmentation, la végétalisation d’un peu plus de 1% et l’utilisation de revêtement d’albédo élevé de 7%. La composition des trois solutions n’apporte pas d’impact supplémentaire à celui de l’albédo. Les effets sont très variables si on les observe à l’échelle du bâtiment. En particulier, pour les derniers étages, l’utilisation de revêtements réflectifs permet largement de compenser les impacts du changement climatique. Même si les tendances sont globalement retrouvées sur les trois sites d’études, choisis pour leurs caractéristiques différentes, on constate bien que localement, des différences peuvent être relevées, qui soulignent la nécessité d’études même simplifiées, pour chaque nouveau projet

STAT3 Regulates Mitochondrial Gene Expression in Pancreatic Beta-Cells and Its Deficiency Induces Glucose Intolerance in Obesity

info:eu-repo/semantics/publishe

Competition and phylogeny determine community structure in Müllerian co-mimics

Until recently, the study of negative and antagonistic interactions (for example, competition and predation) has dominated our understanding of community structure, maintenance and assembly. Nevertheless, a recent theoretical model suggests that positive interactions (for example, mutualisms) may counterbalance competition, facilitating long-term coexistence even among ecologically undifferentiated species. Müllerian mimics are mutualists that share the costs of predator education and are therefore ideally suited for the investigation of positive and negative interactions in community dynamics. The sole empirical test of this model in a Müllerian mimetic community supports the prediction that positive interactions outweigh the negative effects of spatial overlap (without quantifying resource acquisition). Understanding the role of trophic niche partitioning in facilitating the evolution and stability of Müllerian mimetic communities is now of critical importance, but has yet to be formally investigated. Here we show that resource partitioning and phylogeny determine community structure and outweigh the positive effects of Müllerian mimicry in a species-rich group of neotropical catfishes. From multiple, independent reproductively isolated allopatric communities displaying convergently evolved colour patterns, 92% consist of species that do not compete for resources. Significant differences in phylogenetically conserved traits (snout morphology and body size) were consistently linked to trait-specific resource acquisition. Thus, we report the first evidence, to our knowledge, that competition for trophic resources and phylogeny are pivotal factors in the stable evolution of Müllerian mimicry rings. More generally, our work demonstrates that competition for resources is likely to have a dominant role in the structuring of communities that are simultaneously subject to the effects of both positive and negative interactions