DETERMINING REFERENCE RANGES FOR TREC AND KREC ASSAYS IN IMMUNE DEFICIENCY SCREENING OF NEWBORNS IN RUSSIAN FEDERATION

In this work, we used a reference population of newborns and sampled dried blood spots on Guthrie cards of 2,739 individual samples to determine the reference intervals for TRECs and KRECs values, in order to diagnose primary immunodeficiency by means of neonatal screening. The median absolute values for TRECs and KRECs were 195 (CI95%: 185-206) and 185 (CI95%: 176-197) copies per μl, respectively; the normalized value for TRECs was 2780 (CI95%: 2690-2840), and for KRECs, 2790 (CI95%: 2700-2900) copies per 2 × 105 copies of the albumin gene or 105 cells. The reference interval was calculated for 99 and 99.9 percentiles of total TRECs and KRECs individual values. Due to asymmetric distribution of data, the outliers were filtered off, using the Tukey’s criterion applied after logarithmic transformation of the data. When analyzing absolute values for TREC/KREC (per μL of blood), no “drop-down” TRECs values were identified; for KRECs, 18 experimental values were excluded from further analysis (from 9.8 to 13.5). The outlying values were not identified among the normalized values of TRECs/KRECs. The obtained reference values for TRECs and KRECs (at the 0.1 percentile level) were, respectively, 458 and 32 per 105 cells, or 23 and 17 per μl of blood samples from neonates

Заболеваемость раком легкого в Московской области (1998–2018)

This review discusses the main statistical indicators for lung cancer (LC) in the Moscow region over the past 20 years from 1998 to 2018. Methods. The analysis of basic statistics was carried out on the basis of official statistics of the Moscow region in the period from 1998 to 2018. Results. A decrease in the incidence was revealed. The five-year survival rate increased. The morphological diagnostics of LC improved. The detection of the disease in the early stages improved. In addition, mortality has decreased, both overall, and one-year. Conclusion. The reduction of morbidity and mortality, as well as the improvement of early detection of patients with LC in the Moscow Region was facilitated by the introduction of tobacco control measures, the implementation of programs to fight cancer, improving the quality of diagnostics and improving the equipment of clinics and hospitals, as well as the use of new modern treatment methods, such targeted and immunotherapy.В статье рассматриваются основные данные официальной статистики по заболеваемости раком легкого (РЛ) в Московской области за последние 20 лет (1998–2018).Материалы и методы. Проведен анализ (1998–2018).Результаты. Установлено снижение показателей заболеваемости и увеличение 5-летней выживаемости. Улучшились показатели морфологической диагностики РЛ и выявляемости заболевания на ранних стадиях. Показано снижение как общей, так и одногодичной летальности.Заключение. Снижению заболеваемости и летальности, а также улучшению выявляемости больных РЛ на ранних стадиях в Московской области способствовало введение противотабачных мер, реализация программ по борьбе с онкологическими заболеваниями, улучшение качества диагностики и оснащения поликлиник и стационаров, а также применение новых современных методов терапии, в частности, таргетной и иммунотерапии

ХИМИОТЕРАПИЯ У ПОЖИЛЫХ ПАЦИЕНТОВ, СТРАДАЮЩИХ РАКОМ ЖЕЛУДКА

Stomach cancer (SC) (in the structure of morbidity) is one of the most frequent malignant diseases that occurs in the elderly. Systemic chemotherapy showed improved quality of life and survival rate compared with palliative therapy in patients with advanced SC. It has also been shown that elderly patients with SC are able to tolerate and receive effective systemic chemotherapy, as are the younger patients with the same stage of cancer. The only one age limit should not be the only criterion for excluding effective chemotherapy. However, proper patient selection is extremely important to ensure effective safe treatment. The article analyzes the optimal regimens of chemotherapy, taking into account the general condition and geriatric functional status of elderly patients with SC.Рак желудка (РЖ) является одним из наиболее частых злокачественных заболеваний, возникающих у пожилых людей. Системная химиотерапия показала улучшение качества жизни и выживаемости по сравнению с паллиативной терапией у пациентов с поздними стадиями РЖ. Также было показано, что пожилые пациенты с РЖ способны переносить и получать эффективную системную химиотерапию, как и более молодые пациенты с той же стадией рака. Возрастной ценз не должен быть единственным критерием для исключения эффективной химиотерапии. Тем не менее правильный отбор пациентов чрезвычайно важен для обеспечения эффективного и безопасного лечения. В статье проанализированы оптимальные режимы химиотерапии с учетом показателей общего состояния и гериатрического функционального статуса пациентов пожилого возраста с РЖ

Особенности диагностики наследственных опухолевых синдромов с нетипичным проявлением: клинические случаи

Background: Germinal pathogenic variants are the cause of the development of hereditary cancer syndromes (HCS). Various genetic tests are used for HCS detect, from the «frequent» mutations of one or several genes analysis to the full-length gene sequence, next-generation sequencing (NGS) based panel, whole exome (WES) or whole genome sequencing (WGS).There are some HCS cases with atypical clinical manifestations and the family history does not allow one to suspect a specific HCS and limit oneself to the study of only one or a few genes. Conducting research using NGS to assess the selected sample of cancer patient’s genetic characteristics has revealed atypical HCS cases.Aim: To present the WGS diagnosis results for two atypical hereditary tumor syndromes cases.Materials and methods: DNA isolation was performed using Qiagen DNA Isolation kit.WGS for all samples was performed at DNBSEQ-T7 (MGI) and DNBSEQ-G400 (MGI) sequencing platforms using PCR-free protocol with average sample coverage 30x. A standard bioinformatics analysis pipeline was implemented for all the samples data processing.Potential clinically relevant variants were validated using Sanger sequencing. For all patients was received signed a written consent.Results: In the first case report, a pathogenic variant in the TP53 gene was identified: c. 637C > T, p. Arg213Ter, rs397516436, and Li – Fraumeni syndrome was confirmed. In the second case, we detected two pathogenic variants carrier — BRCA2: c. 6644_6647del, p. Tyr2215SerfsTer13, rs80359616 and MSH2: c. 1906G > C, p. Ala636Pro, rs63750875 associated with hereditary breast and ovarian cancer and hereditary colorectal cancer (Lynch syndrome).Conclusion: NGS, including WGS makes it easier to identify all clinically significant germline variants associated with hereditary cancer syndromes in cancer patients, as well as to trace their segregation in relatives.Актуальность: Герминальные патогенные варианты являются причиной развития наследственных опухолевых синдромов (НОС). Для выявления НОС применяются различные подходы, от анализа «частых» мутаций одного или нескольких генов до полного секвенирования кандидатного гена, мультигенной панели, полноэкзомного или полногеномного секвенирования. Иногда встречаются случаи с нетипичным клиническим проявлением, а семейный анамнез не позволяет своевременно заподозрить конкретный НОС у пациента и ограничиться исследованием одного или нескольких генов. Научные проекты с применением высокопроизводительного секвенирования для оценки генетических особенностей определенной выборки онкологических пациентов позволили выявить нетипичные случаи НОС.Цель исследования: Представить клиническое описание и результаты молекулярно-генетической диагностики двух нетипичных клинических случаев НОС.Материалы и методы: Представлены результаты молекулярной диагностики генетических причин, приводящих к развитию НОС, на примере двух клинических случаев. Полногеномное секвенирование проведено с использованием реагентов и оборудования производства MGI (Китай). Валидация клинически значимых вариантов, полученных по результатам полногеномного секвенирования, проведена секвенированием по Сэнгеру.Результаты: В первом клиническом случае выявлен патогенный вариант в гене TP53: c. 637C > T, p. Arg213Ter, rs397516436, и подтвержден синдром Ли – Фраумени. Во втором случае у пациента выявлено носительство двух патогенных вариантов — BRCA2: c. 6644_6647del, p. Tyr2215SerfsTer13, rs80359616 и MSH2: c. 1906G > C, p. Ala636Pro, rs63750875, ассоциированных с развитием наследственного рака молочной железы и яичника и наследственного колоректального рака (синдром Линча).Заключение: Использование расширенных методов генетического тестирования, в том числе полногеномного секвенирования позволяет выявить все клинически значимые герминальные варианты, ассоциированные с НОС, у онкологических пациентов, а также проследить их сегрегацию у родственников

ЦИТОГЕНЕТИЧЕСКИЙ СТАТУС БОЛЬНЫХ РАКОМ ЖЕЛУДКА

The aim was to identify cytogenetic disorders, proliferative activity and apoptosis in cells exfoliated buccal and nasal epithelium in patients with gastric cancer. The study involved 10 patients with an established diagnosis. The control group included 30 healthy people. It has been revealed that all this parameters were increased in buccal and nasal epithelium in patients with gastric cancer than in healthy people. The detected changes are systemic in nature and reflect the overall condition of the body. Moreover, we show reduction of karyological parameters after radical treatment, which indicates their prognostic significance.Целью было выявление цитогенетических нарушений, нарушений пролиферативной активности клеток и апоптоза в эксфолиативных клетках буккального и назального эпителия у больных с впервые диагностированным раком желудка. Обследовано 10 пациентов с установленными диагнозами. В группу контроля вошли 30 условно здоровых людей. Показано увеличение доли клеток с цитогенетическими нарушениями в буккальном и назальном эпителии у больных раком желудка по сравнению со здоровыми. Выявленные изменения носят системный характер и отражают общее состояние организма. Кроме того, показано снижение уровня кариологических показателей после радикального лечения, что свидетельствует об их прогностическом значении.

Злокачественное новообразование молочной железы в составе синдрома Коудена

Cowden syndrome is a rare disease characterized by multiple hamartomas and increased breast, thyroid, kidney and uterine neoplasm risk. The lifetime breast cancer risk for patients with Cowden syndrome is 85 %, with an average age of diagnosis between 38 and 46 years. The diagnostic criteria for Cowden syndrome have been established by the International Cowden Consortium (ICC) and the National Comprehensive Cancer Network (NCCN), and are regularly revised, but the diagnosis of Cowden syndrome remains difficult due to the variety of phenotypic and clinical features of the disease. At the same time, the genetic variants associated with Cowden syndrome analysis is not a standard for patients with breast cancer.Objective: To demonstrate the non‑BRCA hereditary breast cancer detection using whole genome sequencing on the Cowden syndrome clinical case example.Materials and methods: The article describes a clinical case of a 37‑year‑old female patient with breast cancer, normal intelligence and phenotype, structural abnormalities of the thyroid gland (multinodular goiter). Whole genome sequencing was used to identify clinically significant genetic variants associated with hereditary tumor syndromes.Clinical case: The article presents a brief literature review on the clinical presentation of Cowden syndrome and indications for its molecular diagnosis. Also, the presented clinical case describes patient R., 37 years old female with breast cancer, who underwent treatment in the City Clinical Oncological Hospital № 1 of the Moscow City Health Department in 2021. The patient was fully examined and enrolled in the whole genome sequencing project under the Order № 69 of Moscow Healthcare Department dated February 1, 2021 «Oncogenetic research organization in Moscow». The results revealed a pathogenic variant in the PTEN gene, previously associated with Cowden syndrome.Conclusion: The use of whole genome sequencing allows to identify hereditary tumor syndromes, the clinical manifestation of which may be breast cancer.Синдром Коудена характеризуется наличием множественных гамартом с высоким риском развития доброкачественных и злокачественных опухолей щитовидной железы, молочной железы, почек и эндометрия. Риск развития рака молочной железы у пациентов с синдромом Коудена в течение жизни составляет 85 %, при этом средний возраст постановки диагноза составляет от 38 до 46 лет. Диагностические критерии синдрома Коудена установлены Международным консорциумом по синдрому Коудена (ICC) и Американской ассоциацией онкологов (NCCN) и подвергаются регулярному пересмотру, однако диагностика синдрома Коудена по‑прежнему затруднена ввиду разнообразия фенотипических особенностей и клинических признаков заболеваний. В то же время, анализ генетических вариантов, ассоциированных с синдромом Коудена, не является стандартом обследования при диагностике рака молочной железы.Цель: продемонстрировать выявление методом полногеномного секвенирования наследственных опухолевых синдромов, клиническим проявлением которых могут быть злокачественные новообразования молочной железы, на примере синдрома Коудена.Материалы и методы: в статье описан клинический случай пациентки 37 лет с нормальным интеллектом и фенотипом, структурными поражениями щитовидной железы (многоузловой зоб), обратившейся по поводу рака молочной железы. В рамках научного исследования с целью выявления клинически значимых генетических вариантов, ассоциированных с наследственными опухолевыми синдромами, применен метод полногеномного секвенирования.Клинический случай: в статье представлен краткий обзор литературы, посвященный клинической характеристике синдрома Коудена, и показаний для молекулярной диагностики. Описан клинический случай пациентки Р., 37 лет, которая проходила лечение в ГБУЗ «Городская клиническая онкологическая больница № 1 ДЗМ» в 2021 г. по поводу рака молочной железы. С учетом диагностированного в возрасте до 50 лет злокачественного новообразования молочной железы пациентка включена в научный проект по проведению полногеномных исследований в рамках приказа Департамента Здравоохранения г. Москвы № 69 от 01.02.2021 «Об организации проведения онкогенетических исследований в городе Москве», по результатам генетического исследования выявлен патогенный вариант гена PTEN, ассоциированный с синдромом Коудена.Вывод: Применение полногеномного секвенирования позволяет выявлять наследственные опухолевые синдромы, клиническим проявлением которых могут быть злокачественные новообразования молочной железы