Recent trends in molecular diagnostics of yeast infections : from PCR to NGS

The incidence of opportunistic yeast infections in humans has been increasing over recent years. These infections are difficult to treat and diagnose, in part due to the large number and broad diversity of species that can underlie the infection. In addition, resistance to one or several antifungal drugs in infecting strains is increasingly being reported, severely limiting therapeutic options and showcasing the need for rapid detection of the infecting agent and its drug susceptibility profile. Current methods for species and resistance identification lack satisfactory sensitivity and specificity, and often require prior culturing of the infecting agent, which delays diagnosis. Recently developed high-throughput technologies such as next generation sequencing or proteomics are opening completely new avenues for more sensitive, accurate and fast diagnosis of yeast pathogens. These approaches are the focus of intensive research, but translation into the clinics requires overcoming important challenges. In this review, we provide an overview of existing and recently emerged approaches that can be used in the identification of yeast pathogens and their drug resistance profiles. Throughout the text we highlight the advantages and disadvantages of each methodology and discuss the most promising developments in their path from bench to bedside

Tuberculosis determined by Mycobacterium bovis in captive waterbucks (Kobus ellipsiprymnus) in São Paulo, Brazil

Two waterbucks from São Paulo Zoo Foundation exhibited respiratory symptoms in July 2004. After euthanasia, granulommas in lungs and mediastinic lymph nodes were observed. Acid-fast bacilli isolated were identified as Mycobacterium bovis spoligotype SB0121 by PRA and spoligotyping. They were born and kept in the same enclosure with the same group, without any contact to other species housed in the zoo. This is the first detailed description of M. bovis infection in Kobus ellipsiprymnus.FAPES

Quantum decoherence of excitons in a leaky cavity with quasimode

For the excitons in the quantum well placed within a leaky cavity, the quantum decoherence of a mesoscopically superposed states is investigated based on the factorization theory for quantum dissipation. It is found that the coherence of the exciton superposition states will decrease in an oscillating form when the cavity field interacting with the exciton is of the form of quasimode. The effect of the thermal cavity fields on the quantum decoherence of the superposition states of the exciton is studied and it is observed that the higher the temperature of the environment is, the shorter the decoherence characteristic time is.Comment: 1 figure, 7 page

Growth Assessment of Native Tree Species from the Southwestern Brazilian Amazonia by Post-AD 1950 14C Analysis: Implications for Tropical Dendroclimatology Studies and Atmospheric 14C Reconstructions

Tree-ring width chronologies of cedro (Cedrela fissilis Vell.) (1875 to 2018), jatobá (Hymenaea courbaril L.) (1840 to 2018) and roxinho Peltogyne paniculata Benth.) (1910 to 2018) were developed by dendrochronological techniques in the southern Amazon Basin. Acceptable statistics for the tree-ring chronologies were obtained, and annual calendar dates were assigned. Due to the lack of long-term chronologies for use in paleoclimate reconstructions in degraded forest areas, dendrochronological dating was validated by14C analysis. Tree-rings selected for analysis corresponded to 1957, 1958, 1962, 1963, 1965, 1971, and 1972. Those are critical calendar years in which atmospheric14C changes were the highest, and therefore their tree-ring cellulose extracts14C signatures when in alignment with existing post-AD 1950 atmospheric14C atmospheric curves would indicate annual periodicity. Throughout our correlated calendar years and post-AD 195014C signatures, we indicate that H. courbaril shows an erratic sequence of wood ages. The other two tree species, C. fissilis and P. paniculata, are annual in nature and can be used successfully as paleoclimate proxies. Moreover, due to the sampling site’s strategic location in relation to the Tropical Low-Pressure Belt over South America, these trees can be used to enhance the limited amount of observational data in Southern Hemisphere atmospheric14C calibration curves.Fil: Santos, Guaciara M.. University of California; Estados UnidosFil: Ortega Rodriguez, Daigard Ricardo. Universidade do Sao Paulo. Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz; BrasilFil: Barreto, Nathan de Oliveira. Universidade do Sao Paulo. Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz; BrasilFil: Assis Pereira, Gabriel. Universidade do Sao Paulo. Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz; BrasilFil: Barbosa, Ana Carolina. Universidad Federal de Lavras.; BrasilFil: Roig Junent, Fidel Alejandro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto Argentino de Nivología, Glaciología y Ciencias Ambientales. Provincia de Mendoza. Instituto Argentino de Nivología, Glaciología y Ciencias Ambientales. Universidad Nacional de Cuyo. Instituto Argentino de Nivología, Glaciología y Ciencias Ambientales; Argentina. Universidad Mayor; ChileFil: Tomazello Filho, Mário. Universidade do Sao Paulo. Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz; Brasi

Relato de elaboração do sistema de produção de mandioca para o Extremo Sul da Bahia.

Utilizando-se metodologias participativas de grupo focal, em outubro de 2007, foram realizadas visitas técnicas e painéis a fim de organizar as demandas de produtores e técnicos da região, objetivando a elaboração de sistema de produção de mandioca para a Região Extremo Sul da Bahia. Observou-se que a maior parte da mandioca produzida é originária da agricultura familiar, com quadro agrário de propriedades com área média variando de 10 a 20 ha. A mandioca, presente em todos as glebas, ocupa uma área em torno de 3,0 ha, com produtividades entre 12 a 15 t ha-1. Cultivam a mandioca consorciada com milho e feijão e, em menor freqüência, com amendoim e quiabo. O milho e o feijão são cultivados visando ao consumo próprio e à venda do excedente, são semeadas nas entrelinhas das plantas de mandioca, em até duas épocas no ano (abril e setembro), utilizando-se apenas a adubação de plantio. Preferencialmente, esses plantios ocorrem no mês de abril, início das chuvas, de forma que o milho é colhido verde e comercializado no período das festas juninas. Em visitas técnicas in loco, foi observado sintomas de doenças fúngicas de parte aérea, como a antracnose e a ferrugem. A variedade Caravela, utilizada pela maioria dos agricultores, mostrou-se suscetível a tais doenças, com indicação de que são intensas nos meses de menor temperatura (julho e agosto). A recomendação para se diminuir os sintomas foi aumentar a tolerância das plantas, evitando que a sua fase jovem ocorra em períodos de temperaturas baixas. Relatou-se a ocorrência de apodrecimento de raízes, provocadas por fungos, provavelmente do gênero Fusarium sp., que aparecem normalmente associados a solos ácidos e argilosos e/ou de drenagem baixa. As recomendações foram utilizar material de plantio sadio, estabelecer plantios em áreas com drenagem adequada, rotacionar culturas, adubar com insumos orgânicos e evitar método de controle do mato que danifiquem as raízes. Observou-se ocorrência de plantas amareladas ("amarelão"), principalmente em solos arenosos, de baixa fertilidade. As plantas após a brotação ficam com as folhas amarelas, definham e morrem. Para o controle recomendou-se a calagem, com base na análise de solo, incluindo na adubação o sulfato de manganês, além de adubar com insumos orgânicos, evitar a queima dos restos vegetais, realizar a rotação de cultura e pousio das áreas de cultivo. Também foram observadas as presenças da mosca do broto, ácaros e broca do caule. O mandarová ocorre eventualmente, indicando-se monitoramento da praga e o uso do Baculovirus. A maioria dos produtores faz apenas adubação de cova utilizando a fórmula 4-14-8. Das formulações disponíveis no comércio local não encontrou-se àquelas que atende às necessidades da mandioca de forma equilibrada. Recomendou-se utilizar somente fósforo na cova de plantio, e nitrogênio e potássio, em cobertura, entre 45 e 60 dias após o plantio, sempre baseado na análise de solo. As variedades mais cultivadas na região, algumas introduzidas, foram classificadas segundo a sua utilização em: i) Farinha: Caravela, Cigana Preta, Unha, Lisona e Pretinha, com ciclos de colheita de 12 a 18 meses; ii) Aipim (mandioca de mesa ou macaxeira): Manteiguinha, Cacauzinho, Paraguai, Saracura e Eucalipto, com ciclos que variam de 08 a 12 meses; iii) Dupla finalidade: Cachoeirinha, Calombo e Camuquém, com ciclos de 08 a 18 meses. Nas áreas dos agricultores familiares cria-se principalmente gado bovino mestiço, sendo parte para produção leiteira e parte para corte. As pastagens não são renovadas e normalmente estão com a capacidade de suporte acima do recomendado, de modo que o gado tem produtividades abaixo do esperado, faltando alimento em épocas secas do ano. A parte aérea da mandioca é dada aos animais no dia posterior a colheita das raízes, tanto da mandioca brava como da mansa. Foram feitas recomendações para a produção de raspa de mandioca e farelo de folhas. O sistema de produção mandioca consorciada conseguiu agregar valor à mão-de-obra equivalente a R$16,86, por dia-homem, mesmo alcançando uma relação Benefício/Custo (B/C) de 1,06. Isso significa que se o produtor resolver plantar mandioca é possível receber uma valor adicional de R$ 1,86, para cada dia de trabalho (considerando-se o custo de oportunidade da mão-de-obra R$ 15,00/d/H - valores de outubro/2007). Os sistemas aipim solteiro e aipim consorciado, com a relação B/C indicando retornos equivalentes a 128% e 152%, respectivamente, quase que quintuplica, no caso do aipim consorciado, o valor agregado pela mãode-obra. A partir deste trabalho, foi publicado em 2009 o sistema de produção de mandioca para o Extremo Sul da Bahia.Edição dos Anais do XIII Congresso Brasileiro de Mandioca; VII Workshop sobre Tecnologia em Agroindústrias de Tuberosas Tropicais. Botucatu, jul. 2009