Caracterização do viroma sérico de pombos (Columba livia) de vida livre no Sul do Brasil

Pombos (Columba livia) são aves exóticas no Brasil que coabitam de forma crescente com a população urbana e de animais de criação, podendo ser reservatórios, portadoras e/ou transmissoras de agentes patogênicos para outras espécies. Neste trabalho foi realizado sequenciamento de alto desempenho buscando identificar o viroma de pombos de vida livre. No primeiro estudo foram caracterizados sete genomas completos de pigeon circovirus (PiCV), sequenciados a partir de amostras de soro de pombos das diferentes regiões amostradas. Os dados permitiram análises sobre a variabilidade genômica deste vírus, os quais apresentam similaridade genética com PiCV previamente relatados na Europa. Além disso, foram identificados pontos propensos a eventos de recombinação em ambas as ORFs (Rep e Cap), apesar do elevado grau de conservação. No segundo estudo que compõe essa tese, foram reportados e analisados dois genomas de girovírus - PiGyV_RS/TQ e PiGyV_RS/RG. Por apresentarem baixa identidade com vírus conhecidos, sugere-se tratar de um novo girovírus circulante em pombos de vida livre com nome sugerido de Pigeon Gyrovirus (PiGyV). O terceiro estudo realizado apresenta os resultados dos viromas obtidos dos soros de 137 pombos coletados em sete regiões geograficamente distintas da região sul do Brasil. O total de reads sequenciadas por região variou de 325.182 a 1.243.426, e em média, 43% destas apresentaram identidade com sequências virais depositadas no GenBank. Dentre os contigs virais, 90,8% apresentaram identidade com sequências de genomas de vírus eucarióticos representativos de seis famílias virais: Circoviridae (a mais abundante), Flaviviridae, Anelloviridae, Adenoviridae, Parvoviridae e Coronaviridae. Alguns dos genomas identificados podem representar agentes de potencial impacto à saúde humana e animal, como os vírus pertencentes aos gêneros Hepacivirus e Pegivirus. Estes resultados contribuem para um maior entendimento dos vírus que circulam em pombos de vida livre, além de ter contribuído para a descoberta de vírus que, até o presente momento, não tinham sido relatados no Brasil.Pigeons (Columba livia) are exotic birds in Brazil that increasingly cohabit with urban population and rural animals, being potential reservoirs, carriers and/or transmitters of pathogens for other species. In this work, high performance sequencing was carried out to identify the pigeon viroma of free life. In the first study, seven complete genomes of pigeon circovirus (PiCV) were characterized, sequenced from serum samples of pigeons from different sampled regions. The data allowed analyzes on the genomic variability of this virus, which have genetic similarity with PiCV previously reported in Europe. In addition, points prone to recombination events were identified in both ORFs (Rep and Cap), despite the high degree of conservation. In the second study that composes this thesis, two genomes of gyrovirus - PiGyV_RS/TQ and PiGyV_RS/RG were reported and analyzed. Because they have low identity with known viruses, it is suggested to treat a new circulating gyrovirus in free-living pigeons with the suggested name of Pigeon Gyrovirus (PiGyV). The third study presents the viroma results obtained from sera of 137 pigeons, grouped according to seven sampled regions. The total reads sequenced by region ranged from 325,182 to 1.243,426. In average, 43.0% of the reads showed identity to viral sequences deposited in GenBank. Among viral contigs, 90.8% presented identity to sequences of eukaryotic viral genomes, and the viruses of animal interest were classified into six families: Circoviridae (the most abundant), Flaviviridae, Anelloviridae, Adenoviridae, Parvoviridae and Coronaviridae. It was possible to observe the great diversity of viral families circulating in the serum of the pigeons, some of which have a potential impact on human and animal health, such as viruses belonging to the genus Hepacivirus and Pegivirus. These results contribute to a better understanding of the viruses that circulate in free living pigeons, as well as contributing to the discovery of viruses that, to date, have not been reported in Brazil

Comparative analysis of the upper respiratory bacterial communities of pigs with or without respiratory clinical signs : from weaning to finishing phase

A prospective study was conducted to identify bacterial communities in the nasal and laryngeal cavities of pigs with or without clinical signs of respiratory disease in a longitudinal fashion, from weaning to the finishing phase. Nasal and laryngeal swabs were collected from asymptomatic pigs (n = 30), as well as from pigs with clinical signs of respiratory disease (n = 30) at the end of the weaning (T1—33 days) phase, end of the nursery phase (T2—71 days), and finishing (T3—173 days). Total DNA was extracted from each sample, and the V4 hypervariable region of the 16S rRNA gene was amplified and sequenced with the Illumina MiSeq platform. Principal coordinates analysis indicated no significant differences between the nasal and laryngeal bacterial communities. Nevertheless, the microbiota composition in the upper respiratory tract (URT) was clearly distinct between animals, with or without signs of respiratory disease, particularly at post-weaning and the end of nursery. In pigs with clinical signs of respiratory disease, Actinobacillus, Streptococcus Porphyromonas, Veillonella, and an unclassified genus of Pasteurellaceae were more abundant than in pigs with no signs. Metabolic prediction identified 28 differentially abundant pathways, mainly related to carbohydrate, energy, amino acid, anaerobic, and nucleotide metabolism in symptomatic pigs (especially in T2). These findings provide evidence that the composition of the URT bacterial microbiota differs significantly when comparing pigs with or without respiratory clinical signs after weaning, and this difference is maintained in the nursery phase; such differences, however, were not evident at the finishing phase

Identificação da microbiota da orofaringe e cloaca em filhotes de arara-azul-grande (Anodorhynchus hyacinthinus) de vida livre do Pantanal-MS

Estudos relacionados com sanidade estão sendo realizados para a conservação da arara-azul-grande(Anodorhynchus hyacinthinus) em vida livre. Amostras de cloaca e orofaringe de 14 filhotes foram analisadasatravés de métodos microbiológicos padronizados. Bactérias Gram negativas e leveduras estão presentesna microbiota dos filhotes sadios desta espécie, sendo os microrganismos Staphylococcus sp., Escherichiacoli , Enterococcus sp., Klebsiella sp., Enterobacter sp., Pseudomonas sp. e leveduras presentes nacloaca e orofaringe, enquanto Proteus sp. ocorreu apenas em orofaringe e Salmonella sp. em cloaca.Palavras-chave: arara-azul-grande, Anodorhynchus hyacinthinus, microbiota, cloaca, orofaringe

Viral DNA genomes in sera of farrowing sows with or without stillbirths

A study was conducted to investigate the serum virome of sows with and without stillbirths after farrowing. Sera from sows with at least one stillbirth or with normal litters were collected immediately after farrowing. Viral DNA was extracted from serum pools and submitted to high throughput sequencing. No differences in the proportion of virus-related reads were found in both groups (p > 0.05). A variety of viral DNA genomes were identified, mostly representative of three viral families: Anelloviridae, Circoviridae and Smacoviridae. Besides, a number of novel unclassified circular Rep-encoding single stranded DNA (CRESS DNA) viruses were also identified. These findings suggest that the presence of such viral genomes in sows’ sera bears no correlation with stillbirths’ occurrence; it seems likely that these constitute part of the normal serum microbiome of sows at farrowing

Quantification of indicator microorganisms and characterization of Listeria spp., Salmonella spp. and Escherichia coli O157:H7 in steps of cattle slaughter in Rio Grande do Sul state

Doenças Transmitidas por Alimentos (DTA) constituem um grave problema de saúde pública, sendo que a prevenção dessas doenças é um grande desafio em todo o mundo. Assim como em outros países, no Brasil, as carnes e seus derivados têm sido frequentemente identificados como veículos de micro-organismos responsáveis por DTA, porém, ao mesmo tempo, a bovinocultura de corte representa a maior fatia do agronegócio brasileiro. A manutenção do comércio interno e externo da carne bovina brasileira está diretamente ligada às exigências de qualidade e inocuidade. O presente estudo teve como objetivo investigar a ocorrência de Listeria monocytogenes, Salmonella spp., Escherichia coli O157:H7 e micro-organismos indicadores em diferente etapas do abate de bovinos, em um matadouro frigorífico exportador do Rio Grande do Sul, Brasil. Além disso, objetivou-se caracterizar fenotípica e genotipicamente os micro-organismos patogênicos isolados. Para tanto, amostras de superfície de 108 animais ou carcaças foram coletadas em três pontos do processo do abate, os quais foram: Ponto 1, antes do abate, sobre o couro do animal, Ponto 2, sobre a carcaça, após a esfola e Ponto 3, sobre a carcaça após a lavagem, antes da refrigeração. Ao todo foram coletadas e analisadas 324 amostras. Os resultados demonstraram que 10,19% (11/108) das amostras foram positivas para Listeria spp., 0,93% (1/108) positiva para Salmonella Livingstone e 20,37 % (22/108) positivas para E. coli O157:H7 Os valores das contagens de mesófilos totais variaram de 1,16 a 6,40 log UFC/cm² e para E. coli os valores ficaram entre não detectável (ND) a 3,32 log UFC/cm². O P1 foi o ponto onde ocorreu o maior número de isolamentos dos patógenos e se obteve as maiores contagens para mesófilos totais e E. coli. A análise por PCR das cepas de L. monocytogenes identificou dois sorotipos predominantes, o sorotipo 1/2a e o sorotipo 4b além da presença do gene de virulência hlyA em todas as cepas avaliadas. A cepa de S. Livingstone foi positiva para os genes InvA, SefA, e negativo para SpvC. A análise por PCR multiplex dos isolados de E. coli O157:H7 revelou 3 perfis genotípicos, conforme a presença dos genes stx1, stx2, eae e rfbO157. Das cepas patogênicas isoladas, algumas apresentaram multirresistência frente a vários antimicrobianos testados. Todas as cepas de Listeria (100%) foram resistentes para ácido nalidíxico, 90,91% mostrou resistência para cefoxitina, 90,91% clindamicina, 81,82% cefalotina e 54,55% para sulfonamida. As cepas de L. monocytogenes 4b apresentaram resistência a oito antimicrobianos. A cepa de S. Livingstone apresentou resistência frente a seis antimicrobianos, ampicilina, clindamicina, cefalotina, cefoxitina, eritromicina e vancomicina As cepas de E. coli O157:H7 apresentaram grande espectro de resistência, principalmente a Clindamicina (100%), ácido nalidíxico (28,57%), trimetoprim + sulfonamida (23,81%), estreptomicina (19,05%) e cloranfenicol (14,29%). A análise por PFGE das cepas de E. coli O157:H7 demonstrou 6 perfis de bandas, sendo que um dos perfis agrupou 14 isolados (63,64%). Duas cepas (A4P1 e A5P2), isoladas nessa pesquisa, apresentaram o mesmo perfil fenotípico e genotípico de uma cepa isolada de casos de surto na Argentina (A13) e que foi utilizada como controle positivo neste estudo. Resultado que sugere que houve transferência de tal clone de E. coli O157:H7 entre os países. Uma cepa foi encontrada no P1, P2 e P3 na mesma carcaça, indicando contaminação cruzada. Reduções significativas nas contagens de micro-organismos indicadores foram observadas entre os pontos avaliados, mas houve contaminação das carcaças por patógenos, como L. monocytogenes, S. Livingstone e E. coli O157:H7 em todos os pontos avaliados. A adoção de um sistema de monitoramento e de prevenção prático e eficiente é fundamental para evitar casos de surtos, utilizando para isso um controle maior através das Boas Práticas de Fabricação e APPCC, evitando a contaminação e manutenção de patógenos através da cadeia de produção de carne bovina.Foodborne Diseases (FBD) is a serious public health problem, and the prevention of these diseases is a major challenge worldwide. Like in other countries, in Brazil, meat and its derivatives have often been identified as carriers of micro-organisms responsible for FBDs; nevertheless, the beef cattle production represents the largest share of Brazilian agribusiness. The maintenance of internal and external trade of Brazilian beef is directly linked to the demands of quality and safety. The present study aimed to investigate the occurrence of Listeria monocytogenes, Salmonella spp., E. coli O157:H7 and indicator microorganisms in different stages of cattle slaughter in an exporter slaughterhouse in the southern state of Rio Grande do Sul, Brazil. Furthermore, the objective was to characterize the phenotype and genotype of the isolated pathogenic microorganisms. Therefore, surface samples of 108 animals or carcasses were collected at three points in the process of slaughter, which were: P1, before slaughter and on the animal skin, P2, on the carcass after skinning and P3 on the carcass after washing, before refrigeration. In all, 324 samples were collected and analyzed. The results showed that 10.19 % (11/108) of samples were positive for Listeria spp., 0.93 % (1/108) positive for S. Livingstone and 20.37 % (22/108) were positive for E. coli O157:H7. The values of mesophilic counts ranged from 1.16 to 6.40 log CFU/cm² and E. coli values ranged from non-detectable (ND) to 3.32 log CFU/cm ². P1 was the point where the largest number of pathogen isolates occurred and the highest scores for mesophilic and E. coli were obtained PCR analysis of the strains of Listeria monocytogenes identified two predominant serotypes, serotype 4b and serotype 1/2a besides the presence of virulence gene hlyA in all strains tested. The strain of S. Livingstone was positive for genes InvA, sefA, and negative for spvC. The multiplex PCR analysis of the isolates of E. coli O157:H7 revealed three genotypic profiles, with the presence of genes stx1, stx2, eae and rfbO157. From the Pathogenic strains isolated, some showed multidrug resistance against several antibiotics tested. All strains of Listeria (100 %) were resistant to nalidixic acid, 90.91 % showed resistance to cefoxitin, 90.91 % to clindamycin, 81.82 % to cephalothin and 54.55% to sulfonamide. Strains of Listeria monocytogenes 4b showed resistance to eight antibiotics. The strain of S. Livingstone showed resistance against six antimicrobials; ampicillin, clindamycin, cephalothin, cefoxitin, erythromycin and vancomycin. The strains of E. coli O157:H7 exhibited broad spectrum resistance, especially to clindamycin (100 %), nalidixic acid (28.57 %), trimethoprim + sulphonamide (23.81 %), streptomycin (19.05 %) and chloramphenicol (14.29 %). PFGE analysis of strains of E. coli O157:H7 showed six profiles, and one of the profiles grouped 14 isolates (63.64 %) . One strain was found in P1, P2 and P3 on the same carcass, indicating cross-contamination. Significant reductions in the counts of indicator micro-organisms were observed between the first point (skin) and the other points under evaluation, but the results indicated that there was contamination by pathogens such as L. monocytogenes, S. Livingston and E. coli O157:H7 in all the evaluated points. Greater control must exist through Good Manufacturing practices and HACCP to prevent contamination and maintenance through the beef production chain of pathogens of importance to public health

Avaliação físico-química e perfil lipídico de Sardinha (Sardinella brasiliensis) e Atum ( Thunnus tynnus) em óleo e molho com tomate

O pescado é conhecido como ótima fonte alternativa de proteína animal e de ácidos graxos essenciais, os quais proporcionam vários efeitos benéficos sobre importantes fatores fisiológicos, representando um valioso complemento nas dietas. O atum enlatado vem tornando-se um dos peixes mais conhecidos em todo o mundo, uma importante fonte de ômega-3, junto com a sardinha enlatada que também se destaca por apresentar elevados níveis de ácidos graxos poli-insaturados (AGPI) ômega-3, principalmente o EPA e DHA. Nos últimos anos o interesse está aumentando em relação à composição química dos alimentos, devido à exigência do consumidor em produtos saudáveis e com destaque para o valor nutricional. Este estudo teve como objetivo verificar a composição proximal e perfil lipídico dos ácidos graxos de algumas marcas de conserva de sardinha e atum no óleo e molho com tomate, oferecidas para consumo. O experimento foi conduzido utilizando amostras enlatadas, de marcas aleatórias, sendo o líquido de cobertura óleo e molho com tomate para atum e sardinha. Nos dados referentes à composição química da sardinha, foram observados teores de proteínas entre 15,97% a 20,18% e 13,48% a 18,32%, lipídio total entre 13,11% a 13,97% e 5,07% a 5,10%, para umidade de 61,10% a 65,02% e 69,75% a 73,75%, para sardinha no óleo e molho com tomate, respectivamente. E nas amostras de atum os valores de proteína variaram em torno de 13,37% a 16,78%% e 16,21% a 18,61%, lipídio total entre 7,24%% a 8,73%% e 5,19%% a 6,92%, para umidade os valores observados foram de 67,34%% a 77,11% e 72,37% a 75,82%, para atum no óleo e molho com tomate. Destaca-se a grande variedade de ácidos graxos encontrados, principalmente os da família ômega-3 (EPA e DHA), que possuíram concentrações oscilando entre 12,42% e 14% para amostras de sardinha. Valores dos AGPI tiveram uma diferença significativa entre sardinha e atum, variação em média de 40,58% a 54,74%, respectivamente. Os resultados mostraram diferenças significativas tanto na composição centesimal quanto na composição de ácidos graxos das amostras analisadas de sardinha e atum no óleo e molho com tomate.Fish is known as excellent alternative source of animal protein and of essential fatty acids that provide many beneficial effects on important physiological factors, representing a valuable complement in diets. Canned tuna, an important source of Omega-3, is becoming one of the most known fish in the whole world, together with canned sardines, that also distinguishes itself for having high levels of Omega-3 polyunsaturated fatty acids (AGPI), mainly EPA and DHA. In recent years the interest in relation to the chemical composition of foods is increasing due to requirements of consumers for healthier products, with prominence for their nutritional value. The objective of this study was to verify the proximal composition and lipidic profile of fatty acids of some marks of canned sardines and tuna, both in oil and in gravy with tomato, offered for consumption. The experiment was carried out using canned samples of tuna and sardine of random marks, in which the covering liquid was or oil or gravy with tomato. Data showed that, in relation to the chemical composition of the sardines, protein levels were observed in between 15.97% and 20.18% and in between 13.48% and 18.32%; total lipidic content in between 13.11% and 13.97% and in between 5.07% and 5.10%; humidity in between 61.10% and 65.02% and in between 69.75% and 73.75%, for sardines in oil and in gravy with tomato, respectively. In the tuna samples, the values of protein varied in between 13.37% and 16.78% and in between 16.21% and 18.61%; total lipidic content in between 7,24%% and 8.73%% and in between 5.19% and 6.92%; humidity in between 67.34% and 77.11% and in between 72.37% and 75.82%, for tuna in oil and in gravy with tomato. The great variety of fatty acids determined stands out, mainly of the Omega-3 family (EPA and DHA), that possess concentrations oscillating in between 12.42% and 14% for the sardine samples. Values of AGPI were significantly different in between sardine and tuna, from 40.58% to 54.74%, on average, respectively. The results show significant differences both in the centesimal composition and in the fatty acids composition of the samples of sardine and tuna, in oil and in gravy with tomato that were analyzed

Quantification of indicator microorganisms and characterization of Listeria spp., Salmonella spp. and Escherichia coli O157:H7 in steps of cattle slaughter in Rio Grande do Sul state

Doenças Transmitidas por Alimentos (DTA) constituem um grave problema de saúde pública, sendo que a prevenção dessas doenças é um grande desafio em todo o mundo. Assim como em outros países, no Brasil, as carnes e seus derivados têm sido frequentemente identificados como veículos de micro-organismos responsáveis por DTA, porém, ao mesmo tempo, a bovinocultura de corte representa a maior fatia do agronegócio brasileiro. A manutenção do comércio interno e externo da carne bovina brasileira está diretamente ligada às exigências de qualidade e inocuidade. O presente estudo teve como objetivo investigar a ocorrência de Listeria monocytogenes, Salmonella spp., Escherichia coli O157:H7 e micro-organismos indicadores em diferente etapas do abate de bovinos, em um matadouro frigorífico exportador do Rio Grande do Sul, Brasil. Além disso, objetivou-se caracterizar fenotípica e genotipicamente os micro-organismos patogênicos isolados. Para tanto, amostras de superfície de 108 animais ou carcaças foram coletadas em três pontos do processo do abate, os quais foram: Ponto 1, antes do abate, sobre o couro do animal, Ponto 2, sobre a carcaça, após a esfola e Ponto 3, sobre a carcaça após a lavagem, antes da refrigeração. Ao todo foram coletadas e analisadas 324 amostras. Os resultados demonstraram que 10,19% (11/108) das amostras foram positivas para Listeria spp., 0,93% (1/108) positiva para Salmonella Livingstone e 20,37 % (22/108) positivas para E. coli O157:H7 Os valores das contagens de mesófilos totais variaram de 1,16 a 6,40 log UFC/cm² e para E. coli os valores ficaram entre não detectável (ND) a 3,32 log UFC/cm². O P1 foi o ponto onde ocorreu o maior número de isolamentos dos patógenos e se obteve as maiores contagens para mesófilos totais e E. coli. A análise por PCR das cepas de L. monocytogenes identificou dois sorotipos predominantes, o sorotipo 1/2a e o sorotipo 4b além da presença do gene de virulência hlyA em todas as cepas avaliadas. A cepa de S. Livingstone foi positiva para os genes InvA, SefA, e negativo para SpvC. A análise por PCR multiplex dos isolados de E. coli O157:H7 revelou 3 perfis genotípicos, conforme a presença dos genes stx1, stx2, eae e rfbO157. Das cepas patogênicas isoladas, algumas apresentaram multirresistência frente a vários antimicrobianos testados. Todas as cepas de Listeria (100%) foram resistentes para ácido nalidíxico, 90,91% mostrou resistência para cefoxitina, 90,91% clindamicina, 81,82% cefalotina e 54,55% para sulfonamida. As cepas de L. monocytogenes 4b apresentaram resistência a oito antimicrobianos. A cepa de S. Livingstone apresentou resistência frente a seis antimicrobianos, ampicilina, clindamicina, cefalotina, cefoxitina, eritromicina e vancomicina As cepas de E. coli O157:H7 apresentaram grande espectro de resistência, principalmente a Clindamicina (100%), ácido nalidíxico (28,57%), trimetoprim + sulfonamida (23,81%), estreptomicina (19,05%) e cloranfenicol (14,29%). A análise por PFGE das cepas de E. coli O157:H7 demonstrou 6 perfis de bandas, sendo que um dos perfis agrupou 14 isolados (63,64%). Duas cepas (A4P1 e A5P2), isoladas nessa pesquisa, apresentaram o mesmo perfil fenotípico e genotípico de uma cepa isolada de casos de surto na Argentina (A13) e que foi utilizada como controle positivo neste estudo. Resultado que sugere que houve transferência de tal clone de E. coli O157:H7 entre os países. Uma cepa foi encontrada no P1, P2 e P3 na mesma carcaça, indicando contaminação cruzada. Reduções significativas nas contagens de micro-organismos indicadores foram observadas entre os pontos avaliados, mas houve contaminação das carcaças por patógenos, como L. monocytogenes, S. Livingstone e E. coli O157:H7 em todos os pontos avaliados. A adoção de um sistema de monitoramento e de prevenção prático e eficiente é fundamental para evitar casos de surtos, utilizando para isso um controle maior através das Boas Práticas de Fabricação e APPCC, evitando a contaminação e manutenção de patógenos através da cadeia de produção de carne bovina.Foodborne Diseases (FBD) is a serious public health problem, and the prevention of these diseases is a major challenge worldwide. Like in other countries, in Brazil, meat and its derivatives have often been identified as carriers of micro-organisms responsible for FBDs; nevertheless, the beef cattle production represents the largest share of Brazilian agribusiness. The maintenance of internal and external trade of Brazilian beef is directly linked to the demands of quality and safety. The present study aimed to investigate the occurrence of Listeria monocytogenes, Salmonella spp., E. coli O157:H7 and indicator microorganisms in different stages of cattle slaughter in an exporter slaughterhouse in the southern state of Rio Grande do Sul, Brazil. Furthermore, the objective was to characterize the phenotype and genotype of the isolated pathogenic microorganisms. Therefore, surface samples of 108 animals or carcasses were collected at three points in the process of slaughter, which were: P1, before slaughter and on the animal skin, P2, on the carcass after skinning and P3 on the carcass after washing, before refrigeration. In all, 324 samples were collected and analyzed. The results showed that 10.19 % (11/108) of samples were positive for Listeria spp., 0.93 % (1/108) positive for S. Livingstone and 20.37 % (22/108) were positive for E. coli O157:H7. The values of mesophilic counts ranged from 1.16 to 6.40 log CFU/cm² and E. coli values ranged from non-detectable (ND) to 3.32 log CFU/cm ². P1 was the point where the largest number of pathogen isolates occurred and the highest scores for mesophilic and E. coli were obtained PCR analysis of the strains of Listeria monocytogenes identified two predominant serotypes, serotype 4b and serotype 1/2a besides the presence of virulence gene hlyA in all strains tested. The strain of S. Livingstone was positive for genes InvA, sefA, and negative for spvC. The multiplex PCR analysis of the isolates of E. coli O157:H7 revealed three genotypic profiles, with the presence of genes stx1, stx2, eae and rfbO157. From the Pathogenic strains isolated, some showed multidrug resistance against several antibiotics tested. All strains of Listeria (100 %) were resistant to nalidixic acid, 90.91 % showed resistance to cefoxitin, 90.91 % to clindamycin, 81.82 % to cephalothin and 54.55% to sulfonamide. Strains of Listeria monocytogenes 4b showed resistance to eight antibiotics. The strain of S. Livingstone showed resistance against six antimicrobials; ampicillin, clindamycin, cephalothin, cefoxitin, erythromycin and vancomycin. The strains of E. coli O157:H7 exhibited broad spectrum resistance, especially to clindamycin (100 %), nalidixic acid (28.57 %), trimethoprim + sulphonamide (23.81 %), streptomycin (19.05 %) and chloramphenicol (14.29 %). PFGE analysis of strains of E. coli O157:H7 showed six profiles, and one of the profiles grouped 14 isolates (63.64 %) . One strain was found in P1, P2 and P3 on the same carcass, indicating cross-contamination. Significant reductions in the counts of indicator micro-organisms were observed between the first point (skin) and the other points under evaluation, but the results indicated that there was contamination by pathogens such as L. monocytogenes, S. Livingston and E. coli O157:H7 in all the evaluated points. Greater control must exist through Good Manufacturing practices and HACCP to prevent contamination and maintenance through the beef production chain of pathogens of importance to public health