Perfil genotípico de resistência do vírus Influenza A (H1N1) pandêmico aos inibidores da neuraminidase em pacientes procedentes da mesorregião de Belém no período de maio de 2009 a maio de 2012

Influenza virus is responsible for the flu, a disease that causes millions of hospitalizations and deaths every year. In severe infections, especially in people at risk with comorbidities for complications, antiviral become the main means for clinical management, mainly the neuraminidase inhibitors (INAs). By fact, in the 2009 pandemic episode the World Health Organization (WHO) recommends the use of Oseltamivir for the treatment of patients. However, due to viral genetic evolution emerged strains with mutations in the gene coding for the neuraminidase (NA) responsible for amino acid substitutions that lead to drug resistance INAs. Thus, WHO began recommending surveillance genotypic resistance to influenza viruses. Our study aimed to verify the occurrence of mutations in the NA encoding gene of Influenza virus A (H1N1) pandemic strains that could be related to INAs resistance in the Belém mesoregion from May 2009 to May 2012 and analyze, through modeling of proteins, NA amino acid substitutions that may be altering the protein conformation. During the study period, were received 2619 clinical samples at the Virus Respiratory Lab in Evandro Chagas Institute in Belém – Brazil, from patients presenting signs and symptoms of acute respiratory infection with up to five days from the start of symptoms. For the detection of the viral genome viral RNA extraction was made followed by real time RT- PCR using specific markers for Influenza A H1N1pdm, resulting in 744 (28.4%) positive samples. A portion of the positive samples were then inoculated in MDCK cells and isolated samples were then submitted to a new viral RNA extraction followed by real time RT-PCR and semi-nested reaction (PCR) using primers specific for the NA gene. Subsequent analysis was done in 3130xl ABI Prism automatic sequencer (Applied Biosystems ). Molecular modeling was performed to the NA gene using SWISS-MODEL software, MODELLER 9.10, Procheck, VERIFY3D and PYMOL. The analysis of partial sequences of neuraminidase showed no circulation of the H1N1 pdm with H275Y mutation, the principal involved in resistance to oseltamivir. However in two samples were identified the D199N substitution that has been reported in several studies showing a possible association with increased resistance to oseltamivir. The samples of 2012 showed two substitutions (V241I and N369K) which are relate to a possible role in offsetting the negative effects caused by the H275Y mutation. Molecular modeling shows that the mutation D199N caused a change in protein structure near the NA-antiviral binding site. Phylogenetic analysis revealed that 2012 samples formed an isolated cluster, showing a much more temporal variation than geographic. This represents the first study of drug resistance of influenza virus in H1N1pdm metropolitan mesoregion of Belém - Brazil an important tool for health professionals to adopt more effective strategies for disease management and the development of new anti-influenza drugs.FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e PesquisasO vírus Influenza é o responsável pela gripe, uma doença que ocasiona milhões de mortes e hospitalizações todos os anos. Nas infecções severas, especialmente em pessoas com risco para complicações, os antivirais tornam-se os principais meios para o manejo clínico, merecendo especial destaque os inibidores da neuraminidase (INAs). De fato, na pandemia de 2009 a Organização Mundial da Saúde (OMS) recomendou o uso do oseltamivir para o tratamento dos doentes. Porém, devido à evolução genética viral, surgiram cepas com mutações no gene codificador da neuraminidase (NA) responsáveis por substituições aminoacídicas que levam à resistência aos fármacos INAs. Assim, a OMS passou a recomendar a vigilância de resistência genotípica para os vírus Influenza. Este trabalho teve como objetivos verificar a ocorrência de mutações no gene codificador da NA dos vírus Influenza A (H1N1) pandêmico que possam estar relacionadas à resistência aos INAs em cepas circulantes na mesorregião metropolitana de Belém no período de maio de 2009 a maio de 2012 e analisar, através da modelagem de proteínas, as substituições aminoacídicas da NA que possam estar influenciando na conformação protéica. Durante o período de estudo, foram recebidas no Laboratório de Vírus Respiratórios 2619 amostras clínicas de pacientes que apresentavam sinais e sintomas de infecção respiratória aguda com até cinco dias de evolução. Para a detecção do genoma viral foi feita a extração do RNA viral, seguida de RT-PCR em tempo real utilizando marcadores específicos para Influenza A H1N1pdm, resultando em 744 (28,4%) positivas. Parte das amostras positivas foram então inoculadas em células MDCK. Para as amostras isoladas em cultura de células, foi feita uma nova extração do RNA viral seguida de uma RT-PCR e semi-nested (PCR) utilizando iniciadores específicos para o gene NA, e posterior análise em sequenciador automático ABI Prism 3130xl (Applied Biosystems). A modelagem molecular da NA foi realizada através dos softwares SWISS-MODEL, MODELLER 9.10, PROCHECK, VERIFY3D e PYMOL. A análise parcial das sequências da neuraminidase nas amostras sequenciadas mostrou que não houve a circulação de cepas de vírus H1N1pdm com a mutação H275Y, a principal envolvida na resistência ao oseltamivir. Porém, em duas amostras foi identificada a substituição D199N que já foi relatada em vários estudos mostrando uma possível associação com o aumento da resistência ao oseltamivir. As amostras de 2012 apresentaram duas substituições (V241I e N369K) que estão relacionadas com um possível papel na compensação dos efeitos negativos causados pela mutação H275Y. A modelagem molecular mostrou que na mutação D199N houve uma alteração na estrutura da proteína NA próxima ao sítio de ligação ao antiviral. A análise filogenética revelou que as amostras de 2012 formaram um cluster isolado, demonstrando uma variação muito mais temporal do que geográfica. Este representa o primeiro estudo de resistência dos vírus Influenza H1N1pdm na mesorregião metropolitana de Belém, representando um importante instrumento para que os profissionais de saúde adotem estratégias mais eficazes no manejo da doença e no desenvolvimento de novos fármacos anti-influenza

Primera detección de coronavirus humano asociado a infección respiratoria aguda en la Región Norte de Brasil

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Os coronavírus humanos (CoVh) são responsáveis por ocasionar doenças respiratórias e entéricas, sendo associados às infecções agudas e graves do trato respiratório. O objetivo deste trabalho foi identificar a ocorrência dos CoVh em pacientes com infecção respiratória aguda (IRA) na Cidade de Belém, Estado do Pará, Brasil, atendidas pelo programa de vigilância do vírus da influenza do Instituto Evandro Chagas. No período compreendido entre agosto de 2009 a março de 2011, amostras de aspirado da nasofaringe ou swab combinado (nasal e oral) obtidas de 308 pacientes com diagnóstico clínico de IRA, foram laboratorialmente investigadas na busca de evidências de infecção pelo CoVh. A metodologia adotada envolveu quatro etapas principais: a) extração do RNA viral (RNAv) do espécime clínico; b) execução da técnica de reação em cadeia mediada pela polimerase precedida de transcrição reversa (RT-PCR); c) eletroforese em gel de agarose dos produtos gerados; e d) sequenciamento genético de nucleotídeos. O processamento laboratorial de todos os espécimes revelou positividade para CoVh em uma amostra clínica dos pacientes investigados. A análise filogenética da amostra positiva permitiu classificá-la como pertencente ao subtipo OC43 de CoVh. O presente achado representa a primeira comprovação laboratorial da circulação deste agente viral na Região Amazônica. Estudos adicionais são necessários para um maior conhecimento da etiologia e epidemiologia deste agente viral em casos de IRA que ocorrem na Região Norte do Brasil.Human coronaviruses (HCoVs) are responsible for causing respiratory and enteric diseases associated with severe acute respiratory tract infections. The aim of this study was to identify the occurrence of HCoVs in patients with acute respiratory infection (ARI) in Belém, Pará State, Brazil, assisted by the surveillance program of influenza viruses of Instituto Evandro Chagas. From August 2009 to March 2011, samples of nasopharyngeal aspirate or nasal and oral swabs obtained from 308 patients with clinical diagnosis of ARI were investigated in the laboratory in order to identify the HCoVs infection. The methodology involved four main steps: a) viral RNA (RNAV) extracted from the clinical specimen; b) application of reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR); agarose electrophoresis gel of the generated products; and d) DNA sequencing. The laboratory processing of all specimens were positive for HCoVs in a clinical sample of patients investigated. The positive sample was classified as belonging to the subtype OC43 of HCoVs by using the phylogenetic analysis. This finding represents the first laboratory confirmation of this viral agent circulation in the Amazon Region. Additional studies are needed for a better understanding of the etiology and epidemiology of this viral agent in cases of ARI occurring in Northern Brazil

PREDOMINÂNCIA DA LINHAGEM VICTORIA DO VÍRUS INFLUENZA B DURANTE A TEMPORADA DE INFLUENZA 2023 NAS REGIÕES NORTE E NORDESTE DO BRASIL

Introdução/objetivos: Dentre as doenças infecciosas de grande importância para a saúde pública, a gripe ou influenza desempenha um papel significativo nos índices de morbidade e mortalidade em todo o mundo. Tradicionalmente, os vírus influenza A são os mais descritos devido ao seu potencial de causar pandemias, no entanto os vírus influenza B apresentam grande impacto sendo associados a epidemias sazonais e ocasionando doenças graves, principalmente em crianças. Diante disto, este estudo objetivou investigar as propriedades moleculares dos vírus influenza B que circularam durante a epidemia sazonal em estados das Regiões Norte e Nordeste do Brasil no ano de 2023. Metodologia: Foram analisadas 387 amostras com resultado de RT-qPCR positivo para influenza B recebidas no Laboratório de Vírus Respiratório (LVR) do Instituto Evandro Chagas de janeiro a maio de 2023. Destas, 184 foram selecionadas para o sequenciamento genômico, adotando-se os seguintes critérios, amostras com Ct≤ 29, distribuídas por semanas epidemiológicas e unidades federativas, visando garantir que houvesse representatividade temporal e espacial. As bibliotecas foram preparadas utilizando Nextera XT DNA Library Preparation Kit (Ilumina) e submetidas ao sequenciamento de nova geração por amplicon, na plataforma MiSeq Illumina. As sequências obtidas foram montadas e alinhadas com cepas vacinais e outras obtidas de diferentes regiões do Brasil e do Mundo disponibilizadas no GISAID. Resultados: Durante o período analisado foram gerados 174 genomas completos de influenza B. A análise genética demonstrou que todas as amostras pertenciam a linhagem Victoria, clado V1A.3ª.2, que apresentam como marcadores genéticos a deleção de três aminoácidos (resíduos HÁ1 162-164), classificando-as no grupo V.1ª.3. Desta forma, as cepas circulantes apresentam-se geneticamente relacionada a cepa vacinal B/Austria/1359417/2021 (V.1ª.3ª.2) preconizada para o ano de 2023 no hemisfério sul. Conclusão: A vigilância genômica dos vírus influenza nos permite entender melhor os a dinâmica evolutiva destes agentes, gerando dados que nos permitem inferir sobre a compatibilidade das cepas circulantes com as que compõe a vacina. Desta forma, favorecendo a instituição de intervenções efetivas visando melhorar a aceitação da vacina contra influenza, garantindo assim um maior impacto da vacinação, especialmente no que tange a redução do ônus trazido por esta doença para a população humana

Surto de norovírus em um navio cruzeiro ao longo da costa brasileira, março de 2011

Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Programa de Pós-Graduação em Virologia. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade do Estado do Pará. Centro de Ciências Biológicas e da Saúde. Programa de Pós-Graduação em Biologia Parasitária na Amazônia. Belém, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Vigilância em Saúde do Estado do Pará. Belém, PA, Brasil.Centro de Informações Estratégicas em Vigilância em Saúde. Belém, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Outbreaks of gastrointestinal disease may occur on board of cruise ships due to the consumption of contaminated water or food, with a fast person-to-person transmission. Epidemiologic investigations carried out by Centers for Disease Control and Prevention in USA, have confirmed that more than 95% of gastroenteritis outbreaks in cruise ships are caused by norovirus (NoV). In March 2011 an outbreak of acute gastroenteritis (AGE) occurred on a cruise ship with 1,224 passengers and 554 crew members that sailed from Rio de Janeiro, Rio de Janeiro State (Southeast, Brazil) to Manaus, Amazonas State (North) and stopovers in Recife, Pernambuco State, and Fortaleza, Ceará State (Northeast) and Belém, Pará State (North). Epidemiological data were obtained and seven rectal swab samples were collected and tested for NoV detection and characterization by molecular techniques. A total of 53 persons (42 passengers and 11 crew members) developed AGE, 75.5% of whom were older than 60 years old. The symptoms duration was less than 48 h, most of the patients presenting vomiting (79.2%) and diarrhea (73.6%). Most of the cases varied from mild to moderate and only one patient needed parenteral rehydration. Cases of AGE were recorded in eight of 12 vessel floors, especially in the recreational areas. The seven rectal samples collected were all NoV-positive by RT-PCR and all NoV strains were genogrouped as GII by semi-nested PCR. The quantitative real-time PCR produced a 57.1% NoV positivity rate. The partial nucleotide sequencing classified five (71.4%) of these samples as GII.P4. Our findings highlight the need for continuous viral enteropathogens surveillance including cruise ships considering the increase of this kind of touristic option in Brazil.Os surtos da doença gastrointestinal podem ocorrer em navios cruzeiros devido ao consumo de água e comida contaminadas, com rápida transmissão de uma pessoa a outra. Investigações epidemiológicas realizadas pelos Centros de Controle e Prevenção de Doenças, nos EUA, confirmaram que mais de 95% dos surtos de gastroenterite em navios são causados por norovírus (NoV). Em março de 2011, um surto de gastroenterite aguda (GEA) ocorreu em um cruzeiro com 1.224 passageiros e 554 tripulantes que partiu do Rio de Janeiro, Estado do Rio de Janeiro (Sudeste do Brasil) para Manaus, Estado do Amazonas (Norte) com paradas em Recife, Estado do Pernambuco, e Fortaleza, Estado do Ceará (Nordeste) e Belém, Estado do Pará (Norte). Dados epidemiológicos foram obtidos e sete amostras por swab retal foram coletadas e testadas para a detecção e caracterização do NoV por meio de técnicas moleculares. Um total de 53 pessoas (42 passageiros e 11 tripulantes) desenvolveram AGE, dos quais 75,5% eram maiores de 60 anos de idade. Os sintomas duraram menos de 48 h, a maioria dos pacientes apresentou vômito (79,2%) e diarreia (73,6%). A maior parte dos casos obteve variação entre leve e moderado e apenas um paciente necessitou de reidratação parental. Casos de AGE foram registrados em oito dos 12 andares do navio, principalmente nas áreas de recreação. As sete amostras de swab retal coletadas revelaram resultado positivo para NoV por meio de RT-PCR e todas as cepas foram genogrupadas como GII pelo semi-nested PCR. O PCR quantitativo em tempo real produziu uma taxa de positividade de 57,1% para NoV. O sequenciamento parcial de nucleotídeos classificou cinco (71,4%) das sete amostras como GII.P4. Os resultados destacam a necessidade de vigilância contínua dos enteropatógenos virais, incluindo navios cruzeiros, considerando o aumento deste tipo de opção turística no Brasil

PERFIL ETIOLÓGICO DAS INFECÇÕES RESPIRATÓRIAS AGUDAS (IRA) OCORRIDAS NO ESTADO DO ACRE

Introdução: As infecções respiratórias agudas (IRAs) são um grupo diversificado de doenças infecciosas, que acometem o trato respiratório de crianças e adultos pelo mundo, sendo os agentes etiológicos mais comuns os vírus. Apresentam sintomas muitos semelhantes, dificultando o diagnóstico clínico correto, o que evidencia a grande importância do diagnóstico laboratorial. Objetivo: Descrever o perfil etiológico dos casos de IRA ocorridos no estado do Acre, no período de janeiro de 2022 a maio de 2023 Materiais e métodos: Foram analisados 1207 espécimes clínicos (swab combinado ou aspirado de nasofaringe), coletados de pacientes com IRA de ambos os gêneros e diferentes faixas etárias. As amostras foram submetidas a extração de ácido viral nucléico viral utilizando kit comercial. O RNA viral foi analisado por reação em cadeia da polimerase em tempo real precedida de transcrição reversa (RT-qPCR) utilizando iniciadores específicos para 14 vírus diferentes, são eles: Adenovírus (AdV), Bocavírus (HBoV), Metapneumovirus (HMPV), Rinovírus (HRV), Parainfluenza 1 (PIV1), Parainfluenza 2 (PIV2), Parainfluenza 3 (PIV3), Coronavírus HKU1, Coronavírus 229E, Coronavírus OC43, Vírus Sincicial Respiratório (RSV), incluindo o vírus Influenza A e B (FluA/FluB), SARS-CoV-2 (SC2). Resultado: No total de amostras analisadas, 513 mostraram-se positivas (pos) para um ou mais dos agentes investigados. Sendo 198 (16,40%) pos para HRV, FluA 59 (4,89%) pos, HMPV 50 (4,14%) pos, AdV 50 (4,14%) pos, HBoV 45 (3,73%) pos, PIV3 32 (2,65%) pos, HKU1 21 (1,74%) pos, NL63 13 (1,08%) pos, RSV 9 (0,74%) pos, SC2 8 (0,66%) pos, PIV2 8 (0,66%) pos, PIV1 7 (0,58%) pos, OC43 7 (0,58%) pos, 229E 6 (0,50%) pos. A faixa etária de 0 a 5 anos foi a mais acometida pela IRA com o agente viral em destaque o HRV. Quanto ao perfil de circulação a maior incidência dos vírus respiratórios teve presença do HRV sendo notada em desde jan/2022 a out/2022 tendo um pico em jun/2022 acompanhado do HMPV. Conclusão: Nossos resultados evidenciaram a participação dos agentes virais na indução de IRA especialmente HRV, acometendo principalmente pacientes pediátricos. Corroborando assim, o papel do diagnóstico laboratorial na elucidação dos casos de IRA. O diagnóstico das infecções virais auxilia no manejo clínico dos casos de IRA, evitando desta forma, o uso desnecessário de antibioticoterapia ao tratamento dessas infecções

Human respiratory syncytial virus circulation in five States of the Brazilian Amazon Region: first description of the ON1 genotype in Pará

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico e do Instituto Evandro ChagasMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil / Universidade Federal do Pará, Belém, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, BrasilOBJETIVO: Realizar a detecção e caracterização das cepas de vírus respiratório sincicial humano (VRSH), nos casos de infecção respiratória aguda (IRA), circulantes nos estados brasileiros do Acre, Amapá, Amazonas, Pará e Roraima, no ano de 2015. MATERIAIS E MÉTODOS: Foram coletadas 1.082 amostras de aspirado de nasofaringe e swab combinado narina e garganta de pacientes de diferentes gêneros e faixas etárias com IRA e submetidas à qRT-PCR para VRSH. As amostras positivas foram inoculadas em cultura celular HEP-2 e as que apresentaram efeito citopático foram submetidas a três etapas: extração do RNA viral, amplificação do gene G pela RT-PCR e sequenciamento genético. RESULTADOS: Das 1.082 amostras, 57 (5,3%) foram positivas para VRSH, sendo 38 (66,7%) de pacientes de 0 a 4 anos de idade. A circulação predominou entre março e julho, período de transição climática na Região. Apenas no Acre, Amazonas e Pará foram detectadas amostras positivas, 15 (26,3%), 23 (40,4%) e 19 (33,3%), respectivamente. O efeito citopático foi avaliado em 45 (78,9%) amostras, nas quais foram identificados os subgrupos: 40 (88,9%) do VRSH-B com genótipo BA e cinco (11,1%) do VRSH-A do genótipo ON1. CONCLUSÃO: Este estudo revelou uma taxa de infecção viral relevante em crianças de 0 a 4 anos de idade. A circulação viral ocorreu no Acre, Amazonas e Pará durante o período de mudança climática. Foi notória a ocorrência dos genótipos BA e ON1, sendo a primeira vez que se comprova a circulação do ON1 no Pará

DIVERSIDADE GENÉTICA DAS CEPAS DE VÍRUS INFLUENZA A CIRCULANTES NA REGIÃO AMAZÔNICA NOS ANOS DE 2021 A 2023: UMA ANÁLISE DA COMPATIBILIDADE VACINAL

Introdução/Objetivo: Anualmente a Organização Mundial da Saúde (OMS), verifica a necessidade de atualização da composição da vacina antigripal, devido à alta variabilidade dos vírus influenza, baseando-se nos dados capitados pela Rede Global de Vigilância de Influenza. Nesse contexto, objetivamos por meio da caracterização genética, investigar compatibilidade das cepas de vírus influenza A circulantes na região Amazônica no período de janeiro de 2021 a maio de 2023 com as cepas vacinais preconizadas neste período. Metodologia: Foram selecionadas 354 amostras positivas, de modo que houvesse representatividade geográfica e temporal, para realização do sequenciamento de genoma completo por amplicons utilizando a plataforma MiSeq illumina. As sequências de nucleotídeos obtidas foram comparadas com as sequencias das cepas vacinais preconizadas para os Hemisférios Norte e Sul dos anos de 2021-2023. Resultados: Dentre os 354 genomas de influenza A analisados, 194 (55%) foram do subtipo A/H1N1pdm09 e 160 (45%) A/H3N2. Quanto as cepas de A/H3N2, 76 (47,5%) foram coletados em 2021, 82 (51,25%) em 2022 e duas (1,25%) em 2023. A análise filogenética mostrou que os genomas de A/H3N2 pertenciam a cinco clados distintos, são eles: 2a.1b (n = 1); 2a.2a (n = 5); 2a.3 (n = 18); 2a.2b (n = 20); e 2a.2 (n = 116). Todos geneticamente divergentes da cepa vacinal A/HongKong/2671/2019 preconizada para a temporada de 2021, mas geneticamente compatível com a cepa vacinal A/Darwin/6/2021-like, estabelecida para as temporadas de 2022 e 2023 do hemisfério sul. Em relação as cepas de A(H1N1)pdm09, 182 (94%) foram coletadas no ano de 2023 e 12 (6%) em 2022. No período analisado, observou-se a co-circulação do clado 6B.1A.5a.2a (n = 112) e clado 6B.1A.5a.2a.1 (n = 82). A maioria das cepas circulantes (72,7%) em 2022 eram geneticamente relacionadas com a cepa vacinal A/Victoria/2570/2019 preconizada para a temporada de 2022 do hemisfério Sul. Até maio de 2023, 60% dos vírus circulantes são geneticamente relacionados com a cepa vacinal A/Sydney/5/2021 disponível para o hemisfério sul, porém 40% são geneticamente relacionados com a cepa vacinal A/Wisconsin/588/2019, estabelecida para a temporada 2022/2023 do hemisfério Norte. Conclusão: Como consequência da alta variabilidade genética dos vírus influenza, os eventos de incompatibilidade entre a vacina e os vírus circulantes são observados e podem contribuir para uma carga adicional relacionada à doença devido à limitada proteção cruzada

DETECÇÃO E CARACTERIZAÇÃO GENÉTICA DE VÍRUS SINCICIAL RESPIRATÓRIO HUMANO EM CASOS DE INFECÇÃO RESPIRATÓRIA AGUDA NO ESTADO DO AMAPÁ, BRASIL, DURANTE O ANO DE 2023

Introdução/Objetivos: As infecções respiratórias agudas (IRA) constituem um importante problema em saúde pública, especialmente aquelas desencadeadas pelo Vírus Sincicial Respiratório (VSR), um dos principais agentes virais associados à doença grave na população pediátrica em todo o mundo. O VSR pertence à família Pneumoviridae, gênero Orthopneumovirus e baseado em suas características antigênicas é classificado em dois subgrupos, VSRA e VSRB. Deste modo, este estudo objetivou identificar o subgrupo mais frequente e caracterizar geneticamente cepas de VSR em amostras oriundas de um surto de IRA, em pacientes de zero a dois anos de idade, ocorrido no Estado do Amapá, no período de março a maio de 2023. Métodos: Para tal, o Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Amapá enviou 188 amostras de secreção respiratória para a pesquisa de etiologia viral ao Laboratório de Vírus Respiratórios do Instituto Evandro Chagas (LVR-IEC), Laboratório de Referência junto a Rede Nacional de Vigilância de Influenza e outros vírus respiratórios do Ministério da Saúde. A análise das amostras envolveu a extração do ácido nucleico viral utilizando kit comercial, detecção e definição do subgrupo de VSR por Reação em Cadeia mediada pela Polimerase em tempo real precedida de Transcrição Reversa (RT-qPCR) e sequenciamento do genoma completo pela abordagem de metagenômica shotgun, na plataforma NextSeq 500 Illumina. Resultados: Das 188 amostras analisadas, 96 (51,06%) foram positivas para VSR, destas 61 (63,54%) pertencem ao subgrupo A e 16 (16,66%) ao B, em 19 amostras não foi possível identificar o subgrupo. O sequenciamento genômico foi realizado em duas cepas do subgrupo A e quatro do B. A análise genômica demonstrou que as cepas de VSRA agruparam no clado GA2.3.5 e as do subgrupo VSRB no clado GB5.0.5a. Conclusão: Nossos dados corroboram o importante papel do VSR na indução de IRA em pacientes pediátricos, com o VSRA sendo predominante na população investigada. A análise genética não evidenciou mudanças que possam conferir maior virulência, patogenicidade e/ou transmissibilidade das cepas detectadas no Amapá. Acredita-se que as medidas de proteção adotadas durante a pandemia de COVID-19 afetaram a circulação de outros vírus respiratórios, como o VSR, criando, desta forma, grupos suscetíveis à infecção. Nossos dados reforçam a importância do monitoramento constante do VSR, para auxiliar no melhor manejo clínico e controle de infecções por esse patógeno em crianças

Prevalence and clinical features of respiratory syncytial virus in children hospitalized for community-acquired pneumonia in northern Brazil

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Childhood pneumonia and bronchiolitis is a leading cause of illness and death in young children worldwide with Respiratory Syncytial Virus (RSV) as the main viral cause. RSV has been associated with annual respiratory disease outbreaks and bacterial co-infection has also been reported. This study is the first RSV epidemiological study in young children hospitalized with community-acquired pneumonia (CAP) in Belém city, Pará (Northern Brazil).</p> <p>Methods</p> <p>With the objective of determining the prevalence of RSV infection and evaluating the patients’ clinical and epidemiological features, we conducted a prospective study across eight hospitals from November 2006 to October 2007. In this study, 1,050 nasopharyngeal aspirate samples were obtained from hospitalized children up to the age of three years with CAP, and tested for RSV antigen by direct immunofluorescence assay and by Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) for RSV Group identification.</p> <p>Results</p> <p>RSV infection was detected in 243 (23.1%) children. The mean age of the RSV-positive group was lower than the RSV-negative group (12.1 months vs 15.5 months, <it>p</it><0.001) whereas gender distribution was similar. The RSV-positive group showed lower means of C-reactive protein (CRP) in comparison to the RSV-negative group (15.3 vs 24.0 mg/dL, <it>p</it><0.05). Radiological findings showed that 54.2% of RSV-positive group and 50.3% of RSV-negative group had interstitial infiltrate. Bacterial infection was identified predominantly in the RSV-positive group (10% vs 4.5%, p<0.05). Rhinorrhea and nasal obstruction were predominantly observed in the RSV-positive group. A co-circulation of RSV Groups A and B was identified, with a predominance of Group B (209/227). Multivariate analysis revealed that age under 1 year (<it>p</it><0.015), CRP levels under 48 mg/dL (<it>p</it><0.001) and bacterial co-infection (<it>p</it><0.032) were independently associated with the presence of RSV and, in the analyze of symptoms, nasal obstruction were independently associated with RSV-positive group (<it>p</it><0.001).</p> <p>Conclusion</p> <p>The present study highlights the relevance of RSV infection in hospitalized cases of CAP in our region; our findings warrant the conduct of further investigations which can help design strategies for controlling the disease.</p