2 research outputs found
Fecal Microbiota Nutrient Utilization Potential Suggests Mucins as Drivers for Initial Gut Colonization of Mother-Child-Shared Bacteria
publishedVersio
Undersøkelse av mor-barn assosiasjon av tarmbakterier ved bruk av redusert metagenomisk sekvensering (RMS)
En stor utfordring med undersøkelse av mor-barn assosierte tarmbakterier er at det kreves analysemetoder
av høy oppløselighet som er i stand til å spore bakterier på arts- og stammenivå, og som samtidig er billige
og effektive. Ved 16S rRNA gensekvensering studeres konserverte områder av bakteriene som er tilstede i
prøven, noe som vanskeliggjør sporing av bakterier på arts- og stammenivå. Helgenom-shotgun
sekvensering, derimot, benytter en mye større andel av genomet og er derfor altfor kompleks og dyr. En
nyutviklet høyoppløselig analysemetode, Redusert Metagenomisk Sekvensering (RMS), som har kapasitet
til sporing av bakterier på arts- og stammenivå, ble derfor benyttet i denne studien. Hovedmålet med denne
studien var dermed å undersøke mor-barn assosiasjon av tarmbakterier, samt tarmbakterier assosiert med
alder, ved bruk av RMS for sporing av bakteriearter.
Materialet som har blitt undersøkt er genomisk DNA fra avføringsprøver fra 100 mor-barn par knyttet til
PreventADALL-studien. Avføringsprøvene ble samlet fra mor i 18 ukers svangerskap og deres barn i ulike
alderskategorier (nyfødt/mekonium, tre måneder, seks måneder og tolv måneder). For å evaluere kvaliteten
til RMS-metoden i detektering av kjente bakteriearter, ble det gjennomført ytterligere analyser av genomisk
DNA fra Mock-samfunn. RMS-biblioteket ble fremstilt til sekvensering på Illumina MiSeq for å sikre
tilstrekkelig kvalitet av RMS-biblioteket før ytterligere dypere sekvensering på Illumina HiSeq 3000. Totalt
ble 543 prøver analysert.
Resultatene viste at Proteobacteria og Actinobacteria dominerer tarmmikrobiota signifikant i ung alder
(p<0,05), til forskjell fra Firmicutes som signifikant dominerer i høy alder (p<0,05). Det ble observert en jevn
relativ mengde av Bacteroides blant spedbarn i ulike alderskategorier, inkludert nyfødt/mekonium, noe som
indikerer at Bacteroides stabilt koloniserer spedbarnets tarm. Bacteroides var også rikelig tilstede hos
mødre, noe som tyder på at bakterien er mor-barn assosiert. Tilstedeværelsen av artene i mekonium
indikerer at mødrene er en potensiell kilde til den tidlige koloniseringen av spedbarnets tarm. Imidlertid
trengs det ytterligere analyser på stammenivå for å bekrefte at mor-barn assosierte tarmbakterier også er
tilknyttet direkte mor-barn overføringer av tarmbakterier