Reducing bias in microbiome research: Comparing methods from sample collection to sequencing

BackgroundMicrobiota profiles are strongly influenced by many technical aspects that impact the ability of researchers to compare results. To investigate and identify potential biases introduced by technical variations, we compared several approaches throughout the entire workflow of a microbiome study, from sample collection to sequencing, using commercially available mock communities (from bacterial strains as well as from DNA) and multiple human fecal samples, including a large set of positive controls created as a random mix of several participant samples.MethodsHuman fecal material was sampled, and aliquots were used to test two commercially available stabilization solutions (OMNIgene·GUT and Zymo Research) in comparison to samples frozen immediately upon collection. In addition, the methodology for DNA extraction, input of DNA, or the number of PCR cycles were analyzed. Furthermore, to investigate the potential batch effects in DNA extraction, sequencing, and barcoding, we included 139 positive controls.ResultsSamples preserved in both the stabilization buffers limited the overgrowth of Enterobacteriaceae when compared to unpreserved samples stored at room temperature (RT). These stabilized samples stored at RT were different from immediately frozen samples, where the relative abundance of Bacteroidota was higher and Actinobacteriota and Firmicutes were lower. As reported previously, the method used for cell disruption was a major contributor to variation in microbiota composition. In addition, a high number of cycles during PCR lead to an increase in contaminants detected in the negative controls. The DNA extraction had a significant impact on the microbial composition, also observed with the use of different Illumina barcodes during library preparation and sequencing, while no batch effect was observed in replicate runs.ConclusionOur study reaffirms the importance of the mechanical cell disruption method and immediate frozen storage as critical aspects in fecal microbiota studies. A comparison of storage conditions revealed that the bias was limited in RT samples preserved in stabilization systems, and these may be a suitable compromise when logistics are challenging due to the size or location of a study. Moreover, to reduce the effect of contaminants in fecal microbiota profiling studies, we suggest the use of ~125 pg input DNA and 25 PCR cycles as optimal parameters during library preparation

Ark van NOACQ: Duurzaam, intergenerationeel en crisisbestendig wonen

Het gedachtegoed van het project ‘Naar Verantwoorde Rebellie’ vormt het fundament voor de bevindingen in dit whitepaper. Daarbij gaat het om inspiratie, tips en concepten die leiden tot rebelse initiatieven in de ouderenhuisvesting. Dat is geen overbodigheid, want er is een toenemende behoefte aan collectieve woonvormen voor ouderen die tussen zelfstandig wonen en verpleegzorg in zitten. Vooral voor ouderen met een laag en middeninkomen zijn de mogelijkheden beperkt. Het aanbod van geschikte tussenwoningen is simpelweg te summier (1). Dat vraagt dus om nieuwe initiatieven! Daarnaast hebben jongeren en starters het al geruime tijd erg lastig op de woningmarkt. De problematiek is bekend: het is haast een mission impossible om een betaalbare woning te kopen, en het meest deprimerende is dat de piek volgens de berekening van het Ministerie van Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties pas in 2024 wordt bereikt (2). Het is een urgent probleem, maar in de praktijk komt dat onvoldoende tot uiting. Deze groep heeft behoefte aan een helpende hand, en daarom wordt in dit whitepaper gekeken of de initiatieven voor ouderen ook voor jongeren en starters van waarde kunnen zijn. Sterker nog, of zij onderdeel van de oplossing kunnen worden. Helaas zijn we niet in de ban van ‘slechts’ een crisis, maar van meerdere crises. De woningcrisis wordt namelijk vergezeld door de klimaat- en coronacrisis, en op het moment van schrijven daar bovenop zelfs een koopkracht- en energiecrisis (3, 4, 5). Een hoop ingrediënten voor een boel ellende als we lukraak met onsamenhangende oplossingen aan komen zetten. Het is een complexe puzzel geworden die, onder tijdsdruk vanwege de klimaatdoelstellingen en groeiende onvrede, weloverwogen oplossingen vereist. Bij de bouw van toekomstige woningen moet er derhalve rekening gehouden worden met een plethora aan vereisten, die in dit whitepaper aan bod komen. In het vervolg wordt uiteengezet waar een geschikte tussenwoning aan dient te voldoen, evenals een denkrichting die beschrijft hoe een intergenerationele collectieve woonvorm kan worden vormgegeven. De lezer wordt meegenomen in een verhaal dat eerst de huidige marktsituatie en trends beschrijft, vervolgens de problemen en uitdagingen aankaart, om ten slotte een concrete oplossing aan te dragen. Hierbij wordt rekening gehouden met een veelvoud aan belangrijke variabelen zoals de locatie, voorzieningen, activiteiten, demografische kenmerken, en vorm- en zingeving van het wooncomplex (6). Het gaat nadrukkelijk om een denkrichting die op een inclusieve manier, en met inbegrip van hedendaagse toepassingen en best practices, een originele en vooral kwalitatief hoogwaardige oplossing biedt voor het beperkte woningaanbod. Creativiteit en woongenot staat in dit whitepaper centraal; de wensen van potentiële bewoners worden geïnventariseerd en meegenomen in de uiteindelijke oplossing. Door middel van gesprekken met experts worden echter ook de technische haalbaarheid en betaalbaarheid zo goed als mogelijk geborgd. De uiteenzetting leidt ten slotte tot een virtueel ontwerp dat als inspiratiebron fungeert voor zowel toekomstige bouwers als bewoners van soortgelijke wooncomplexen. Geïnteresseerden kunnen een virtuele tour van het intergenerationele woningcomplex volgen. Via de link op pagina 29 kunt u het concept bekijken

Changes in HPV Seroprevalence from an Unvaccinated Toward a Girls-Only Vaccinated Population in the Netherlands.

Serum samples of men and women were used from two cross-sectional population-based serosurveillance studies performed before (2006-07, n = 6,384) and after (2016-17, n = 5,645) implementation of HPV vaccination in the Netherlands. Seven high-risk HPV-specific antibodies (HPV16, 18, 31, 33, 45, 52, and 58) were tested in a virus-like particle-based multiplex immunoassay

Changes in HPV Seroprevalence from an Unvaccinated Toward a Girls-Only Vaccinated Population in the Netherlands.

Serum samples of men and women were used from two cross-sectional population-based serosurveillance studies performed before (2006-07, n = 6,384) and after (2016-17, n = 5,645) implementation of HPV vaccination in the Netherlands. Seven high-risk HPV-specific antibodies (HPV16, 18, 31, 33, 45, 52, and 58) were tested in a virus-like particle-based multiplex immunoassay

Digital Health Interventions for Musculoskeletal Pain Conditions:Systematic Review and Meta-analysis of Randomized Controlled Trials

BACKGROUND: Digital health solutions can provide populations with musculoskeletal pain with high-reach, low-cost, easily accessible, and scalable patient education and self-management interventions that meet the time and resource restrictions. OBJECTIVE: The main objective of this study was to determine the effectiveness of digital health interventions for people with musculoskeletal pain conditions (ie, low back pain, neck pain, shoulder pain, knee pain, elbow pain, ankle pain, and whiplash). METHODS: A systematic review and meta-analysis was conducted. We searched PubMed and Cochrane Central Register of Controlled Trials (from 1974 to August 2021) and selected randomized controlled trials of digital health interventions in the target population of patients with musculoskeletal pain with a minimum follow-up of 1 month. A total of 2 researchers independently screened and extracted the data. RESULTS: A total of 56 eligible studies were included covering 9359 participants, with a mean follow-up of 25 (SD 15.48) weeks. In moderate-quality evidence, digital health interventions had a small effect on pain (standardized mean difference [SMD] 0.19, 95% CI 0.06-0.32), disability (SMD 0.14, 95% CI 0.03-0.25), quality of life (SMD 0.22, 95% CI 0.07-0.36), emotional functioning (SMD 0.24, 95% CI 0.12-0.35), and self-management (SMD 0.14, 95% CI 0.05-0.24). CONCLUSIONS: Moderate-quality evidence supports the conclusion that digital health interventions are effective in reducing pain and improving functioning and self-management of musculoskeletal pain conditions. Low-quality evidence indicates that digital health interventions can improve the quality of life and global treatment. Little research has been conducted on the influence of digital health on expenses, knowledge, overall improvement, range of motion, muscle strength, and implementation fidelity. TRIAL REGISTRATION: PROSPERO CRD42022307504; https://tinyurl.com/2cd25hus