Identification of new DNA markers of endometrial cancer in patients from the Ukrainian population

Aim: To identify clinically significant molecular markers of endometrial cancer. Materials and Methods: Cancer and normal endometrial tissue samples from 20 patients of the Gynecology Clinic of Odessa State Medical University (Odessa, Ukraine) with confirmed endometrial cancer were compared for SSR and ISSR polymorphisms. Identified polymorphic fragments from anonymous genome regions situated between microsatellite repeats underwent direct DNA sequencing; analysis of their homology to sequences from human genome database has been performed. Results: No significant variability for the microsatellite loci adjacent to the E2F1, BAX, TCF7L2, C-MYC, WNT1, FES, DCC, P27, THRA, APC, CYP19 and P53 genes was detected. Search for new molecular markers of endometrial cancer within anonymous DNA sequences located between microsatellite repeats revealed 100 bp and 174 bp polymorphic fragments. These fragments were detected correspondingly in 60% and 35% of patients. 100 bp fragment appeared to be homologous to a region within the NFKB gene, 174 bp fragment – to a sequence within the DDR1 gene. Conclusions: NFKB1 and DDR1 genes may be regarded as potential markers for some types of endometrial cancer. This is a first report about possible association of these genes with endometrial cancer.Цель: идентификация клинически значимых маркеров рака эндометрия. Материалы и Методы: проведен анализ SSR- и ISSR-полиморфизма в образцах опухолей и непораженной ткани эндометрия двадцати пациентов, получавших лечение в клинике гинекологии Одесского государственного медицинского университета (Одесса, Украина). Выполнено секвенирование выявленных полиморфных фрагментов ДНК, локализованных в анонимных участках генома между микросателлитными повторами (ISSR-полиморфизм), осуществлен анализ их гомологии с известными участками ДНК из базы данных генома человека. Результаты: не установлено значительной вариабельности микросателлитных повторов, соседствующих с генами E2F1, BAX, TCF7L2, C-MYC, WNT1, FES, DCC, P27, THRA, APC, CYP19 и P53. В процессе поиска новых маркеров рака эндометрия среди анонимных последовательностей ДНК, локализующихся между микросателлитными повторами, выявлены полиморфные фрагменты длиной 100 и 174 пн. Эти фрагменты присутствовали соответственно у 60 и 35% пациентов . Фрагмент длиной 100 пн оказался гомологичным участку гена NFKB1, а фрагмент длиной 174 пн – участку гена DDR1. Выводы: гены NFKB1 и DDR1 могут рассматриваться в качестве потенциальных маркеров некоторых типов рака эндометрия. Это первое сообщение о возможной ассоциации данных генов с опухолями эндометрия

Microarray study of gene expression in uterine leiomyoma

Uterine leiomyoma is a most common benign neoplasm in women of reproductive age. It arises from the myometrial compartment of the uterus and may transform in some cases to a malignant phenotype. Aim: To identify the genes involved in pathogenesis of uterine leiomyoma. Methods: We have studied differential gene expression in matched tissue samples of leiomyoma and normal myometrium from the very same people utilizing a cDNA microarray screening method. We also compared our results with previously published microarray data to identify the overlapping gene alterations. Results: Based on this comparison we can divide genes deregulated in our study into two groups. The first group comprises genes that to our knowledge have not been previously reported as deregulated in fibroids: CLDN1, FGF7 (KGF), HNRPM, ISOC1, MAGEC1 (CT7), MAPK12, RFC, TIE1, TNFRSF21 (DR6). The second group consists of genes identified also in previous studies: CCND1 (BCL1), CDKN1A (P21), CRABP2, FN1 and SOX4 (EVI16). In our study FN1 was the most up-regulated gene, occupying the place between the myometrium and fibroids ranging from 2.07 to 3.64, depending of the probe molecule used for detection. Conclusions: Newly identified genes may be regarded as potential diagnostic or prognostic markers of uterine leiomyoma and thus may be very useful as new therapeutic candidates.Лейомиома матки является одним из наиболее распространенных доброкачественных новообразований женской репродуктивной сферы. В некоторых случаях отмечают злокачественную трансформацию данного новообразования. Цель: идентификация генов, вовлеченных в патогенез лейомиомы. Методы: проведен анализ дифференциальной экспрессии генов в образцах лейомиомы и нормального миометрия одних и тех же пациентов методом ДНК-биочип-гибридизации и проведено сравнение полученных результатов с данными, опубликованными ранее. Результаты: выявлены различия в экспрессии ряда генов, которые можно разделить на две группы. Впервые выявлена повышенная экспрессия генов CLDN1, FGF7 (KGF), HNRPM, ISOC1, MAGEC1 (CT7), MAPK12, RFC, TIE1 и TNFRSF21 (DR6) в ткани лейомиомы по сравнению с нормальным миометрием. Ко второй группе можно отнести гены CCND1 (BCL1), CDKN1A (P21), CRABP2, FN1 и SOX4 (EVI16), уже упоминавшиеся в связи с патогенезом лейомиомы в ряде предыдущих исследований. Наибольшим изменением уровня экспрессии (в 2,07–3,64 раз в зависимости от зонда) характеризовался ген фибронектина FN1. Выводы: идентифицированные гены могут рассматриваться в качестве потенциальных диагностических и прогностических маркеров лейомиомы матки

Генетичні та інфекційні фактори схильності до остеопенії

Osteopenia is a complex disease associated with decreased bone mineral density and characterized by a moderate risk of fracture, which in certain situations can lead to osteoporosis. Identification of predisposition factors for osteopenia may help to individualize prognosis, treatment, and prevention of fractures and their adverse outcomes. The purpose of this study was to examine the association of single-nucleotide polymorphisms of the TNFSF11, TNFRSF11B, SOST, ZNF385B, and LRP5 genes involved in bone metabolism and Porphyromonas gingivalis oral infection with risk for osteopenia. The study group included 18 patients with osteopenia. The control group included 18 people without osteopenia. The T-allele polymorphism of the TNFRSF11B gene increased the risk of osteopenia in allelic, dominant, and recessive inheritance models, while the A-allele polymorphism of the ZNF385B gene – in allelic and dominant inheritance models. The number of bacteria in the gingival sulcus fluid samples of patients with osteopenia significantly exceeded the same indicator in the control group.Остеопенія являє собою комплексне захворювання, пов'язане зі зниженням мінеральної щільності кісткової тканини, що характеризується помірним ризиком переломів, яке в певній ситуації може призвести до остеопорозу. Ідентифікація факторів схильності до остеопенії може допомогти індивідуалізувати прогноз, лікування та профілактику переломів і їхніх несприятливих наслідків. Метою цього дослідження було вивчення асоціації однонуклеотидних поліморфізмів генів TNFSF11, TNFRSF11B, SOST, ZNF385B і LRP5, які беруть участь у метаболізмі кісткової тканини, а також інфікування ротової порожнини Porphyromonas gingivalis із ризиком розвитку остеопенії. Група, що досліджувалася, налічувала 18 пацієнтів з остеопенією. До контрольної групи було залучено 18 осіб без остеопенії. Т-алель поліморфізму гена TNFRSF11B підвищував ризик остеопенії в алельній, домінантній та рецесивній моделях успадкування, водночас Аалель поліморфізму гена ZNF385B – в алельній та домінантній моделях успадкування. Кількість бактерій у зразках рідини ясенної борозни пацієнтів з остеопенією достовірно перевищувала аналогічний показник у контрольній групі