STRONG: metagenomics strain resolution on assembly graphs

We introduce STrain Resolution ON assembly Graphs (STRONG), which identifies strains de novo, from multiple metagenome samples. STRONG performs coassembly, and binning into metagenome assembled genomes (MAGs), and stores the coassembly graph prior to variant simplification. This enables the subgraphs and their unitig per-sample coverages, for individual single-copy core genes (SCGs) in each MAG, to be extracted. A Bayesian algorithm, BayesPaths, determines the number of strains present, their haplotypes or sequences on the SCGs, and abundances. STRONG is validated using synthetic communities and for a real anaerobic digestor time series generates haplotypes that match those observed from long Nanopore reads

Pharmacological regulation of neutrophil activity and apoptosis: Contribution to new strategy for modulation of inflammatory processes

Novel strategies of antiinflammatory therapy are based upon pharmacological agents capable to enhance the resolution – i.e. the termination of the beneficial inflammation before it may turn into an adverse chronic stage. In contrast to the current therapy, which antagonises the formation of proinflammatory mediators, the “proresolving” therapy promotes natural antiinflammatory processes. It is likely that several drugs and phytochemicals would act in this way, but this point has not been investigated and thus might be totally overlooked. In this paper, effects of curcumin (diferuloylmethane) were analysed, considering the ability of this natural compound to affect resolution of inflammation through modulation of its important inputs – activity and apoptosis of neutrophils. The presented data indicate that, besides its well-known ability to suppress mechanisms engaged at the onset and progression of inflammation, curcumin could support resolution of inflammation through decreased activity and enhanced apoptosis of neutrophils. This substance decreased the formation of oxidants in neutrophils, both under in vitro conditions and after oral administration to arthritic rats. Moreover, curcumin accelerated spontaneous apoptosis of neutrophils, as indicated by increased externalisation of phosphatidylserine, by intercalation of propidium iodide and by enhanced activity of the executioner caspase-3

Using Minimum Path Cover to Boost Dynamic Programming on DAGs : Co-linear Chaining Extended

Peer reviewe

Face aux défis de lutte contre l’artificialisation et étalement urbain en France et en Wallonie : 7 fiches pour vous accompagner à considérer les fonctions écologiques des sols en planification et aménagement du territoire.

Le projet SOILval propose une série de fiches pour faciliter la prise en compte des fonctions écologiques des sols dans la planification et l’aménagement du territoire. Les fiches sont rédigées en vue d’aider dans l’atteinte des objectifs de zéro artificialisation nette en France et de fin de l’étalement urbain en Wallonie d’ici 2050. Elles donnent un panorama de la prise en compte des fonctions écologiques des sols et concept de services écosystémiques(SE) associés dans les outils de développement territorial, d’aménagement du territoire et d’urbanisme, dans les solutions de refonctionnalisation des sols et outils d’aide à la décision en appui et dans les bases de données disponibles pour aider à leur mise en œuvre

Projet SOILval – Fiche Technique « Le SDC et le SCoT… au service de la qualité écologique du sol.

En Wallonie, le SDC n’est pas obligatoire. Il définit la stratégie territoriale pour l’ensemble du territoire communal sur la base d’une analyse contextuelle. Cette dernière permet de mettre en avant à la fois les perspectives et les besoins ainsi que les potentialités et les contraintes du territoire, notamment en termes sociaux, économiques, démographiques, énergétiques, patrimoniaux, environnementaux, de mobilité et, de mettre au jour les grands enjeux du territoire. Outre l’analyse contextuelle, le SDC permet surtout la dé finition d’une stratégie territoriale comprenant des objectifs communaux, des principes de mise en oeuvre des objectifs et la structure territoriale. Le SDC a une valeur indicative et s'applique au Schéma d’Orientation Local (SOL ), au Guide Communal d’Urbanisme (GCU ) ainsi qu'à toute décision prise en matière de permis, certificats, déclarations et de politique foncière. Les objectifs du SDC doivent décliner ceux du Schéma de Développement Territorial (SDT )mais il peut s’en écarter moyennant une motivation qui démontre que le schéma : 1° ne compromet pas les objectifs de développement territorial ou d’aménagement du territoire contenus dans le ou les schémas d’échelle de territoire supérieure ; 2° contribue à la protection, à la gestion ou à l’aménagement des paysages bâtis ou non bâtis. Un permis peut s’écarter d’un SDC moyennant le respect de ces mêmes conditions. En France, le SCoT est un document d'urbanisme obligatoire qui détermine, à l’échelle de plusieurs communes, un projet de territoire visant à mettre en cohérence l'ensemble des politiques sectorielles, notamment en matière d’habitat, de mobilité, d’aménagement commercial, d ’environnement et de paysage. Il permet aux acteurs locaux et aux élus de répondre à leurs problématiques d’aménagement, de concilier le développement urbain, économique et la protection de l’environnement, de développer les relations entre tous les acteur s sur un territoire, d’anticiper les mutations du futur par une réflexion prospective, de promouvoir une gestion économe de l’espace et favoriser le renouvellement urbain. Il est opposable juridiquement aux Plan Local d’Urbanisme (intercommunal) (PLU(i), Programme Local de l’Habitat (PLH) PLH), P lan de Déplacement Urbain (PDU Erreur ! Source du renvoi introuvable.) ainsi qu’aux principales opérations d’aménagement (Zone d’Aménagement différé (ZAD), Zone d’Aménagement Communal (ZAC), aux lotissements de plus de 5000 m2, réserves foncières de plus de 5 ha…)

SOL et sol … un accord parfait ?

Le Schéma d’orientation Local (SOL) est parmi les outils prévus par le Code de Développement Territorial wallon celui qui permettrait le mieux de décliner à l’échelle locale des objectifs de préservation des sols, de réduction de l’artificialisation et de lutte contre l’étalement urbain déterminés à des échelles supérieures