Inactivation of Clostridium sporogenes spores in fish by-products by a new processing method

The aim of the study was to determine the hygienization effect of a new processing method intended for category 2 material of fish origin. The method includes storage (≥ 24 hours) and heat treatment (≥ 85 ºC/≥ 25 minutes) of grinded fish material with added formic acid to pH ≤ 4,0. C.sporogenes (ATCC 19404) spores replaced C.perfringens spores in D-value determinations and in examinations of hygienization effect during all phases of the new processing method. In order to minimize interference from the indigenous flora on the analysis of added spores, the fish minces were pre-treated with gamma irradiation (10 kGy). Average D-value for heat treatment of C.sporogenes spores at 85 ºC in fine fish mince adjusted to pH 7 was 580 minutes. Acidification of fish mince with formic acid to pH 4,0 had no inactivation effect per se, but heat treatment at 85 ºC in the presence of the same acid dosage resulted in a markedly reduced D-value; 8,9 minutes. The inactivation effect encountered during the complete new processing method was at least 3 Log10 reductions in fine as well as in coarse fish mince. This is regarded as satisfactory, considering the low incidence of C.perfringens spores in fish silages.Inactivation of Clostridium sporogenes spores in fish by-products by a new processing methodpublishedVersio

Rapport/Report 16/2003 English summary

-Polymerase Chain Reaction (PCR) er en av de viktigste teknikker innen moderne molekylærbiologi. Ved bruk av PCR i mikrobiologisk analyse, amplifiseres (mangfoldiggjøres) DNA-segmenter som er unike for den søkte organisme. PCR-produktet kan detekteres på ulike måter. I ”Real Time PCR” blir produktet detektert automatisk under amplifiseringen. I den senere tid er det utviklet flere ”Real Time PCR” metoder for påvisning av Salmonella. Metodene er hurtige og tilpasset et stort analyseomfang. Fiskeriforskning har gjennomført validering av to ”Real Time PCR” metoder for analyse av Salmonella i fiskemel og andre fôrvarer. Light-Cycler Instrument (Rôche Diagnostics) og iCycler iQ System (BioRad Laboratories) ble benyttet parallellt med referansemetoden Malthus Konduktans Metode/NMKL 71. Prøve-materialet var ordinære fôrvarer og kulturer av ulike Salmonella-serovar i eller uten matrix. Begge PCR-metoder detekterte alle de 41 undersøkte Salmonella serovar som kunne påvises med referanse-metoden. Ved analyse av Salmonella i ordinære fôrvarer ga begge PCR-metodene innledningsvis en del falske negative resultater. Etter modifikasjon av prosedyrene for prøvepreparering ble frekvensen av falske negative resultater redusert til et akseptabelt nivå. Begge PCR-metoder ga over 99 % samsvar med referansemetoden når det ble benyttet modifisert prøve-preparering og kulturbasert anrikning/isolering/konfirmering av alle positive og ugyldige PCR-resultater.A validation study of LightCycler Instrument (Roche Diagnostics) and i-Cycler IQ System (Bio Rad Laboratories) for analysis of Salmonella in fishmeal and other feedingstuffs was undertaken. A total of 1193 samples, including naturally contaminated material and material spiked with different serovars of Salmonella, were analysed with the two PCR methods and Malthus Automated Conductance Method (reference method). With slight modifications to the DNA extraction procedures and with confirmation of PCR-positive and invalid samples, more than 99 % relative trueness was obtained

Validation of PCR methods for detection of Salmonella and Listeria monocytogenes

Laboratoriet har gjennomført intern validering av PCR-metoder for påvisning av Salmonella og Listeria monocytogenes. Metodene benytter instrumentet Roche LightCycler96 Real Time PCR Cycler og kits for DNA preparering og deteksjon fra Biotecon Diagnostics GmbH. Salmonella PCR-metode viste fullt samsvar med referansemetode NMKL-71 ved analyse av prøver med kjent innhold av målorganismen (100 % relativ nøyaktighet, -sensitivitet og -spesifisitet). Metodens deteksjonsgrense ble bestemt til 1-10 Salmonella. Listeria monocytogenes PCR-metode ga et falskt negativt resultat sammenlignet med referansemetode «Oxoid Listeria Precis» ved analyse av 30 prøver med kjent innhold av målorganismen (97 % relativ nøyaktighet, 93 % relativ sensitivitet og 100 % relativ spesifisitet). Den falske negative analysen kunne identifiseres som mulig positiv ved visuell kontroll av fluorescenskurve og bekreftes som positiv ved konfirmering. Metodens deteksjonsgrense ble bestemt til 1-10 Listeria monocytogenes. Begge metodene ga rett resultat for alle prøver i SLP arrangert av Statens Livsmedelsverk, januar 2019. De nye PCR-metodene ble vurdert som hensiktsmessige i forhold til laboratoriets behov. Metodenes måleusikkerhet (nøyaktighet, sensitivitet, spesifisitet og deteksjonsgrense) vurderes som tilfredsstillende.Validering av PCR-metode for påvisning av Salmonella og Listeria monocytogenesValidation of PCR methods for detection of Salmonella and Listeria monocytogenespublishedVersio

Real Time PCR for Salmonella-analyse i fiskemel og andre fôrvarer

Polymerase Chain Reaction (PCR) er en av de viktigste teknikker innen moderne molekylærbiologi. Ved bruk av PCR i mikrobiologisk analyse, amplifiseres (mangfoldiggjøres) DNA-segmenter som er unike for den søkte organisme. PCR-produktet kan detekteres på ulike måter. I ”Real Time PCR” blir produktet detektert automatisk under amplifiseringen. I den senere tid er det utviklet flere ”Real Time PCR” metoder for påvisning av Salmonella. Metodene er hurtige og tilpasset et stort analyseomfang. Fiskeriforskning har gjennomført validering av to ”Real Time PCR” metoder for analyse av Salmonella i fiskemel og andre fôrvarer. Light-Cycler Instrument (Rôche Diagnostics) og iCycler iQ System (BioRad Laboratories) ble benyttet parallellt med referansemetoden Malthus Konduktans Metode/NMKL 71. Prøve-materialet var ordinære fôrvarer og kulturer av ulike Salmonella-serovar i eller uten matrix. Begge PCR-metoder detekterte alle de 41 undersøkte Salmonella serovar som kunne påvises med referanse-metoden. Ved analyse av Salmonella i ordinære fôrvarer ga begge PCR-metodene innledningsvis en del falske negative resultater. Etter modifikasjon av prosedyrene for prøvepreparering ble frekvensen av falske negative resultater redusert til et akseptabelt nivå. Begge PCR-metoder ga over 99 % samsvar med referansemetoden når det ble benyttet modifisert prøve-preparering og kulturbasert anrikning/isolering/konfirmering av alle positive og ugyldige PCR-resultater

Validering av PCR-metode for påvisning av Salmonella og Listeria monocytogenes

Laboratoriet har gjennomført intern validering av PCR-metoder for påvisning av Salmonella og Listeria monocytogenes. Metodene benytter instrumentet Roche LightCycler96 Real Time PCR Cycler og kits for DNA preparering og deteksjon fra Biotecon Diagnostics GmbH. Salmonella PCR-metode viste fullt samsvar med referansemetode NMKL-71 ved analyse av prøver med kjent innhold av målorganismen (100 % relativ nøyaktighet, -sensitivitet og -spesifisitet). Metodens deteksjonsgrense ble bestemt til 1-10 Salmonella. Listeria monocytogenes PCR-metode ga et falskt negativt resultat sammenlignet med referansemetode «Oxoid Listeria Precis» ved analyse av 30 prøver med kjent innhold av målorganismen (97 % relativ nøyaktighet, 93 % relativ sensitivitet og 100 % relativ spesifisitet). Den falske negative analysen kunne identifiseres som mulig positiv ved visuell kontroll av fluorescenskurve og bekreftes som positiv ved konfirmering. Metodens deteksjonsgrense ble bestemt til 1-10 Listeria monocytogenes. Begge metodene ga rett resultat for alle prøver i SLP arrangert av Statens Livsmedelsverk, januar 2019. De nye PCR-metodene ble vurdert som hensiktsmessige i forhold til laboratoriets behov. Metodenes måleusikkerhet (nøyaktighet, sensitivitet, spesifisitet og deteksjonsgrense) vurderes som tilfredsstillende