Cold hardening and dehardening in Salix

The variation in cold hardiness in Salix in the autumn was investigated using clones of different geographic origins. In late growing season, the variation was small and inversely related to a phenotypic variation in potential growth rate. When growth had stopped in response to the reduction in daylength, however, large differences in cold hardiness developed. Northern/continental clones started cold hardening up to two months earlier and showed up to three times higher inherent rates of cold hardening than the southern/maritime ones. The two components of cold hardening, the timing of onset and the inherent rate, seemed to be separately inherited traits, as judged from analyses of the prodigy of a crossing between an early-and-rapidly hardening clone and a late-and-slowly hardening one. This suggests that cold hardiness can be improved without adversely affecting growth by selecting for a late onset of cold hardening combined with a rapid rate. Also, in the early stages, cold hardening was more sensitive to low, non-freezing temperatures in the southern/maritime clones than in the northern/continental ones. Cold hardening of stems in the autumn could be monitored from the accumulation of sugars, most predominantly sucrose, raffinose and stachyose. The accumulation of sucrose started already with the cessation of growth, whilst the accumulation of raffinose and stachyose started later and was stimulated by cool temperatures. Multivariate models using sugar data could explain 76% of the variation in cold hardiness in the early stages of hardening. Changes in levels of sugars and other compounds during cold hardening could be assessed non-intrusively from the visible and infrared reflectance spectra of stems. Multivariate models using spectral data could predict up to 96% of the variation in cold hardiness. This technique is expected to greatly facilitate breeding for improved cold hardiness by allowing rapid screening of large populations. The variation in cold hardiness in spring was also investigated. Loss of cold hardiness in spring was closely related to the bursting of buds. A relatively large genetic variation in the temperature requirement for bud burst was demonstrated indicating that this might be modified in sensitive clones to improve their cold hardiness in spring

Systematiska översikter vid SLU

Allt fler forskare inom SLU:s ämnesområden använder sig av systematiska sökningar för att besvara forskningsfrågor och kartlägga litteraturen inom sitt ämnesområde. Detta avspeglas i antalet förfrågningar som inkommer till biblioteket för att få hjälp med systematiska sökningar. För att öka SLU-bibliotekets kompetens och kartlägga forskningens behov av stöd, startades ett projekt med målet att definiera vilken roll biblioteket ska ha i det ofta komplexa och omfattande arbetet med systematiska översikter. Inom projektet har vi valt att använda systematiska översikter som ett samlande begrepp för studier där systematiska metoder har använts för att söka fram, samla in, gallra och sammanställa vetenskaplig litteratur. En omfattande litteratursökning genomfördes för att kartlägga forskare vid SLU som har publicerat systematiska översikter, vilka metoder de har använt sig av, hur litteratursökningen genomförts och hur den har dokumenterats. Sex utvalda forskare från olika ämnesområden intervjuades för en mer djuplodande analys. Kartläggningen visade tydligt att publiceringen av systematiska översikter från SLU har stadigt ökat sedan 2002. Sammanlagt identifierades 78 forskare, från nästan alla SLU:s ämnesområden. Det var stor variation i hur den systematiska översikten hade genomförts, och en guide eller protokoll för systematic reviews hade endast följts i undantagsfall. Kartläggningen och intervjuerna gav en tydlig bild av hur biblioteket med sin kärnkompetens inom litteratursökning och referenshantering med relativt enkla medel kan hjälpa till att förbättra sökstrategier och dokumentation av litteratursökning. Men biblioteket kan också bidra med en övergripande förståelse av metoden och ha en rådgivande roll för hur metoden kan anpassas efter den enskilda forskargruppens behov. Det ställer dock krav på flexibilitet och kompetens hos biblioteket att ha denna roll. Slutsatsen från projektet var att biblioteket kan fungera som ett nav för systematiska översikter vid SLU och i första hand ha en rådgivande roll genom att erbjuda individuella träffar. Den rådgivande rollen inbegriper konkret hjälp med utformning och dokumentation av sökning och sökresultat, orientering om informationskällor, övergripande handledning i systematiska metoder samt att upprätthålla ett nätverk med kontakter för att förmedla och dela erfarenheter om systematiska översikter, både internt och externt

Öppen vetenskap vid SLU

Under 2018 har SLU-biblioteket arbetat med en förstudie kring öppen vetenskap. Målet har varit att ta fram ett underlag i form av en rapport till SLU:s ledning som kan användas för att skapa en gemensam målbild för öppen vetenskap vid SLU, samt genom rekommendationer ge förslag på tänkbara insatsområden och aktiviteter. Förstudien innehåller tre delar: en omvärldsorientering, en beskrivning av SLU i syfte att lyfta fram potential för ett tydligare arbete med öppen vetenskap, samt intervjuer med åtta SLU-forskare

A Genetic Basis of Susceptibility to Acute Pyelonephritis

For unknown reasons, urinary tract infections (UTIs) are clustered in certain individuals. Here we propose a novel, genetically determined cause of susceptibility to acute pyelonephritis, which is the most severe form of UTI. The IL-8 receptor, CXCR1, was identified as a candidate gene when mIL-8Rh mutant mice developed acute pyelonephritis (APN) with severe tissue damage.We have obtained CXCR1 sequences from two, highly selected APN prone patient groups, and detected three unique mutations and two known polymorphisms with a genotype frequency of 23% and 25% compared to 7% in controls (p<0.001 and p<0.0001, respectively). When reflux was excluded, 54% of the patients had CXCR1 sequence variants. The UTI prone children expressed less CXCR1 protein than the pediatric controls (p<0.0001) and two sequence variants were shown to impair transcription.The results identify a genetic innate immune deficiency, with a strong link to APN and renal scarring

Object Recognition with Cluster Matching

Within this thesis an algorithm for object recognition called Cluster Matching has been developed, implemented and evaluated. The image information is sampled at arbitrary sample points, instead of interest points, and local image features are extracted. These sample points are used as a compact representation of the image data and can quickly be searched for prior known objects. The algorithm is evaluated on a test set of images and the result is surprisingly reliable and time efficient

Screening for efficient cold hardening in a breeding population of Salix using near infrared reflectance spectroscopy

The inheritance of cold hardening components – the timing of onset and the inherent rate – was studied in Salix spp. This was achieved by characterising the F2 population of a cross between an early-and-rapidly hardening clone and a late-and-slowly hardening clone. The cold hardiness of stems was estimated using the infrared reflectance spectra of dried and homogenised samples. This method was first calibrated against the freeze test method. The timing of growth cessation was used to determine the onset of cold hardening. In the F2 progeny, traits were partly recombined as indicated by the occurrence of clones with early-and-slowly hardening characteristics. The frequency distributions of clones also indicated that the timing of onset and the inherent rate of hardening were independently inherited traits. None of the clones exhibited the desirable late-and-rapidly hardening characteristics, combining a long growing period with effective cold hardening. This is not surprising since few F2 clones exhibited late hardening.Criblage d’une population de Salix pour une acclimatation au froid optimale au moyen de la spectroscopie de réflectance en proche infrarouge. La transmission des facteurs d’acclimatation au froid – le délai d’action et le taux d’acclimatation intrinsèque – a été étudiée chez Salix spp. Ceci a été effectué par caractérisation d’une population F2 issue d’un croisement entre un clone à acclimatation précoce et rapide et un clone à acclimatation tardive et lente. L’acclimatation au froid des tiges a été estimée à partir du spectre de réflectance infrarouge d’échantillons séchés et homogénéisés. Cette méthode a tout d’abord été calibrée par comparaison avec la méthode de test par congélation. Le minutage de l’arrêt de la croissance a servi à déterminer le délai d’acclimatation. Dans la génération F2, les caractères étaient partiellement recombinants, comme indiqué par l’occurrence des clones présentant une acclimatation précoce et lente. Les distributions de fréquence des clones ont montré également que le délai d’action et le taux d’acclimatation intrinsèque étaient transmis de façon indépendante. Aucun clone n’a présenté les caractéristiques recherchées, associant une longue période de croissance avec une acclimatation au froid optimale. Ceci n’est pas une surprise étant donné que peu de clones F2 montraient d’acclimatation tardive