AI is a viable alternative to high throughput screening: a 318-target study

: High throughput screening (HTS) is routinely used to identify bioactive small molecules. This requires physical compounds, which limits coverage of accessible chemical space. Computational approaches combined with vast on-demand chemical libraries can access far greater chemical space, provided that the predictive accuracy is sufficient to identify useful molecules. Through the largest and most diverse virtual HTS campaign reported to date, comprising 318 individual projects, we demonstrate that our AtomNet® convolutional neural network successfully finds novel hits across every major therapeutic area and protein class. We address historical limitations of computational screening by demonstrating success for target proteins without known binders, high-quality X-ray crystal structures, or manual cherry-picking of compounds. We show that the molecules selected by the AtomNet® model are novel drug-like scaffolds rather than minor modifications to known bioactive compounds. Our empirical results suggest that computational methods can substantially replace HTS as the first step of small-molecule drug discovery

Estudos taxonomicos do genero Manettia mutis ex L. (Rubiaceae) no Brasil, Paraguai, Argentina e Uruguai

Orientador: Graziela Maciel BarrosoTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: Este trabalho consiste de um estudo taxonômico com o gênero neotropical de Rubiaceae, Manettia Mutis ex L., com as espécies que ocorrem no Brasil, Paraguai, Argentina e Uruguai. Foram examinados cerca de 4000 exsicatas provenientes de 63 herbários nacionais e estrangeiros. Os principais critérios adotados no reconhecimento, e também no estabelecimento das espécies foram: evidências morfológicas e observações em habitat natural. Foram reconhecidas 33 espécies para essa região, das quais 6 são inéditas: M. grazielae, M. hermogenesii, M. lucianii, M. robusta, M. harleyi e M. sebastianopolitana, também a secção Pulchra foi estabelecida para abrigar uma das espécies em questão. Os taxa dessa região estudada estão distribuídos pelas secções: Irwinianthus - 1 espécie; Pyrrhanthos - 8 espécies; Manettia - 6 espécies; Heterochlora- 5 espécies; Lygistum - 12 espécies e Pulchra - 1 espécie. Para todas as espécies são apresentados descrições, sinonimia, comentários sobre a taxonomia, chaves de identificação, ilustrações, dados de distribuição geográfica; para algumas, ainda foram acrescentados dados complementares relacionados à palinologia e microscopia eletrônica de varredura de sementesAbstract: A taxonomic study of the species of Manettia Mutis ex L. (Rubiaceae) that occur in Brazil, Paraguay, Argentina e Uruguay is here presented. Morphological evidence and field observation were the main criteria adopted to distinguish the species of this genus. Thirty-three species were recognized for the abovementioned geographic region, six of which are newly described: M. grazielae, M. hermogenesii, M. harleyi, M. lucianii, M. robusta and M. sebastianopolitana. In addition, sect. Puhlcra was established in order to better accommodate some of the species of the genus. The species studied are included in the following sections: sect. Pyrrhanthos (8 spp.), sect. Manettia (6 spp.), sect. Heterochlora (5 spp.), sect. Lygistum (12 spp.) and sect. Puhlcra (1 sp.). Approximately 4,000 herbarium specimens from 63 national and intemational herbaria were examined during this study. A key to the species studied and observations on the seed testa and pollen of representative species are included. Each species is presented with a full description, typification, synonymy, illustration and distribution maDoutoradoBiologia VegetalDoutor em Ciências Biológica

Revisão taxonomica do genero Posoqueria Aubl. (Rubiaceae)

Orientador : Luiza Sumiko Kinoschita-GouveaDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: O gênero Posoqueria Aubl. pertence à subtribo Eugardenieae DC., tribo Gardenieae A. Rich. e à família Rubiaceae Juss.; P. longiflora Aubl. é a espécie tipo. É um gênero tipicamente neotropical. Em seu limite norte não ultrapassa o Trópico de Câncer, porém, ocupa todo o sul do México. No limite sul, transpõe o Trópico de Capricórnio, até o litoral norte do Rio Grande do Sul, no Brasil. Inicialmente, o gênero constituía-se, de acordo com dados de literatura, de 13 espécies, 6 subespécies e uma forma. Nesta revisão, o gênero é reavaliado e mudanças taxonômicas são propostas. Consideram-se como válidas 14 espécies e 4 subespécies: P. platysiphonia Rusby, P. grandiflora Standl., P. acutifolia Mart., P. gracilis (Rudge) Roem. & Schult., P. trinitatis DC., P. latifolia (Rudge) Roem. & Schult., P. velutina Standl., P. macropus Mart., P. palustris Mart., P. williamsii Steyerm., P. maxima Standl., P. coriacea Mart. & Gal. subsp. coriacea e subsp. formosa (Karst.) Steyerm., P.longiflora Aubl. subsp. longiflora e subsp. grandiflora (Karst.) L. Macias uma combinação nova e P. bahiensis L. Macias que é reconhecida como espécie nova. A identificação das espécies baseou-se, essencialmente, em características morfológicas, depois de detalhada análise em exsicatas, provenientes de 32 herbários nacionais e estrangeiros. Nenhum caráter morfológico isolado é suficiente para separar as espécies, mas terá sempre de ser conjugado a outros para, em conjunto, possibilitar êxito na identificação das espécies... Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digitalAbstract: The genus Posoqueria Aub1., belongs to the subtribe Eugardenieae DC, tribe Gardenieae A. Rich. of the Rubiaceae Juss.; P. Longiflora Aubl. is the type species. The genus is typically neotropica1. His north limit of distribution is the Tropic of Cancer, and it occurs in all southern Mexico. In the south, the genus occurs below the Tropic of Capricorn until the north coast of Rio Grande do Sul, in Brazil. Inicial1y, as it is recorded in the literature, the genus was composed by 13 species, 6 subspecies and 1 forma. In this revision the genus is evaluated and taxonomic changes are proposed. 14 species and 4 subspecies are considered valid: P. platysiphonia Rusby, P. grandiflora Standl., P. acutifolia Mart., P. gracilis (Rudge) Roem. & Schult., P. trinitatis DC., P. latifolia (Rudge) Roem. & Schult., P. velutina Standl., P. macropus Mart., P. palustris Mart., P. williamsii Steyerm., P. maxima Standl., P. coriacea Mart. & Gal. subsp. coriacea e subsp. formosa (Karst.) Steyerm., P.longiflora Aubl. subsp. longiflora e subsp. grandiflora (Karst.) L. Macias a new combination and P. bahiensis L. Macias which is recognized as a new species. The species identifications were based essencially on morphologica1 characteristics, after detailed exsiccatae ana1ysis proceded from 32 national and foreing herbaria. No morphological character alone is enough to separate the species by itself. Many characters have to be considered for a successfu1 identification of the species¿ Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertationsMestradoBiologia VegetalMestre em Ciências Biológica

Baccharis sect. Caulopterae (Asteraceae, Astereae) no Rio Grande do Sul, Brasil

RESUMO Foi realizado um estudo sobre a diversidade taxonômica de Baccharis sect. Caulopterae DC. no estado do Rio Grande do Sul, Brasil. É apresentada a descrição morfológica com ênfase nas espécies ocorrentes na área de estudo. Três lectótipos são designados e sete novos sinônimos são reconhecidos. A ocorrêcia de 22 espécies foi confirmada, sendo que duas representam novas ocorrências. Chave e descrições morfológicas para o reconhecimento das espécies são fornecidas, adicionalmente são apresentados ilustrações, dados referentes à distribuição geográfica e observações ecológicas no Rio Grande do Sul, além de comentários sobre similaridades morfológicas e taxonômicas

Baccharis sect. Caulopterae (Asteraceae, Astereae) no Rio Grande do Sul, Brasil

Volume: 60Start Page: 943End Page: 98

Modelos tridimensionais digitais como recurso potencialmente significativo para o ensino de Botânica

Não apresenta resumo.Sem bols

Biogeografia de Baccharis sect. Caulopterae (Asteraceae) no Rio Grande do Sul, Brasil

RESUMO Baccharis estende-se do Canadá ao extremo sul da América do Sul e a seção Caulopterae é sul-americana, com maior diversificação nos estados sul-brasileiros. Com o objetivo de discutir os padrões de distribuição de Baccharis sect. Caulopterae no Rio Grande do Sul, dados de distribuição geográfica foram inseridos em matrizes de presença e ausência. Para cada matriz foi calculado o coeficiente de similaridade (Jaccard) que foi utilizado para elaboração dos dendrogramas por meio do método UPGMA (Unweighted Pair Group Main Average). Para este táxon, foi evidenciada a existência de duas unidades florísticas, uma ocidental e outra oriental. Também foram evidenciados dois padrões de distribuição, sendo que um dos padrões representa as espécies das regiões de altitude brasileiras e o outro as espécies das planícies argentinas