Evolution of the core and pan-genome of Streptococcus: positive selection, recombination, and genome composition

Comparative evolutionary analyses of 26 Streptococcus genomes show that recombination and positive selection have both had important roles in the adaptation of different species to different hosts

Mots et choses, maux et causes berbères : ethnologie, philologie, linguistique

Claude Lefébure, chargé de recherche au CNRS La littérature orale dans les parlers berbères du Maroc a sustenté la plupart des séances. Avec d’abord, pour rappeler d’emblée l’une des tonalités du programme, l’analyse proprement textuelle d’un poème chanté chleuh, le wayyaho des modernes Ammouri Mbark et Hajjaji Ahmed, puis l’explicitation du sens qu’acquièrent ces réminiscences agrestes par le fait de la performance musicale. Car celle-ci entraîne invariablement des auditoires citadins en mal..

Études des interdépendances géographiques entre réseaux de support à la vie

RÉSUMÉ Nos sociétés modernes, de plus en plus performantes technologiquement, sont aussi de plus en plus vulnérables aux défaillances des réseaux de support à la vie (RSV), comme les réseaux d’électricité, de gaz naturel, d’eau potable, de télécommunications, de transports, etc. En effet, d’une part, elles sont devenues de plus en plus dépendantes à ces RSV et d’autre part, ces RSV eux-mêmes sont devenus fortement interdépendants. Ainsi, la défaillance d’un RSV est capable d’entraîner des réactions en chaîne sur les autres réseaux, responsables de graves conséquences. De plus, à cause d’une proximité toujours plus étroite entre les infrastructures des RSV en milieu urbain, des liens d’interdépendances géographiques peuvent se créer. En effet, la propagation non maîtrisée d’une matière d’un RSV peut avoir des effets, dans une zone d’impact, capables d’entraîner des conséquences sur d’autres RSV. Le besoin de développer des outils opérationnels, simples à mettre en place et à utiliser, dans un contexte où peu d’études conduisant à des résultats tangibles ont été menées, justifie la nécessité d’une telle étude sur les interdépendances géographiques. Les travaux de recherche présentés dans ce mémoire proposent donc une méthodologie permettant d’identifier, de caractériser et d’évaluer les interdépendances géographiques entre RSV, l’objectif final étant de permettre la mise en place de mesures d’atténuation dans des secteurs critiques. Elle conduit à la création d’outils permettant d’évaluer la vulnérabilité des secteurs face aux interdépendances géographiques et de déterminer leur degré de criticité, grâce, notamment, aux tableaux de vulnérabilité et aux cartes de criticité des secteurs. Par ailleurs, ces outils sont capables de s’intégrer à un système expert en fournissant des analyses supplémentaires pour identifier et prioriser des mesures d’atténuation face aux risques générés par les interdépendances géographiques. Cette méthodologie a été appliquée sur la ville de Montréal et a conduit à une évaluation de ses utilisations auprès des professionnels de la gestion des risques des RSV.----------ABSTRACT Our modern societies, ever more technologically efficient, are also increasingly vulnerable to failures in lifeline networks (LN), like electricity grids, natural gas, water, telecommunications, transportation, etc. Indeed, on the one hand, they have become increasingly dependent on these LN and on the other hand, these LN themselves have become highly interdependent. Thus, the failure of a LN can cause a chain reaction on other networks, causing unprecedented disasters. Moreover, because of the increasingly close proximity between the LN’s infrastructures in urban areas, geographic interdependencies have appeared. Indeed, the uncontrolled spread of a LN’s dangerous substance may have effects in an impact area that can have consequences on other LN. In a context where few studies leading to tangible results have been carried out, the need to develop operational tools, easy to implement and to use, justifies such a study on geographic interdependencies. Therefore, the research presented in this paper proposes a methodology to identify, characterize and evaluate geographic interdependencies between LN. The ultimate objective was to enable the implementation of mitigation measures in critical areas. It led to the creation of tools in order to assess the vulnerability of sectors in terms of geographic interdependences and determine their criticality degree, thanks to vulnerability tables and sectors criticality maps. Moreover, these tools are able to integrate an expert system by providing additional analysis to identify and prioritize mitigation measures against risks generated by geographic interdependencies. This methodology has been applied to the city of Montreal and led to a discussion of its applications by the LN’s risk management professionals

Mots et choses, maux et causes berbères : ethnologie, philologie, linguistique

Claude Lefébure, chargé de recherche au CNRS M’avisant, face aux attentes et cursus diversifiés des auditeurs, de l’avantage qu’il y avait à renverser l’ordre des deux volets du programme annoncé, j’ai retardé, au profit de l’immersion dans certains de mes travaux, le repérage externe de ce que cette conférence entend circonscrire et promouvoir : la synergie de l’ethnologie et de la linguistique relativement à l’interprétation des structures et des dynamiques sociales agissant les communautés..

Genome characterization and population genetic structure of the zoonotic pathogen, streptococcus canis

Background - Streptococcus canis is an important opportunistic pathogen of dogs and cats that can also infect a wide range of additional mammals including cows where it can cause mastitis. It is also an emerging human pathogen. Results - Here we provide characterization of the first genome sequence for this species, strain FSL S3-227 (milk isolate from a cow with an intra-mammary infection). A diverse array of putative virulence factors was encoded by the S. canis FSL S3-227 genome. Approximately 75% of these gene sequences were homologous to known Streptococcal virulence factors involved in invasion, evasion, and colonization. Present in the genome are multiple potentially mobile genetic elements (MGEs) [plasmid, phage, integrative conjugative element (ICE)] and comparison to other species provided convincing evidence for lateral gene transfer (LGT) between S. canis and two additional bovine mastitis causing pathogens (Streptococcus agalactiae, and Streptococcus dysgalactiae subsp. dysgalactiae), with this transfer possibly contributing to host adaptation. Population structure among isolates obtained from Europe and USA [bovine = 56, canine = 26, and feline = 1] was explored. Ribotyping of all isolates and multi locus sequence typing (MLST) of a subset of the isolates (n = 45) detected significant differentiation between bovine and canine isolates (Fisher exact test: P = 0.0000 [ribotypes], P = 0.0030 [sequence types]), suggesting possible host adaptation of some genotypes. Concurrently, the ancestral clonal complex (54% of isolates) occurred in many tissue types, all hosts, and all geographic locations suggesting the possibility of a wide and diverse niche. Conclusion - This study provides evidence highlighting the importance of LGT in the evolution of the bacteria S. canis, specifically, its possible role in host adaptation and acquisition of virulence factors. Furthermore, recent LGT detected between S. canis and human bacteria (Streptococcus urinalis) is cause for concern, as it highlights the possibility for continued acquisition of human virulence factors for this emerging zoonotic pathogen

Linguistique et technologie culturelle : L’exemple du métier à tisser vertical berbère

Le propos de cette contribution est de montrer, sur l’exemple du métier à tisser vertical utilisé par les femmes berbérophones d’Afrique du Nord, l’intérêt de l’enquête lexicographique et des analyses linguistiques pour les études de technologie culturelle. Il a déjà été posé qu’entre autres critères susceptibles de justifier le découpage en séquences d’une chaîne opératoire pouvait figurer la référence à un changement de terme vernaculaire (Cresswell 1976 : 13). L’importance du discours des ..

« C’est totalement ridicule » : stratégie et contenu d’une communication négative dissimulée lors de la campagne présidentielle française de 2017

Durant la campagne présidentielle française de 2017, le dispositif « Ridicule TV » se présente comme un projet d’humour sur l’actualité politique sur les réseaux sociaux numériques (Twitter, Facebook, Youtube) et diffuse une soixantaine de courtes vidéos. En réalité, il s’agit d’une action dissimulée de communication politique négative contre Emmanuel Macron élaborée et gérée par des membres de la campagne de l’un de ses adversaires, François Fillon. Nous discutons comment le dispositif, puisqu'il ne se donne pas à connaître pour ce qu’il est, limite sa réussite en matière de gain électoral, tout en s’ajustant à des contraintes contextuelles. Pour élucider l’apparent paradoxe entre la fin et les moyens de cette action de négativité, l’article en étudie théoriquement et empiriquement la pertinence avec une double perspective de sociologie de la communication politique et d’analyse stratégique de la communication. Puis, l’analyse de contenu des vidéos en termes de mise en récit et de procédés discursifs, en opérant notamment la distinction entre moquerie et dénonciation, permet d’évaluer à quel degré les discours sont conformes au projet stratégique. L’analyse révèle un important travail de recherche des contenus et de mise en récit politique, ainsi que la primauté d’un objectif stratégique – dénigrer l’adversaire – sur un autre, la dissimulation.In the 2017 French presidential campaign, the “Ridicule TV” device appears as a humoristic project about politics on social media (Twitter, Facebook, Youtube) and publishes 60 short videos. Yet it is a hidden tool of negative campaigning against the centre free-market candidate Emmanuel Macron designed and managed by members of the rightwing François Fillon campaign. We discuss why such a cover up limits its ability to improve electoral results as well as it adapts to contextual constraints. In order to explain the apparent paradox between the end and the means of this negativity, our article studies theoretically and empirically its use through an approach combining the sociology of political communication and the strategic analysis of communication. Then, we conduct a content analysis of the videos in terms of narrative analysis and discursive processes with special regard to the differences between mockery and criticism in order to assess to what extent the discourse is consistent with the project. We show the staff of Ridicule TV achieved a high degree of political sourcing and politicization of the narrative, and prioritized the strategic goal of criticizing the opponent over the strategic goal of hiding the purpose of the device