The relationship between local scalp skin temperature and cutaneous perfusion during scalp cooling

Cooling the scalp during administration of chemotherapy can prevent hair loss. It reduces both skin blood flow and hair follicle temperature, thus affecting drug supply and drug effect in the hair follicle. The extent to which these mechanisms contribute to the hair preservative effect of scalp cooling remains unknown. The purpose of this study was to establish a relationship between local scalp skin temperature and cutaneous blood flow during scalp cooling. We measured skin temperature and cutaneous perfusion during a cooling and re-warming experiment. Experiments on a single subject showed that the measurements were reproducible and that the response was identical for the two positions that were measured. Inter-subject variability was investigated on nine subjects. We found that for the first 10 °C of cooling, perfusion of the scalp skin decreases to below 40%. Perfusion can be further reduced to below 30% by a few degrees more cooling, but a plateau is reached after that. We found that a generally accepted relation in thermal physiology between temperature and perfusion (i.e. Q10 relation) does not describe the data well, but we found an alternative relation that describes the average behavior significantly better

A Study of the Complex Genetic Inheritance of Lipids

Hart- en vaatziekten vormen wereldwijd de belangrijkste oorzaak van morbiditeit en mortaliteit. Risicofactoren voor hart- en vaatziekten zijn vier typen circulerende lipide levels: high-density lipoproteïne cholesterol (HLD-C), low-density lipoproteïne cholesterol (LDL-C), totaal cholesterol (TC) en triglyceriden (TG). Deze vier typen circulerende lipide levels zijn in hoge mate erfelijk. Ondanks het vele onderzoek dat is gedaan naar circulerende lipide levels, is de meeste genetische variatie die de hoge erfelijkheid bepaald, nog steeds grotendeels onbekend. In dit proefschrift streef ik ernaar nieuwe variaties te ontdekken die geassocieerd kunnen worden met circulerende lipide levels. Daarvoor gebruikte ik meerdere genetische epidemiologische benaderingen: GWAS, genoomwijde interactie studies (GWIS) en exoomwijde associatie studies (ExWAS). GWAS heb ik toegepast op genoom-data van individuals die geimputeerd zijn met ofwel het Genoom van Nederland referentie panel ofwel het 1000 Genomes referentie panel. Deze individuen zijn deels afkomstig uit populatie gebaseerde cohorten en deels afkomstig uit familie gebaseerde cohorten. De hypothese vrije GWIS benadering was enkel toegepast op de Rotterdam Study, een lopende studie en de ExWAS benadering werd toegepast op een geisoleerde familie gebaseerde populatie. Alle methodes hebben nieuwe variaties gevonden die geassocieerd zijn met lipiden. Enkele varianten beinvloeden de functie en het structuur van het eiwit en hebben dus grote effecten en zijn daarom mogelijk nieuwe targets voor farmaceutische middelen

Anomalous Negative Magnetoresistance Caused by Non-Markovian Effects

A theory of recently discovered anomalous low-field magnetoresistance is developed for the system of two-dimensional electrons scattered by hard disks of radius $a,$ randomly distributed with concentration $n.$ For small magnetic fields the magentoresistance is found to be parabolic and inversely proportional to the gas parameter, $\delta \rho_{xx}/\rho \sim - (\omega_c \tau)^2 / n a^2.$ With increasing field the magnetoresistance becomes linear $\delta \rho_{xx}/\rho \sim - \omega_c \tau$ in a good agreement with the experiment and numerical simulations.Comment: 4 pages RevTeX, 5 figure

Ontwikkeling van enkele mosselbanken in de Nederlandse Waddenzee; situatie 2010

In dit project wordt de lange termijnontwikkeling van mosselbanken, en de factoren die het al dan niet overleven van mosselbanken bepalen, onderzocht. Hiervoor worden door IMARES enkele individuele mosselbanken in detail bestudeerd. Drie mosselbanken worden sinds 1997 gevolgd, één sinds 1998, twee sinds 2002, één sinds 2003 en zeven mosselbanken worden sinds 2006 gevolgd. In deze rapportage wordt de ontwikkeling van deze veertien mosselbanken tot en met 2010 beschreven. De meeste mosselbanken uit het project bestaan inmiddels uit mosselen van meerdere jaarklassen. Uit de gegevens die gedurende de jaren zijn verzameld blijkt dat naarmate een mosselbank ouder wordt het percentage levende mosselen langzaam afneemt tot ongeveer 40%. De rest van het oppervlak van de mosselbank bestaat dan uit lege mosselschelpen, ingevangen schelpen van andere soorten, slakken, andere schelpdieren, pokken en macro-algen. De afname in levende mosselen op een mosselbank wordt voornamelijk veroorzaakt door stormen en predatie. Lokale, matige mosselbroedvallen op individuele mosselbanken kunnen de afnemende mosselpopulatie op de korte termijn in stand houden, maar af en toe optredende goede broedvallen zijn nodig voor lange termijnoverleving van een mosselbank. De laatste jaren zijn veel van de onderzochte mosselbanken bedekt geraakt met Japanse oesters. Toch zijn er tussen de oesters nog veel mosselen te vinden en kan gesproken worden van gemengde mosselbanken. De oesters in de mosselbanken lijken in sommige gevallen voor extra stevigheid te zorgen, hoewel er ook delen met oesters verdwijnen tijdens winterstormen

Predicting base editing outcomes using position-specific sequence determinants.

CRISPR/Cas base editors promise nucleotide-level control over DNA sequences, but the determinants of their activity remain incompletely understood. We measured base editing frequencies in two human cell lines for two cytosine and two adenine base editors at ∼14 000 target sequences and find that base editing activity is sequence-biased, with largest effects from nucleotides flanking the target base. Whether a base is edited depends strongly on the combination of its position in the target and the preceding base, acting to widen or narrow the effective editing window. The impact of features on editing rate depends on the position, with sequence bias efficacy mainly influencing bases away from the center of the window. We use these observations to train a machine learning model to predict editing activity per position, with accuracy ranging from 0.49 to 0.72 between editors, and with better generalization across datasets than existing tools. We demonstrate the usefulness of our model by predicting the efficacy of disease mutation correcting guides, and find that most of them suffer from more unwanted editing than pure outcomes. This work unravels the position-specificity of base editing biases and allows more efficient planning of editing campaigns in experimental and therapeutic contexts

Interaction between vitamin D receptor genotype and estrogen receptor alpha genotype influences vertebral fracture risk

In view of the interactions of vitamin D and the estrogen endocrine system, we studied the combined influence of polymorphisms in the estrogen receptor (ER) alpha gene and the vitamin D receptor (VDR) gene on the susceptibility to osteoporotic vertebral fractures in 634 women aged 55 yr and older. Three VDR haplotypes (1, 2, and 3) of the BsmI, ApaI, and TaqI restriction fragment length polymorphisms and three ERalpha haplotypes (1, 2, and 3) of the PvuII and XbaI restriction fragment length polymorphisms were identified. We captured 131 nonvertebral and 85 vertebral fracture cases during a mean follow-up period of 7 yr. ERalpha haplotype 1 was dose-dependently associated with increased vertebral fracture risk (P < 0.001) corresponding to an odds ratio of 1.9 [95% confidence interval (CI), 0.9-4.1] per copy of the risk allele. VDR haplotype 1 was overrepresented in vertebral fracture cases. There was a significant interaction (P = 0.01) between ERalpha haplotype 1 and VDR haplotype 1 in determining vertebral fracture risk. The association of ERalpha haplotype 1 with vertebral fracture risk was only present in homozygous carriers of VDR haplotype 1. The risk of fracture was 2.5 (95% CI, 0.6-9.9) for heterozygous and 10.3 (95% CI, 2.7-40) for homozygous carriers of ERalpha haplotype 1. These associations were independent of bone mineral density. In conclusion, interaction between ERalpha and VDR gene polymorphisms leads to increased risk of osteoporotic vertebral fractures in women, largely independent of bone mineral density

Ecologische ontwikkeling in een voor menselijke activiteiten gesloten gebied in de Nederlandse Waddenzze: tussenrapportage twee jaar na sluiting (najaar 2007)

De Nederlandse overheid heeft in november 2005 een referentiegebied ingesteld om te voldoen aan de internationale verplichting dat voldoende grote gebieden in de Waddenzee worden aangewezen waarbinnen geen exploitaties en verstorende activiteiten mogen plaatsvinden. In dit project wordt de nadruk gelegd op het volgen van de ontwikkeling van het ecosysteem in een voor de visserij gesloten gebied (Schild en Boschwad) en dit te vergelijken met een gebied waar garnalenvisserij zal blijven (Zuidoost Lauwers en Spruit). Om de ontwikkeling van dit ongestoorde gebied te volgen zijn er vóór de instelling van dit gebied bemonsteringen uitgevoerd door IMARES. Na de instelling van het referentiegebied (november 2005) worden jaarlijks bemonsteringen uitgevoerd. In dit rapport wordt een weergave gegeven van de ontwikkelingen in het referentiegebied twee jaar na sluitin

Population-specific genotype imputations using minimac or IMPUTE2

In order to meaningfully analyze common and rare genetic variants, results from genome-wide association studies (GWASs) of multiple cohorts need to be combined in a meta-analysis in order to obtain enough power. This requires all cohorts to have the same single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in their GWASs. To this end, genotypes that have not been measured in a given cohort can be imputed on the basis of a set of reference haplotypes. This protocol provides guidelines for performing imputations