Reaction norms models for study of genotype by environment interaction

O objetivo desse estudo foi avaliar diferentes modelos estatísticos com diferentes pressuposições para definir o melhor modelo que descreva a presença de interação genótipo x ambiente no ganho de peso pós-desmama ajustado (GPD345) de bovinos Hereford, mediante o estudo de normas de reação ao ambiente, obtidas por regressão aleatória, usando uma abordagem bayesiana. Quatro modelos hierárquicos de normas de reação (MHNR) e um modelo animal padrão (MA) foram empregados por meio do programa INTERGEN. O MHNRk utiliza as soluções de grupos contemporâneos estimadas previamente pelo modelo animal padrão (MA) e as considera como nível ambiental e o de uma única análise, MHNRS, que estima simultaneamente esses dois conjuntos de incógnitas considerando nas duas metodologias a variância residual homogênea (hm) e heterogênea (ht). Pelo critério de informação da "deviance", o MHRNshm foi que apresentou melhor ajuste aos dados, seguido pelo MHNRsht, MHNRKhm, MHNRkht e o pior ajuste foi obtido pelo MA, já pelo Fator de Bayes os MHNR homoscedásticos foram os que melhor ajustaram-se aos dados. Pela ordenada preditiva condicional o MA, foi melhor em relação aos MHNR. As herdabilidades nos MHNR foram crescentes nos gradientes ambientais em GPD345 de -60; 0 e +60 kg. As correlações genéticas entre o nível e inclinação das normas de reação foram de alta magnitude caracterizando efeito de escala em interação GxE. Os modelos hierárquicos de normas de reação são eficientes para descrever as alterações nos componentes de variância em função do ambiente ao qual o genótipo está exposto bem como para descrever a presença de interação genótipo x ambiente na característica GPD345 em bovinos Hereford.The objective of that study was to evaluate different statistical models with different presuppositions to define the best model than it describes the presence of genotype by environment interaction in the characteristic weight post weaning gain (GPD345) of Hereford cattle, by the study of reaction norms to the environment, obtained by aleatory regression, using an bayesian approach. Four hierarchical models of reaction norms (MHNR) and one animal model (MA) they were used through the program INTERGEN. MHNRk uses the solutions of contemporary groups previously esteemed by the standard animal model (MA) and it considers them as environmental level and the one of an only analysis, MHNRS, that esteems those two groups simultaneously of incognito considering in the two methodologies the homogeneous residual variance (hm) and heterogeneous (ht). For the criterion of information of the "deviance", MHRNshm was that it presented better adjustment to the data, followed for MHNRsht, MHNRKhm, MHNRkht and the worst adjustment was obtained by MA, already for the Factor of Bayes the MHNR homoscedastic the ones that best was adjusted to the data were. For the conditional predictive ordinate MA, was better in relation to MHNR. The heritability in MHNR were growing in the environmental gradients in GPD345 -60 Kg; 0 Kg and +60 Kg. The genetic correlations between the level and inclination of the reaction norms were of high magnitude characterizing scale effect in interaction GxE. The hierarchical models of reaction norms are efficient to describe the alterations in the variance components in function of the environment to which the genotipe is exposed and to describe the presence of genotype by environment interaction in the characteristic GPD345 in Hereford catlle

Estimation of commercial cuts from steers using Ultrasound

Foram utilizados 60 novilhos Hereford e Braford, para determinar as relações entre as medidas tradicionais nas carcaças e por ultrassom e as suas relações com os pesos e os rendimentos dos principais cortes comerciais brasileiros do traseiro pistola de novilhos terminados a pasto. Os cortes avaliados foram alcatra, coxão de dentro, coxão de fora, lagarto, lombo, filé mignon, maminha, músculo mole, músculo duro, patinho e a picanha. Os novilhos foram pesados e avaliados por ultrassom 48 h pré abate em que foram coletadas as medidas in vivo de área do músculo longissimus e espessura de gordura subcutânea entre a 12ª e a 13ª costelas, a espessura de gordura na picanha e a profundidade do músculo Gluteus medius. As correlações entre a espessura de gordura na carcaça (EGSC) e a espessura de gordura por ultrassom (EGSUS) foram de 0,93; para área do músculo longissimus medida na carcaça (AOLC) e por ultrassom (AOLUS) foi de 0,89. A medida de profundidade do músculo Gluteus medius apresentou correlação moderada com as medidas de AOLC e AOLUS de 0,42 e 0,34. Os dados foram utilizados para desenvolver equações de predição para o peso e o rendimento de cortes individuais do traseiro utilizando o procedimento de seleção de variáveis Stepwise. As medidas obtidas na carcaça explicaram de 11% a 74% na variação do peso dos cortes comerciais do traseiro e de 2% a 15% da percentagem dos cortes comerciais do traseiro pistola. As medidas in vivo por ultrassom explicaram de 18% a 71% da variação do peso dos cortes do traseiro e de 3% a 29% na variação da percentagem dos cortes comerciais do traseiro pistola. Os modelos de predição para o peso dos cortes individuais por ultrassom são tão acurados quanto os modelos que utilizam as medidas relativas à carcaça. Os resultados indicaram que o ultrassom pode estimar o peso dos cortes individuais e que as equações desenvolvidas podem ser úteis para estimar o peso dos cortes do traseiro.Sixty animals Hereford and Braford steers were evaluated to define the correlations among traditional measurements in beef cattle and by ultrasound and its relations whit the weights and retail value from the main Brazilian commercial cuts of from pistola hindquarter of the steers finished on pasture. The cuts avalueted were alcatra, coxão de dentro, coxão de fora, lagarto, lombo, filé mignon, maminha, músculo mole, músculo duro, patinho e a picanha. Steers were weighed and ultrasonically measured for 48 h before slaughter where ultrasonic images were collected from longissimus muscle area, 12th- rib backfat thickness, rump fat thickness and the Gluteus medius muscle depth. The correlation among carcass fat thickness (CFAT) whit fat thickness by ultrasound (UFAT) was 0.93, and carcass longissimus muscle area (CLMA) whit measured by ultrasound (ULMA) and carcass was 0.89. The correlation among Gluteus medius depth whit carcass longissimus muscle and ultrasound longissimus muscle area was 0.42 and 0.34. The data were used to develop prediction equations for weight and of high-value cuts percentage of pistol hindquarter used the Stepwise procedure. Measurements taken directly in the carcass explained 11% to 74% of variation in high-value cuts weight and 2% to 15% of high-value cuts percentage of pistol hindquarter. Live measurements explained 18% to 71% of variation in high-value cuts weight and 3% to 29% of variation in high-value cuts percentages of high-value cuts of pistola hindquarter. The ultrasound can be used to estimate the relationship between in vivo measurements and weights and yields of individual cuts of high commercial value in the steers with finished on pasture. Prediction models for the individual cuts weight using ultrasound are as accurate as the models that use measures relating to carcass. The models that estimate the yield of individual cuts of hindquarter do not present high value of prediction

Estimation of commercial cuts from steers using Ultrasound

Foram utilizados 60 novilhos Hereford e Braford, para determinar as relações entre as medidas tradicionais nas carcaças e por ultrassom e as suas relações com os pesos e os rendimentos dos principais cortes comerciais brasileiros do traseiro pistola de novilhos terminados a pasto. Os cortes avaliados foram alcatra, coxão de dentro, coxão de fora, lagarto, lombo, filé mignon, maminha, músculo mole, músculo duro, patinho e a picanha. Os novilhos foram pesados e avaliados por ultrassom 48 h pré abate em que foram coletadas as medidas in vivo de área do músculo longissimus e espessura de gordura subcutânea entre a 12ª e a 13ª costelas, a espessura de gordura na picanha e a profundidade do músculo Gluteus medius. As correlações entre a espessura de gordura na carcaça (EGSC) e a espessura de gordura por ultrassom (EGSUS) foram de 0,93; para área do músculo longissimus medida na carcaça (AOLC) e por ultrassom (AOLUS) foi de 0,89. A medida de profundidade do músculo Gluteus medius apresentou correlação moderada com as medidas de AOLC e AOLUS de 0,42 e 0,34. Os dados foram utilizados para desenvolver equações de predição para o peso e o rendimento de cortes individuais do traseiro utilizando o procedimento de seleção de variáveis Stepwise. As medidas obtidas na carcaça explicaram de 11% a 74% na variação do peso dos cortes comerciais do traseiro e de 2% a 15% da percentagem dos cortes comerciais do traseiro pistola. As medidas in vivo por ultrassom explicaram de 18% a 71% da variação do peso dos cortes do traseiro e de 3% a 29% na variação da percentagem dos cortes comerciais do traseiro pistola. Os modelos de predição para o peso dos cortes individuais por ultrassom são tão acurados quanto os modelos que utilizam as medidas relativas à carcaça. Os resultados indicaram que o ultrassom pode estimar o peso dos cortes individuais e que as equações desenvolvidas podem ser úteis para estimar o peso dos cortes do traseiro.Sixty animals Hereford and Braford steers were evaluated to define the correlations among traditional measurements in beef cattle and by ultrasound and its relations whit the weights and retail value from the main Brazilian commercial cuts of from pistola hindquarter of the steers finished on pasture. The cuts avalueted were alcatra, coxão de dentro, coxão de fora, lagarto, lombo, filé mignon, maminha, músculo mole, músculo duro, patinho e a picanha. Steers were weighed and ultrasonically measured for 48 h before slaughter where ultrasonic images were collected from longissimus muscle area, 12th- rib backfat thickness, rump fat thickness and the Gluteus medius muscle depth. The correlation among carcass fat thickness (CFAT) whit fat thickness by ultrasound (UFAT) was 0.93, and carcass longissimus muscle area (CLMA) whit measured by ultrasound (ULMA) and carcass was 0.89. The correlation among Gluteus medius depth whit carcass longissimus muscle and ultrasound longissimus muscle area was 0.42 and 0.34. The data were used to develop prediction equations for weight and of high-value cuts percentage of pistol hindquarter used the Stepwise procedure. Measurements taken directly in the carcass explained 11% to 74% of variation in high-value cuts weight and 2% to 15% of high-value cuts percentage of pistol hindquarter. Live measurements explained 18% to 71% of variation in high-value cuts weight and 3% to 29% of variation in high-value cuts percentages of high-value cuts of pistola hindquarter. The ultrasound can be used to estimate the relationship between in vivo measurements and weights and yields of individual cuts of high commercial value in the steers with finished on pasture. Prediction models for the individual cuts weight using ultrasound are as accurate as the models that use measures relating to carcass. The models that estimate the yield of individual cuts of hindquarter do not present high value of prediction

Interação genótipo x ambiente sobre características de desempenho e de carcaça de bovinos de corte

We analyzed average daily gain from weaning to yearling (ADG), yearling weight (YW), rib eye area, and subcutaneous fat thickness of 91 Angus, Hereford, Caracu, and Nellore cattle, and their crosses. The animals were split into two grazing groups: improved natural grassland (n = 47) and natural grassland (n = 44). The environment was found to influence all traits, and the highest measures of performance were observed in improved natural grassland. The genetic group x environment interaction was verified only for ADG and YW (P < 0.05). We found the best performance trait averages for crossbreeds of Bos taurus and Bos indicus. In addition, we found genetic x environment interaction effects in growing traits and Longissimus muscle area between the evaluated genotype groups. Finally, we found that between the evaluated genotype groups, subcutaneous adipose fat was not influenced by the environment.Foram analisadas as características de ganho de peso médio diário da desmama ao sobreano (GMD), peso ao sobreano (PS), área do músculo longissimus (AOLUS) e espessura de gordura subcutânea por ultrassom (EGSUS) de 91 animais das raças Angus, Hereford, Caracu e Nelore e seus cruzamentos. Destes, 47 animais foram manejados em pastagem natural melhorada e 44 animais em campo natural do Bioma Pampa. Todas as características foram influenciadas pelo ambiente, sendo que os melhores desempenhos foram observados no ambiente constituído pela pastagem natural melhorada. A interação grupo genético x ambiente foi verificada no GMD e no PS (P < 0,05). As maiores médias das características analisadas pertenceram a produtos do cruzamento entre Bos taurus e Bos indicus. Houve efeito da interação genótipo x ambiente nas características de crescimento e de área do músculo longissimus entre os grupos genéticos avaliados (P < 0,05). A deposição de tecido adiposo subcutâneo não foi influenciada pelo ambiente de criação entre os grupos genéticos estudados

Modelos hierárquicos bayesianos para estimativas de interação genótipo × ambiente em ganho pós-desmama de bovinos Hereford via normas de reação

It was evaluated statistical models with different assumptions to define the one that best describes the presence of genotype × environment interaction on adjusted post-weaning weight gain (PWG345) of Hereford cattle, through the study of reactions norms to the environment, obtained by random regression using a Bayesian approach. Four reaction norms hierarchical models (RNHM) were used through the INTERGEN program. The RNHMK uses the solutions of contemporary groups previously estimated by the standard animal model (AM) and considers them as environmental level for predicting the reaction norms and the RNHMS, which jointly estimate these two sets of unknowns. For both models, two versions were considered, one with a homogeneous (hm) and another with a heterogeneous (ht) residual variance. Based on the deviance information criterion and Bayes factor, RNHMshm showed the best fit to the data, and by the deviance based on conditional predictive ordinate, the best fit was the RNHMKht, whereas, by all the three criteria used, the worst fit was obtained by using the standard animal model. Heritabilities estimated on RNHM were increasing in the environmental gradients for PWG345, at -60 kg, 0 and +60 kg. The genetic correlation estimated between the level and slope of reaction norms was high, from 0.97 to 0.99, characterizing a scale effect on genotype × environment interaction. The reaction norms hierarchical models are efficient to describe the changes in variance components due to the environment and to describe the presence of genotype × environment interaction on PWG345 trait of Hereford cattle.Avaliaram-se modelos estatísticos com diferentes pressuposições para definir o que melhor descreva a presença de interação genótipo × ambiente no ganho de peso pós-desmama ajustado (GPD345) de bovinos Hereford, mediante o estudo de normas de reação ao ambiente, obtidas por regressão aleatória, usando uma abordagem bayesiana. Quatro modelos hierárquicos de normas de reação (MHNR) foram empregados por meio do programa INTERGEN. O MHNRK utiliza as soluções de grupos contemporâneos estimadas previamente pelo modelo animal padrão (MA) e as considera como nível ambiental para predizer as normas de reação e o MHNRS, que estima simultaneamente esses dois conjuntos de incógnitas. Para ambos os modelos, foram consideradas duas versões, uma com variância residual homogênea (hm) e outra heterogênea (ht). Pelo critério de informação da deviance e fator de Bayes, o MHRNShm apresentou melhor ajuste aos dados e, pela deviance baseada na ordenada preditiva condicional, o melhor ajuste foi do MHNRKht, enquanto, pelos três critérios, o pior ajuste foi obtido pelo modelo animal padrão. As herdabilidades estimadas nos MHNR foram crescentes nos gradientes ambientais em GPD345 de -60; 0 e +60 kg. As correlações genéticas estimadas entre o nível e inclinação das normas de reação foram de alta magnitude, entre 0,97 e 0,99, caracterizando efeito de escala em interação genótipo × ambiente. Os modelos hierárquicos de normas de reação são eficientes para descrever as alterações nos componentes de variância decorrentes do ambiente e para descrever a presença de interação genótipo × ambiente na característica GPD345 em bovinos Herefor

Modelos hierárquicos bayesianos para estimativas de interação genótipo × ambiente em ganho pós-desmama de bovinos Hereford via normas de reação

It was evaluated statistical models with different assumptions to define the one that best describes the presence of genotype × environment interaction on adjusted post-weaning weight gain (PWG345) of Hereford cattle, through the study of reactions norms to the environment, obtained by random regression using a Bayesian approach. Four reaction norms hierarchical models (RNHM) were used through the INTERGEN program. The RNHMK uses the solutions of contemporary groups previously estimated by the standard animal model (AM) and considers them as environmental level for predicting the reaction norms and the RNHMS, which jointly estimate these two sets of unknowns. For both models, two versions were considered, one with a homogeneous (hm) and another with a heterogeneous (ht) residual variance. Based on the deviance information criterion and Bayes factor, RNHMshm showed the best fit to the data, and by the deviance based on conditional predictive ordinate, the best fit was the RNHMKht, whereas, by all the three criteria used, the worst fit was obtained by using the standard animal model. Heritabilities estimated on RNHM were increasing in the environmental gradients for PWG345, at -60 kg, 0 and +60 kg. The genetic correlation estimated between the level and slope of reaction norms was high, from 0.97 to 0.99, characterizing a scale effect on genotype × environment interaction. The reaction norms hierarchical models are efficient to describe the changes in variance components due to the environment and to describe the presence of genotype × environment interaction on PWG345 trait of Hereford cattle.Avaliaram-se modelos estatísticos com diferentes pressuposições para definir o que melhor descreva a presença de interação genótipo × ambiente no ganho de peso pós-desmama ajustado (GPD345) de bovinos Hereford, mediante o estudo de normas de reação ao ambiente, obtidas por regressão aleatória, usando uma abordagem bayesiana. Quatro modelos hierárquicos de normas de reação (MHNR) foram empregados por meio do programa INTERGEN. O MHNRK utiliza as soluções de grupos contemporâneos estimadas previamente pelo modelo animal padrão (MA) e as considera como nível ambiental para predizer as normas de reação e o MHNRS, que estima simultaneamente esses dois conjuntos de incógnitas. Para ambos os modelos, foram consideradas duas versões, uma com variância residual homogênea (hm) e outra heterogênea (ht). Pelo critério de informação da deviance e fator de Bayes, o MHRNShm apresentou melhor ajuste aos dados e, pela deviance baseada na ordenada preditiva condicional, o melhor ajuste foi do MHNRKht, enquanto, pelos três critérios, o pior ajuste foi obtido pelo modelo animal padrão. As herdabilidades estimadas nos MHNR foram crescentes nos gradientes ambientais em GPD345 de -60; 0 e +60 kg. As correlações genéticas estimadas entre o nível e inclinação das normas de reação foram de alta magnitude, entre 0,97 e 0,99, caracterizando efeito de escala em interação genótipo × ambiente. Os modelos hierárquicos de normas de reação são eficientes para descrever as alterações nos componentes de variância decorrentes do ambiente e para descrever a presença de interação genótipo × ambiente na característica GPD345 em bovinos Herefor

Carcass characteristics and meat quality of Aberdeen Angus steers finished on different pastures

The present study was conducted to assess carcass features, physicochemical and sensory parameters of meat from steers finished on three types of pastures: natural pasture; natural pasture improved, fertilized and oversown with winter species; and annual summer grassland. The experiment was conducted from December 14, 2009 to November 30, 2010, with treatments distributed in a completely randomized design with a different number of replicates. Animals were used as experimental units. Experimental animals were Aberdeen Angus steers with twenty months of initial age and 354±27.4 kg of live weight, on average. The highest average daily gains were obtained for the annual summer grassland. There was no effect of treatments on carcass conformation. The highest carcass yield was obtained on the improved natural pasture. Forequarter yield, side cut yield and longissimus muscle area were similar between the pastures. Moisture and total lipids were not affected by the pasture. Thawing and cooking losses were higher in improved natural pasture and lower in sorghum pasture. Regardless of the treatment, the meat had luminosity ranging from intermediate to dark, high in red, high in yellow, and considered within the normal range for beef. Meat of higher shear force was found in natural pasture, and lower shear force was observed in meat from annual summer grassland. Average live weight daily gain explained 18% of the shear force. Sensory evaluation by duo-trio test showed differences between samples from distinct pastures in flavor. All the studied systems allow for desirable characteristics in carcass and meat