A PCR-mediated method for discrimination of Klebsiella oxytoca between closely related bacteria in environmental and clinical specimens

A specific detection method was developed to discriminate Klebsiella oxytoca between other species of the genus Klebsiella on the basis of PCR amplification of the unique DNA sequences within the polygalacturonase-encoding (pehX) gene. Four primers have been designed for performing PCRs gaining amplicons of 282, 344, 451 and 513 bp. The specificity of the test was verified by the lack of PCR products in case of related K. pneumoniae, K. planticola, and polygalacturonate-degrading species of the genus Erwinia. The PCR-mediated test gives a rapid answer, concerning the presence of K. oxytoca in a sample, or in differentiating this bacterium from other species, such as K. pneumoniae, with which they can be confused. The diagnostic test can be used in ecological monitoring of K. oxytoca as well as in medical laboratories.На основі ПЛР-ампліфікації унікальних послідовностей ДНК гена, що кодує фермент полігалактуроназу (pehX), розроблено специфічний метод для вирізнення бактерії K. oxytoca серед інших бактерій роду Klebsiella. Чотири пари праймерів створе­но для отримання ампліконів 282, 344, 451 та 513 п. н. Специфічність тесту підтверджено відсутністю продуктів ПЛР у близьких бактерій K. pneumoniae, K. planticola та видів роду Erwinia, що розкладають полігалактуронат ПЛР-тест дозволяє швидко визначити наявність K. oxytoca у зразку або відрізнити цю бактерію від представників інших видів, на­приклад, від К. pneumoniae, яка дуже схожа на неї. Діагно­стичний тест може бути використано в екологічному моні­торингу K. oxytoca, а також у медичних лабораторіях.На основе ПЦР-амплификации уникальних последовательно­стей ДНК гена, кодирующего фермент полигалактуроназу (pehX), разработан метод для выявления бактерии K. oxytoca среди других бактерий рода Klebsiella. Четыре пары праймеров созданы для получения ампликонов размером 282, 344, 451 и 513 пар нуклеотидов. Специфичность теста подтверждена отсутствием продуктов ПЦР у близких бактерий K. pneu­moniae, K. planticola и видов рода Erwinia, разлагающих полигалактуронат ПЦР-тест позволяет быстро определить наличие К. oxytoca в образцах или отличить эту бактерию от представителей других видов, например, от K. pneumoniae, которая очень на нее похожа. Диагностический тест может быть использован в экологическом мониторинге K. oxytoca, а также в медицинских лабораториях

A PCR-mediated method for discrimination of Klebsiella oxytoca between closely related bacteria in environmental and clinical specimens

A specific detection method was developed to discriminate Klebsiella oxytoca between other species of the genus Klebsiella on the basis of PCR amplification of the unique DNA sequences within the polygalacturonase-encoding (pehX) gene. Four primers have been designed for performing PCRs gaining amplicons of 282, 344, 451 and 513 bp. The specificity of the test was verified by the lack of PCR products in case of related K. pneumoniae, K. planticola, and polygalacturonate-degrading species of the genus Erwinia. The PCR-mediated test gives a rapid answer, concerning the presence of K. oxytoca in a sample, or in differentiating this bacterium from other species, such as K. pneumoniae, with which they can be confused. The diagnostic test can be used in ecological monitoring of K. oxytoca as well as in medical laboratories.На основі ПЛР-ампліфікації унікальних послідовностей ДНК гена, що кодує фермент полігалактуроназу (pehX), розроблено специфічний метод для вирізнення бактерії K. oxytoca серед інших бактерій роду Klebsiella. Чотири пари праймерів створе­но для отримання ампліконів 282, 344, 451 та 513 п. н. Специфічність тесту підтверджено відсутністю продуктів ПЛР у близьких бактерій K. pneumoniae, K. planticola та видів роду Erwinia, що розкладають полігалактуронат ПЛР-тест дозволяє швидко визначити наявність K. oxytoca у зразку або відрізнити цю бактерію від представників інших видів, на­приклад, від К. pneumoniae, яка дуже схожа на неї. Діагно­стичний тест може бути використано в екологічному моні­торингу K. oxytoca, а також у медичних лабораторіях.На основе ПЦР-амплификации уникальних последовательно­стей ДНК гена, кодирующего фермент полигалактуроназу (pehX), разработан метод для выявления бактерии K. oxytoca среди других бактерий рода Klebsiella. Четыре пары праймеров созданы для получения ампликонов размером 282, 344, 451 и 513 пар нуклеотидов. Специфичность теста подтверждена отсутствием продуктов ПЦР у близких бактерий K. pneu­moniae, K. planticola и видов рода Erwinia, разлагающих полигалактуронат ПЦР-тест позволяет быстро определить наличие К. oxytoca в образцах или отличить эту бактерию от представителей других видов, например, от K. pneumoniae, которая очень на нее похожа. Диагностический тест может быть использован в экологическом мониторинге K. oxytoca, а также в медицинских лабораториях

Pathogenetic substantiation of comprehensive treatment of patients with chronic pancreatitis combined with osteoarthrosis and obesity concerning the correction of the disorders in the proteinase inhibitor system and metabolism of the connective tissue components

Резюме. На сьогодні частота коморбідного перебігу хронічного панкреатиту (ХП) та ожиріння в останній час істотно зросла, особливо у осіб другої половини зрілого та похилого віку, як в Україні, так і у світі. Мета дослідження. Встановити механізми взаємообтяження хронічного панкреатиту та остеоартрозу великих суглобів у хворих на ожиріння на підставі дослідження вмісту білкових та вуглеводно-білкових компонентів позаклітинного матриксу та протеїназо-інгібіторної системи, підвищити ефективність комплексного лікування за даної поліморбідності. Резюме. На сегодняшний день частота коморбидного течения хронического панкреатита (ХП) и ожирения в последнее время существенно возросла, особенно у лиц второй половины зрелого и пожилого возраста, как в Украине, так и в мире. Цель исследования. Установить механизмы взаимоотягощения хронического панкреатита и остеоартроза крупных суставов у больных ожирением на основании исследования содержания белковых и углеводно-белковых компонентов внеклеточного матрикса и протеиназо-ингибиторной системы, повысить эффективность комплексного лечения при данной полиморбидности. Introduction. The incidence of the comorbid course of chronic pancreatitis (CP) and obesity has recently increased significantly both in Ukraine and all over the world, especially in individuals being in the second half of their adulthood and in the elderly ones. This combination of interdependent diseases is often complemented by osteoarthrosis (OA) of the large joints, which is characterized by severe, rapidly progressing course. The basis CP and OA progression, among various mechanisms of pathogenesis, is the proteinase-inhibitor imbalance, which leads to proteolytic damage and destruction of acinar epithelium and cartilage tissue, polymorphocyte infiltration of the tissue of the pancreas and synovial epithelium (reactive synovitis) under the influence of increased expression and activation of cellular adhesion factors, hyperproduction of proinflammatory cytokines, growth factors of anabolic action, acidosis, hypoxia, etc. Objective. Тo identify the mechanisms of mutual aggravation of chronic pancreatitis and osteoarthrosis of large joints in obese patients on the basis of the study of protein and carbohydrate-protein components of the extracellular matrix of the proteinase inhibitor system, to increase the efficiency of comprehensive treatment for this polymorbidity