Direct amplification of length polymorphisms (DALP), or how to get and characterize new genetic markers in many species.

International audienceDirect amplification of length polymorphisms (DALP) uses an arbitrarily primed PCR (AP-PCR) to produce genomic fingerprints and to enable sequencing of DNA polymorphisms in virtually any species. Oligonucleotide pairs were designed to each produce a specific multi-banded pattern and all the fragments thus generated can be directly sequenced with the same two universal M13 sequencing primers. This strategy combines the advantages of a high resolution fingerprint technique and the possibility of characterizing the polymorphisms. The use of family members as templates in the multi-locus detection step allows a direct test of allele transmission, as well as early mapping of the markers or selection of loci associated with some traits or diseases. We used this method to detect micro-deletions/insertions and microsatellite DNA loci useful in population genetics studies, but it could be applied in many other fields of biology, such as genome mapping for definition of polymorphic sequence tagged sites, directly localized on a genetic map

L' Histoire des puces

PARIS-BIUP (751062107) / SudocSudocFranceF

Search for genetic markers of gene FEC (fecundity) in sheep by using comparative mapping.

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Bacterial interactions in a marine mudflat biofilm: a Pseudomonas bacterium produces a proteinaceous molecule inhibiting the biofilm formation of a flavobacterium strain

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Microsatellite markers for the Baltic clam, Macoma balthica (Linné, 1758), a key species concerned by changing southern limit, in exploited littoral ecosystems

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Understanding the bacterial interactions within marine biofilms

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Colonisation de deux interfaces par des bactéries marines issues d'un biofilm benthique transitoire et d'un biofilm composite " microorganismes / produits de corrosion " permanent.

International audienceEn environnement marin, les biofilms microbiens recouvrent la plupart des surfaces solides. Lors de la formation des biofilms, la colonisation des interfaces par les microorganismes est progressive et suit une logique taxonomique et/ou fonctionnelle des espèces. Ces biofilms représentent des systèmes multi-cellulaires au sein desquels se produisent de nombreuses interactions, de compétitions et coopérations complexes encore mal comprises et que nous souhaitons explorer. Dans le cadre de ce travail, nous nous intéressons à deux types de biofilms, un biofilm benthique prélevé sur la vasière intertidale de Brouage et un biofilm formé sur acier dans le port des Minimes de La Rochelle, impliqué dans la biocorrosion des structures métalliques. L'objectif de ce travail est d'étudier les interactions bactériennes au sein de ces biofilms. Une large gamme de bactéries hétérotrophes cultivables (160) a été isolée de ces biofilms. Leur capacité à former des biofilms a été évaluée en faisant varier les interfaces de colonisation (surfaces abiotiques en verre ou en polystyrène) et les conditions de développement des biofilms (statique ou dynamique). Dans un premier temps, nous avons testé, en conditions statiques, la capacité des bactéries à adhérer aux 2 interfaces et à se développer ensuite en biofilm. Dans un deuxième temps, les 9 souches les plus aptes à établir un biofilm sur les 2 interfaces ont été testées en conditions dynamiques (chambre à flux) sur une interface en verre. Les 4 bactéries présentant les propriétés les plus intéressantes (stabilité du biofilm, architecture 3D...) ont été sélectionnées et serviront de modèles pour l'exploration des interactions microbiennes

Cell-bound exopolysaccharides from an axenic culture of the intertidal mudflat Navicula phyllepta diatom affect biofilm formation by benthic bacteria

International audienceAt low tide, intertidal mudflat biofilms cover large surfaces and are mainly responsible for the high productivity of these marine areas. In the European Atlantic coast, such biofilms are mainly composed of diatoms, especially Navicula phyllepta, bacteria, and microbial extracellular polymeric substances (EPS). To better understand interactions occurring between microorganisms, we first axenized a N. phyllepta culture with a new and simple protocol. Colloidal and bound EPS secreted by diatom cells during the exponential growth and the stationary phase were then harvested, and we tested their effects on the in vitro formation of biofilms by three marine bacteria. The latter had been isolated from a French Atlantic intertidal mudflat and were previously selected for their strong in vitro biofilm-forming ability. They belong to the Flavobacterium, Roseobacter, and Shewanella genera. Navicula phyllepta-bound EPS synthesized during the stationary phase specifically inhibited the biofilm formation by the Flavobacterium sp. strain, whereas they stimulated biofilm development by the two other strains. The EPS acted in all cases during the first stages of the biofilm establishment. Saccharidic molecules were found to be responsible for these activities. This is the first report on marine bacterial antibiofilm saccharides of microalgal origin. This work points out the complexity of the benthic natural biofilms with specific microalgae/bacteria interactions and underlines the possibility to use axenic diatoms as a source of bioactive compounds

Quelles sont les bactéries présentes dans les biofilms formés sur acier en milieu marin ?

Afin de mieux comprendre les phénomènes de corrosion en milieu marin, nous avons immergé des coupons d’acier dans un site portuaire et caractérisé simultanément les produits de corrosion de l’acier et la flore bactérienne associée, pour des durées d’exposition allant de 1 semaine à 11 ans. Les résultats obtenus ont montré que la rouille observée sur les coupons immergés pendant 1 ou 2 semaines résultait d’un processus électrochimique abiotique, puis, qu’au bout d’un mois d’immersion, commençait à apparaître de façon très localisée du FeS, dont la présence résultait probablement de l’activité métabolique de bactéries sulfato-réductrices. Sur le coupon immergé pendant 11 ans, le FeS a été retrouvé dans presque toute l’épaisseur du biofilm. Quelle que soit la durée d’immersion, une biodiversité importante a été mise en évidence aussi bien pour la flore bactérienne totale que pour les bactéries cultivées et isolées, malgré un faible taux de bactéries cultivables (moins de 1,8 %). Néanmoins, les bactéries cultivables en mélange ne sont pas en général les bactéries majoritaires du biofilm. De plus, la mise en culture en mélange a permis de détecter des bactéries sulfato-réductrices que nous n’avons pas réussi à mettre en culture de façon isolée, suggérant des symbioses entre espèces bactériennes