The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance

INTRODUCTION Investment in Africa over the past year with regard to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) sequencing has led to a massive increase in the number of sequences, which, to date, exceeds 100,000 sequences generated to track the pandemic on the continent. These sequences have profoundly affected how public health officials in Africa have navigated the COVID-19 pandemic. RATIONALE We demonstrate how the first 100,000 SARS-CoV-2 sequences from Africa have helped monitor the epidemic on the continent, how genomic surveillance expanded over the course of the pandemic, and how we adapted our sequencing methods to deal with an evolving virus. Finally, we also examine how viral lineages have spread across the continent in a phylogeographic framework to gain insights into the underlying temporal and spatial transmission dynamics for several variants of concern (VOCs). RESULTS Our results indicate that the number of countries in Africa that can sequence the virus within their own borders is growing and that this is coupled with a shorter turnaround time from the time of sampling to sequence submission. Ongoing evolution necessitated the continual updating of primer sets, and, as a result, eight primer sets were designed in tandem with viral evolution and used to ensure effective sequencing of the virus. The pandemic unfolded through multiple waves of infection that were each driven by distinct genetic lineages, with B.1-like ancestral strains associated with the first pandemic wave of infections in 2020. Successive waves on the continent were fueled by different VOCs, with Alpha and Beta cocirculating in distinct spatial patterns during the second wave and Delta and Omicron affecting the whole continent during the third and fourth waves, respectively. Phylogeographic reconstruction points toward distinct differences in viral importation and exportation patterns associated with the Alpha, Beta, Delta, and Omicron variants and subvariants, when considering both Africa versus the rest of the world and viral dissemination within the continent. Our epidemiological and phylogenetic inferences therefore underscore the heterogeneous nature of the pandemic on the continent and highlight key insights and challenges, for instance, recognizing the limitations of low testing proportions. We also highlight the early warning capacity that genomic surveillance in Africa has had for the rest of the world with the detection of new lineages and variants, the most recent being the characterization of various Omicron subvariants. CONCLUSION Sustained investment for diagnostics and genomic surveillance in Africa is needed as the virus continues to evolve. This is important not only to help combat SARS-CoV-2 on the continent but also because it can be used as a platform to help address the many emerging and reemerging infectious disease threats in Africa. In particular, capacity building for local sequencing within countries or within the continent should be prioritized because this is generally associated with shorter turnaround times, providing the most benefit to local public health authorities tasked with pandemic response and mitigation and allowing for the fastest reaction to localized outbreaks. These investments are crucial for pandemic preparedness and response and will serve the health of the continent well into the 21st century

NAVIGUER SUR INTERNET JUSQU’À L’ÉPUISEMENT ?

Le développement du droit d’auteur a été motivée depuis toujours de façon à bien gérer les rapports délicats entre les auteurs et le public afin de tenir compte des intérêts de chacun. Si le public veut avoir accès au travail de l’auteur en vue de bénéficier des avantages culturels qui y sont transmis, on doit également reconnaître à l’auteur une exclusivité d’exploitation de son oeuvre pour les fins de sa commercialisation. Le concept d’épuisement des droits a cependant été élaboré en vue de tempérer l’exercice exclusif du droit d’auteur. Où se situe le point d’équilibre entre les droits intellectuels et ceux du public dans le respect du libéralisme économique ? L’objectif de ce texte est de répondre à cette question.An important stimulus in the development of copyright law has been the goal of balancing the sensitive relationship between authors and the general public in light of the interests of each. If the public wishes to benefit from the cultural advantages inherent in an author’s work, one must also recognize the author’s right to enjoy exclusive use of his or her work for commercial purposes. However, the concept of copyright exhaustion was created with the intent of limiting copyright exclusivity. How can one balance intellectual rights with the rights of the public while preserving the principles of economic liberalism? The goal of this article is to provide an answer to this question

Qualité des produits dérivés du manioc prélevés au niveau des sites de fabrication et dans les marchés de Kinshasa, RD Congo

L'analyse de la qualité microbiologique ont été réalisées sur les produits dérivés du manioc chikwangue, cossettes de manioc et farine de manioc au niveau du site de fabrication (Bas Congo et Bandundu) et dans les marchés de Kinshasa. Les analyses microbiologiques ont révélé la présence de la flore aérobie mésophile et des moisissures appartenant aux genres Penicillium, Aspergillus et Rhizopus sur les produits dérivés du manioc. Dans certains cas, le niveau de contamination était élevé sur les échantillons prélevés au niveau du site de fabrication que sur ceux prélevés dans les marchés de Kinshasa. La contamination élevée par le Penicillium sp (3,34 CFU) et le Rhizopus sp (1,53 CFU) a été constatée sur les échantillons de chikwangue tandis que, la contamination élevée par l'Aspergillus flavus a été observée sur les cossettes de manioc (2,04 CFU) et la farine de manioc (2,48 CFU). Le niveau de contamination élevé par la flore aérobie mésophile a été constaté sur les cossettes de manioc (5,91 CFU). Le pH moyen noté sur les produits dérivés du manioc (4,33 5,39) était favorable à leur contamination que par les microorganismes acidophiles. Le pH noté sur la farine (6,94 7,17) et les cossettes (6,77 7,03) de manioc était favorable à leur contamination par les bactéries pathogènes. La teneur en eau enregistrée sur les produits dérivés du manioc (11,37% - 66,3%) était favorable à leur contamination par les microorganismes. La teneur en eau enregistrée sur les cossettes (11,37% - 15,53%) n'était pas favorable à leur contamination par les bactéries. Le taux moyen des protéines sur la farine (0,82% - 1,48%) et les cossettes (1,01% - 1,52%) de manioc était inférieur au taux moyen des protéines dans les racines fraîches. On a enregistré dans les cossettes de manioc un taux d'acide cyanhydrique (4,9 5,4 mg kg-1) inférieur au seuil limite de 10mg kg-1