Functional Characterization of the Nemertide alpha Family of Peptide Toxins

Peptide toxins find use in medicine, biotechnology, and agriculture. They are exploited as pharmaceutical tools, particularly for the investigation of ion channels. Here, we report the synthesis and activity of a novel family of peptide toxins: the cystine-knotted alpha nemertides. Following the prototypic alpha-1 and -2 (1 and 2), six more nemertides were discovered by mining of available nemertean transcriptomes. Here, we describe their synthesis using solid phase peptide chemistry and their oxidative folding by using an improved protocol. Nemertides alpha-2 to alpha-7 (2-7) were produced to characterize their effect on voltage-gated sodium channels (Blatella germanica BgNa(V)1 and mammalian Na(V)s1.1-1.8). In addition, ion channel activities were matched to in vivo tests using an Artemia microwell assay. Although nemertides demonstrate high sequence similarity, they display variability in activity on the tested Na(V)s. The nemertides are all highly toxic to Artemia, with EC50 values in the sub-low micromolar range, and all manifest preference for the insect BgNa(V)1 channel. Structure-activity relationship analysis revealed key residues for Na-V-subtype selectivity. Combined with low EC50 values (e.g., Na(V)1.1: 7.9 nM (alpha-6); Na(V)1.3: 9.4 nM (alpha-5); Na(V)1.4: 14.6 nM (alpha-4)) this underscores the potential utility of alpha-nemertides for rational optimization to improve selectivity

Développement d'une plate-forme logicielle et matérielle pour l'étude de méthodes d'apprentissage dans le contexte des objets connectés.

Encadré par Benoît Miramon

3-D imaging in post-mortem human brain with CLARITY and CUBIC

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3-D imaging in the post-mortem human brain with CLARITY and CUBIC.

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À l’intérieur du tissu cérébral Alzheimer avec la méthode CLARITY : plaques séniles, dégénérescences neurofibrillaires et axones en 3D

International audienc

Inside Alzheimer brain with CLARITY: senile plaques, neurofibrillary tangles and axons in 3-D.

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À l’intérieur du tissu cérébral Alzheimer avec la méthode CLARITY : plaques séniles, dégénérescences neurofibrillaires et axones en 3D

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Inside Alzheimer brain with CLARITY: senile plaques, neurofibrillary tangles and axons in 3-D.

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Redirection de flux pour le contrôle d'une réaction-diffusion épidémique

We show we can control an epidemic reaction-diffusion on a directed, and heterogeneous, network by redirecting the flows, thanks to the optimisation of well-designed loss functions, in particular the basic reproduction number of the model. We provide a final size relation linking the basic reproduction number to the epidemic final sizes, for diffusions around a reference diffusion with basic reproduction number less than 1. Experimentally, we show control is possible for different topologies, network heterogeneity levels, and speeds of diffusion. Our experimental results highlight the relevance of the basic reproduction number loss, compared to more straightforward losses.Nous contrôlons une réaction-diffusion épidémique sur un graphe orienté et hétérogène, en redirigeant les flux, grâce à l'optimisation de fonctions de perte bien choisies, en particulier le nombre de reproduction de base du modèle. Nous démontrons une relation de taille finale liant le nombre de reproduction de base aux tailles finales des épidémies, pour des diffusions proches d'une diffusion de référence dont le nombre de reproduction de base est inférieur à 1. Numériquement, nous montrons que le contrôle est possible pour différentes topologies, différents niveaux d'hétérogénéité du réseau, et différentes vitesses de diffusion. Nos résultats expérimentaux mettent en évidence la pertinence du nombre de reproduction de base en tant que perte, comparé à d'autres pertes d'obtention plus directe

Redirection de flux pour le contrôle d'une réaction-diffusion épidémique

We show we can control an epidemic reaction-diffusion on a directed, and heterogeneous, network by redirecting the flows, thanks to the optimisation of well-designed loss functions, in particular the basic reproduction number of the model. We provide a final size relation linking the basic reproduction number to the epidemic final sizes, for diffusions around a reference diffusion with basic reproduction number less than 1. Experimentally, we show control is possible for different topologies, network heterogeneity levels, and speeds of diffusion. Our experimental results highlight the relevance of the basic reproduction number loss, compared to more straightforward losses.Nous contrôlons une réaction-diffusion épidémique sur un graphe orienté et hétérogène, en redirigeant les flux, grâce à l'optimisation de fonctions de perte bien choisies, en particulier le nombre de reproduction de base du modèle. Nous démontrons une relation de taille finale liant le nombre de reproduction de base aux tailles finales des épidémies, pour des diffusions proches d'une diffusion de référence dont le nombre de reproduction de base est inférieur à 1. Numériquement, nous montrons que le contrôle est possible pour différentes topologies, différents niveaux d'hétérogénéité du réseau, et différentes vitesses de diffusion. Nos résultats expérimentaux mettent en évidence la pertinence du nombre de reproduction de base en tant que perte, comparé à d'autres pertes d'obtention plus directe