Large-scale SNP genotyping in crosses between outbred lines: how useful is it?

10 pagesInternational audienceAlthough genome-wide association (GWA) studies are not worth the effort in crosses between inbred lines, many crosses are actually made up of divergent yet outbred populations. Despite its relevance, however, this experimental setting has not been studied at a time when SNP microarrays are available in many species. To assess whether GWA can be useful in this setting, we performed combined coalescence--gene dropping simulations. We studied the influence of marker density, QTL effect and QTL allele frequency on power, false discovery rate (FDR) and accuracy. Our results suggest that GWA in outbred F(2) crosses is useful, especially in large populations. Under these circumstances, accuracy increased and FDR decreased as compared with classical linkage analysis. However, current SNP densities (in the order of 30-60 K SNPs/genome or equivalent to 10-20 SNPs per cM) may not be much better than linkage analysis and higher SNP densities may be required. SNP ascertainment had an important effect; the best option was to select SNPs as uniformly as possible without setting any restriction on allele frequency. Using only SNPs with fixed alternative alleles in each breed controlled false positive rate but was not useful to detect variability within lines. Finally, the most significant SNP was not necessarily the closest to the causal SNP, although the closest SNPs were usually above the significance threshold; thus, it is prudent to follow-up significant signals located in regions of interest even if they do not correspond to absolute maxima

Parâmetros genéticos e efeitos de sexo e cruzamento recíproco sobre características de interesse econômico em aves F2

RESUMO Este estudo teve por objetivo estimar os parâmetros genéticos de características de interesse econômico, mensuradas em populações F2 desenvolvidas pela Embrapa Suínos e Aves utilizando cruzamento recíproco entre linhagens de corte e de postura. Ainda, foram avaliados os efeitos de sexo e de cruzamento recíproco sobre as características em estudo. Os pesos com um, 35 e 42 dias de idade; ganho de peso; consumo de ração e conversão alimentar entre 35 e 41 dias de idade; pesos dos pulmões, fígado, coração, moela, peito, pernas, carcaça, dorso, asas, cabeça, pés e gordura abdominal, além do comprimento do intestino, foram os fenótipos estudados. Foram estimados os componentes de variâncias genética aditiva e residual, além dos coeficientes de herdabilidade e das correlações genética e fenotípica. Os machos apresentaram maior peso para todas as características estudadas, nos dois cruzamentos recíprocos, exceto para gordura abdominal na população oriunda do cruzamento de machos de postura com fêmeas de corte. Os animais oriundos do cruzamento de machos de postura com fêmeas de corte foram mais pesados que os recíprocos, para todas as idades, além de apresentarem maior comprimento de intestino e maiores pesos de moela, carcaça, dorso, peito e cabeça. Os coeficientes de herdabilidade foram altos para consumo de ração e para os pesos ao nascimento, da moela e da gordura abdominal. As correlações fenotípicas estimadas foram, em sua maioria, baixas ou moderadas, contudo muitas correlações genéticas altas foram observadas. Ressalta-se que houve expressiva diferença nos coeficientes de herdabilidade de algumas características em função do cruzamento recíproco estudado, o que pode ser devido a efeitos materno, citoplasmático, ligados ao sexo ou imprinting

Parametros Geneticos e Fenotipicos apra Caracteristicas Produtivas em Linhagens de Poedeiras de Ovos Brancos.

Utilizaram-se 2.054 femeas Leghorn da linhagem CC e 1.514 da linhagem DD do CNPSA-EMBRAPA, para estimar herdabilidades (h2) e correlacoes geneticas (rg) e fenotipicas (rp) do peso medio do ovo (PMO), taxa de postura de 23 a 40 semanas de idade (TP) e massa de ovos (MO) de 35 a 40 semanas de idade. Os efeitos de incubacao (I), reprodutor (R) aninhado em linhagem (L) e femea aninhada em R e L influenciaram significativamente todas as caracteristicas estudadas. As medias estimadas, referentes a PMO, TP e MO, foram, respectivamente, 56,4 g; 83,3% e 2.122 g referentes a CC e 56,0 g; 82,3% e 2.107 g referentes a DD. As estimativas de h2 e rg indicam que diferentes estrategias de selecao deveriam ser utilizadas nas duas linhagens, para melhorar a taxa de postura, devendo ser aplicada selecao individual em CC e selecao familiar em DD. Em ambas as linhagens devera ser considerada a selecao tambem referente a PMO, para evitar reducao no tamanho dos ovos.Made available in DSpace on 2011-04-09T12:13:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 pab07set93.pdf: 339618 bytes, checksum: 5acbc562f514cfdff086cf61b37f38cd (MD5) Previous issue date: 2001-08-16199

Desempenho e Qualidade de Carcaca em Linhagens Comerciais de Frangos de Corte.

Frangos de corte das linhagens comerciais Arbor Acres (AA), Pilch (PL), Cobb (CB) e Hubbard (HB) foram avaliados para comparar caracteristicas de desempenho e carcaca. O experimento constou de 3 grupos: machos (M), femeas (F) e misto (M+F). As caracteristicas avaliadas foram: consumo de racao (CR), ganho de peso (GP), conversao alimentar (CA) e viabilidade (VB) até 49 dias. Foi utilizado um grupo de 20 aves por parcela como unidade experimental. Aos 50 dias de idade, retiraram-se ao acaso uma ave de cada parcela M e F e um macho e uma femea da parcela MF, para avaliacao do rendimento de carcaça (RC), porcentagem de gordura abdominal em relacao ao peso vivo (PGA) e ao peso da carcaca eviscerada (PCE). Diferencas significativas de CA, (P < 0,05) foram observadas entre linhagens, tendo a linhagem PL apresentado o melhor resultado. Quanto as caracteristicas de carcaca, a linhagem CB apresentou menor PC e a AA menor RC, em relacao as demais. O efeito do grupo foi significativo (P < 0,05) sobre todas as caracteristicas avaliadas, com excecao da VB. As femeas apresentaram menores PV, PC e RC, e maiores PGA e PCE que os machos. Correlacoes fenotipicas significativas foram observadas entre PV e PC (r=0,98); PCE e RC (r=0,52); PV e RC (r=0,35). Resultados semelhantes foram encontrados, quando se levou a linhagem em consideracao, com excecao da HB, na qual a correlacao entre PV e RC nao foi importante.Made available in DSpace on 2011-04-09T12:12:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 pab01jun93.pdf: 353849 bytes, checksum: ab9543c7bedeae7cd17354f35bdeeee2 (MD5) Previous issue date: 2001-08-15199