Preservation of protein clefts in comparative models

Additional material: 5 supplementary files.[Background] Comparative, or homology, modelling of protein structures is the most widely used prediction method when the target protein has homologues of known structure. Given that the quality of a model may vary greatly, several studies have been devoted to identifying the factors that influence modelling results. These studies usually consider the protein as a whole, and only a few provide a separate discussion of the behaviour of biologically relevant features of the protein. Given the value of the latter for many applications, here we extended previous work by analysing the preservation of native protein clefts in homology models. We chose to examine clefts because of their role in protein function/structure, as they are usually the locus of protein-protein interactions, host the enzymes' active site, or, in the case of protein domains, can also be the locus of domain-domain interactions that lead to the structure of the whole protein.[Results] We studied how the largest cleft of a protein varies in comparative models. To this end, we analysed a set of 53507 homology models that cover the whole sequence identity range, with a special emphasis on medium and low similarities. More precisely we examined how cleft quality – measured using six complementary parameters related to both global shape and local atomic environment, depends on the sequence identity between target and template proteins. In addition to this general analysis, we also explored the impact of a number of factors on cleft quality, and found that the relationship between quality and sequence identity varies depending on cleft rank amongst the set of protein clefts (when ordered according to size), and number of aligned residues.[Conclusion] We have examined cleft quality in homology models at a range of seq.id. levels. Our results provide a detailed view of how quality is affected by distinct parameters and thus may help the user of comparative modelling to determine the final quality and applicability of his/her cleft models. In addition, the large variability in model quality that we observed within each sequence bin, with good models present even at low sequence identities (between 20% and 30%), indicates that properly developed identification methods could be used to recover good cleft models in this sequence range.XdC acknowledges funding from the Spanish government (Grants BIO2003-09327, BIO2006-15557) and the Wellcome Trust (Research Collaboration Grant 069878/Z/02/Z). DP acknowledges economical support from the Government of Catalonia and SL from the Consejo Superior de Investigaciones Científicas.Peer reviewe

Enseñar matemática: un reto en el nuevo paradigma tecnológico

Focalizados en la teoría de Situaciones Didácticas, hemos realizado un taller con el propósito de analizar aquellos elementos que concurren para enseñar en situaciones didácticas caracterizadas por los nuevos entornos tecnológicos y de brindar respuestas sobre los modos de abordar los procesos de enseñanza y aprendizaje de la Matemática en la Enseñanza Superior, a través de la selección y utilización de programas de uso simbólico más adecuado en cada caso. Los propósitos de este trabajo son: a) analizar las características de nuevos modelos adecuados de intervención didáctica sustentados en nuevos recursos tecnológicos y la transformación en los modos de apropiación del conocimiento, por parte de los alumnos, b) explorar propuestas didácticas para la enseñanza de la Matemática en la enseñanza Superior, a través del material de estudio diseñado sobre diferentes recursos tecnológicos

Herramientas para el cambio en la enseñanza de las matemáticas: Algunas posibilades

Las nuevas tecnologías han llegado para quedarse y formarán parte cada vez más activa de los procesos de enseñanza y aprendizaje. El presente trabajo surge del curso corto desarrollado durante RELME 27 con el propósito de analizar las nuevas tecnologías en los procesos de enseñanza y aprendizaje de las matemáticas en las escuelas de ingeniería: su incidencia y adecuación. En ese sentido se abordaron los siguientes tópicos: los laboratorios de matemáticas, una enseñanza integrada de las matemáticas, algunas experiencias surgidas del proceso de Bolonia: proyectos y concursos, las nuevas tecnologías: plataformas en línea, tutorías y evaluación

Ecuaciones diferenciales ordinarias en ingeniería: Soluciones utilizando un CAS

Este trabajo es el resumen del taller sobre el estudio de las ecuaciones diferenciales ordinarias en una carrera de Ingeniería mediante el uso de un sistema algebraico computacional (Computer Algebra System (CAS) en terminología inglesa), que se impartió en la RELME 27. El objetivo primordial es poner de manifiesto cómo el uso de un CAS permite abordar, de manera diferente a la tradicional, el estudio de la mayoría de los tópicos que son objeto de un curso de ecuaciones diferenciales ordinarias (EDO), especialmente los referidos a soluciones numéricas y gráficas. Los recursos computacionales constituyen herramientas poderosas en la enseñanza y en el aprendizaje de las ecuaciones diferenciales en diferentes aspectos: propician la interacción entre distintas representaciones del modelo matemático que describe el fenómeno de interés (contribuyendo con un aprendizaje significativo), permiten esbozar soluciones de ecuaciones diferenciales, en un contexto muy general, mediante técnicas cualitativas (gráficas y numéricas) y permiten inferir propiedades referidas al tipo de EDO en estudio

La revolución tecnológica en la enseñanza de las matemáticas: el nuevo paradigma. ¿Es una oportunidad de cambio o un simple engaño?

Sobre la base de las experiencias de los Grupos de Discusión desarrollados en dos encuentros anteriores (RELME 23 y RELME 24) y en el marco de los Convenios de cooperación entre la Universidad Pontificia Comillas y Universidad de Salamanca de España, por una parte, y la Universidad Tecnológica Nacional, de Argentina, por la otra; en este nuevo encuentro, y en consonancia con los objetivos de la RELME 26 desarrollamos un curso corto que contribuya con el análisis y evaluación: a) del impacto de las nuevas tecnologías en la enseñanza superior, b) de los cambios que se están operando en las universidades, c) de los cambios en la enseñanza superior de la Matemática, d) de la inserción de los recursos tecnológicos en las cátedras

The functional modulation of epigenetic regulators by alternative splicing

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Epigenetic regulators (histone acetyltransferases, methyltransferases, chromatin-remodelling enzymes, etc) play a fundamental role in the control of gene expression by modifying the local state of chromatin. However, due to their recent discovery, little is yet known about their own regulation. This paper addresses this point, focusing on alternative splicing regulation, a mechanism already known to play an important role in other protein families, e.g. transcription factors, membrane receptors, etc.</p> <p>Results</p> <p>To this end, we compiled the data available on the presence/absence of alternative splicing for a set of 160 different epigenetic regulators, taking advantage of the relatively large amount of unexplored data on alternative splicing available in public databases. We found that 49 % (70 % in human) of these genes express more than one transcript. We then studied their alternative splicing patterns, focusing on those changes affecting the enzyme's domain composition. In general, we found that these sequence changes correspond to different mechanisms, either repressing the enzyme's function (e.g. by creating dominant-negative inhibitors of the functional isoform) or creating isoforms with new functions.</p> <p>Conclusion</p> <p>We conclude that alternative splicing of epigenetic regulators can be an important tool for the function modulation of these enzymes. Considering that the latter control the transcriptional state of large sets of genes, we propose that epigenetic regulation of gene expression is itself strongly regulated by alternative splicing.</p

Seabird colonies as the main source of nutrients for the coastal ecosystems in the Atlantic Islands of Galicia National Park (NW Spain)

Seabirds form large colonies during the reproductive period, producing substantial changes in coastal ecosystems. The present study quantifies the amount of N and P deposited in colonies of yellow-legged gull (Larus michahellis) in the Atlantic Islands of Galicia National Park (AINP). Based on the composition of droppings, the amount of total N (TN), total P (TP) and bioavailable P (Pbio) deposited directly on the area occupied by the colony was determined. In addition, the amount of NH3 released into the atmosphere was also estimated by applying a bioenergetic model. The results indicated that 5.35 t total N, 3.35 t total P and 1.24 t bioavailable P are deposited in the colony annually. The archipelagos that received the greatest amount of nutrients were the Cíes Islands (2.37 t TN y−1, 1.48 t TP y−1, 0.55 t Pbio y−1), Sálvora (1.94 t TN y−1, 1.22 t TP y−1, 0.55 t Pbio y−1) and Ons (1.04 t TN y−1, 0.65 TP y−1, 0.24 t Pbio y−1). Rainwater from the colonies showed higher values of nutrients than in the control plot, possibly also due to gull influence. Therefore, the yellow-legged gull colony seems to be the most important source of nutrients at a local level, exerting a clear influence on the N and P cycles in this National Park. Another aspect worth taking into consideration is that increased N and P bioavailability may have a negative effect on the conservation of rare or threatened habitats and species by promoting the expansion of non-native ruderal speciesS