Transient colonization of the airways by unusual Aspergillus species in two cystic fibrosis patients

Date du colloque&nbsp;: 06/2009</p

Geosmithia argillacea: an emerging agent of airway colonization in patients with cystic fibrosis?

Date du colloque&nbsp;: 06/2009</p

Genomics and transcriptomics of Xanthomonas campestris species challenge the concept of core type III effectome

The bacterial species Xanthomonas campestris infects a wide range of Brassicaceae. Specific pathovars of this species cause black rot (pv. campestris), bacterial blight of stock (pv. incanae) or bacterial leaf spot (pv. raphani). In this study, we extended the genomic coverage of the species by sequencing and annotating the genomes of strains from pathovar incanae (CFBP 1606R and CFBP 2527R), pathovar raphani (CFBP 5828R) and a pathovar formerly named barbareae (CFBP 5825R). While comparative analyses identified a large core ORFeome at the species level, the core type III effectome was limited to only three putative type III effectors (XopP, XopF1 and XopAL1). In Xanthomonas, these effector proteins are injected inside the plant cells by the type III secretion system and contribute collectively to virulence. A deep and strand-specific RNA sequencing strategy was adopted in order to experimentally refine genome annotation for strain CFBP 5828R. This approach also allowed the experimental definition of novel ORFs and non-coding RNA transcripts. Using a constitutively active allele of hrpG, a master regulator of the type III secretion system, a HrpG-dependent regulon of 141 genes co-regulated with the type III secretion system was identified. Importantly, all these genes but seven are positively regulated by HrpG and 56 of those encode components of the Hrp type III secretion system and putative effector proteins. This dataset is an important resource to mine for novel type III effector proteins as well as for bacterial genes which could contribute to pathogenicity of X. campestris

A new phase in the production of quality-controlled sea level data

Sea level is an essential climate variable (ECV) that has a direct effect on many people through inundations of coastal areas, and it is also a clear indicator of climate changes due to external forcing factors and internal climate variability. Regional patterns of sea level change inform us on ocean circulation variations in response to natural climate modes such as El Niño and the Pacific Decadal Oscillation, and anthropogenic forcing. Comparing numerical climate models to a consistent set of observations enables us to assess the performance of these models and help us to understand and predict these phenomena, and thereby alleviate some of the environmental conditions associated with them. All such studies rely on the existence of long-term consistent high-accuracy datasets of sea level. The Climate Change Initiative (CCI) of the European Space Agency was established in 2010 to provide improved time series of some ECVs, including sea level, with the purpose of providing such data openly to all to enable the widest possible utilisation of such data. Now in its second phase, the Sea Level CCI project (SL_cci) merges data from nine different altimeter missions in a clear, consistent and well-documented manner, selecting the most appropriate satellite orbits and geophysical corrections in order to further reduce the error budget. This paper summarises the corrections required, the provenance of corrections and the evaluation of options that have been adopted for the recently released v2.0 dataset (https://doi.org/10.5270/esa-sea_level_cci-1993_2015-v_2.0-201612). This information enables scientists and other users to clearly understand which corrections have been applied and their effects on the sea level dataset. The overall result of these changes is that the rate of rise of global mean sea level (GMSL) still equates to ∼ 3.2 mm yr−1 during 1992–2015, but there is now greater confidence in this result as the errors associated with several of the corrections have been reduced. Compared with v1.1 of the SL_cci dataset, the new rate of change is 0.2 mm yr−1 less during 1993 to 2001 and 0.2 mm yr−1 higher during 2002 to 2014. Application of new correction models brought a reduction of altimeter crossover variances for most corrections

Durée de la survie des Brucella dans le fromage de Roquefort

Carrère Louis, Lafenêtre Henri, Quatrefages H., De Noronha Fernando. Durée de la survie des Brucella dans le fromage de Roquefort. In: Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France tome 113 n°8, 1960. pp. 469-473

Évolution de quelques agglutinines vaccinales brucelliques chez la brebis

— Les brebis vaccinées avec le vaccin Renoux présentent pendant un an au moins une séro-agglutination positive qui ne permet pas de les distinguer des animaux infectés ; — La même conclusion s’applique aux brebis vaccinées avec la B.19, bien que le taux d’agglutination soit nettement plus faible que dans le cas précédent et représente plutôt une suspicion qu’une positivité. — Pour soupçonner l’existence d’une infection brucellique chez les brebis vaccinées avec les trois autres vaccins, il faut constater une réaction positive ( + + au 1/20) non point sur un ou deux sujets isolés, qui peuvent figurer parmi ceux qui conservent en permanence les agglutinines vaccinales, mais sur un groupe de sujets représentant 10% ou mieux 15% de l’effectif total du trou peau, à condition que cette constatation soit faite dans un délai post-vaccinal supérieur à 2 mois pour le vaccin Dubois, 3 mois pour le B.112 et 4 mois pour le néo-brucel. Cette suspicion devient presque une certitude si, l’épreuve étant recommencée au bout de 3 à 4 semaines, les taux d’agglutination constatés sont supérieurs aux taux précédents. On pourra peut-être nous reprocher de n’avoir pas fait porter notre expérience sur tous les vaccins antibrucelliques susceptibles d’être utilisés dans la pratique ; nous nous sommes volontairement limités à ceux qui ont fait l’objet, au moment de leur mise au point, de contrôles scientifiques publiés. Nous avons également laissé de côté certains vaccins multivalents qui renferment des brucella à titre accessoire, et au" sujet desquels il serait souhaitable que ces bactéries soient éliminées, car elles peuvent aussi, par les agglutinines qu’elles provoquent, constituer un obstacle pour les opérations de prophylaxie. Il est à peine besoin de souligner enfin que l’appréciation de l’infection dans un troupeau, basée sur l’évolution des agglutinines vaccinales, suppose la connaissance de la date de la vaccination et de la nature du vaccin utilisé, c’est-à-dire le contrôle des vaccinations par le Directeur des Services Vétérinaires

Les limites de la protection vaccinale antibrucellique chez la brebis

Lafenêtre Henri, Carrère Louis, Cortez A., Vollhardt Yves, Quatrefages H. Les limites de la protection vaccinale antibrucellique chez la Brebis. In: Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France tome 117 n°3, 1964. pp. 117-121

Efficacité comparée de cinq vaccins antibrucelliques chez la Brebis

Lafenêtre Henri, Carrère Louis, Cortez A., Vollhardt Yves, Quatrefages H. Efficacité comparée de cinq vaccins antibrucelliques chez la brebis. In: Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France tome 115 n°8, 1962. pp. 319-324

Vaccins anti-brucelliques tués et allergie dans l’espèce ovine

Lafenêtre Henri, Carrère Louis, Petitdidier M., Vollhardt Yves, Quatrefages H. Vaccins anti-brucelliques tués et allergie dans l’espèce ovine. In: Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France tome 117 n°4, 1964. pp. 189-191