Structure of concanavalin A at pH 8: bound solvent and crystal contacts

9 pages, 3 figures, 4 tables.Concanavalin A has been crystallized in the presence of the ligand (6-S-[beta]-D-galactopyranosyl-6-thio)-cyclomaltoheptaose. The crystals are isomorphous to those reported for ConA complexed with peptides at low resolution (3.00-2.75 Å). The structure was solved at 1.9 Å, with free R and R values of 0.201 and 0.184, respectively. As expected, no molecules of the ligand were bound to the protein. Soaking in the cryobuffer left its fingerprint as 25 molecules of glycerol in the bound solvent, most of them at specific positions. The fact that a glycerol molecule is located in the sugar-binding pocket of each of the four subunits in the asymmetric unit and another is located in two of the peptide-binding sites suggests a recognition phenomenon rather than a displacement of water molecules by glycerol. Crystal contact analysis shows that a relation exists between the residues that form hydrogen bonds to other asymmetric units and the space group: contact Asp58-Ser62 is a universal feature of ConA crystals, while Ser66-His121, Asn69-Asn118 and Tyr100-His205 contacts are general features of the C2221 crystal form.We thank Professor GarcõÂa-Ruiz for his constant support and helpful discussions and suggestions, Dr Cartwright for reviewing the manuscript and Professor Kabsch for providing XDS free of charge.We acknowledge EMBO/DESY for beam time, Professor Martinez Ripoll for his kind support in the preliminary X-ray characterization using the rotating-anode generator at the Instituto de QuõÂmica Fisica Roca Solano (CSIC) and the referees for valuable comments.Work in AA's laboratory is funded by Spanish Plan Nacional grant BMC- 2002-04011-C03.Peer reviewe

Structural study of the type II 3-dehydroquinate dehydratase from Actinobacillus pleuropneumoniae

9 pages, 7 figures, 2 tables.The structure of the type II dehydroquinate dehydratase (DHQase) from Actinobacillus pleuropneumoniae, the third enzyme of the shikimate pathway, has been determined. Crystals diffracting to 1.7 Å were obtained in space and on earth using the counter-diffusion technique. The structure was solved using molecular replacement and refined to high resolution. The overall structure of the dodecameric enzyme is described and compared with structures of DHQases from other bacteria. DHQases contain a flexible loop that presumably closes over the active site upon substrate binding. The enzyme can exist in an open or closed conformation. The present structure displays the open conformation, with a sulfate anion bound in the active site. The availability of this structure opens a route to structure-based antibiotics targetting this pathogenic bacterium.We thank Professor Kabsch for providing XDS free of charge. We acknowledge the support of the European Space Agency and the European Community Action to Research Infrastructure Action of the Improving Human Potential Programme to the EMBL Hamburg Outstation, contract No. HPRI-CT-1999-00017. We thank Olivier Minster (ESA) for his support of space science. The authors acknowledge the excellent work of Dr Eva ManÄ as in managing the logistics concerning the space mission. We thank Viscount Dirk Frimout for his support for space crystallization experiments.Peer reviewe

Sublittoral soft bottom communities and diversity of Mejillones Bay in northern Chile (Humboldt Current upwelling system)

The macrozoobenthos of Mejillones Bay (23°S; Humboldt Current) was quantitatively investigated over a 7-year period from austral summer 1995/1996 to winter 2002. About 78 van Veen grab samples taken at six stations (5, 10, 20 m depth) provided the basis for the analysis of the distribution of 60 species and 28 families of benthic invertebrates, as well as of their abundance and biomass. Mean abundance (2,119 individuals m-2) was in the same order compared to a previous investigation; mean biomass (966 g formalin wet mass m-2), however, exceeded prior estimations mainly due to the dominance of the bivalve Aulacomya ater. About 43% of the taxa inhabited the complete depth range. Mean taxonomic Shannon diversity (H', Log e) was 1.54 ± 0.58 with a maximum at 20 m (1.95 ± 0.33); evenness increased with depth. The fauna was numerically dominated by carnivorous gastropods, polychaetes and crustaceans (48%). About 15% of the species were suspensivorous, 13% sedimentivorous, 11% detritivorous, 7% omnivorous and 6% herbivorous. Cluster analyses showed a significant difference between the shallow and the deeper stations. Gammarid amphipods and the polychaete family Nephtyidae characterized the 5-mzone, the molluscs Aulacomya ater, Mitrella unifasciata and gammarids the intermediate zone, while the gastropod Nassarius gayi and the polychaete family Nereidae were most prominent at the deeper stations. The communities of the three depth zones did not appear to be limited by hypoxia during non-El Niño conditions. Therefore, no typical change in community structure occurred during El Niño 1997–1998, in contrast to what was observed for deeper faunal assemblages and hypoxic bays elsewhere in the coastal Humboldt Current system

Tendencias de la investigación en Ingeniería Ambiental

Esta obra incluye las memorias del Simposio “Tendencias de la Investigación en Ingeniería Ambiental”, organizado por el Grupo de Investigaciones y Mediciones Ambientales (GEMA), realizado en la Universidad de Medellín en agosto de 2007. El texto está conformado por 14 capítulos agrupados en cuatro partes. En la primera se agrupan los trabajos relacionados con la calidad y alternativas de tratamiento del agua e hidráulica ambiental (capítulos 1 al 4). La segunda trata temas relacionados con la contaminación atmosférica y calidad del aire (capítulos 5 al 6). La tercera está relacionada con las tecnologías ambientales para la recuperación y conservación de suelos (capítulos 7 al 10) y la cuarta y última comprende las temáticas asociadas con la sostenibilidad ambiental del territorio (capítulos 11 al 14). En este sentido, estamos convencidos del valioso aporte que el libro dará a la comunidad científica, por ser este un documento de divulgación de resultados de investigación en ingeniería ambiental.PRÓLOGO............13 PRESENTACIÓN.............15 PRIMERA PARTE CALIDAD Y ALTERNATIVAS DE TRATAMIENTO DEL AGUA HIDRÁULICA AMBIENTAL Capítulo 1 PRETRATAMIENTO DE AGUAS RESIDUALES INDUSTRIALES MEDIANTE FOTO-FENTON SOLAR A ESCALA INDUSTRIAL ACOPLADO A BIOTRATAMIENTO CON FANGOS ACTIVOS INMOVILIZADOS Manuel Ignacio Maldonado, Isabel Oller, Wolfgang Gernjak, Sixto Malato 1.1 INTRODUCCIÓN............19 1.2 MATERIALES Y MÉTODOS.............21 1.2.1 Reactivos............21 1.2.2 Determinaciones analíticas.............22 1.2.3 Dispositivo experimental.............23 1.3 R ESULTADOS Y DISCUSIÓN............ 27 1.3.1 Tratamiento foto-Fenton solar............27 1.3.2 Biotratamiento mediante fangos activos inmovilizados.............33 1.3.3 Sistema combinado foto-Fenton solar-biológico aeróbico............35 1.4 CONCLUSIONES............. 42 Capítulo 2 DEGRADACIÓN DE LA ATRAZINA EN SOLUCIÓN ACUOSA USANDO RADIACIÓN UV Y PROCESOS DE OXIDACIÓN AVANZADA Margarita Hincapié, Gustavo Peñuela, Manuel I. Maldonado, Sixto Malato 2.1 INTRODUCCIÓN..............47 2.2 SECCIÓN EXPERIMENTAL..............53 2.2.1 Materiales.............53 2.2.2 Metodología...............53 2.2.3 Determinación analítica..............55 2.2.4 Determinación de la toxicidad...............55 2.3 R ESULTADOS Y DISCUSIÓN...............56 2.3.1 Hidrólisis..............56 2.3.2 Fotólisis y fotocatálisis con TiO2 Degussa P25.............56 2.3.3 Efecto de los agentes oxidantes peróxido de hidrógeno y persulfato de sodio en la fotocatálisis..............59 2.3.4 Proceso foto Fenton..............63 2.3.5 Evaluación de los aniones inorgánicos durante los dos tratamientos.............66 2.3.6 Cuantificación e identificación de los productos de degradación...............68 2.3.7 Evaluación de la toxicidad...............71 2.4 CONCLUSIONES...............74 Capítulo 3 HUMEDALES ARTIFICIALES PARA EL TRATAMIENTO DE AGUAS RESIDUALES Nazly E. Sánchez P., Gustavo A. Peñuela M., Juan C. Casas Z. 3.1 INTRODUCCIÓN...............81 3.2 MARCO TEÓRICO...............83 3.2.1 Humedales construidos para el tratamiento de aguas residuales..............84 3.2.2 Clasificación de los humedales.............85 3.2.3 Ventajas y desventajas de los humedales subsuperficiales..............87 3.2.4 Aspectos a considerar en los humedales subsuperficiales..............88 3.3 MATERIALES Y MÉTODOS.................89 3.3.1 Diseño y construcción de los humedales a escala piloto..............89 3.3.2 Componentes del agua residual sintética................90 3.3.3 Siembra y aclimatación de plantas............... 90 3.3.4 Muestreos............91 3.4 R ESULTADOS Y DISCUSIÓN..............91 3.4.1 pH..............91 3.4.2 Demanda bioquímica de oxígeno (DBO5)..............92 3.4.3 Carbono orgánico total (COT)................94 3.5 CONCLUSIONES................95 Capítulo 4 DESCRIPCIÓN DE LA DINÁMICA OCEANOGRÁFICA DEL GOLFO DE URABÁ UTILIZANDO MEDICIONES DE CAMPO Luis Javier Montoya Jaramillo, Francisco Mauricio Toro Botero 4.1 INTRODUCCIÓN...............103 4.2 DATOS Y MÉTODOS................107 4.3 DISCUSIÓN..............118 4.4 CONCLUSIONES............. 120 SEGUNDA PARTE CONTAMINACIÓN ATMOSFÉRICA Y CALIDAD DEL AIRE Capítulo 5 IMPACTO DE LAS MOTOCICLETAS EN LA CALIDAD DEL AIRE. ESTUDIO DE CASO: MONTERÍA Carlos Alberto Echeverri Londoño 5.1 INTRODUCCIÓN.................127 5.2 MATERIALES Y MÉTODOS...............131 5.2.1 S elección de los sitios de medición...............131 5.2.2 Período de medición................131 5.2.3 Parámetros seleccionados...............132 5.2.4 Equipos y materiales utilizados..............132 5.2.5 Índices de calidad del aire..............133 5.2.6 Legislación.............. 138 5.2.7 Inventario de emisiones..............141 5.3 RESULTADOS...............142 5.3.1 Calidad del aire y calidad acústica................142 5.3.2 Emisiones vehiculares.............150 5.3.3 Inventario de emisiones.............155 5.4 CONCLUSIONES.............. 158 5.5 RECOMENDACIONES............. 160 Capítulo 6 ROMPIMIENTO DE LA INVERSIÓN TÉRMICA EN EL VALLE DE ABURRÁ Ángela M. Rendón, José F. Jiménez, Carlos Palacio 6.1 INTRODUCCIÓN...............163 6.2 MEDICIÓN DE VARIABLES ATMOSFÉRICAS..............164 6.3 CAMPAÑAS DE MEDICIÓN.............165 6.4 RESULTADOS..............166 6.5 CONCLUSIONES................170 TERCERA PARTE TECNOLOGÍAS AMBIENTALES PARA LA RECUPERACIÓN Y CONSERVACIÓN DE SUELOS Capítulo 7 ESTRUCTURA MODELO DE LA PARTÍCULA FUNDAMENTAL DEL COMPOST Carlos E. Arroyave M., Carlos A. Peláez J. 7.1 INTRODUCCIÓN..............177 7.2 MATERIALES Y EQUIPOS.............178 7.2.1 Materias primas y planta de compostaje............178 7.2.2 Obtención de fracciones............. 182 7.2.3 Análisis estadístico.............184 7.3 RESULTADOS Y DISCUSIÓN.............184 7.3.1 Caracterización fisicoquímica del material de RSUsf...........184 7.3.2 Tamaño de partícula.............185 7.3.3 Análisis instrumental................187 7.3.4 Modelo de partícula..............194 7.4 CONCLUSIONES..............195 Capítulo 8 DEGRADACIÓN DE HEXACLOROCICLOHEXANO (HCH) CON HONGOS DE PODREDUMBRE DE LA MADERA Juan Carlos Quintero Díaz, Gumersindo Feijoo, Juan Manuel Lema 8.1 INTRODUCCIÓN..............199 8.2 MATERIALES Y MÉTODOS..............204 8.2.1 Microorganismos.............204 8.2.2 Ensayos de selección de los hongos de podredumbre de la madera.............204 8.2.3 Ensayos de degradación de HCH en medio líquido.............205 8.2.4 Ensayos de degradación de HCH en sobre suelo contaminado.............205 8.2.5 Extracción y análisis de los isómeros de HCH.............208 8.3 RESULTADOS Y DISCUSIÓN..............209 8.3.1 Selección de los microorganismos.............209 8.3.2 Degradación de HCH en medio líquido.............210 8.3.3 Degradación de HCH en fase sólida.............212 8.4 CONCLUSIONES.............. 220 Capítulo 9 AVANCES EN LA PROPAGACIÓN ASIMBIÓTICA IN VITRO DE ORQUÍDEAS CON ESPECIAL ÉNFASIS EN EL GÉNERO CATTLEYA Liliana R. Botero, María A. Jaramillo, Óscar O. Ossa R., Tatiana Saldarriaga F., Estefanía Ortiz R. 9.1 INTRODUCCIÓN...............227 9.2 MATERIALES Y MÉTODOS...............231 9.2.1 Evaluación de la metodología de desinfección de cápsulas de orquídeas.............231 9.2.2 Evaluación del efecto de un abono comercial y un suplemento comercial de banano............239 9.3 R ESULTADOS Y DISCUSIÓN..............242 9.3.1 Ensayos de desinfección...............242 9.3.2 Resultados del efecto de un abono comercial y un suplemento de banano comercial....246 9.4 CONCLUSIONES..............254 Capítulo 10 MOVILIDAD DEL BRAVONIL 720 (CLOROTALONILO) A TRAVÉS DE LA ZONA NO SATURADA Y SATURADA DE UN ACUÍFERO LIBRE SIMULADO Idalia Jacqueline López Sánchez, Gustavo Antonio Peñuela Mesa 10.1 INTRODUCCIÓN...............259 10.2 MATERIALES Y MÉTODOS...............261 10.3 RESULTADOS Y DISCUSIÓN..............269 10.4 CONCLUSIONES..............292 CUARTA PARTE SOSTENIBILIDAD AMBIENTAL DEL TERRITORIO Capítulo 11 LA RESPONSABILIDAD SOCIAL EMPRESARIAL COMO COMPONENTE DE SOSTENIBILIDAD AMBIENTAL John Fredy López Pérez 11.1 INTRODUCCIÓN...............299 11.2 UNA LECTURA DE LA SOSTENIBILIDAD AMBIENTAL DESDE UN PUNTO DE VISTA SOCIAL..............300 11.3 EL CONCEPTO DE LA RESPONSABILIDAD SOCIAL EMPRESARIAL...............303 11.4 LA RESPONSABILIDAD SOCIAL COMO ESPACIO PARA L A SOSTENIBILIDAD AMBIENTAL.............309 11.5 ESBOZOS DE UN CASO: EL SECTOR ELÉCTRICO COLOMBIANO..............311 11.6 CONCLUSIONES..............319 Capítulo 12 DETERMINACIÓN ESPACIAL DE ÁREAS DE IMPORTANCIA ESTRATÉGICA El caso de microcuencas abastecedoras de acueductos veredales del municipio de Medellín Joaquín Hincapié, Álvaro Lema 12.1 INTRODUCCIÓN................323 12.2 LA NOCIÓN DE ÁREA DE IMPORTANCIA ESTRATÉGICA...............325 12.3 LA IDEA DE LOS SERV ICIOS AMBIENTALES..............328 12.4 ESTRATEGIA METODOLÓGICA EN LA IDENTIFICACIÓN Y DETERMINACIÓN DE LAS ÁREAS DE IMPORTANCIA ESTRATÉGICA............332 12.5 L OS RESULTADOS DEL MODELO...............359 12.6 CONCLUSIONES............. 361 Capítulo 13 LA EDUCACIÓN AMBIENTAL EN LA TRANSFORMACIÓN DE LA CULTURA Luz Ángela Peña Marín, Alba Miriam Vergara Vargas 13.1 INTRODUCCIÓN..............369 13.2 APROXIMACIÓN CONCEPTUAL...............370 13.2.1 La reflexividad...............372 13.2.2 La construcción del otro...............374 13.2.3 El discurso.............. 372 13.2.4 La autonomía y la participación..............375 13.2.5 La educación ambiental y el desarrollo humano..............378 13.2.6 Base conceptual de la educación ambiental..............380 13.2.7 Contexto sociocultural..............382 13.2.8 Diagnóstico de la educación ambiental y la administración de los recursos naturales..............392 13.2.9 Criterios corporativos de educación ambiental.............394 13.3 CONCLUSIONES...............398 Capítulo 14 ENFOQUE CONCEPTUAL DE UN SISTEMA DE INDICADORES AMBIENTALES PARA LA EVALUACIÓN DE LOS POT: municipios del Valle de San Nicolás Oriente Antioqueño Carolina Arias Muñoz, Diana Elizabeth Valencia Londoño, Boris Puerto López 14.1 INTRODUCCIÓN...............401 14.2 ENFOQUE CONCEPTUAL DEL SISTEMA DE INDICADORES..............406 14.2.1 Primera aproximación: el enfoque de impacto ambiental..............406 14.2.2 Enfoque sistémico: de la sostenibilidad ambiental..............408 14.3 PROPUESTA FINAL DE INDICADORES E ÌNDICE DE SOSTENIBILIDAD AMBIENTAL DEL POT ISAPOT.............424 14.4 R EFLEXIONES FINALES..............42

Insulinomatosis: una causa muy rara de tumor neuroendocrino pancreático

Los tumores neuroendocrinos pancreáticos representan del 2-10 % de todos los tumores del páncreas y aproximadamente el 7 % de todos los tumores neuroendocrinos. Estos se clasifican como funcionales o no funcionales según la presencia o ausencia de síndromes clínicos asociados con la hipersecreción hormonal. Los insulinomas son los tumores neuroendocrinos pancreáticos funcionales más frecuentes (45 % de los casos) y la causa más frecuente de hipoglucemia hiperinsulinémica endógena persistente en adultos. Además, el 10 % de los tumores neuroendocrinos pancreáticos se asocian con neoplasia endocrina múltiple tipo 1. La insulinomatosis es una entidad clínica distinta en la que existen múltiples insulinomas. Objetivos: exponer los casos reportados hasta el momento de insulinomatosis y describir las causas genéticas, las características clínicas, el tratamiento, y el pronóstico de la insulinomatosis. Métodos: se realizó una búsqueda sobre insulinomatosis y los factores que controlan la proliferación de las células ? en las bases de datos PubMed, Medline y Google Scholar hasta Julio 2020. Resultados: 108 casos con insulinomatosis se han reportado hasta la fecha, siendo recurrente y rara vez malignos. Múltiples protooncogenes y supresores de tumores controlan de forma local y sistémica el crecimiento de las células ?; sin embargo, solo la mutación de MafA en p.Ser64Phe ha sido asociada. Conclusión: la insulinomatosis se caracteriza por la aparición sincrónica y metacrónica de insulinomas. Tiene un fenotipo histológico, clínico y genético diferente a los tumores neuroendocrinos pancreáticos; la mutación MEN-1 es negativa; puede ser esporádica o hereditaria; y MafA podría ser una mutación conductora

Double blind, randomized controlled trial, to evaluate the effectiveness of a controlled nitric oxide releasing patch versus meglumine antimoniate in the treatment of cutaneous leishmaniasis [NCT00317629]

BACKGROUND: Cutaneous Leishmaniasis is a worldwide disease, endemic in 88 countries, that has shown an increasing incidence over the last two decades. So far, pentavalent antimony compounds have been considered the treatment of choice, with a percentage of cure of about 85%. However, the high efficacy of these drugs is counteracted by their many disadvantages and adverse events. Previous studies have shown nitric oxide to be a potential alternative treatment when administered topically with no serious adverse events. However, due to the unstable nitric oxide release, the topical donors needed to be applied frequently, making the adherence to the treatment difficult. The electrospinning technique has allowed the production of a multilayer transdermal patch that produces a continuous and stable nitric oxide release. The main objective of this study is to evaluate this novel nitric oxide topical donor for the treatment of cutaneous leishmaniasis. METHODS AND DESIGN: A double-blind, randomized, double-masked, placebo-controlled clinical trial, including 620 patients from endemic areas for Leishmaniasis in Colombia was designed to investigate whether this patch is as effective as meglumine antimoniate for the treatment of cutaneous leishmaniasis but with less adverse events. Subjects with ulcers characteristic of cutaneous leishmaniasis will be medically evaluated and laboratory tests and parasitological confirmation performed. After checking the inclusion/exclusion criteria, the patients will be randomly assigned to one of two groups. During 20 days Group 1 will receive simultaneously meglumine antimoniate and placebo of nitric oxide patches while Group 2 will receive placebo of meglumine antimoniate and active nitric oxide patches. During the treatment visits, the medications will be daily administered and the presence of adverse events assessed. During the follow-up, the research group will visit the patients at days 21, 45, 90 and 180. The healing process of the ulcer, the health of the participants, recidivisms and/or reinfection will also be assessed. The evolution of the ulcers will be photographically registered. In case that the effectiveness of the patches is demonstrated, a novel and safe therapeutic alternative for one of the most important public health problems in many countries will be available to patients

The International Consortium Investigating Neurocognition in Bipolar Disorder (ICONICâ BD)

Peer Reviewedhttps://deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/148257/1/bdi12748.pdfhttps://deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/148257/2/bdi12748_am.pd