Large-scale benchmark of Endeavour using MetaCore maps

Summary: Endeavour is a tool that detects the most promising genes within large lists of candidates with respect to a biological process of interest and by combining several genomic data sources. We have benchmarked Endeavour using 450 pathway maps and 826 disease marker sets from MetaCoreTM of GeneGo, Inc. containing a total of 9911 and 12 432 genes, respectively. We obtained an area under the receiver operating characteristic curves of 0.97 for pathway and of 0.91 for disease gene sets. These results indicate that Endeavour can be used to efficiently prioritize candidate genes for pathways and diseases. Availability: Endeavour is available at http://www.esat.kuleuven.be/endeavour Contact: [email protected]; [email protected] Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics onlin

Les exploitations agricoles en difficulté : un aspect de la pauvreté en agriculture ?

Diffusion du document : INRA Station d'Economie et Sociologie rurales 65 rue de Saint-Brieuc 35042 Rennes Cedex (FRA)Le concept. de "pauvreté" ne fait pas partie de ceux que nous avons utilisés couramment. dans les recherches menées jusqu’à présent Les travaux que nous réalisons depuis quelque temps sur l'analyse des mécanismes de financement des exploitations agricoles nous conduisent à mettre en évidence de fortes inégalités dans l'agriculture, inégalités qui sont au cœur du processus de modernisation du secteur.Des disparités constatées dans le domaine de financement, il est possible de passer à celles qui existent sur le plan des revenus et de la consommation. on peut même dire que nous sommes confrontés en permanence à la question : quelle incidence les disparités relevées dans l'accumulation du capital en agriculture, ont-elles sur la vie des familles d'agriculteurs

Mise au point d'un indicateur de croissance économique locale pour l'évaluation des politiques de développement rural

Working paper ; 2 (DOC 7720/1/2 INRA DIJON Berriet-Solliec 2000)Diffusion du document : INRA UMR INRA-ENESAD 26 bd du Docteur Petitjean 21100 Dijon (FRA)Une méthode d'utilisation de données fiscales, disponibles à l'échelle communale, est mise au point pour construire un indicateur de croissance économique utilisable à l'échelle infra-régionale. L'objectif du travail engagé est, dans une deuxième étape, de réaliser l'évaluation quantitative de la politique européenne de développement rural en Bourgogne et en Bretagne (programme 5b, 1991-1993). L'information utilisée est la base brute de la taxe professionnelle, qui peut, sous certaines conditions, être considérée comme un indicateur de valeur ajoutée. Cet indicateur est validé au niveau régional, puis utilisé pour caractériser l'évolution économique des zones aidées par le programme 5b, par comparaison avec celle des zones non éligibles. Sur la période étudiée (1981-1994), on constate une amélioration relative de la situation des zones rurales fragiles de Bretagne, qu'on ne retrouve pas en Bourgogne. Cette première approche nécessite d'être prolongée, notamment pour contrôler les "biais de sélection" qu'elle est susceptible d'engendrer

Les difficultés financières des exploitations agricoles françaises

*Station d'Economie et de Sociologie rurales 65 rue de Saint-Brieuc 35042 RENNES Cedex (FRA) Diffusion du document : Station d'Economie et de Sociologie rurales 65 rue de Saint-Brieuc 35042 RENNES Cedex (FRA)L'agriculture française est confrontée depuis maintenant une dizaine d'années à une crise grave, qui s'exprime entre autres par une baisse tendancielle du revenu agricole moyen. Certaines exploitations, dans ce contexte économique défavorable, connaissent d'importantes difficultés financières qui peuvent mettre en cause leur survie.Cet article présente les caractéristiques des agriculteurs français en difficulté et analyse l'origine de celles-ci. Nous insistons tout d'abord sur les liens entre difficultés financières et évolution du secteur agricole. Des problèmes de méthode sont évoqués ensuite. Enfin une dernière partie donne les résultats d'une étude empirique sur un échantillon d'agriculteurs en difficulté et l'interprétation qu'on peut en tirer

Enquête sur la distribution du crédit aux agriculteurs dans deux départements : les Côtes-du-Nord et la Sarthe : questions sur le rôle de la bonification dans la politique agricole

Diffusion du document : INRA Station d'Economie et Sociologie rurales 65 rue de Saint-Brieuc 35042 Rennes Cedex (FRA)L'idée selon laquelle l'agriculture est très endettée est maintenant largement répandue. On observe ainsi que "les capitaux empruntés se sont accrus au rythme de 14,5% par an de 1960 à 1975 et qu'au total, au cours des vingt dernières années, ils ont été multipliés par dix en francs courants, soit dans une proportion supérieure à l’accroissement de la production agricole : le rapport des prêts à la valeur ajoutée de l'agriculture est passé de 35 %en 1960 à 80 % en 1970 puis 100 % en 1974 pour atteindre 118 % en 1976.Alors que cet endettement est parfois jugé trop considérable, le coût actuel .et à venir de la bonification apparaîttrop élevé à l’État

Enquête sur la distribution du crédit aux agriculteurs dans le département de l'Oise

Diffusion du document : INRA Station d'Economie et Sociologie rurales 65 rue de Saint-Brieuc 35042 Rennes Cedex (FRA)Cette note se réduit à une présentation commentée des premiers résultats de l'enquête menée dans l'Oise. La période étudiée couvre les années 197O à 1975. La situation structurelle des exploitations est saisie au départ par les données du RGA, puis pan celtes de l'EPEXA en 1975. La méthode employée consiste à utiliser pour le département de l'Oise, deux sous-échantillons EPEXA (te taux moyen de sondage est de 1/20) dont les exploitations sont analysées tant du point de vue de leur évolution structurelle que de celui de leur endettement. Les données sur ce point ont été recueillies pan enquête auprès des Caisses Régionales de l'Oise et de l'Ile-de-France

Le crédit dans une situation de crise ; le cas d'une population aidée : les bénéficiaires de la Dotation Jeunes Agriculteurs

Diffusion du document : INRA Station d'Economie et Sociologie rurales 65 rue de Saint-Brieuc 35042 Rennes Cedex (FRA)À partir de 1974, au niveau France entière, le revenu brut agricole par exploitation diminue ou stagne en francs constants. Pour l'Allier, département à dominante de production viande bovine, cette crise de revenu est particulièrement marquée. En francs constants Ie revenu baisse de 1974 à 1979. Pendant ce temps l'endettement continue à augmenter. C'est dans ce cadre et en prolongeant une étude nationale entreprise à partir des résultats du RICA, que nous proposons dans les pages qui suivent d'analyser la situation d'une population cible privilégiée de lapolitique agricole - les bénéficiaires de la DJA. Cette population est d'autant plus importante qu’à l'avenir, bénéficier de prêts JA sera lié aux conditions d'obtention de la DJA. L'installation, donc l’agriculture de demain, dépendra essentiellement de cette population

La distribution de prêt aux agriculteurs par le Crédit Agricole Mutuel : données globales 1970-1980

Diffusion du document : INRA Station d'Economie et Sociologie rurales 65 rue de Saint-Brieuc 35042 Rennes Cedex (FRA)Depuis la dernière guerre le Crédit Agricole Mutuel (CAM) a connu un développement exceptionnel. Ainsi, dans les années 1960, sa part dans les crédits distribués par l'ensemble des banques double-t-elle : n'atteignant pas 10 % en 1960, elle dépasse 20 % en 1970, Dans le même temps sa progression dans la collecte des ressources est tout aussi spectaculaire.Ceci s'explique, entre autres, par le fait que Le CAM a disposé d'avantages incontestables : le monopole de La.distribution de prêts bonifiés aux agriculteurs avec ses conséquences directes et indirectes (notamment la possibilité de consentir des taux avantageux pour les crédits non bonifiés), sa liberté par rapport aux structures de direction du crédit, sa situation fiscale.A la fin des années 60 la puissance ainsi acquise fait apparaître bien étroit le champ de compétence traditionnel du CAM

Le crédit dans une situation de crise ; le cas d'une population encouragée : les bénéficiaires de plan de développement

Diffusion du document : INRA Station d'Economie et Sociologie rurales 65 rue de Saint-Brieuc 35042 Rennes Cedex (FRA)Nous étudierons dans la période de crise profonde des revenus agricoles depuis 1974, la population cible privilégiée de la politique gouvernementale et européenne de ces dernières années. La démarche suivie est celle mise au point à l'occasion d'une étude sur les échantillons RICA. Nous insisterons aussi particulièrement sur le poids des aides directes dans le revenu agricole