The Hidden Story of Heterogeneous B-raf V600E Mutation Quantitative Protein Expression in Metastatic Melanoma-Association with Clinical Outcome and Tumor Phenotypes

In comparison to other human cancer types, malignant melanoma exhibits the greatest amount of heterogeneity. After DNA-based detection of the BRAF V600E mutation in melanoma patients, targeted inhibitor treatment is the current recommendation. This approach, however, does not take the abundance of the therapeutic target, i.e., the B-raf V600E protein, into consideration. As shown by immunohistochemistry, the protein expression profiles of metastatic melanomas clearly reveal the existence of inter-and intra-tumor variability. Nevertheless, the technique is only semi-quantitative. To quantitate the mutant protein there is a fundamental need for more precise techniques that are aimed at defining the currently non-existent link between the levels of the target protein and subsequent drug efficacy. Using cutting-edge mass spectrometry combined with DNA and mRNA sequencing, the mutated B-raf protein within metastatic tumors was quantitated for the first time. B-raf V600E protein analysis revealed a subjacent layer of heterogeneity for mutation-positive metastatic melanomas. These were characterized into two distinct groups with different tumor morphologies, protein profiles and patient clinical outcomes. This study provides evidence that a higher level of expression in the mutated protein is associated with a more aggressive tumor progression. Our study design, comprised of surgical isolation of tumors, histopathological characterization, tissue biobanking, and protein analysis, may enable the eventual delineation of patient responders/non-responders and subsequent therapy for malignant melanoma

The Human Melanoma Proteome Atlas—Complementing the melanoma transcriptome

The MM500 meta‐study aims to establish a knowledge basis of the tumor proteome to serve as a complement to genome and transcriptome studies. Somatic mutations and their effect on the transcriptome have been extensively characterized in melanoma. However, the effects of these genetic changes on the proteomic landscape and the impact on cellular processes in melanoma remain poorly understood. In this study, the quantitative mass‐spectrometry‐based proteomic analysis is interfaced with pathological tumor characterization, and associated with clinical data. The melanoma proteome landscape, obtained by the analysis of 505 well‐annotated melanoma tumor samples, is defined based on almost 16 000 proteins, including mutated proteoforms of driver genes. More than 50 million MS/MS spectra were analyzed, resulting in approximately 13,6 million peptide spectrum matches (PSMs). Altogether 13 176 protein‐coding genes, represented by 366 172 peptides, in addition to 52 000 phosphorylation sites, and 4 400 acetylation sites were successfully annotated. This data covers 65% and 74% of the predicted and identified human proteome, respectively. A high degree of correlation (Pearson, up to 0.54) with the melanoma transcriptome of the TCGA repository, with an overlap of 12 751 gene products, was found. Mapping of the expressed proteins with quantitation, spatiotemporal localization, mutations, splice isoforms, and PTM variants was proven not to be predicted by genome sequencing alone. The melanoma tumor molecular map was complemented by analysis of blood protein expression, including data on proteins regulated after immunotherapy. By adding these key proteomic pillars, the MM500 study expands the knowledge on melanoma disease

Exploring the Complex and Multifaceted Interplay between Melanoma Cells and the Tumor Microenvironment

Malignant melanoma is a very aggressive skin cancer, characterized by a heterogeneous nature and high metastatic potential. The incidence of melanoma is continuously increasing worldwide, and it is one of the most common cancers in young adults. In the past twenty years, our understanding of melanoma biology has increased profoundly, and disease management for patients with disseminated disease has improved due to the emergence of immunotherapy and targeted therapy. However, a significant fraction of patients relapse or do not respond adequately to treatment. This can partly be explained by the complex signaling between the tumor and its microenvironment, giving rise to melanoma phenotypes with different patterns of disease progression. This review focuses on the key aspects and complex relationship between pathogenesis, genetic abnormalities, tumor microenvironment, cellular plasticity, and metabolic reprogramming in melanoma. By acquiring a deeper understanding of the multifaceted features of melanomagenesis, we can reach a point of more individualized and patient-centered disease management and reduced costs of ineffective treatments

Bezkontaktowe metody wyznaczania przemieszczeń i deformacji ścian oporowych

Promotor: Edward Preweda, Elżbieta Jasińska.Recenzent: Andrzej Kwinta, Bogdan Wolski.Niepublikowana praca doktorska.Tyt. z ekranu tyt.Praca doktorska. Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica (Kraków). Wydział Geodezji Górniczej i Inżynierii Środowiska. Katedra Geodezji Inżynieryjnej i Budownictwa, 2015.Zawiera bibliogr.Dostępna również w wersji drukowanej.Tryb dostępu: Internet.Znaczenie kontroli geometrii i wyznaczania przemieszczeń ścian oporowych, zapobieganie osuwiskom, osuwiska w ustawodawstwie i projektach rządowych, rodzaje ścian oporowych, oddziaływania na ściany oporowe, kategorie geotechniczne, monitorowanie ścian oporowych według prawa i norm, awarie i zniszczenia ścian oporowych, współczesne techniki pomiarów dla potrzeb wyznaczania przemieszczeń, pomiary kontrolne jako element monitoringu przemieszczeń, klasyfikacja przemieszczeń metody ich wyznaczania, naziemne skanowanie laserowe, podstawy skanowania laserowego, wpływ intensywności odbicia i kąta padania wiązki dalmierczej, aspekty praktyczne pomiarów skanerowych, skanowanie w wyznaczaniu przemieszczeń, naziemna interferometria radarowa, elementy technik radarowych, podstawy działania systemu IBIS, charakterystyka sygnału i anten systemu IBIS, system IBIS w wyznaczaniu przemieszczeń, pomiary ścian oporowych w literaturze, pomiar klasyczny ścian oporowych, obiekt testowy, opis obiektu, przebieg pomiaru, przemieszczenia punktów mierzonych klasycznie, wyznaczenie przemieszczeń i obrotów bloków, sprawdzenie warunku bryły sztywnej, obiekt wdrożeniowy, opis obiektu, przebieg pomiaru, pomiar i badanie stałości punktów sieci, przemieszczenia punktów mierzonych klasycznie, wyznaczenie przemieszczeń i obrotów bloków, sprawdzenie warunku bryły sztywnej, zastosowanie skanowania laserowego do pomiaru ścian oporowych, przebieg pomiaru, łączenie chmur punktów, analiza dokładności naziemnego skanowania laserowego, porównanie chmur punktów, podstawy teoretyczne, dobór rozmiaru siatki grid, porównanie chmur obiektu testowego, porównanie chmur obiektu wdrożeniowego, znaczenie gęstego skanowania i zmiany koloru powierzchni, analiza tworzenia siatki TIN w programach Cyclone CloudCompare, przekroje przez obiekt, zastosowanie średniej kroczącej, przekroje przez obiekt testowy, przekroje przez obiekt wdrożeniowy, zastosowanie systemu IBIS-L do pomiaru ścian oporowych, dobór stanowiska obserwacyjnego, precyzyjne odtworzenie stanowiska radaru, wykonanie obserwacji radarowych, selekcja pikseli, analiza składowych obserwowanego przemieszczenia, wyznaczenie przemieszczeń ściany, ograniczenie liczby piksel

Determination of energetic states of nasalgastric tube surface of after selected material aging processes

Celem pracy była ocena wpływu procesu starzenia zgłębnika żołądkowego na właściwości powierzchni określona w oparciu o pomiary kątów zwilżania. Oznaczono poziom chłonności materiału pod wpływem działania środowiska wodnego (woda: 23ºC/24h oraz 100º/h, 0,9% roztwór NaCl: 37ºC/48h, roztwór Nestle Health Science Isosource Energy: 37ºC/48h). Zidentyfikowano swobodną energię powierzchniową oraz jej składowe wykorzystując dwa modele analityczne (Owensa-Wendta oraz van Ossa-Chauhury-Gooda). W rezultacie przyspieszonego starzenia ujawniono zmiany właściwości powierzchni zgłębnika.The aim of this work was to assess the influence of the stomach tube aging process on surface properties determined based on measurements of contact angles. The level of absorbency of the material under the influence of the water environment was determined (water: 23ºC / 24h and 100º / h, 0.9% NaCl solution: 37ºC / 48h, Nestle Health Science Isosource Energy: 37ºC/48h). The surface free energy and its components were identified using two analytical models (Owens-Wendt and van Oss-Chauhury-Good). As a result of aging accelerated aging, changes in the surface properties of the stomach tubes were revealed