Barcode DNA Tanaman Leilem (Clerodendrum Minahassae L.) Berdasarkan Gen MatK

Gen matK merupakan gen pengkode protein maturaseK yang terdapat pada kloroplas tumbuhan. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan urutan nukleotida dari barcode DNA tanaman leilem (Clerodendrum minahassae L.) berdasarkan gen matK. Prosedur penelitian yang dilakukan meliputi: isolasi DNA total tanaman leilem, amplifikasi gen matK melalui PCR, sekuensing hasil PCR, serta penentuan barcode DNA leilem. Isolasi DNA total dari tanaman leilem telah dilakukan berdasarkan prosedur manual dari InnuPrep Plant DNA Kit yang dimodifikasi dengan menghasilkan larutan berwarna hijau kekuningan yang menunjukkan adanya klorofil yang larut. Gen matK parsial telah diisolasi dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan Primer Forward matK-1RKIM-f dan Primer Reverse matK-3FKIM-r. Analisis urutan nukleotida matK menghasilkan fragmen berukuran 843 pb. Kedua urutan nukleotida matK dari sampel tanaman leilem yang berasal dari Kauditan dan Tomohon menunjukkan hasil barcode DNA yang sama.MaturaseK is a protein encoded by matK gene which is located in plant chloroplast. The aim of this research was to determine the DNA barcode of leilem plant (Clerodendrum minahassae L.) based on matK nucleotides sequence. This research was done by isolating total DNA of leilem, amplified matK gene by PCR, sequencing the PCR product, and determined the DNA barcode of leilem. Total DNA of leilem plant was isolated by using the modified procedure from InnuPrep Plant DNA Kit. The DNA isolation resulted a green-yellowish solution which shows dissolved chlorophyll. Partial matK gene was amplified using PCR method with matK-1RKIM-f as forward primer and matK-3FKIM-r as reverse primer. Amplification by PCR resulted a 843 bp DNA fragment of matK. Both nucleotide sequences of matK from two samples of leilem plant taken from Kauditan and Tomohon showed the same DNA barcode

Barcode DNA Tumbuhan Pangi (Pangium Edule R.) Berdasarkan Gen MatK

DNA barcoding merupakan suatu teknik yang digunakan untuk mempercepat dan mempermudah proses identifikasi organisme dengan menggunakan potongan gen tertentu. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan sekuens DNA barcode tumbuhan pangi berdasarkan gen standar matK dan membandingkannya dengan spesies yang berkerabat dekat di GenBank. DNA total daun pangi diisolasi menggunakan Innuprep plant DNA kit dan berhasil diamplifikasi dengan proses Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer berdasarkan gen matK. Hasil sekuensing fragmen DNA yang menunjukkan panjang 720 bp yang teramplifikasi oleh primer forward dan 780 bp untuk yang teramplifikasi oleh primer reverse. Hasil analisis BLASTn menunjukkan tingkat kemiripan tumbuhan pangi sangat tinggi dengan Trichadenia zeylanical, yaitu 99%, dan diikuti spesies lainnya (Kiggelaria africanal, 98%; Guthriea capensis, 96%; Acharia tragodes, 92%; Erythrospermum phytolaccoides, 92%; Hydnocarpus sp. Chase 1301, 90%; Carpotroche longifolia, 89%; Moultonianthus leembruggianus, 89% dan Pimelodendron zoanthogyne, 88%). Analisis komposisi asam amino menunjukkan bahwa matK Pangium edule dan kesembilan spesies tumbuhan lainnya bersifat hidrofobik.DNA barcoding is a technical used to accelerate and simplify the process identification of organism with by using a snipping of specific genes. This study aimed to determine the DNA sequences of plant barcoding standard pangi based gene matK and compare with closely related species in GenBank. Total DNA was isolated using Innuprep pangi leaf plant DNA kit and successfully amplified by the Polymerase Chain Reaction (PCR) using primers based on the gene matK. The results of sequencing long DNA fragments showed7 20 bp are amplified by the forward primer and 780 bp were amplified by the primer for reverse. Blast analysis of the results showed very extremely high the plant pangi degree of similarity with Trichadenia zeylanical, namely99%, and followed by other species (Kiggelaria africanal, 98%; Guthriea capensis, 96%; Acharia tragodes, 92%; Erythrospermum phytolaccoides, 92%; Hydnocarpus sp. Chase 1301, 90%; Carpotroche longifolia, 89%; Moultonianthus leembruggianus, 89% dan Pimelodendron zoanthogyne, 88%). Analysis of aminoacid composition showed that matK Pangium edule and nine other plant species are hydrophobic

Analisis In-Silico Protein Tiol-Disulfida Isomerase Bacillus SP. RP1

ANALISIS IN-SILICO PROTEIN TIOL-DISULFIDA ISOMERASE Bacillus sp. RP1 ABSTRAK Pelipatan protein membutuhkan bantuan molekul chaperone serta katalis pelipatan. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi produk gen tiol-disulfida oksidoreduktase dari sumber organisme termofilik Bacillus sp. RP1. Metode yang dilaksanakan untuk mencapai tujuan tersebut, adalah mengkarakterisasi produk gen yang dihasilkan dengan menggunakan analisis in-silico. Dari hasil penelitian diperoleh bahwa karakterisasi terhadap produk gen yang dihasilkan menunjukkan adanya tiga protein, yaitu Bdbdred, Bdbdox, dan Etda, yang memiliki motif tioredoksin dan DsbA, serta sisi aktif dan sisi pengikatan dengan atom Zn. Prediksi struktur ketiga protein tersebut menunjukkan kemiripan satu sama lain. Kata kunci: Bdbd, chaperone, DsbA, tiol-disulfida oksidoreduktase, tioredoksin ANALYSIS OF IN-SILICO TIOL DISULFIDE ISOMERASE PROTEIN Bacillus sp. RP1 ABSTRACT Protein folding is facilitated by chaperone molecule as well as folding catalysts. The aim of this research was to characterize the gene product of thiol-disulfide oxidoreductase gene from thermophylic organism Bacillus sp. RP1, by using in-silico analysis. The characteristic of the gene product indicated three proteins, i.e. Bdbdred, Bdbdox, and Etda, which have thioredoxin motif, DsbA motif, active site and bonding site with Zn. The structure predicted of these three proteins showed similarity among them

Isolasi Dan Karakterisasi Barcode DNA Tanaman Nusa Indah Putih (Mussaenda Frondosa) Berdasarkan Gen MatK

Telah dilakukan penelitian untuk menentukan urutan nukleotida dari barcode DNA tanaman Nusa indah putih berdasarkan gen matK dan mengkarakterisasi matK tanaman nusa indah putih dengan analisis in-silico. Isolasi DNA dari tanaman Nusa indah putih telah dilakukan berdasarkan manual prosedur dari InnuPrep Plant DNA kit yang dilanjutkan dengan amplifikasi dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer forward matK-1RKIM-f dan primer reverse matK-3FKIM-r kemudian dielektroforesis dan disekuensing. Sekuensing tanaman Nusa indah putih menghasilkan kromatogram yang berkualitas tinggi, dengan panjang sekuens 843 bp. Hasil Analisis in-silico menunjukan matK tanaman nusa indah putih bersifat basa, stabil, dan berinteraksi baik dengan air.A study to determine the nucleotide sequence of the DNA barcode Nusa indah putih plants based on gene matK and to characterize the matK of Nusa indah putih plant using in-silico analysis had been done. Isolation of DNA from Nusa indah putih plant was conducted by manual procedures of InnuPrep Plant DNA kit, followed by amplification using Polymerase Chain Reaction (PCR) method using matK-1RKIM-f as forward primer and matK-3FKIM-r as reverse primer then electrophoresis and sequenced. Nusa indah putih plants sequencing produced a high-quality chromatogram produce, with a length of 843 bp sequences. Results of in-silico analysis showed that matK Nusa indah putih plant is a base, stable, and well-interacted with water