Comparative Pathogenesis of Three Human and Zoonotic SARS-CoV Strains in Cynomolgus Macaques

The severe acute respiratory syndrome (SARS) epidemic was characterized by increased pathogenicity in the elderly due to an early exacerbated innate host response. SARS-CoV is a zoonotic pathogen that entered the human population through an intermediate host like the palm civet. To prevent future introductions of zoonotic SARS-CoV strains and subsequent transmission into the human population, heterologous disease models are needed to test the efficacy of vaccines and therapeutics against both late human and zoonotic isolates. Here we show that both human and zoonotic SARS-CoV strains can infect cynomolgus macaques and resulted in radiological as well as histopathological changes similar to those seen in mild human cases. Viral replication was higher in animals infected with a late human phase isolate compared to a zoonotic isolate. While there were significant differences in the number of host genes differentially regulated during the host responses between the three SARS-CoV strains, the top pathways and functions were similar and only apparent early during infection with the majority of genes associated with interferon signaling pathways. This study characterizes critical disease models in the evaluation and licensure of therapeutic strategies against SARS-CoV for human use

LabKey Server: An open source platform for scientific data integration, analysis and collaboration

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Broad-based collaborations are becoming increasingly common among disease researchers. For example, the Global HIV Enterprise has united cross-disciplinary consortia to speed progress towards HIV vaccines through coordinated research across the boundaries of institutions, continents and specialties. New, end-to-end software tools for data and specimen management are necessary to achieve the ambitious goals of such alliances. These tools must enable researchers to organize and integrate heterogeneous data early in the discovery process, standardize processes, gain new insights into pooled data and collaborate securely.</p> <p>Results</p> <p>To meet these needs, we enhanced the LabKey Server platform, formerly known as CPAS. This freely available, open source software is maintained by professional engineers who use commercially proven practices for software development and maintenance. Recent enhancements support: (i) Submitting specimens requests across collaborating organizations (ii) Graphically defining new experimental data types, metadata and wizards for data collection (iii) Transitioning experimental results from a multiplicity of spreadsheets to custom tables in a shared database (iv) Securely organizing, integrating, analyzing, visualizing and sharing diverse data types, from clinical records to specimens to complex assays (v) Interacting dynamically with external data sources (vi) Tracking study participants and cohorts over time (vii) Developing custom interfaces using client libraries (viii) Authoring custom visualizations in a built-in R scripting environment.</p> <p>Diverse research organizations have adopted and adapted LabKey Server, including consortia within the Global HIV Enterprise. Atlas is an installation of LabKey Server that has been tailored to serve these consortia. It is in production use and demonstrates the core capabilities of LabKey Server. Atlas now has over 2,800 active user accounts originating from approximately 36 countries and 350 organizations. It tracks roughly 27,000 assay runs, 860,000 specimen vials and 1,300,000 vial transfers.</p> <p>Conclusions</p> <p>Sharing data, analysis tools and infrastructure can speed the efforts of large research consortia by enhancing efficiency and enabling new insights. The Atlas installation of LabKey Server demonstrates the utility of the LabKey platform for collaborative research. Stable, supported builds of LabKey Server are freely available for download at <url>http://www.labkey.org</url>. Documentation and source code are available under the Apache License 2.0.</p

Primary and secondary consciousness during dreaming

Hobson (2009) proposes that lucid dreaming can become simultaneously and separately manifest against a background of non-lucid dreaming. The study of such state conjunctions, he suggests, sets the stage for a revolution in the neuroscience of consciousness. However, while lucid dreaming may indeed represent the emergence of what Edelman (2004) calls secondary consciousness amidst the primary consciousness characteristic of non-lucid dreaming, Hobson does not thoroughly address the form of self-regulative functionality that is already present in non-lucid dreaming. The result is single-minded consideration of rational agency and control (executive functions), rather than consideration also of the self-regulative functionality that is evident in non-lucid dreaming independently of secondary consciousness. Research procedures that reflect self-regulated but fluid openness to “what comes” during non-lucid dreaming are discussed, with particular emphasis on the study of REM sleep carry-over effects and their potential for exploring the metaphoric aspects of non-lucid dreaming

Readers’ Engagement with Virginia Woolf’s Mrs Dalloway: From Knowing about Death to the Experience of Finitude

This paper investigates readers’ experience of Virginia Woolf’s Mrs Dalloway, focusing on the themes of death and finitude. In close comparative reading, we first argue that certain passages of the novel effectively explicate Heidegger’s discussion of “thrownness,” “anxiety,” the “uncanny,” the “call of conscience,” and “Being-towards-death.” We then report an empirical study of 46 readers’ comments on passages from Mrs Dalloway that they found striking or evocative. A combination of qualitative and quantitative analyses revealed that a form of enactive and expressive attunement leads some readers to an existential engagement with the text that involves a form of ontological reflection on finitude. We draw on phenomenology (Husserl, Heidegger, Merleau-Ponty) to articulate several distinct reading profiles, emphasizing their relationship to what we call “existential reading.”Cet article analyse l’expérience qu’éprouvent les lecteurs du roman Mrs Dalloway de Virginia Woolf, surtout en ce qui a trait aux thèmes de la mort et de la finitude. Par une lecture comparative de certains passages de Mrs Dalloway et d’Être et Temps de Martin Heidegger, nous montrons, dans un premier temps, que le roman de Woolf illustre bel et bien des concepts heideggeriens, dont « l’être-jeté », « l’angoisse », « l’inquiétante étrangeté », « l’appel de la conscience » et « l’être-pour-la-mort ». Ensuite, nous présentons les résultats d’une étude empirique dans laquelle ont été analysées (qualitativement et quantitativement) les réactions de quarante-six lecteurs à des passages jugés par ceux-ci comme étant frappants ou évocateurs. Celle-ci a permis de constater que certains lecteurs entretiennent un rapport de nature existentielle avec le texte, rapport qui sous-tend une réflexion ontologique sur la finitude. La définition que nous donnons des divers profils de lecture et du concept de « lecture existentielle » se fonde sur la phénoménologie (Husserl, Heidegger et Merleau-Ponty)

Numerically Aided Phenomenology: Procedures for Investigating Categories of Experience

Eine Komplementarität von qualitativen und quantitativen Verfahren geht häufig mit der Annahme einher, dass qualitative Methoden einen Schritt in Richtung auf quantitative Präzision beinhalten oder dass qualitative und quantitative Methoden einander im Sinne von "Triangulation" wechselseitig validieren. Gerade die Variante der analytischen Induktion, die für das qualitative Denken charakteristisch ist, beinhaltet allerdings ebenfalls eine Form der Quantifizierung, die jedoch meist nicht explizit gemacht wird. In dem vorliegenden Beitrag versuchen wir, diese Behauptung zu begründen und stellen in diesem Zusammenhang eine Form der phänomenologischen Analyse vor, die auf numerischen Algorithmen basiert. Bei der numerischen Phänomenologie handelt es sich um ein Verfahren zur systematischen Beschreibung von Kategorien (Arten oder Typen) gelebter Erfahrung innerhalb eines Set von Erfahrungsberichten. Mittels vergleichendem Lesen werden zunächst wiederholte Bedeutungsausdrücke identifiziert und paraphrasiert. Im nächsten Schritt werden auf der Grundlage von Urteilen über das Vorhandensein oder Nicht-Vorhandensein dieser Bedeutungsausdrücke Matrizen erstellt; diese repräsentieren die Bedeutungsprofile für jede der Erzählungen. Abschließend erfolgt eine Gruppierung dieser Erfahrungsberichte aufgrund der Ähnlichkeiten zwischen Bedeutungsprofilen. Diese Vorgehensweise erlaubt es, Kategorien ähnlicher Erfahrungsberichte – sowie deren Attribute – zu identifizieren. Die definierenden Eigenschaften von Klassen werden in der numerischen Phänomenologie also nicht als "Wesenheiten" aufgefasst. Statt dessen sind Klassen durch mehr oder weniger invariante Attribute definiert, d.h. Klassen werden so gebildet, dass die Mitglieder einer Klasse eine hohe Anzahl von Bedeutungsausdrücken gemeinsam haben, wobei allerdings keine einzelne Bedeutung (und auch kein Set von Bedeutungen) für die Mitgliedschaft in einer Klasse notwendig oder hinreichend ist.Complementarity between quantitative and qualitative methods often implies that qualitative methods are a step toward quantitative precision or that quantitative and qualitative methods provide mutually validating "triangulation." However, there also is unacknowledged quantification within the type of analytic induction that is considered pivotal in qualitative thinking. We attempt to justify this claim and present a form of phenomenological analysis that invokes numeric algorithms. Numerically aided phenomenology is a procedure for systematically describing categories (kinds, or types) of lived experience within a set of experiential narratives. In a comparative reading, recurrent meaning expressions are identified and paraphrased. Then judgments about their presence or absence are used to create matrices representing the profiles of meanings expressed in each narrative. Finally, cluster analytic algorithms are used to group these experiential narratives according to the similarities in their profiles of meaning expressions. In this way, categories of similar experiential narratives—and their distinctive attributes—can be identified. Rather than an essentialist conception of the qualities defining classes, in numerically aided phenomenology classes are defined by more-or-less invariant attributes, i.e., classes are formed such that members share a large number of expressed meanings, although no single meaning (or set thereof) is necessary or sufficient for class membership.La complementariedad entre métodos cualitativos y cuantitativos generalmente implica que los métodos cualitativos son un paso en dirección a la precisión cuantitativa o bien que los métodos cualitativos y cuantitativos proveen triangulación mutuamente validante. Sin embargo, también existe una cuantificación desconocida dentro del tipo inducción analítica que es considerado como pivote en el pensamiento cualitativo. Intentamos justificar este reclamo y presentar una forma de análisis fenomenológico que apele a los algoritmos numéricos. La fenomenología ayudada numéricamente es un procedimiento para describir sistemáticamente categorías (modos, tipos) de experiencia de vida dentro de un conjunto de narrativas de experiencias. En una lectura comparativa, las expresiones significativas recurrentes son identificadas y parafraseadas. Luego juicios sobre su presencia o ausencia son utilizados para crear matrices que representan el perfil de significados expresados en cada narración. Finalmente, un conjunto de algoritmos analíticos son usados para agrupar estas experiencias narrativas de acuerdo a las similitudes de los perfiles de expresiones significativas. De esta manera, categorías de similar experiencia narrativa, y sus atributos distintivos, pueden ser identificados. En lugar de una concepción esencialista de las cualidades que definen las clases, ayudando numéricamente a la fenomenología se puede definir a las clases por atributos más o menos invariantes, por ejemplo, clases formadas de manera tal que los miembros compartan un largo número de significados expresos, a pesar de que un solo significado no es suficiente para ser miembro de una clase

Fenomenología ayudada numéricamente: procedimientos para investigar categorías de experiencia

Eine Komplementarität von qualitativen und quantitativen Verfahren geht häufig mit der Annahme einher, dass qualitative Methoden einen Schritt in Richtung auf quantitative Präzision beinhalten oder dass qualitative und quantitative Methoden einander im Sinne von "Triangulation" wechselseitig validieren. Gerade die Variante der analytischen Induktion, die für das qualitative Denken charakteristisch ist, beinhaltet allerdings ebenfalls eine Form der Quantifizierung, die jedoch meist nicht explizit gemacht wird. In dem vorliegenden Beitrag versuchen wir, diese Behauptung zu begründen und stellen in diesem Zusammenhang eine Form der phänomenologischen Analyse vor, die auf numerischen Algorithmen basiert. Bei der numerischen Phänomenologie handelt es sich um ein Verfahren zur systematischen Beschreibung von Kategorien (Arten oder Typen) gelebter Erfahrung innerhalb eines Set von Erfahrungsberichten. Mittels vergleichendem Lesen werden zunächst wiederholte Bedeutungsausdrücke identifiziert und paraphrasiert. Im nächsten Schritt werden auf der Grundlage von Urteilen über das Vorhandensein oder Nicht-Vorhandensein dieser Bedeutungsausdrücke Matrizen erstellt; diese repräsentieren die Bedeutungsprofile für jede der Erzählungen. Abschließend erfolgt eine Gruppierung dieser Erfahrungsberichte aufgrund der Ähnlichkeiten zwischen Bedeutungsprofilen. Diese Vorgehensweise erlaubt es, Kategorien ähnlicher Erfahrungsberichte – sowie deren Attribute – zu identifizieren. Die definierenden Eigenschaften von Klassen werden in der numerischen Phänomenologie also nicht als "Wesenheiten" aufgefasst. Statt dessen sind Klassen durch mehr oder weniger invariante Attribute definiert, d.h. Klassen werden so gebildet, dass die Mitglieder einer Klasse eine hohe Anzahl von Bedeutungsausdrücken gemeinsam haben, wobei allerdings keine einzelne Bedeutung (und auch kein Set von Bedeutungen) für die Mitgliedschaft in einer Klasse notwendig oder hinreichend ist. URN: urn:nbn:de:0114-fqs0101153Complementarity between quantitative and qualitative methods often implies that qualitative methods are a step toward quantitative precision or that quantitative and qualitative methods provide mutually validating "triangulation." However, there also is unacknowledged quantification within the type of analytic induction that is considered pivotal in qualitative thinking. We attempt to justify this claim and present a form of phenomenological analysis that invokes numeric algorithms. Numerically aided phenomenology is a procedure for systematically describing categories (kinds, or types) of lived experience within a set of experiential narratives. In a comparative reading, recurrent meaning expressions are identified and paraphrased. Then judgments about their presence or absence are used to create matrices representing the profiles of meanings expressed in each narrative. Finally, cluster analytic algorithms are used to group these experiential narratives according to the similarities in their profiles of meaning expressions. In this way, categories of similar experiential narratives—and their distinctive attributes—can be identified. Rather than an essentialist conception of the qualities defining classes, in numerically aided phenomenology classes are defined by more-or-less invariant attributes, i.e., classes are formed such that members share a large number of expressed meanings, although no single meaning (or set thereof) is necessary or sufficient for class membership. URN: urn:nbn:de:0114-fqs0101153La complementariedad entre métodos cualitativos y cuantitativos generalmente implica que los métodos cualitativos son un paso en dirección a la precisión cuantitativa o bien que los métodos cualitativos y cuantitativos proveen triangulación mutuamente validante. Sin embargo, también existe una cuantificación desconocida dentro del tipo inducción analítica que es considerado como pivote en el pensamiento cualitativo. Intentamos justificar este reclamo y presentar una forma de análisis fenomenológico que apele a los algoritmos numéricos. La fenomenología ayudada numéricamente es un procedimiento para describir sistemáticamente categorías (modos, tipos) de experiencia de vida dentro de un conjunto de narrativas de experiencias. En una lectura comparativa, las expresiones significativas recurrentes son identificadas y parafraseadas. Luego juicios sobre su presencia o ausencia son utilizados para crear matrices que representan el perfil de significados expresados en cada narración. Finalmente, un conjunto de algoritmos analíticos son usados para agrupar estas experiencias narrativas de acuerdo a las similitudes de los perfiles de expresiones significativas. De esta manera, categorías de similar experiencia narrativa, y sus atributos distintivos, pueden ser identificados. En lugar de una concepción esencialista de las cualidades que definen las clases, ayudando numéricamente a la fenomenología se puede definir a las clases por atributos más o menos invariantes, por ejemplo, clases formadas de manera tal que los miembros compartan un largo número de significados expresos, a pesar de que un solo significado no es suficiente para ser miembro de una clase. URN: urn:nbn:de:0114-fqs010115