Cytochrome P450 2B6 (CYP2B6) and constitutive androstane receptor (CAR) polymorphisms are associated with early discontinuation of efavirenz-containing regimens

Objectives Cytochrome P450 2B6 (CYP2B6) is responsible for the metabolic clearance of efavirenz and single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the CYP2B6 gene are associated with efavirenz pharmacokinetics. Since the constitutive androstane receptor (CAR) and the pregnane X receptor (PXR) correlate with CYP2B6 in liver, and a CAR polymorphism (rs2307424) and smoking correlate with efavirenz plasma concentrations, we investigated their association with early (<3 months) discontinuation of efavirenz therapy. Methods Three hundred and seventy-three patients initiating therapy with an efavirenz-based regimen were included (278 white patients and 95 black patients; 293 male). DNA was extracted from whole blood and genotyping for CYP2B6 (516G → T, rs3745274), CAR (540C → T, rs2307424) and PXR (44477T → C, rs1523130; 63396C → T, rs2472677; and 69789A → G, rs763645) was conducted. Binary logistic regression using the backwards method was employed to assess the influence of SNPs and demographics on early discontinuation. Results Of the 373 patients, 131 withdrew from therapy within the first 3 months. Black ethnicity [odds ratio (OR) = 0.27; P = 0.0001], CYP2B6 516TT (OR = 2.81; P = 0.006), CAR rs2307424 CC (OR = 1.92; P = 0.007) and smoking status (OR = 0.45; P = 0.002) were associated with discontinuation within 3 months. Conclusions These data indicate that genetic variability in CYP2B6 and CAR contributes to early treatment discontinuation for efavirenz-based antiretroviral regimens. Further studies are now required to define the clinical utility of these association

Research and Design of a Routing Protocol in Large-Scale Wireless Sensor Networks

无线传感器网络，作为全球未来十大技术之一，集成了传感器技术、嵌入式计算技术、分布式信息处理和自组织网技术，可实时感知、采集、处理、传输网络分布区域内的各种信息数据，在军事国防、生物医疗、环境监测、抢险救灾、防恐反恐、危险区域远程控制等领域具有十分广阔的应用前景。 本文研究分析了无线传感器网络的已有路由协议，并针对大规模的无线传感器网络设计了一种树状路由协议，它根据节点地址信息来形成路由，从而简化了复杂繁冗的路由表查找和维护，节省了不必要的开销，提高了路由效率，实现了快速有效的数据传输。 为支持此路由协议本文提出了一种自适应动态地址分配算——ADAR（AdaptiveDynamicAddre...As one of the ten high technologies in the future, wireless sensor network, which is the integration of micro-sensors, embedded computing, modern network and Ad Hoc technologies, can apperceive, collect, process and transmit various information data within the region. It can be used in military defense, biomedical, environmental monitoring, disaster relief, counter-terrorism, remote control of haz...学位：工学硕士院系专业：信息科学与技术学院通信工程系_通信与信息系统学号：2332007115216

Pourquoi les singes ont-ils les pieds plats ?

Il s’agit de comparer la biomécanique de la démarche des singes avec celle des humains, lors de la phase d’appui du pied sur un support, et d’apprécier les conséquences qui en résultent. Le pied du singe est plat. Son tarse, ses métatarses et ses phalanges s’inscrivent sur une même ligne parallèle à ce dernier. Les charges de l’ensemble du corps se répartissent sur quatre membres. Lors de la phase d’appui du pas, le genou en légère flexion permet à l’ensemble du membre inférieur de fléchir un peu davantage, retenu par la plupart de ses grands muscles, qui amortissent le choc. Les orteils allongés augmentent d’autant la surface de la sole plantaire, réduisant encore la pression au centimètre carré. Point n’est besoin d’un système d’amortissement complémentaire. Le pied de l’homme se présente, comme ce que l’on appelle en architecture la « ferme » d’un toit, avec un montant postérieur, le calcanéum, un montant antérieur, constitué par les autres os du tarse ainsi que les métatarsiens, et une entretoise, qui s’avère active dans ce cas particulier, et qui est réalisée par les différents muscles courts extenseurs des orteils et de l’hallux. Lors de l’attaque du pas, la charge repose sur un seul membre. Le genou bloqué en rectitude empêche toute flexion et transmet au pied la totalité des forces d’appui. Au talon d’abord, au bord latéral, puis à la tête des métatarsiens, impliquant l’ensemble de la « ferme », qui a tendance à s’aplatir. C’est l’entretoise, qui va supporter la totalité la charge ce qui implique la contraction de l’ensemble des courts fléchisseurs des orteils. Ces deniers augmentent la surface portante de la sole en appliquant au support l’ensemble des phalanges distales, mais surtout ils évitent l’effondrement de la « ferme » et peuvent même dans certains cas augmenter sa cambrure. Ces différences notables mettent bien en évidence le fait que, même lorsqu’un Primate non humain se met debout, sa démarche reste foncièrement différente de celle de l’Homo sapiens

Contribution à l’étude de la mobilité pollicale des primates actuels. Plaidoyer en faveur de l’importance du rôle de leur pouce

Cinquante et une pièces anatomiques ont été disséquées et les diverses amplitudes des articulations trapézo-métacarpiennes et métacarpo-phalangiennes de 33 d’entre elles ont été mesurées. Les amplitudes articulaires de 33 sujets endormis ont également été mesurées et de nombreux animaux ont été observés en semi-liberté ou dans de grandes volières. 419 squelettes de mains de primates ont été mesurés et les mesures converties en pourcentage par rapport à la longueur du 3e métacarpien, afin de les comparer en dépit de leur différence de taille (collections du Musée d’Histoire Naturelles de Paris). Les différences morphologiques ou fonctionnelles de l’articulation trapézo-métacarpienne et des modes de préhension pollici-digitales permettent de ranger les primates en trois catégories.Chez les prosimiens, l’articulation est concave/convexe. La concavité s’inscrit dans un grand axe vertical. Les surfaces articulaires sont congruentes. Elle fonctionne comme un cardan. Elle a seulement deux degrés de liberté. Elle ne peut réaliser l’opposition qu’avec une ouverture maximum de la première commissure. De très longs doigts sont nécessaires pour réaliser une pince. Le quatrième doigt est le plus long.Chez les platyrhiniens l’articulation est aussi concave/convexe, mais, soit un peu oblique et un peu moins congruente (Cebidae), soit condylienne (Callitrichinae). Tous les doigts sont longs, mais spécialement le troisième. Le ligament transverse inter-métacarpien de la première commissure entrave l’ouverture de celle-ci. Il n’y a qu’une pseudo-opposition possible chez les Cebidae, et pas d’opposition du tout chez les Callitrichinae.Chez les Catarhiniens, l’articulation est inclinée à 45 degrés et les surfaces ne sont pas congruentes. L’ancrage, réalisé par les ligaments trapézo-métacarpiens à la base médiale du premier métacarpien, provoque une rotation selon son axe longitudinal. Il y a trois degrés de liberté. L’inclinaison médiale est accompagnée par une pronation, qui peut être obtenue avec un très faible déplacement du pouce. Tous les doigts sont plus courts que ceux des prosimiens ou ceux des platyrhiniens. Le pouce est particulièrement court. Le macaque seul a un pouce presque aussi long que celui de l’homme. Deux (sous-) familles échappent à la règle. Les Atelinae chez les Platyrhiniens et les Colobinae chez les Catarhiniens. Leur premier rayon est atrophique et immobile ; le pouce pratiquement enfoui dans l’éminence thénar.L’articulation métacarpo-phalangienne est condylienne et instable chez presque tous les primates. Cette instabilité interdit la prise de force de précision. Seul l’homme a une articulation métacarpo-phalangienne stable. Cette stabilité s’avère un facteur essentiel lors des manipulations. Son pouce est relativement long pour un catarhinien.L’ensemble des données est interprété en termes d’utilité de la mobilité pollicale lors des manipulations et de la locomotion des primates. Ces constatations permettent de pressentir les caractères primitifs de la main des primates et d’envisager une partie de l’évolution du pouce vers sa libération.Fifty one anatomical specimens were dissected and the amplitudes of the trapeziometacarpal and metacacarpophalangeal joints of 33 were measured. These amplitudes were also measured on 26 animals asleep and many other animals were observed in relative freedom or in large aviaries. 419 skeletons of primates’ hands were measured and the measures converted in percentage with regard to the length of the 3rd metacarpal, in order to compare species in spite of their difference of size (collection of the Museum of Natural History in Paris). The morphological and functional differences of the trapeziometacarpal joint and the modes of pollicidigital prehension, help arranging primates in three categories.Among prosimians, the joint is concave/convex. The concavity follows a large vertical axis. Its articular surfaces are congruent. It works like a universal joint with two-degrees of freedom. Opposition with the two last fingers is only obtained with a maximum opening of the first commissure. Very long fingers are necessary to make a pinch. The 4th finger is the longest.Among platyrhinians, the joint is also concave/convex, but either slightly oblique or a little less congruent, or of condylar type (Callitrichinae). All fingers are long, especially the 3rd. The transversal intermetacarpal ligament of the first commissure hinders its opening. There is only pseudo-opposition in Cebidae and no opposition in Callitrichinae.In catarhinians, the joint has a 45 degrees tilt and its surfaces are not congruent. The attachment of the medial trapezométacarpal ligaments at the base of the metacarpal induces a rotation around its longitudinal axis. There are three degrees of freedom. Medial inclination is accompanied by pronation, which may be obtained with a very small displacement of the thumb. All the fingers are shorter than those of prosimians or platyrhinians. The thumb is particularly short. Only Macacus has a thumb almost as long as that of man. Two (sub-) families fall outside the rule. the Atelinae among the platyrhinians and the Colobinae among the catarhinians. Their first ray is atrophic and motionless; the thumb is almost buried in the thenar eminence.The metacarpophalangeal joint is condylar and unstable in almost all primates. This instability prohibits a powerfull and accurate grip. Only the human has a stable metacarpophalangeal joint. This stability is a critical factor during handling. The thumb is relatively long for a catarhinian. All these data on the pollical mobility are useful to understand the handling and the locomotion of the primates. These observations should help finding primitive characters of the hand of primates and to reconstitute a part of the evolution of the thumb toward its liberation

A propos de l'extension complète des doigts longs et des 4 derniers orteils des primates

L'extenseur commun des doigts des mains et des pieds des Primates agit sur l'aponévrose digitale dorsale, mais ne peut à lui seul en assurer l'extension complète. D'autres muscles, des extenseurs complémentaires, lui viennent en aide. Rappel de la morphologie de l'ensemble de ces muscles et exposé des mécanismes qui permettent une action combinée réalisant l'extension complète des phalanges grâce à la mise en tension des bandelettes collatérales. Le tendon du muscle long extenseur commun ou extenseur principal des mains et des pieds, aborde l'aponévrose dorsale des doigts dans sa partie centrale et se prolonge par la bandelette centrale et deux expansions pour les bandelettes collatérales chez tous les primates. Deux dispositifs d'extension complémentaires peuvent être mis- en évidence : L'un concerne spécifiquement la main des Hominoïdes, y compris l'Homme : le tendon de l'extenseur propre du deuxième doigt se confond dès la région métacarpienne avec le tendon correspondant du long extenseur commun. Ils se prolongent au niveau de l'aponévrose dorsale par la bandelette centrale. Il en va de même pour le tendon de l'extenseur propre du cinquième doigt. Les tendons du composant superficiel, le plus palmaire, des muscles interosseux palmaires ou du faisceau palmaire des interosseux dorsaux, placés de part et d'autre des tendons de l'extenseur commun, gagnent l'aponévrose dorsale par le biais des bandelettes collatérales. Le tendon des muscles lombricaux s'insère un peu en aval sur les bandelettes collatérales latérales. Le second dispositif concerne la main de tous les autres Primates et les pieds de tous les Primates non humains : il n'y a pas d'extenseurs propres. Au niveau du membre antérieur, deux extenseurs complémentaires extrinsèques, l'un latéral pour le deuxième et le troisième doigt, l'autre médial pour le quatrième et le cinquième croisent la face profonde des tendons du long extenseur et se prolongent au niveau de l'aponévrose dorsale par la bandelette médiale. Au niveau du membre postérieur, les tendons des muscles complémentaires : le muscle court extenseur (pédieux) et l'extenseur fibulaire (ulnaire) réalisent un dispositif analogue pour rejoindre la bandelette collatérale latérale. Les muscles lombricaux s'insèrent sur la bandelette collatérale latérale de la main et la collatérale médiale du pied. Les tendons des muscles interosseux s'insèrent directement à la base des phalanges proximales et n'ont de ce fait aucune connexion avec l'aponévrose dorsale des orteils. Un dernier tableau est celui du pied de l'homme. Il représente la seule exception à la règle précédente. Tous les tendons de ces muscles courts extenseurs et fibulaires fusionnent avec ceux du long extenseur commun. Ses interosseux dorsaux s'organisent autour du deuxième orteil. Aucun de ces muscles complémentaires n'atteint l'aponévrose dorsale. Ces dispositions anatomiques ont des conséquences fonctionnelles. Les expansions fibreuses des tendons de l'extenseur commun font un détour au contact des tubercules épiphysaires lors de la flexion des articulations métacarpo- et métatarso- phalangiennes. Ce détour, en s'estompant au dos de la métaphyse lors de l'extension, permet au tendon, puis à l'aponévrose dorsale, d'agir sur l'ensemble de la chaîne articulaire, mais s'épuise avant d'avoir étendu complètement les articulations inter-phalangiennes. L'éloignement du tendon de la surface osseuse et le raccourci, qui en résulte lors de l'hyper-extension métacarpo- ou métarso-phalangienne, diminue d'autant les possibilités d'extension en aval. Les muscles interosseux, à l'exception de ceux des Hominoïdes, ne sont ni palmaires, ni dorsaux, mais indifférenciés puisqu'ils ne possèdent qu'un seul tendon terminal. La transformation des extenseurs profonds en extenseurs propres de la main accroît chez les Hominoïdes l'autonomie du deuxième et du cinquième doigt. L'apparition du composant superficiel du faisceau profond de leurs interosseux permet l'autonomie d'une extension complète inter-phalangienne de tous les doigts. La flexion de l'articulation métacarpo- phalangienne qui en résulte est contrecarrée par les faisceaux interosseux dorsaux. Comme ce faisceau n'atteint pas l'aponévrose dorsale chez l'homme, l'extension des orteils reste incomplète

Contribution à l’étude de la mobilité de l’hallux et de la phylogénie des primates actuels

Matériel et méthodes : 51 pièces anatomiques de primates non humains ont été disséquées (18 embaumées, 33 fraîches) Les amplitudes des articulations cunéo-métatarsiennes médiales et métatarso-phalangiennes du premier rayon du pied des diverses pièces fraîches et celles de 26 sujets endormis ont été mesurées. De nombreux animaux ont été observés en semi-liberté ou dans de grandes volières. Egalement, 436 squelettes de pied de primates ont été mesurés et les mesures converties en pourcentage par rapport à la longueur du 3e métacarpien, afin de les comparer en dépit de leur différence de taille (collections du Museum d’Histoire Naturelle de Paris).Résultats :La colonne du gros orteil (hallux) est toujours très développée et souvent deux fois plus longue que celle du pouce. L’articulation cunéo-métatarsienne médiale présente un grand axe vertical. Celle des Strepsirrhini est fortement concave-convexe. La, convexité s’inscrit dans le grand axe. Celle des Simiiformes possède une surface cunéenne en dôme avec une échancrure latérale. Le relief du dôme est plus marqué chez les Catarrhini que chez les Platirrhini. Il est très discret chez l’Homo. Les différences morphologiques ou fonctionnelles de l’articulation, les modes de préhension hallici-digitales, qui en résultent, permettent de ranger les primates en quatre catégories, qui ne correspondent exactement ni à leurs sous-ordres, ni à leurs parvordres.1) Chez les Lemuridae, les Indriidae et les Daubentoniidae les surfaces articulaires sont concaves convexes et congruentes. L’articulation fonctionne comme une charnière, n’a qu’un degré de liberté, mais une très grande ouverture (de 125°). Elle ne permet qu’une pince halluci-digitale latéro-latérale. Le 4e orteil est le plus long.2) Chez les Loridae et les Cheirogaleidae, les surfaces articulaires sont aussi concaves convexes et congruentes, mais l’articulation fonctionne comme un joint de cardan. Elle n’offre donc que deux degrés de liberté. Elle ne peut réaliser l’opposition halluci-digitale termino-terminale qu’avec les deux derniers orteils et une ouverture maxima de la première commissure (de 90°). De très longs doigts sont nécessaires pour pouvoir la réaliser. Le quatrième orteil est au moins aussi long que le troisième et souvent davantage.3) Chez les Catarrhini non Humains, les Pitheciinae et les Cebinae (Platyrrhini) les surfaces de l’articulation ne sont pas congruentes. Un obstacle est constitué au pôle articulaire dorsal du premier métatarsien par le deuxième et par l’ancrage de la base du premier par un épais ligament dorso-latéral cuneo-métatarsien. Il doit obligatoirement être contourné pour assurer tantôt la flexion, tantôt l’extension et forme donc un pivot déterminant une rotation de ce premier métatarsien selon son axe longitudinal, tantôt en pronation, tantôt en supination. Il y a trois degrés de liberté, grâce à quoi l’opposition halluci-digitale termino-terminale est possible avec un minimum d’écartement du premier métatarsien. L’extension et l’abduction du premier métatarsien sont chacun de 40°. Le tendon du péronier latéral agit puissamment sur sa flexion mais aussi sur sa pronation. Le tendon du long abducteur agit sur l’extension et la supination. Un large ligament inter-métacarpien transverse relie le premier rayon au deuxième rayon du pied des Pitheciinae et des Cebinae, mais il est assez lâche pour ne pas gêner l’écartement de l’hallux.4) Chez les Callitrichinae (Platyrrhini), tout comme chez l’Homo sapiens, un ligament transverse inter-métatarsien, particulièrement épais, dans la première commissure, relie le premier métatarsien au second et s’oppose à toute tentative d’opposition de l’hallux par rapport aux autres orteils. L’articulation métatarso-phalangienne des primates est condylienne et donc relativement instable. L’hyper extension de celle-ci chez les Callitrichinae permet, dans une certaine mesure, de pallier le manque d’écartement de l’hallux. Les quatre derniers orteils sont d’autant plus longs que les degrés de liberté de l’hallux sont limités. Le plus long chez les Strepsirrhini est le quatrième, c’est à dire celui qui peut réaliser la pince hallici-digitale. Les orteils des Platyrrhini sont également longs, le troisième est le plus long. Ceux des Catarrhini non humains sont plus courts. Ceux de l’Homo encore davantage, le second étant le plus long.Conséquences :Ces différences morphologiques et fonctionnelles ont été comparées avec celles de la main. Elles ont une influence sur la démarche arboricole et terrestre, analysée dans cet article. Elles sont autant de jalons, qui permettent de se faire une idée sur les différents stades de l’évolution des Primates non humains jusqu’à l’Homo sapiens. L’existence d’un ligament inter métatarsien transverse entre le premier et le deuxième rayon du pied des Platyrrhini et de l’Homo ne plaide pas en faveur de la théorie de l’hallux divergent primitif. Elle tend à suggérer que l’origine de la lignée humaine est bien plus ancienne, qu’on ne le pense habituellement.Material and methods: 51 anatomical specimens of non-human primates were dissected (18 embalmed, 33 fresh). The amplitudes of the medial cuneometatarsal and metatarsophalangeal articulations of the first ray of the foot of the various fresh pieces and those of 26 sleeping subjects have been measured. Many animals have been observed in semi-liberty or in wide aviaries. Also, 436 foot skeletons of primates have been measured and the measurements converted to a percentage relative to the length of the 3rd metacarpal, in order to compare them, despite their difference in size (collections of the Museum d’Histoire Naturelle of Paris)Results: The hallux column is always very developed and often twice longer than that of the pollex. The medial cuneometatarsal articulation offers a major vertical axis. That of Strepsirrhini is strongly concave/ convex. The convexity is seated on the major axis. That of the Simiiformes has a cuneal surface, which forms a dome, with a lateral cut-out. The dome is more prominent in the Catarrhini and Platyrrhini. It is very discreet in the Homo. The morphological and functional differences of the medial cuneometatarsal joint and the modes of hallucidigital prehension help classifying the primates in four categories that do not correspond exactly to the suborders or the parvorders.1) In the Loridae, the Indriidae and the Daubentoniidae, the articular surfaces are concave/ convex and congruent. The joint acts like a hinge, has only one degree of freedom, but a wide angle (125°) and allows only a laterolateral hallicidigital pinch. The fourth toe is the longest.2) In the Loridae and the Cheirogaleidae the articular surfaces are also concave/ convex and congruent, but the joint works like a cardan. It offers therefore two-degrees of freedom. An opposition with the two last toes is only obtained with a maximum opening of the first web space (90 degrees). Very long toes are necessary to obtain the terminoterminal hallucidigital pinch. The fourth is also the longest.3) In non-human Catarrhini, Pitheciinae and Cebinae (Platyrrhini), the articular surfaces are not congruent. A barrier is formed at the dorsal articular pole of the first metatarsus by the second metatarsus and by the anchoring of its base by a thick dorso-lateral cuneometatarsal ligament. It must now be bypassed to allow flexion or extension. Therefore, it forms a crucial pivot, determining a rotation of the first metatarsus, along its longitudinal axis, sometimes in pronation, sometimes in supination. There are three degrees of freedom. The extension and the abduction of the first metatarsus is 40 degrees. The tendon of the lateral fibular muscle acts powerfully on its flexion, but also on its pronation. The tendon of the abductor longus acts on its extension and supination. A wide transverse intermetacarpal ligament unites the first and the second ray of the foot of the Pitheciidae and the Cebinae, but it is very loose and does not hinder the opening of the hallux.4) In the Callitrichinae (Platyrrhini), like in Homosapiens, a particularly thick transversal inter metatarsal ligament in the first commissure unites the first and the second metatarsus and prevents the opposition of the hallux to the other toes. The metatarsophalangeal joint is condylar and relatively unstable. Such instability prohibits fine pinch force. The hyperextension of the joint allows, to a certain degree, to correct the lack of mobility of the cuneometatarsal joint. The length of the four last toes is inversely proportional to the number of degrees of liberty of the cuneometatarsal joint. The longest toe in the Strepsirrhini is the fourth, the one that can realize an halluci-digital termino-terminal pinch. The toes of the Platyrrhini are also long, the third is the longest. The toes of the non-human Catarrhini are shorter. That of the Homosapiens is still much shorter. The second is the longest.Consequences:The morphological and functional differences have been compared to those of the hand. They influence the arboreal and terrestrial walk, analyzed in this article. They are the landmarks, which allow imagining the different stages of the evolution of non-human primates to Homosapiens. The presence of a transverse intermetatarsal ligament between the first and the second ray of the foot of the Platyrrhini and of the Homo is not in favor of the theory of a divergent primitive hallux. It suggests rather that the origin of the human lineage is much more ancient than it is usually thought

Detection of Leishmania RNA virus in Leishmania parasites.

BACKGROUND: Patients suffering from cutaneous leishmaniasis (CL) caused by New World Leishmania (Viannia) species are at high risk of developing mucosal (ML) or disseminated cutaneous leishmaniasis (DCL). After the formation of a primary skin lesion at the site of the bite by a Leishmania-infected sand fly, the infection can disseminate to form secondary lesions. This metastatic phenotype causes significant morbidity and is often associated with a hyper-inflammatory immune response leading to the destruction of nasopharyngeal tissues in ML, and appearance of nodules or numerous ulcerated skin lesions in DCL. Recently, we connected this aggressive phenotype to the presence of Leishmania RNA virus (LRV) in strains of L. guyanensis, showing that LRV is responsible for elevated parasitaemia, destructive hyper-inflammation and an overall exacerbation of the disease. Further studies of this relationship and the distribution of LRVs in other Leishmania strains and species would benefit from improved methods of viral detection and quantitation, especially ones not dependent on prior knowledge of the viral sequence as LRVs show significant evolutionary divergence. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: This study reports various techniques, among which, the use of an anti-dsRNA monoclonal antibody (J2) stands out for its specific and quantitative recognition of dsRNA in a sequence-independent fashion. Applications of J2 include immunofluorescence, ELISA and dot blot: techniques complementing an arsenal of other detection tools, such as nucleic acid purification and quantitative real-time-PCR. We evaluate each method as well as demonstrate a successful LRV detection by the J2 antibody in several parasite strains, a freshly isolated patient sample and lesion biopsies of infected mice. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: We propose that refinements of these methods could be transferred to the field for use as a diagnostic tool in detecting the presence of LRV, and potentially assessing the LRV-related risk of complications in cutaneous leishmaniasis