\u27Happiest City in America\u27 & \u27Luke on the Road\u27

Happiest City in America Thank you San Luis Obispo for being a constant source of inspiration for these past 4 years Luke on the Road My first shoot with my friend’s RZ 67. Thank you Luke for lending me some time to make images of you

A+ -palvelu. Kohti prosessiorientoitunutta ja opiskelijakeskeistä ohjelmoinnin opetusta

Sähköisten opetusympäristöjen historia on lyhyt, mutta poukkoileva. Viime vuosien aikana suljetut opetusympäristöt ovat joutuneet antamaan tilaa täysin avoimille oppimisympäristöille. Verkko-oppiminen nähdään nyt tiedon rakentamisena yhteiselle, avoimelle alustalle sekä vapaana ja avoimena tiedonjakona. Tällaisessa tilanteessa opiskelijan kyky hallita omia opintojaan ja ottaa aktiivinen rooli omassa oppimisessaan on tullut entistäkin tärkeämmäksi. Tämä opinnäytetyö käsittelee ohjelmoinnin opettamista A+ -palvelulla, joka on suljettu, sähköinen oppimissovellus. Pohdin opinnäytyössäni sitä, miten ohjelmoinnin opiskelua voi tukea A+ -palvelussa prosessiorientoituneen opetuksen periaatteita hyväksi käyttäen, ja miten suunnittelussa säilytetään opiskelijakeskeisyys. Lähestyin haastetta tutkimuslähtöisen suunnitteluprosessin avulla, jossa tutustuin suunnittelumaisemaan, ohjasin osallistavaa suunnittelua ja vetäydyin suunnittelemaan mahdollisia ratkaisuja suunnitteluhaasteeseen. Prototyyppien rakentelu ei sisältynyt opinnäytetyöhöni. Design-ratkaisuni koostuu kahdesta osasta: Toimintatavasta ja käyttöliittymäratkaisuista. Toimintatapana esitän, että prosessiorientoituneen opetuksen piirteitä pohditaan luotujen persoonien näkökulmasta. Tällä tavalla pystytään tunnistamaan persoonille ominaiset oppimisen haasteet, joihin design-ratkaisulla pyritään vastaamaan. Käyttöliittymäratkaisuissa esittelen suunnittelemani käyttöliittymäelementin, dashboardin, jonka avulla opiskelija voi suunnitella, seurata ja arvioida omaa opiskeluaan. Elementin avulla opiskelijalle annetaan mahdollisuus pohtia opiskeluaan tasolla, joka kehittää hänen metakognitiivisia taitojaan. Tämän otaksun suuntaavan hänen prosessointistrategiaansa kohti syväsuuntautuneisuutta. Suunnittemaisema johon tutustuin, oli suljettu korkeakoulutasoista opetusta antava kurssi, sen opiskelijat ja henkilökunta. Tästä huolimatta katson design-ratkaisuni olevan pienin muutoksin käyttökelpoinen ja hyödyllinen myös avoimissa oppimisympäristöissä

Terveen ja ärtyneen suolen mikrobisto : Molekyylibiologinen luonnehdinta ja probiootti-intervention vaikutus

The human gastrointestinal (GI) microbiota is a complex ecosystem that lives in symbiosis with its host. The growing awareness of the importance of the microbiota to the host as well as the development of culture-free laboratory techniques and computational methods has enormously expanded our knowledge of this microbial community. Irritable bowel syndrome (IBS) is a common functional bowel disorder affecting up to a fifth of the Western population. To date, IBS diagnosis has been based on GI symptoms and the exclusion of organic diseases. The GI microbiota has been found to be altered in this syndrome and probiotics can alleviate the symptoms, although clear links between the symptoms and the microbiota have not been demonstrated. The aim of the present work was to characterise IBS related alterations in the intestinal microbiota, their relation to IBS symptoms and their responsiveness to probiotic theraphy. In this thesis research, the healthy human microbiota was characterised by cloning and sequencing 16S rRNA genes from a faecal microbial community DNA pool that was first profiled and fractionated according to its guanine and cytosine content (%G+C). The most noticeable finding was that the high G+C Gram-positive bacteria (the phylum Actinobacteria) were more abundant compared to a corresponding library constructed from the unfractionated DNA pool sample. Previous molecular analyses of the gut microbiota have also shown comparatively low amounts of high G+C bacteria. Furthermore, the %G+C profiling approach was applied to a sample constructed of faecal DNA from diarrhea-predominant IBS (IBS-D) subjects. The phylogenetic microbial community comparison performed for healthy and IBS-D sequence libraries revealed that the IBS-D sample was rich in representatives of the phyla Firmicutes and Proteobacteria whereas Actinobacteria and Bacteroidetes were abundant in the healthy subjects. The family Lachnospiraceae within the Firmicutes was especially prevalent in the IBS-D sample. Moreover, associations of the GI microbiota with intestinal symptoms and the quality of life (QOL) were investigated, as well as the effect of probiotics on these factors. The microbial targets that were analysed with the quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) in this study were phylotypes (species definition according to 16S rRNA gene sequence similarity) previously associated with either health or IBS. With a set of samples, the presence or abundance of a phylotype that had 94% 16S rRNA gene sequence similarity to Ruminococcus torques (R. torques 94%) was shown to be associated with the severity of IBS symptoms. The qPCR analyses for selected phylotypes were also applied to samples from a six-month probiotic intervention with a mixture of Lactobacillus rhamnosus GG, L. rhamnosus Lc705, Propionibacterium freudenreichii ssp. shermanii JS and Bifidobacterium breve Bb99. The intervention had been previously reported to alleviate IBS symptoms, but no associations with the analysed microbiota representatives were shown. However, with the phylotype-specific assays applied here, the abundance of the R. torques 94% -phylotype was shown to be lowered in the probiotic-receiving group during the probiotic supplementation, whereas a Clostridium thermosuccinogenes 85% phylotype, previously associated with a healthy microbiota, was found to be increased compared to the placebo group. To conclude, with the combination of methods applied, higher abundance of Actinobacteria was detected in the healthy gut than found in previous studies, and significant phylum-level microbiota alterations could be shown in IBS-D. Thus, the results of this study provide a detailed overview of the human GI microbiota in healthy subjects and in subjects with IBS. Furthermore, the IBS symptoms were linked to a particular clostridial phylotype, and probiotic supplementation was demonstrated to alter the GI microbiota towards a healthier state with regard to this and an additional bacterial phylotype. For the first time, distinct phylotype-level alterations in the microbiota were linked to IBS symptoms and shown to respond to probiotic therapy.Ihmisen suolistossa elää monimuotoinen ja terveydelle tärkeä mikrobisto, jonka kaikkien bakteerilajien viljelyyn ei ole olemassa menetelmää. Ärtyvä suoli -oireyhtymästä (eng. irritable bowel syndrome, IBS) kärsii jopa viidennes länsimaisista ihmisistä ja sen diagnostiikka perustuu potilaan oireisiin. Tutkimustulokset puoltavat suoliston mikrobiston olevan muuttunut IBS oireisilla terveisiin verrattuna. Tämän väitöskirjatutkimuksen tavoitteena oli luonnehtia terveiden ja IBS-oireisten suoliston mikrobistojen koostumus viljelyvapailla menetelmillä. Tavoitteena oli myös tutkia mikrobistomuutosten yhteyttä IBS:n oireisiin ja seurata terveysvaikutteisia bakteereita (probiootteja) sisältävän valmisteen vaikutuksia mikrobistoon. Tutkimuksessa kartoitettiin terveen ihmisen suoliston mikrobisto käyttämällä menetelmää, jossa ulosteen bakteerien DNA ensin fraktioitiin sen guaniini+sytosiini -pitoisuuden (%G+C) perusteella. Fraktioista valmistettiin tämän jälkeen 16S rRNA (pienen alayksikön ribosomaalinen deoksiribonukleiinihappo) geeni kloonikirjasto, jonka klooneista edelleen sekvensoitiin (l. määritettiin DNA:n emäsjärjestys) tämä fylogeneettinen eli evoluutiopuuhun perustuva merkkigeeni. Käytetty menetelmä edesauttoi korkean %G+C pitoisuuden omaavien grampositiivisten bakteerien eli nk. Aktinobacteria-pääjakson edustajien esilletulon. Mikrobiyhteisöanalyysi vastaavalla tavalla tehdyn ripulioireisten IBS henkilöiden (IBS-D) sekvenssikirjaston kanssa osoitti, että IBS-D näytteessä oli enemmän Firmicutes ja Proteobacteria -pääjaksojen edustajia ja vähemmän Actinobacteria ja Bacteroidetes -pääjaksojen edustajia terveisiin verrattuna. Tutkimuksen kohteena olivat myös suoliston mikrobiston fylotyypit eli 16S rRNA geenin DNA:n emäsjärjestyksen perusteella määritellyt bakteerilajit, joiden määriä näytteissä mitattiin käyttämällä reaaliaikaista kvantitatiivista polymeraasiketjureaktiota. Valittuihin fylotyyppeihin kohdennetut analyysit sekä mahasuolikanavan oireita koskeva kysely yhdistivät Ruminococcus torques 94% -fylotyypin (prosentti viittaa sekvenssin samankaltaisuuteen lähimpään tunnettuun bakteerilajiin) IBS:n oireisiin. Kyseistä menetelmää käytettiin myös kuuden kuukauden probiootti-interventioon osallistuneiden näytteisiin. Tuotteen, joka sisälsi Lactobacillus rhamnosus GG, L. rhamnosus Lc705, Propionibacterium freudenreichii ssp. shermanii JS and Bifidobacterium breve Bb99 bakteereja, oli aikaisemmassa tutkimuksessa todettu lievittävän IBS:n oireita. Tätä probioottiseosta nauttineiden ryhmässä R. torques 94% -fylotyypin määrä laski kun puolestaan terveiden mikrobistoon yhdistetyn Clostridium thermosuccinogenes 85% -fylotyypin määrä nousi verrattuna lumevalmistetta nauttineisiin. Yhteenvetona voidaan sanoa, että suoliston mikrobiston kartoitus käytetyillä menetelmillä nosti havaittujen Actinobacteria pääjakson edustajien määrää. Tutkimuksessa osoitettiin myös IBS-D oireisten mikrobiston olevan muuttunut bakteeripääjaksojen osalta terveisiin nähden. Lisäksi IBS:n oireet pystyttiin yhdistämään suoliston mikrobistoon ja oireita lievittävän probioottiseoksen nauttimisen osoitettiin muuttavan mikrobistoa terveiden suuntaan. Tuloksia voidaan hyödyntää mm. IBS:n liittyvien suolistomikrobistomuutosten tutkimuksen kohdentamisessa sekä probioottien vaikutusmekanismien tutkimuksessa

A pattern-recognition theory of search in expert problem solving

Understanding how look-ahead search and pattern recognition interact is one of the important research questions in the study of expert problem-solving. This paper examines the implications of the template theory (Gobet & Simon, 1996a), a recent theory of expert memory, on the theory of problem solving in chess. Templates are "chunks" (Chase & Simon, 1973) that have evolved into more complex data structures and that possess slots allowing values to be encoded rapidly. Templates may facilitate search in three ways: (a) by allowing information to be stored into LTM rapidly; (b) by allowing a search in the template space in addition to a search in the move space; and (c) by compensating loss in the "mind's eye" due to interference and decay. A computer model implementing the main ideas of the theory is presented, and simulations of its search behaviour are discussed. The template theory accounts for the slight skill difference in average depth of search found in chess players, as well as for other empirical data

Effect of a multispecies probiotic supplement on quantity of irritable bowel syndrome-related intestinal microbial phylotypes

Peer reviewe

Microbial community analysis reveals high level phylogenetic alterations in the overall gastrointestinal microbiota of diarrhoea-predominant irritable bowel syndrome sufferers

Abstract Background A growing amount of scientific evidence suggests that microbes are involved in the aetiology of irritable bowel syndrome (IBS), and the gastrointestinal (GI) microbiota of individuals suffering from diarrhoea-predominant IBS (IBS-D) is distinguishable from other IBS-subtypes. In our study, the GI microbiota of IBS-D patients was evaluated and compared with healthy controls (HC) by using a high-resolution sequencing method. The method allowed microbial community analysis on all levels of microbial genomic guanine plus cytosine (G+C) content, including high G+C bacteria. Methods The collective faecal microbiota composition of ten IBS-D patients was analysed by examining sequences obtained using percent G+C (%G+C) -based profiling and fractioning combined with 16S rRNA gene clone library sequencing of 3267 clones. The IBS-D library was compared with an analogous healthy-control library of 23 subjects. Real-time PCR analysis was used to identify phylotypes belonging to the class Gammaproteobacteria and the order Coriobacteriales. Results Significant differences were found between clone libraries of IBS-D patients and controls. The microbial communities of IBS-D patients were enriched in Proteobacteria and Firmicutes, but reduced in the number of Actinobacteria and Bacteroidetes compared to control. In particular, 16S rDNA sequences belonging to the family Lachnospiraceae within the phylum Firmicutes were in greater abundance in the IBS-D clone library. Conclusions In the microbiota of IBS-D sufferers, notable differences were detected among the prominent bacterial phyla (Firmicutes, Actinobacteria, Bacteroidetes, and Proteobacteria) localized within the GI tract