Vibration Control of Mechanical Systems - introduction to the problem

Príèiny vibrácií strojov sú rôznorodé a je ich ako analyzova. Ich analýza je ve¾mi dôleitá, nako¾ko vibrácie majú negatívne úèinky nielen na ivotnos, prevádzkyschopnos strojov, ale i na obsluhu strojov a ivotné prostredie. V èlánku sú charakterizované základné postuláty pasívnych a aktívnych metód pre analýzu, syntézu a návrhu útlmu vibrácií s vyuitím princípu riadených vibrácií. Vyuitie matematického modelovania mechanického systému a riadenia je predmetom súèasného simulaèného výskumu vo svete. Uvedená teória je úspene aplikovaná pre útlm, redukciu vibrácií strojov, rotorov zariadení, budov, komunikaèných prostriedkov

Genetic predisposition to papillary thyroid cancer

Około 5% zróżnicowanych raków tarczycy wykazuje predyspozycję dziedziczną. Dziedziczny nierdzeniasty rak tarczycy może występować jako składowa niektórych dziedzicznych zespołów nowotworowych, na przykład rodzinnej polipowatości jelit oraz jako rodzinny zróżnicowany rak tarczycy (FNMTC, familial non-medullary thyroid cancer), gdzie najczęściej obserwuje się raka brodawkowatego. Choć predyspozycja dziedziczna do nierdzeniastych raków tarczycy jest dobrze znana, to jednak geny warunkujące jej występowanie nie zostały jeszcze poznane. Wykonane jak dotąd badania zidentyfikowały kilka loci - 1q21, 6q22, 8p23.1-p22 oraz 8q24, jednak wyniki te nie zawsze były jednoznaczne. W niniejszej pracy omówiono rezultaty badań sprzężenia oraz ostatnio uzyskane wyniki badań związku całego genomu (GWAS, genome wide association study) wykonano przez badania polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (SNP, single nucleotide polymorphism) z wykorzystaniem techniki mikromacierzy wysokiej gęstości. (Endokrynol Pol 2010; 61 (5): 486-489)Approximately 5% of differentiated thyroid cancers are hereditary. Hereditary non-medullary thyroid cancer may occur as a minor component of familial cancer syndromes (e.g. familial adenomatous polyposis) or as a primary feature (familial non-medullary thyroid cancer [FNMTC]). Among FNMTC, PTC is the most common. Although a hereditary predisposition to non-medullary thyroid cancer is well established, the susceptibility genes are poorly known. Up to now, by linkage analysis using microsatellite markers, several putative loci have been described - 1q21, 6q22, 8p23.1-p22, and 8q24; however, validation studies have been unsuccessful. In the present review we discuss the results of linkage analysis and the most recent results of genome wide association studies (GWAS) with high resolution SNP (single nucleotide polymorphism) arrays. (Pol J Endocrinol 2010; 61 (5): 486-489

Zespół hemofagocytowy indukowany terapią hormonalną – studium przypadku klinicznego

Zespół hemofagocytowy (ang. – HLH) charakteryzuje się nieprawidłową aktywacją układu immunologicznego, u podłoża której leżą zmiany genetyczne lub nabyte zaburzenia cytotoksyczności limfocytów T i NK. Objawy kliniczne są niespecyficzne i różnorodne, a postawienie rozpoznania, pomimo dostępności badań dodatkowych, jest niezwykle trudne. W artykule zaprezentowano przypadek kliniczny chorej, u której pierwotnie w obrazie klinicznym dominowała nawracająca gorączka oraz zmiany skórne sugerujące rozpoznanie rumienia guzowatego. Pomimo rozpoczęcia steroidoterapii oraz stosowania empirycznej antybiotykoterapii stan pacjentki nie ulegał poprawie. Do objawów klinicznych dołączyły się splenomegalia oraz zaburzenia w badaniach dodatkowych: trójukładowa cytopenia, hiperferrytynemia, hipertriglicerydemia, hipofibrynogenemia. Ponadto w obrazie histopatologicznym szpiku kostnego stwierdzono obecność hemofagocytów. Na podstawie obrazu klinicznego oraz badań dodatkowych postawiono rozpoznanie HLH. W terapii zastosowano chemioterapię zgodnie z protokołem HLH-2004, uzyskując całkowitą remisję

Occurrence of BRAF mutations in a Polish cohort of PTC patients - preliminary results

Wstęp: Mutacje dotyczące genów na szlaku kinaz MAP (kinazy aktywowane mitogenem)/kinaz ERK (kinazy regulowane sygnałem zewnątrzkomórkowym) są najczęstszymi zdarzeniami molekularnymi w raku brodawkowatym tarczycy (PTC, papillary thyroid cancer). Mutację genu BRAF (V600E) stwierdza się u około 50% dorosłych chorych z PTC. W większości dotychczas opublikowanych badań występowanie mutacji BRAF (V600E) wiąże się z agresywnym przebiegiem klinicznym PTC i wysokim odsetkiem nawrotów choroby. Jednak nie wszyscy autorzy podzielają tę opinię. Celem pracy była ocena częstości mutacji BRAF (V600E) i wstępna ocena jej znaczenia predykcyjnego u 88 chorych na raka brodawkowatego tarczycy. Materiał i metody: Obecność mutacji BRAF (V600E) oceniono w 88 guzach (rakach brodawkowatych). DNA izolowano z bloczków parafinowych z użyciem sekwencjonatora AbiPrism 377 i 3130xl Genetic Analyzer (Applied Biosystems).W analizie statystycznej wykorzystano: test chi2, test U Mann-Whitney oraz ocenę przeżycia metodą Kaplana-Meier. Wyniki: Mutację BRAF (V600E) stwierdzono u 38 (43%) chorych. Spośród przeanalizowanych czynników kliniczno-patologicznych jedynie starszy wiek korelował z częstością mutacji. Nie wykazano korelacji pomiędzy obecnością mutacji a przerzutami do węzłów chłonnych/ odległymi, wieloogniskowością czy naciekaniem torebki tarczycy. Stwierdzono jeden zgon i dwa przerzuty raka w grupie BRAF+ i jeden nawrót raka w grupie BRAF-. Wnioski: Mimo wykazania w wielu pracach mutacji BRAF jako czynnika prognostycznego w PTC wstępne wyniki opisywanego badania wskazują na potrzebę dalszych badań zanim mutacja BRAF (V600E) stanie się powszechnie stosowanym czynnikiem predykcyjnym w raku brodawkowatym tarczycy. (Endokrynol Pol 2010; 61 (5): 462-466)Introduction: Genetic alterations involving the mitogen-activated protein kinase (MAPK) pathway are frequently demonstrated in papillary thyroid cancer (PTC). BRAF(V600E), the most frequent mutation in adult patients, is present in approximately 50% of PTC. Most clinical studies have demonstrated an association of BRAF(V600E) mutation with aggressive clinicopathological characteristics and high tumour recurrence, although the results are controversial. In this study we present the preliminary results of BRAF mutation frequence in a group of 88 Polish patients with papillary thyroid cancer (PTC) and relate it to the outcome all DTC patients operated in 2004 and 2005. BRAF (V600E) mutation was diagnosed in 38 (43%) of cases. Material and methods: The presence of BRAF mutation was evaluated in 88 PTC tumours. DNA was isolated from tissue parafin blocks, and the mutation V600E was evaluated by sequence analysis with an AbiPrism 377 and 3130 xl genetic analyzer (Life Technologies). Statistical analysis was carried out with the use of SPSS 12 software. The c2 and Kaplan-Meyer survival analysis were performed. Results: From all analyzed clinico-pathological factors, only older age positively correlated with BRAF mutation frequency (p = 0.0017). Lymph node/distant metastases, multifocality, and extra-thyroid extension did not correlate with BRAF status. One cancer related death and two reccurences were observed in the BRAF+ group while one relapse was diagnosed in the BRAF– group. Conclusions: Although many studies document BRAF mutation as a prognostic factor in PTC our results underline that it is too early to consider it as a routine clinical predictive factor. (Pol J Endocrinol 2010; 61 (5): 462-466

3D PET image reconstruction based on Maximum Likelihood Estimation Method (MLEM) algorithm

Positron emission tomographs (PET) do not measure an image directly. Instead, they measure at the boundary of the field-of-view (FOV) of PET tomograph a sinogram that consists of measurements of the sums of all the counts along the lines connecting two detectors. As there is a multitude of detectors build-in typical PET tomograph structure, there are many possible detector pairs that pertain to the measurement. The problem is how to turn this measurement into an image (this is called imaging). Decisive improvement in PET image quality was reached with the introduction of iterative reconstruction techniques. This stage was reached already twenty years ago (with the advent of new powerful computing processors). However, three dimensional (3D) imaging remains still a challenge. The purpose of the image reconstruction algorithm is to process this imperfect count data for a large number (many millions) of lines-of-responce (LOR) and millions of detected photons to produce an image showing the distribution of the labeled molecules in space.Comment: 10 pages, 7 figure

Choroidal metastases of thymic carcinoma in ultrasonographic imaging and optical coherence tomography

Not required for Clinical Vignette

Częstość występowania mutacji somatycznych RAS w raku rdzeniastym tarczycy — analiza populacji polskiej

Introduction: Somatic RET mutations are detectable in two-thirds of sporadic cases of medullary thyroid cancer (MTC). Recent studies reported a high proportion of RAS somatic mutations in RET negative tumours, which may indicate RAS mutation as a possible alternative genetic event in sporadic MTC tumorigenesis. Thus, the aim of the study was to evaluate the frequency of somatic RAS mutations in sporadic medullary thyroid cancer in the Polish population and to relate the obtained data to the presence of somatic RET mutations.Material and methods: Somatic mutations (RET, RAS genes) were evaluated in 78 snap-frozen MTC samples (57 sporadic and 21 hereditary) by direct sequencing. Next, three randomly selected RET-negative MTC samples were analysed by the next generation sequencing.Results: RAS mutation was detected in 26.5% of 49 sporadic MTC tumours. None of all the analysed samples showed N-RAS mutation. When only RET-negative samples were considered, the prevalence of RAS mutation was 68.7%, compared to 6% observed in RET-positive samples. Most of these mutations were located in H-RAS codon 61 (72%). None of 21 hereditary MTC samples showed any RAS mutations.Conclusions: RAS mutations constitute a frequent molecular event in RET-negative sporadic medullary thyroid carcinoma in Polish patients. However, their role in MTC tumorigenesis remains unclear. (Endokrynol Pol 2015; 66 (2): 121–125)Wstęp: Somatyczne mutacje proto-onkogenu RET wykrywane są w trzech czwartych wszystkich sporadycznych raków rdzeniastych tarczycy (MTC). Ostatnie badania wykazały, że mutacja genu RAS jest również częstym wydarzeniem w sporadycznych guzach MTC, co może oznaczać, że mutacje genów z rodziny RAS są alternatywnym wydarzeniem molekularnym w kancerogezie sporadycznej postaci tego raka. Z tego względu celem niniejszej pracy było oszacowanie częstości występowania mutacji genów RAS w sporadycznym raku rdzeniastym tarczycy w populacji polskiej i odniesieniu częstości ich występowania do obecności mutacji somatycznych proto-onkogenu RET.Materiał i metody: Materiał do badań stanowiło 78 fragmentów guza raka rdzeniastego tarczycy (57 próbek postaci sporadycznej i 21 dziedzicznej MTC). Analizowano mutacje genu RET, H-RAS, K-RAS i N-RAS metodą bezpośredniego sekwencjonowania a także 3 próbki raka sporadycznego, wybrane losowo, zostały zeskwencjonowane metodą głębokiego sekwencjonowania (Illumina).Wyniki: Mutację genów RAS wykryto w 26,5% z 49 przeanalizowanych guzów sporadycznej postaci MTC. Natomiast, gdy tylko brano pod uwagę próbki RET-negatywne, częstość występowania mutacji genów RAS wynosiła 68,7% w porównaniu z 6% obserwowanych w guzach RET-pozytywnych. Nie wykryto, w żadnej z próbek, mutacji genu N-RAS. Najczęściej wykrywaną mutacją była zmiana w kodonie 61 genu H-RAS (72%). Nie wykryto mutacji genów RAS w żadnej z próbek dziedzicznego guza raka tarczycy.Wnioski: Mutacje somatyczne genów RAS są częstym wydarzeniem obserwowanym w RET-negatywnych sporadycznych rakach rdzeniastych tarczycy w populacji polskiej. Jednakże rola tych mutacji w rozwoju rdzeniastego raka tarczycy nie jest do końca poznana. (Endokrynol Pol 2015; 66 (2): 121–125

Unsupervised analysis of follicular thyroid tumours transcriptome by oligonucleotide microarray gene expression profiling

Wstęp: Rak pęcherzykowy tarczycy (FTC) jest nowotworem którego podłoże molekularne jest mało zbadane. W podjętej analizie transkryptomuoceniono możliwość dyskryminacji raka i gruczolaka pęcherzykowego tarczycy (FTA) na podstawie badań profilu ekspresjigenów metodą tzw. nienadzorowaną (tzn. na podstawie dominujących źródeł zmienności). Analizę tę prowadzono by sprawdzić czyzłośliwość guza jest rzeczywiście czynnikiem dominującym dla profilu ekspresji genów w nowotworach pęcherzykowych.Materiał i metody: Podstawowy zbiór guzów pęcherzykowych obejmował 52 próbki (27 FTC i 25 FTA), z których wyizolowano całkowityRNA i poddano badaniu na mikromacierzach HG-U133 Plus 2.0. Otrzymany zbiór normalizowano za pomocą RMA i GC-RMA. Identyfikacjigłównych źródeł zmienności dokonano metodą analizy głównych składowych (PCA).Wyniki: Analizę funkcji biologicznej genów przeprowadzono dla pierwszych 6 składowych głównych. Geny skorelowane z pierwsząskładową pozwalały wyodrębnić 2 klastry próbek: jeden złożony głównie z gruczolaków, z wysoką ekspresją między innymi transkryptówtarczycowo-swoistych, drugi zaś, zawierający większość raków, wykazywał zwiększoną, ale heterogenną ekspresję genów związanychz odpowiedzią immunologiczną, a obniżoną ekspresję genów tarczycowych. Geny odpowiedzi immunologicznej stwierdzono wśród transkryptów skorelowanych przebiegiem pierwszej, trzeciej i szóstej głównej składowej; w istotny sposób wpływały one na rozróżnieniemiędzy FTC i FTA.Wnioski: W analizie nienadzorowanej stwierdzono, że złośliwość (inwazyjność) nowotworu pęcherzykowego może być jednymz głównych źródeł zmienności w transkryptomie tych guzów. Jednak, genomiczna odległość między grupami FTC i FTA jest niewielka,a wyodrębnione w analizie nienadzorowanej klastry nakładają się, stąd sama analiza nienadzorowana nie jest wystarczającym narzędziemdo celów klasyfikacji tych guzów.(Endokrynol Pol 2013; 64 (5): 329–334)Introduction: Mechanisms driving the invasiveness of follicular thyroid cancer (FTC) are not fully understood. In our study, we undertookan unsupervised analysis of the set of follicular thyroid tumours (adenomas (FTA) and carcinomas) to verify whether the malignantphenotype influences major sources of variability in our dataset.Material and methods: The core set of samples consisted of 52 tumours (27 FTC, 25 FTA). Total RNA was analysed by oligonucleotidemicroarray (HG-U133 Plus 2.0). Principal Component Analysis (PCA) was applied as a main method of unsupervised analysis.Results: An analysis of biological character of genes correlated to the first six PCs was performed. When genes correlated to the first PCwere used to cluster FTC and FTA, they appeared in two branches; one, relatively enriched in adenomas, with homogenous expressionof subset of genes, and the other containing mainly carcinomas, with down-regulation of these genes and heterogeneous up-regulationin a smaller cluster of transcripts. Genes highly up-regulated in adenomas included some thyroid-specific transcripts. The second clusterof genes, up-regulated in carcinomas, contained mainly immunity-related transcripts. Immune response genes were found in the first,third and sixth principal components, improving the discrimination between carcinomas and adenomas.Conclusions: Our unsupervised analysis indicates that invasiveness of follicular tumours might be considered as the major source of variabilityin transcriptome analysis. However, the distance between both groups is small and the clusters are overlapping, thus, unsupervisedanalysis is not sufficient to properly classify them. (Endokrynol Pol 2013; 64 (5): 328–334

Epidermal differentiation complex (locus 1q21) gene expression in head and neck cancer and normal mucosa

Epidermal differentiation complex (EDC) comprises a number of genes associated with human skin diseases including psoriasis, atopic dermatitis and hyperkeratosis. These genes have also been linked to numerous cancers, among them skin, gastric, colorectal, lung, ovarian and renal carcinomas. The involvement of EDC components encoding S100 proteins, small proline-rich proteins (SPRRs) and other genes in the tumorigenesis of head and neck squamous cell cancer (HNSCC) has been previously suggested. The aim of the study was to systematically analyze the expression of EDC components on the transcript level in HNSCC. Tissue specimens from 93 patients with HNC of oral cavity and 87 samples from adjacent or distant grossly normal oral mucosawere analyzed. 48 samples (24 tumor and 24 corresponding surrounding tissue) were hybridized to Affymetrix GeneChip Human 1.0 ST Arrays. For validation by quantitative real-time PCR (QPCR) the total RNA from all 180 samples collected in the study was analyzed with Real-Time PCR system and fluorescent amplicon specific-probes. Additional set of samples from 14 patients with laryngeal carcinoma previously obtained by HG-U133 Plus 2.0 microarray was also included in the analyses. The expression of analyzed EDC genes was heterogeneous. Two transcripts (S100A1 and S100A4) were significantly down-regulated in oral cancer when compared to normal mucosa (0.69 and 0.36-fold change, respectively), showing an opposite pattern of expression to the remaining S100 genes. Significant up-regulation in tumors was found for S100A11, S100A7, LCE3D, S100A3 and S100A2 genes. The increased expression of S100A7 was subsequently validated by QPCR, confirming significant differences. The remaining EDC genes, including all encoding SPRR molecules, did not show any differences between oral cancer and normal mucosa. The observed differences were also assessed in the independent set of laryngeal cancer samples, confirming the role of S100A3 and LCE3D transcripts in HNC. In HNC of oral cavity only one family of EDC genes (S100 proteins) showed significant cancer-related differences. A number of other transcripts which showed altered expression in HNC require further validation.

The −675 4G/5G Polymorphism in Plasminogen Activator Inhibitor-1 Gene Is Associated with Risk of Asthma: A Meta-Analysis

BACKGROUND: A number of studies assessed the association of -675 4G/5G polymorphism in the promoter region of plasminogen activator inhibitor (PAI)-1 gene with asthma in different populations. However, most studies reported inconclusive results. A meta-analysis was conducted to investigate the association between polymorphism in the PAI-1 gene and asthma susceptibility. METHODS: Databases including Pubmed, EMBASE, HuGE Literature Finder, Wanfang Database, China National Knowledge Infrastructure (CNKI) and Weipu Database were searched to find relevant studies. Odds ratios (ORs) with 95% confidence intervals (CIs) were used to assess the strength of association in the dominant model, recessive model, codominant model, and additive model. RESULTS: Eight studies involving 1817 cases and 2327 controls were included. Overall, significant association between 4G/5G polymorphism and asthma susceptibility was observed for 4G4G+4G5G vs. 5G5G (OR = 1.56, 95% CI 1.12-2.18, P = 0.008), 4G/4G vs. 4G/5G+5G/5G (OR = 1.38, 95% CI 1.06-1.80, P = 0.02), 4G/4G vs. 5G/5G (OR = 1.80, 95% CI 1.17-2.76, P = 0.007), 4G/5G vs. 5G/5G (OR = 1.40, 95% CI 1.07-1.84, P = 0.02), and 4G vs. 5G (OR = 1.35, 95% CI 1.08-1.68, P = 0.008). CONCLUSIONS: This meta-analysis suggested that the -675 4G/5G polymorphism of PAI-1 gene was a risk factor of asthma