Μεταγονιδιωματική ανάλυση σε ιστούς ασθενών με μεταστατικό καρκίνο

Η διερεύνηση του ρόλου του ανθρώπινου μικροβιώματος αποτελεί τα τελευταία χρόνια ένα αναπόσπαστο κομμάτι της έρευνας στα πεδία της Βιολογίας και της Ιατρικής. Το μικροβιακό σύστημα που εντοπίζεται στον άνθρωπο, και ειδικά αυτό του πεπτικού σωλήνα, αποτελεί μεγάλο μέρος του ανοσοποιητικού συστήματος και την σύνδεσης αυτού με αρκετά ανθρώπινα όργανα. Το μικροβίωμα ενεργεί συνεργατικά με το ανθρώπινο σύστημα, επιτυγχάνοντας κατά αυτόν τον τρόπο ισορροπία, καθώς οι μικροοργανισμοί βοηθούν στην παραγωγή απαραίτητων, για εκείνο, θρεπτικών συστατικών και όχι μόνο. Σε περιπτώσεις διατάραξης αυτής της ισορροπίας, έρευνες έχουν δείξει πως οι μικροοργανισμοί είναι ικανοί να προκαλέσουν ή να εμπλακούν σε διάφορες ασθένειες, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου. Σκοπός της παρούσας διπλωματικής εργασίας είναι η διερεύνηση του μικροβιώματος σε ιστούς ασθενών με μεταστατικό καρκίνο, χρησιμοποιώντας δεδομένα από πειράματα RNA-Seq. Η διαφοροποιημένη έκφραση μικροοργανισμών στις διαφορετικές καταστάσεις (adjacent tissue, primary tissue, metastatic tissue) υπονοούν την πιθανή συσχέτισή τους με λειτουργίες της ασθένειας του καρκίνου. Τα δεδομένα που χρησιμοποιήθηκαν προέρχονται από τη βάση δεδομένων NCBI GEO. Οι αλγόριθμοι μεταγονιδιωματικής που χρησιμοποιήθηκαν ήταν το HISAT2 και ο AGAMEMNON. Η εκτέλεση τους επέτρεψε τον εντοπισμό μικροβιακών αλληλουχιών αρκετές από τις οποίες έχουν συσχετιστεί, στη βιβλιογραφία, με τη δημιουργία τοξικού περιβάλλοντος το οποίο ευνοεί τη δημιουργία φλεγμονής και κατά συνέπεια την ογκογένεση. Η μετάσταση του καρκίνου αποτελεί μια διαδικασία αυξημένης πολυπλοκότητας, ενώ η βιβλιογραφία που αναφέρεται στις συσχετίσεις μικροοργανισμών με αυτήν είναι περιορισμένη. Αρκετοί μικροοργανισμοί που έχει δειχθεί πως κατέχουν προστατευτικό ρόλο ενάντια στον καρκίνο, βρέθηκαν στην παρούσα μελέτη να είναι μειωμένοι ή και απόντες στις καρκινικές καταστάσεις.In recent years, the research on the role of the human microbiome consists an essential part of investigation in the fields of Biology and Medicine. The microbial system that can be found in humans, and especially that of the digestive tract, makes up a notable part of the immune system and its connections to other human organs. The microbiome acts synergistically with the human system to achieve balance, since microorganisms assist in the production of necessary nutrients and more. In cases where this balance fails to be achieved, studies have found that microorganisms can cause or be involved in several diseases, including cancer. The aim of this thesis is to investigate the microbiome in tissues of patients with metastatic cancer, using data from RNA-seq experiments. The differential expression of microorganisms in different tissue states (adjacent tissue, primary tissue, metastatic tissue) imply their possible association in pathways related to cancer. The data used were taken from NCBI GEO database. The algorithms used to carry out the metagenome analysis included HISAT2 and AGAMEMNON. Their execution allowed the detection of microbial sequences several of which have been associated, in related literature, with the creation of toxic environments that favor inflammation and, therefore, cancer. Cancer metastasis is a process of increased complexity, while the literature on the association of microorganisms with it is currently limited. Several microorganisms that have been observed to possess a protective role against cancer have been found in this study to be downregulated or absent in cancerous conditions

Η Καλλιέργεια Του Επιχειρηματολογικού Λόγου Στην Πρωτοβάθμια Εκπαίδευση. Από τη Θεωρία Στην Πράξη.

Η καλλιέργεια επιχειρηματολογίας στην Πρωτοβάθμια Εκπαίδευση αποτελεί μία νέα τάση της σύγχρονης εκπαίδευσης για σχολεία με δυναμική και πρωτοπορία στα πλαίσια της αναζήτησης της ελκυστικής και αποτελεσματικής εκπαίδευσης. Η επιχειρηματολογία είναι ένας ευρύς τομέας της επιστήμης της γλώσσας που αφορά μικρούς και μεγάλους. Καλλιεργείται, μάλιστα, και εκφράζεται τόσο σε γραπτή όσο και σε προφορική μορφή. Η ένταξη της επιχειρηματολογίας στην Πρωτοβάθμια Εκπαίδευση δεν αποτελεί πρωτοπόρο προσπάθεια. Ωστόσο, την τελευταία δεκαετία η προσπάθεια ένταξης της γίνεται με ολοένα πιο συστηματικό, μεθοδικό και αυξανόμενο ρυθμό. Επιπλέον, η επιχειρηματολογία είναι ένας τομέας που απομακρύνεται από τα όρια της στείρας γνώσης την οποία έχουν κατηγορηθεί πολλάκις ότι παρέχουν τα σχολεία. Το έδαφος πάνω στο οποίο εδράζεται η επιστήμη της επιχειρηματολογίας είναι απτό και έμπρακτο με εφαρμογές στην καθημερινή ζωή αλλά και στην επιστημονική κοινότητα. Επομένως, δεν θα μπορούσε να επιλεχθεί καλύτερη εκπαιδευτική βαθμίδα από αυτή του δημοτικού σχολείου για να αρχίσει η μεθοδική καλλιέργεια επιχειρηματολογικής έκφρασης. Οι μαθητές αυτής της ηλικίας είναι, άλλωστε, έτοιμοι να δεχθούν τη γνώση μέσω δραστηριοτήτων που έχουν οικοδομηθεί γύρω από αυτόν τον άξονα και οι οποίες παρατίθενται στο πρακτικό μέρος της συγκεκριμένης εργασίας προς έμπνευση όσων ασχολούνται με την Πρωτοβάθμια Εκπαίδευση και την καλλιέργεια του λόγου.The cultivation of argumentation in primary schools is a characteristic of modern schools that have been differentiated for their dynamic and innovation with the ulterior goal to cultivate the attractive and efficient school. Argumentation is a wide sector of linguistics that concerns people from the younger to the oldest age. Argumentation is a science that is cultivated and expressed both in written and spoken form. The attempt to include argumentation in primary schools is not new. Nevertheless, the attempt to include argumentation in primary schools is more and more systematic, organized and growing during the last decade. Moreover, argumentation is a sector that has nothing to do with barren education that schools are blamed for. Argumentation is leaned on a practical ground with application both in daily life and science. As a result, the primary school period is the best to begin cultivating argumentation expression. Students at this age are really ready to accept this knowledge through appropriate activities that have been designed for this purpose and are mentioned in the practical part of this assignment for the inspiration of all people that are been involved in primary education

Bursting out of place : island life on Samothraki after the deluge

This thesis is the result of the first ethnographic research in Social Anthropology taking place on Samothraki, the northernmost island of Greece. Remote by location, Samothraki is populated by less than 3,000 residents in a surface area of 180km² and a remarkable – for its circumference – altitude of 1,611m. The thesis is preoccupied with a catastrophic rainfall that flooded extensive parts of the island overnight on 26 September 2017 and follows the recovery process until 31 December 2018, when my fieldwork was concluded. The extremity as well as the unprecedentedness of this natural disaster, made the recovery from it an emotional, environmental and administrative challenge, while it also exposed pre-existing perceptions of the islanders about their surrounding environment and their interaction with it. Through a comparative analysis of qualitative and quantitative data I collected, I relate these perceptions to the magnitude of the disaster and, furthermore, to the actions that were taken in its aftermath for both reconstruction and prevention of future such incidents. Yet, raising consensus among the islanders and paving the way forward, was subjected to the limitations of state administration and the inefficiencies of disaster management in Greece, as this can be also evidenced by natural disasters that hit other parts of the country during that period and which are brought into the discussion. Simultaneously, plans for the expansion of the tourist sector and further capitalisation on the island’s natural resources, pose as an imminent threat to a landscape that is already suffering from environmental degradation. The deluge on Samothraki, then, becomes a case study about how island communities in Greece and, more broadly, in Europe can cope with extreme weather phenomena, occurring with increased frequency in the era of climate crisis, and how the subsequent states of emergency can be a potential advantage to restoring environmental balance."I am grateful to the scholarship provided to me by the Department of Social Anthropology at the University of St Andrews (2016 – 2019), without which I would not have been able to embark on this research project. I am also thankful to the following funds for contributing to the completion of different stages of this project: - University of St Andrews Fieldwork Bursary, December 2017; - Gilchrist Educational Trust Travel Grant for academically outstanding students, July 2018; - Presidents Fund by the Edinburgh Association of University Women, November 2019." -- Acknowledgement

University of St Andrews Public Engagement - Ask Me Anything:Natural disasters, environmental sustainability & community response to climate change.

Public engagement delivery session for the fulfilment of the Public Engagement Portfolio. Questions of the public answered (one per video):- Do anthropologists look at climate change in a different way from climate scientists and does this help?- Are there any cultures that are at risk of being completely lost due to climate change?- Can modern life ever be truly environmentally sustainable

The Conscious Tourist

Filmed for Explorathon 2020, in collaboration with the Global Science Show, Scottish Research Showcase and St Andrews Public Engagement with Research team

University of St Andrews Public Engagement - Ask Me Anything:Natural disasters, environmental sustainability & community response to climate change.

Public engagement delivery session for the fulfilment of the Public Engagement Portfolio. Questions of the public answered (one per video):- Do anthropologists look at climate change in a different way from climate scientists and does this help?- Are there any cultures that are at risk of being completely lost due to climate change?- Can modern life ever be truly environmentally sustainable