Transcriptome-based identification of PDGFA as a candidate secreted biomarker for hepatocellular carcinoma

Aim. Identification of candidate secreted biomarkers for hepatocellular carcinoma (HCC) diagnosis. Methods. Genes upregulated in HCC tissue and encoding secreted proteins were identified by RNA-seq. Gene expression changes in HCC were evaluated by RT-qPCR and meta-analysis of public databases. Biomarker properties were studied using ROC-curves, correlation and survival analysis. Results. PDGFA was identified by RNA-seq as an overexpressed gene encoding for a secreted protein in 5 HCC cases. PDGFA and GPC3 up-regulation was revealed in 17 of 19 HCC samples and in most cases from the public databases. Combination of PDGFA and GPC3 discerned HCC and non-tumor tissue better than PDGFA or GPC3 alone. PDGFA overexpression was associated with better overall survival of the patients at early HCC stage and with weaker tumor invasion into blood vessels. Conclusion. PDGFA is a valuable secreted biomarker for HCC that might be used in combination with GPC3 to increase its sensitivity.Мета. Ідентифкація потенційних біомаркерів, що секретується для діагностики гепатоцелюлярної карциноми (ГК). Методи. Гени, експресія яких підвищена в тканині ГК і які кодують білки, що секретуються, виявляли РНК-секвенуванням. Експресію генів оцінювали ЗТ-ПЛР або використовували інформацію з відкритих баз даних. Біомаркерні властивості оцінювали за допомогою ROC-кривих, аналізу кореляцій і виживання. Результати. РНК-секвенування п’яти випадків ГК виявило гіперекспресію PDGFA, що кодує секретуємий білок. Підвищення експресії PDGFA та GPC3 виявлено в 17 з 19 зразків ГК та для більшого випадку зразків у базах даних. Спільне використання PDGFA та GPC3 дозволяє точніше відрізнити ГК від непухлинної тканини печінки , ніж PDGFA або GPC3 окремо. Гіперекспресія PDGFA асоційована з кращим прогнозом для пацієнтів з ранніми стадіями ГК і низькою інвазією пухлини в судини. Висновки. PDGFA – перспективний біомаркер ГК, що секретується, який може бути використаний разом з GPC3 для підвищення його чутливості.Цель. Поиск потенциальных секретируемых биомаркеров для диагностики гепатоцеллюлярной карциномы (ГК). Методы. Гены, экспрессия которых повышена в ткани ГК и кодирующие секретируемые белки, выявляли РНК-секвенированием. Экспрессию генов оценивали ОТ-ПЦР или использовали информацию из открытых баз данных. Биомаркерные свойства оценивали с помо-щью ROC-кривых, анализа корреляций и выживаемости. Результаты. РНК-секвенирование 5 случаев ГК выявило гиперэкспрес-сию PDGFA, кодирующего секретируемый белок. Повышение экспрессии PDGFA и GPC3 выявлено в 17 из 19 образцов ГК и в большинстве случаев из баз данных. Совместное использование двух маркерных генов PDGFA и GPC3 позволяет дифференци-ровать ткань ГК от неопухолевой ткани печени лучше, чем PDGFA или GPC3 по отдельности. Гиперэкспрессия PDGFA ассо-циирована с лучшим прогнозом для пациентов с ранними стадиями ГК и низкой инвазией опухоли в сосуды. Выводы. PDGFA – перспективный секретируемый биомаркер ГК, который может быть использован вместе с GPC3 для повышения его чувстви-тельности

Менингококковые вакцины: от капсульных полисахаридов до протеаз

Microbial capsular polysaccharides for many years provided a highly practical public health vaccines for preventing meningococcal, pneumococcal and Haemophilus influenza infection, and typhoid fever. Their application in the form of conjugates with protein carriers eliminate the gap in protection against these infections in children under one year. Extremely promising turned out offered us a new generation of vaccines, which have synthetic peptides conjugated to a meningococcal polysaccharide. Thus, new approaches to the solution of the problem of meningococcal disease vaccination serogroup B were open. In recent years, Russian researchers first suggested to use IgA1 protease (one of the major virulence factors of microbes and almost identical for mentioned below infections) for prevention of such diseases as meningococcal of all serogroups, pneumococcus and hemophilia infections. Patented processes for producing of the vaccine define domestic priority of its production and use.Микробные капсульные полисахариды на протяжении многих лет обеспечивали практическое здравоохранение высокоэффективными вакцинами для профилактики менингококковых, пневмококковых, гемофильных инфекций и брюшного тифа. А их применение в виде конъюгатов с белковыми носителями ликвидировало пробел при защите от этих инфекций детей в возрасте до одного года. Необычайно перспективным оказалось предложенное нами новое поколение вакцин, где уже синтетические пептиды конъюгировались с полисахаридами менингококков. Таким образом, были открыты подходы к решению проблемы вакцинопрофилактики менингококковой инфекции серогруппы В. В последние годы отечественные исследователи впервые предложили использовать для профилактики менингококковых инфекций всех серогрупп, а также инфекций, обусловленных пневмококками и гемофилами, один из главных факторов вирулентности этих микробов — IgA1 протеазу, практически идентичную для всей указанной группы инфекций. Запатентованные способы получения этой вакцины определяют отечественный приоритет ее производства и применения

NGS-based identification of druggable alterations and signaling pathways – hepatocellular carcinoma case report

Aim. To identify potential cancer driving or clinically relevant molecular events for a patient with hepatocellular carcinoma. Methods. In order to achieve this goal, we performed RNA-seq and exome sequencing for the tumor tissue and its matched control. We annotated the alterations found using several publicly available databases and bioinformatics tools. Results. We identified several differentially expressed genes linked to the classical sorafenib treatment as well as additional pathways potentially druggable by therapies studied in clinical trials (Erlotinib, Lapatinib and Temsirolimus). Several germline mutations, found in XRCC1, TP53 and DPYD, according to the data from other clinical trials, could be related to the increased sensitivity to platinum therapies and reduced sensitivity to 5-Fluorouracil. We also identified several potentially driving mutations that could not be currently linked to therapies, like deletion in CIRBP, SNVs in BTG1, ERBB3, TCF7L2 et al. Conclusions. The presented study shows the potential usefulness of the integrated approach to the NGS data analysis, including the analysis of germline mutations and transcriptome in addition to the cancer panel or the exome sequencing data.Мета. Ідентифікувати потенційно онкодрайверні або клінічно значущі молекулярні події у пацієнта з гепатоклітинною карциномою. Методи. РНК- та екзомне секвенування пухлинної тканини та відповідного контролю. Анотування знайдених змін, використовуючи декілька загальнодоступних баз даних та біоінформатичних програм. Ми також порівняли транскрипційний профіль досліджуваної пухлини з транскриптомами клітинних ліній з бази даних Genomics of Drug Sensitivity in Cancer. Результати. Ідентифіковано кілька генів, що дифференційно експресуються, і пов’язані як з класичною терапією сорафенібом, так і з додатковими сигнальними шляхами, що потенційно вразливі до терапії препаратами, які досліджувались у клініческих випробуваннях (ерлотініб, лапатініб та темсіролімус). Декілька гермінативних мутацій, знайдених в XRCC1, TP53 та DPYD, згідно з даними інших клінічних випробувань, можуть бути пов’язані з підвищеною чутливістю до платинових терапій та зменшеною чутливістю до 5-фторурацилу. Ми також ідентифікували декілька потенційно драйверних мутацій, які на цей час не можуть бути пов’язані з терапіями, наприклад делеції у CIRBP, заміни в BTG1, ERBB3, TCF7L2 тощо. Висновки. Запропоноване дослідження демонструє потенційну корисність інтегрованого підходу до NGS аналізу даних, в тому числі аналізу гермінативних мутацій та транскриптому у додаток до використання онкологічних генних панелей або даних секвенування екзому.Цель. Выявлении ключевых или клинически значимых молекулярных событий для пациента с гепатоцеллюлярной карциномой. Методы. РНК- и экзомное секвенирования опухолевой и нормальной ткани. Мы проаннотировали найденные генетические нарушения, используя несколько общедоступных баз данных и биоинформатических инструментов. Результаты. Мы определили несколько дифференциально экспрессированных генов, связанных с классической схемой лечения препаратом сорафениб, а также дополнительные пути потенциально поддающиеся терапии препаратами, включенными в клинические испытания (Эрлотиниб, Лапатиниб и Темсиролимус). Несколько герминативных мутаций, найденных в XRCC1, TP53 и DPYD, по данным из других клинических испытаний, могут быть связаны с повышенной чувствительностью к препаратам платины и пониженной чувствительностью к 5-фторурацилу. Мы также определили несколько потенциально драйверных мутаций в генах CIRBP, замены в BTG1, ErbB3, TCF7L2 и др., которые в настоящее время не связаны с тера­пией. Выводы. Данное исследование показывает потенциальную значимость комплексного подхода к анализу данных NGS, в том числе анализа герминативных мутаций и транскриптома в дополнение к данным из генных панелей или секвенирования экзома

2D Seismic Interpretation and Characterization of the Upper Qishn Clastics in Sharyoof Oil Field, Masila Basin, Yemen

The Sharyoof oil field is located off shore in Block 53 in the northeastern part of the Syaun-Masilah Basin, in the province of Hadramaut, 550 km from the city of Sana'a, the capital of Yemen. Fifteen 2D seismic lines along with six wells data are used to construct subsurface geological profile, and to identify major structural features in the study area. Synthetic seismograms have been constructed using sonic and density log for all available wells to tie horizons to seismic data and to generate time and depth subsurface maps. This research has been carried out using integrated 2D seismic and petrophysical studies in Sharyoof oilfield. Using the analysis and interpretation of seismic data, the main structural faults were identified, maps of isochrones, structural maps of depth and thickness were constructed, which subsequently will allow us to correctly determine the deep geological structures in Upper Qishn Clastics member and evaluate the oil horizons of the Sharyoof oilfield. © Published under licence by IOP Publishing Ltd

Current approaches to the verification of bacterial vaginosis diagnosis and treatment tactics

Current approaches to the verification of bacterial vaginosis diagnosis and treatment tactics Pestrikova T.Yu., Yurasova E.A., Kotelnikova A.V., Knyazevа T.P. Far Eastern State Medical University The prevalence of bacterial vaginosis varies widely. Its incidence amounts to 35% of all gynecological pathologies; 10–30% —&nbsp;in pregnant women; 20–60% — in patients treated for sexually transmitted infections. The article presents the current data on epidemiology, etiology, diagnosis, and treatment of this pathology. It is emphasized that the use of the real-time polymerase chain reaction method is reasonable for the diagnosis of bacterial vaginosis. During the treatment, special attention is paid to the use of a combination of metronidazole + miconazole. This drug is effective for the treatment of bacterial vaginosis, vulvovaginal candidiasis, mixed vaginitis infections. The combined drug (metronidazole + miconazole) is effective against aerobic and anaerobic microbial agents, including Gardnerella vaginalis, and against Candida albicans, Trichomonas vaginalis, Entamoeba histolytica, etc., which makes it possible to use it for the treatment of both bacterial vaginosis and its combination with candidal vulvovaginitis. Key words: bacterial vaginosis, real-time polymerase chain reaction, candidiasis vulvovaginitis, combined drug (metronidazole + miconazole). For citation: Pestrikova T.Yu., Yurasova E.A., Kotelnikova A.V., Knyazeva T.P. Current approaches to the verification of bacterial vaginosis diagnosis and treatment tactics // RMJ. 2018. № 2(I). P. 48–53.<br

Mineral chemistry and petrology of mantle peridotites from the qala en nahal-umm saqata ophiolite, gedarif state, sudan

The study area of this research some 70 km southwest of Gedarif city, Gedarif State, in eastern Sudan. With a geological position, it is located within two major lithological associations, representing two different crustal entities: Saharan Meta-craton (SMC) in the west and the Arabian Nubian Shield (ANS) to the east. The main objective of the study is a petrological investigation of the mantle peridotites within Qala En Nahal-Umm Saqata area. The relatively large-scale exposed masses of mantle’s peridotite, include mainly the Utash mass and the Umm Saqata mass in the south and the Qala en Nahal mass and the Fau mass in the north of the area. Petrographically, they are mostly serpentinite. They have low-contents of Al2 O3, CaO, TiO 2, MgO, Na2O and K2O, all consistent with depleted mantle materials, and similar to the metamorphic peridotites. The analyzed serpentine minerals are mainly pseudomorphic serpentines with subordinate antigorite, which may suggest that the parent minerals were first retrogressed to form lizardite and chrysotile. Subsequently, progressive metamorphism has recrystallized these minerals into antigorite. The chromites from the study area have high Cr# (Cr# varies from 0.51 to 0.87), most probably representing the primary phase which is similar to chromian spinels in mantle-derived peridotites. The presence of podiform chromites in the studied serpentinites is e typical of supra-subduction ophiolites, with Cr# similar to those of forearc ophiolites and boninite-derived chromites. Qala En Nahal-Umm Saqata mantle peridotites were formed in a forearc setting, during the subduction initiation that developed as a result of southeastward-dipping subduction zone. They possibly represent ensimatic, thrusted material, after the collision of the Nubian-Arabian Shield with the older sialic continental Saharan Metacra-ton during the late Proterozoic, Pan-African tectono-thermal event. © 2021, Ore and Metals Publishing house. All rights reserved

Serological Analysis of Immunogenic Properties of Recombinant Meningococcus IgA1 Protease-Based Proteins

Using the genome sequence of IgA1 protease of N. meningitidis of serogroup B, four recombinant proteins of different structure and molecular weight were constructed. These proteins were equal in inducing the formation of specific antibodies to IgA1 protease and had protective properties against meningococci. In the sera of immunized mice, anti-IgA1 protease antibodies were detected by whole-cell ELISA, which indicated the presence of IgA1 protease on the surface of these bacteria. We hypothesized that the protective properties of IgA1 protease-based antigens and IgA1 protease analogs could be realized not only via impairment of bacterium adhesion to the mucosa, but also via suppression of this pathogen in the organism. The presented findings seem promising for using these proteins as the basis for anti-meningococcus vaccine. © 2016, Springer Science+Business Media New York

Serological Analysis of Immunogenic Properties of Recombinant Meningococcus IgA1 Protease-Based Proteins

Using the genome sequence of IgA1 protease of N. meningitidis of serogroup B, four recombinant proteins of different structure and molecular weight were constructed. These proteins were equal in inducing the formation of specific antibodies to IgA1 protease and had protective properties against meningococci. In the sera of immunized mice, anti-IgA1 protease antibodies were detected by whole-cell ELISA, which indicated the presence of IgA1 protease on the surface of these bacteria. We hypothesized that the protective properties of IgA1 protease-based antigens and IgA1 protease analogs could be realized not only via impairment of bacterium adhesion to the mucosa, but also via suppression of this pathogen in the organism. The presented findings seem promising for using these proteins as the basis for anti-meningococcus vaccine. © 2016, Springer Science+Business Media New York

NGS-based identification of druggable alterations and signaling pathways &ndash; hepatocellular carcinoma case report

Aim. To identify potential cancer driving or clinically relevant molecular events for a patient with hepatocellular carcinoma. Methods. In order to achieve this goal, we performed RNA-seq and exome sequencing for the tumor tissue and its matched control. We annotated the alterations found using several publicly available databases and bioinformatics tools. Results. We identified several differentially expressed genes linked to the classical sorafenib treatment as well as additional pathways potentially druggable by therapies studied in clinical trials (Erlotinib, Lapatinib and Temsirolimus). Several germline mutations, found in XRCC1, TP53 and DPYD, according to the data from other clinical trials, could be related to the increased sensitivity to platinum therapies and reduced sensitivity to 5-Fluorouracil. We also identified several potentially driving mutations that could not be currently linked to therapies, like deletion in CIRBP, SNVs in BTG1, ERBB3, TCF7L2 et al. Conclusions. The presented study shows the potential usefulness of the integrated approach to the NGS data analysis, including the analysis of germline mutations and transcriptome in addition to the cancer panel or the exome sequencing data.Мета. Ідентифікувати потенційно онкодрайверні або клінічно значущі молекулярні події у пацієнта з гепатоклітинною карциномою. Методи. РНК- та екзомне секвенування пухлинної тканини та відповідного контролю. Анотування знайдених змін, використовуючи декілька загальнодоступних баз даних та біоінформатичних програм. Ми також порівняли транскрипційний профіль досліджуваної пухлини з транскриптомами клітинних ліній з бази даних Genomics of Drug Sensitivity in Cancer. Результати. Ідентифіковано кілька генів, що дифференційно експресуються, і пов’язані як з класичною терапією сорафенібом, так і з додатковими сигнальними шляхами, що потенційно вразливі до терапії препаратами, які досліджувались у клініческих випробуваннях (ерлотініб, лапатініб та темсіролімус). Декілька гермінативних мутацій, знайдених в XRCC1, TP53 та DPYD, згідно з даними інших клінічних випробувань, можуть бути пов’язані з підвищеною чутливістю до платинових терапій та зменшеною чутливістю до 5-фторурацилу. Ми також ідентифікували декілька потенційно драйверних мутацій, які на цей час не можуть бути пов’язані з терапіями, наприклад делеції у CIRBP, заміни в BTG1, ERBB3, TCF7L2 тощо. Висновки. Запропоноване дослідження демонструє потенційну корисність інтегрованого підходу до NGS аналізу даних, в тому числі аналізу гермінативних мутацій та транскриптому у додаток до використання онкологічних генних панелей або даних секвенування екзому.Цель. Выявлении ключевых или клинически значимых молекулярных событий для пациента с гепатоцеллюлярной карциномой. Методы. РНК- и экзомное секвенирования опухолевой и нормальной ткани. Мы проаннотировали найденные генетические нарушения, используя несколько общедоступных баз данных и биоинформатических инструментов. Результаты. Мы определили несколько дифференциально экспрессированных генов, связанных с классической схемой лечения препаратом сорафениб, а также дополнительные пути потенциально поддающиеся терапии препаратами, включенными в клинические испытания (Эрлотиниб, Лапатиниб и Темсиролимус). Несколько герминативных мутаций, найденных в XRCC1, TP53 и DPYD, по данным из других клинических испытаний, могут быть связаны с повышенной чувствительностью к препаратам платины и пониженной чувствительностью к 5-фторурацилу. Мы также определили несколько потенциально драйверных мутаций в генах CIRBP, замены в BTG1, ErbB3, TCF7L2 и др., которые в настоящее время не связаны с тера­пией. Выводы. Данное исследование показывает потенциальную значимость комплексного подхода к анализу данных NGS, в том числе анализа герминативных мутаций и транскриптома в дополнение к данным из генных панелей или секвенирования экзома