Μελέτη ασθενών με μη-συνδρομικό αυτισμό με τη μέθοδο του συγκριτικού γενομικού υβριδισμού aCGH

Πρόλογος: Ο αυτισμός αποτελεί ένα σύνολο διαταραχών νευρολογικής φύσεως, με ισχυρή γενετική βάση. Το φάσμα του περιλαμβάνει τις εξής κατηγορίες: Διάχυτη Αναπτυξιακή Διαταραχή Μη Προσδιορισμένη αλλιώς, η οποία περιλαμβάνει τον άτυπο αυτισμό Αυτισμός Σύνδρομο Asperger Σύνδρομο Rett Αποδιοργανωτική διαταραχή της παιδικής ηλικίας Τελευταίες επιδημιολογικές μελέτες αναφέρουν ότι ο αυτισμός είναι μια συχνή διαταραχή η οποία παρατηρείται σε 1 παιδί ανά 500. (www.orpha.net/) Γι’ αυτό το λόγο τα τελευταία χρόνια γίνεται μια προσπάθεια από τη διεθνή επιστημονική κοινότητα να συσχετίσουν διάφορους γενετικούς τόπους με την αιτία του αυτισμού. Μεθοδολογία: Μετά την αποκρυπτογράφηση του ανθρώπινου γονιδιώματος αναπτύχθηκε μια καινούργια τεχνική, ο Συγκριτικός Γενομικός Έλεγχος (Αrray-CGH) ή Μοριακός Καρυότυπος. Με την μέθοδο αυτή οι μικροσυστοιχίες που θα χρησιμοποιηθούν επιτρέπουν τόσο τη διερεύνηση των αλλαγών του αριθμού των αντιγράφων του γονιδιώματος, όσο και την αποκάλυψη χρωμοσωμικών περιοχών όπου παρατηρούνται φαινόμενα απώλειας ετεροζυγωτίας. Η πειραματική διαδικασία περιλαμβάνει ένα πρωτόκολλο τεσσάρων ημερών με επιμέρους βήματα. Συγκεκριμένα κατά την πρώτη ημέρα καθαρό γενομικό DNA πέπτεται με τη βοήθεια των περιοριστικών ενζύμων Nsp1 και Sty1. Για την απομόνωση του DNA τόσο από ολικό αίμα χρησιμοποιείται το Maxwell® 16 LEV Blood DNA Kit (Promega, USA) σε μηχάνημα Maxwell® 16 Instrument (Promega, USA), σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Ακολουθεί σύνδεση των προιόντων της πέψης με ειδικές αλληλουχίες και ενίσχυση του συνόλου του DNA με τη βοήθεια ειδικών εκκινητών και χρήση της μεθόδου αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης. Τη δεύτερη μέρα τα προιόντα που προέκυψαν καθαρίζονται και εν συνεχεία πέπτονται ενζυμικά σε μικρού μήκους αλληλουχίες, οι οποίες και σημαίνονται τελικώς και πάλι με τη βοήθεια ενζύμου. Την τρίτη ημέρα πραγματοποιείται ο υβριδισμός του δείγματος με την μικροσυστοιχία, ενώ την 9 | Σελίδα τελευταία ημέρα λαμβάνει χώρα το ξέπλυμα, η χρώση και τέλος η σάρωση της μικροσυστοιχίας. Η ανάλυση των δεδομένων που προκύπτουν γίνεται με τη βοήθεια ειδικού λογισμικού. Σκοπός: Ο σκοπός της παρούσας μελέτης είναι να πραγματοποιηθεί γενετικός έλεγχος εφαρμόζοντας μοριακές τεχνικές aCGH σε δείγματα διαγνωσμένων αυτιστικών παιδιών, στα οποία έχει προηγηθεί εργαστηριακός έλεγχος με αποκλεισμό κάποιου οργανικού νοσήματος και να γίνει συσχέτιση γονοτύπου -φαινοτύπου.Introduction: Autism is characterized by a broad range of neurological disruptions with a strong genetic basis. The range includes the following categories: • Pervasive Developmental Disorder not otherwise identified, comprising the atypical autism • Autism • Asperger Syndrome • Rett Syndrome • Disintegrative disorder of childhood Recent epidemiological studies suggest that autism is a common disorder that occurs in 1 child per 500 (www.orpha.net/). Therefore, nowadays there is an effort by the international scientific community to relate different loci on the cause of autism. Methodology: The deciphering of human genome promotes the development of molecular techniques. Array Comparative Genomic Hybridization (Array-CGH) or Molecular karyotype is a high resolution and sensitive analysis. Array-CGH reveals the changes at the number of genomic copies and the disclosure of chromosomal regions which are observed heterozygosity loss phenomena. The experimental procedure includes a four-day protocol with individual steps. To isolate the DNA from both whole blood will be used commercial το Maxwell® 16 LEV Blood DNA Kit (Promega, USA) σε μηχάνημα Maxwell® 16 Instrument (Promega, USA), according to manufacturer's instructions. The extracted DNA will be digested by restriction enzymes (Nsp1, Sty1). Followed by ligation of the digestion products with specific sequences and amplification of total DNA using specific primers and the use of polymerase chain reaction method. On the second day the products obtained will be purified and then digested enzymatically into short sequences. Then the DNA will be labeled. On the third day hybridization of the sample with the microarray will be processed. Finally, the fluorescence will be detected by specific equipment. The analysis of the resulting data is made with the help of special software. 11 | Σελίδα Aim: The aim of this study is to perform genetic testing applying molecular techniques, aCGH, in samples from diagnosed autistic children- in which a prior laboratory analysis excludes an organic disease- and to correlate the phenotype- genotype characteristics

Prenatal diagnosis of Wolf-Hirschhorn syndrome confirmed by comparative genomic hybridization array: report of two cases and review of the literature

Wolf-Hirschhorn syndrome (WHS) is a well known genetic condition caused by a partial deletion of the short arm of chromosome 4. The great variability in the extent of the 4p deletion and the possible contribution of additional genetic rearrangements lead to a wide spectrum of clinical manifestations. The majority of the reports of prenatally diagnosed WHS cases are associated with large 4p deletions identified by conventional chromosome analysis; however, the widespread clinical use of novel molecular techniques such as array comparative genomic hybridization (a-CGH) has increased the detection rate of submicroscopic chromosomal aberrations associated with WHS phenotype. We provide a report of two fetuses with WHS presenting with intrauterine growth restriction as an isolated finding or combined with oligohydramnios and abnormal Doppler waveform in umbilical artery and uterine arteries. Standard karyotyping demonstrated a deletion on chromosome 4 in both cases [del(4)(p15.33) and del(4)(p15.31), respectively] and further application of a-CGH confirmed the diagnosis and offered a precise characterization of the genetic defect. A detailed review of the currently available literature on the prenatal diagnostic approach of WHS in terms of fetal sonographic assessment and molecular cytogenetic investigation is also provided

A de novo 2.9 Mb interstitial deletion at 13q12.11 in a child with developmental delay accompanied by mild dysmorphic characteristics

BACKGROUND: Proximal deletions in the 13q12.11 region are very rare. Much larger deletions including this region have been described and are associated with complex phenotypes of mental retardation, developmental delay and various others anomalies. RESULTS: We report on a 3-year-old girl with a rare 2.9 Mb interstitial deletion at 13q12.11 due to a de novo unbalanced t(13;14) translocation. She had mild mental retardation and relatively mild dysmorphic features such as microcephaly, flat nasal bridge, moderate micrognathia and clinodactyly of 5(th) finger. Molecular karyotyping revealed a deletion on the long arm of chromosome 13 as involving sub-bands 13q12.11, a deletion of about 2.9 Mb. DISCUSSION: The clinical application of array-CGH has made it possible to detect submicroscopical genomic rearrangements that are associated with varying phenotypes.The description of more patients with deletions of the 13q12.11 region will allow a more precise genotype-phenotype correlation