Ancient herpes simplex 1 genomes reveal recent viral structure in Eurasia

Human herpes simplex virus 1 (HSV-1), a life-long infection spread by oral contact, today infects a majority of adults globally1, yet no ancient HSV-1 genomes have yet been published. Phylogeographic clustering of sampled diversity into European, pan-Eurasian, and African groups2, 3 has suggested that the virus co-diverged with anatomically modern humans migrating out of Africa4, although a much younger origin has also been proposed5. The lack of ancient HSV-1 genomes, high rates of recombination, and high mobility of humans in the modern era have impeded the understanding of HSV-1’s evolutionary history. Here we present three full ancient European HSV-1 genomes and one partial genome, dating to between the 3rd and 17th century CE, sequenced to up to 9.5× with paired human genomes up to 10.16×. These HSV-1 strains fall within modern Eurasian diversity. We estimate a mean mutation rate of 7.6 × 10-7Introduction Results - Retrieved genomes are likely from typical infections - Demographic history of HSV-1 in a global context Discussion Material and Methods - Ethics statement - Sampling - Generation of aDNA libraries - Sequencing - aDNA authentication - Metagenomic screening - Targeted capture of HSV-1 - Alignment of viral data to the reference sequence - Genotyping - HSV-1 linkage disequilibrium and population genetic analysis - Compilation of comparative HSV data - Preparation of genome sequences - HSV-1 phylogenetic analysis and recombination filtering - Phylogenetic dating - Alignment of human data to the reference sequence and quality control - Genetic sex estimation, mtDNA, and Y haplotyping - Human variant calling and imputation of genotype

IDDS Archeologie rapport 2110

In opdracht van Jobo de Bouwers heeft archeologisch onderzoeksbureau IDDS Archeologie in oktober en november 2016 een Archeologische Begeleiding (protocol opgraven) uitgevoerd aan de Pastoorswarande - Snoekstraat in Den Haag, gemeente Den Haag. De aanleiding voor dit onderzoek is de geplande nieuwbouw van studenteneenheden ‘des Paapenhove’. In de loop van het veldwerk is een groot aantal goed geconserveerde structuren aangetroffen. De meeste baksteensporen dateren uit de 17e eeuw. Op dit moment werd dit gebied bebouwd. De huizen in het plangebied en de directe omgeving werden beschouwd als kleine huisjes. De panden stonden voornamelijk aan de Pastoorswarande met de achtererven aan de oostzijde. Ook zijn muurfunderingen en goten uit de 19e en 20e eeuw aangetroffen. De meesten horen bij dezelfde gebouwen die sinds de 17e eeuw aanwezig waren. Tijdens het onderzoek zijn vondsten met een datering tussen de 17e en de 20e eeuw aangetroffen. Het gaat om keramiek, keramisch bouwmateriaal, dierlijk bot, glas en metaal. Hoewel alle vondsten dateren uit de Nieuwe tijd (1500-1950), ligt de nadruk in de Nieuwe tijd B (1650-1850)

Opgraving - variant Archeologische Begeleiding Garenmarkt, diverse locaties, Leiden, Gemeente Leiden

Archeologisch onderzoeksbureau IDDS Archeologie heeft tussen 15 oktober en 13 november 2019 een Opgraving - variant Archeologische Begeleiding uitgevoerd van de rioleringswerkzaamheden aan de Garenmarkt in Leiden, gemeente Leiden. De begeleiding van de graafwerkzaamheden ten behoeve van de grondverbetering heeft niet plaatsgevonden, omdat IDDS Archeologie geen bericht heeft gekregen van een eventuele startdatum. Inmiddels zijn de werkzaamheden rond de Garenmarkt wel afgerond. Tijdens het onderzoek zijn resten aangetroffen van het gebruik van het plangebied vanaf circa de 13e eeuw tot en met de 20e eeuw. Voor zover mogelijk kan worden gesteld dat de aangetroffen resten aansluiten bij de resultaten van de opgraving. Daarbij dient echter in acht te worden genomen dat de opgraving was gesitueerd ter plaatse van de voormalige bebouwing en de huidige begeleiding buiten het 19e eeuwse bouwblok is uitgevoerd. De oudste vindplaats bestaat uit resten van greppels en kuilen uit de periode dat het gebied nog in gebruik was als raamland en voor agrarische doeleinden. Omdat het onderzochte gebied slechts een smalle strook betreft, kon weinig informatie worden verkregen uit deze periode. Wel kan worden gesteld dat de indeling van het gebied destijds grofweg noord-zuid en oost-west was georiënteerd op basis van de ligging van de greppels. Dit is haaks aan de huidige straat Garenmarkt die de voormalige Molengracht vormde en vermoedelijk de eerste indeling van het gebied volgde. Vanaf het eind van de 15e eeuw werd het gebied geschikt gemaakt voor bebouwing en ontstond het huidige bouwblok. De ontwikkelingen binnen het bouwblok konden niet gevolgd worden middels de begeleiding omdat de werkputten vrijwel volledig buiten het bouwblok zijn aangelegd. De vindplaats uit deze periode betreft met name de infrastructuur rondom het woonblok, zoals gootjes die de huisaansluitingen op het riool vormden. Deze zijn tussen de 16e en de 19e eeuw te dateren. Een aantal van deze goten kunnen worden gesloten aan de gebouwen die tijdens de opgraving aangetroffen zijn. Ook zijn resten van een oude straat aangetroffen. Op basis van de baksteenformaat is de straat tussen de 16e en de 17e eeuw te dateren. Er zijn ook enkele muurfunderingen aangetroffen die echter niet aan bebouwing konden worden toegewezen (ondanks een van de muurresten dezelfde richting heeft als een muur uit de opgraving). Deze muurfunderingen hebben een datering in de 17e eeuw. In het uiterste zuiden van het plangebied liggen nog twee muurresten die vermoedelijk bij het hoekpand hebben gehoord, eveneens als een waterput die binnen de kavel lag. Beide muurresten kunnen in de 17e – 18e eeuw worden gedateerd. In het uiterste noorden zijn nog resten van de kademuur van de Levendaalsgracht (18e – 19e eeuw) en het dempingspakket aangetroffen. Hoewel het dempingspakket overeenkomt met de opgraving, zijn de muurresten van de kademuur anders opgebouwd. Mogelijk gaat het hier om een latere reparatie, opgebouwd in tras en is bij de opgraving de oorspronkelijke muur in kalkmortel aangetroffen

IDDS Archeologie rapport 2082

In opdracht van Den Breeijen Infra heeft archeologisch onderzoeksbureau IDDS Archeologie op 26 februari en van 12 tot en met 15 maart 2018 een inventariserend veldonderzoek door middel van proefsleuven (IVO-P), uitgevoerd aan de Poeldijkseweg 22 en 24 in Wateringen, gemeente Westland. Met het proefsleuvenonderzoek wordt de gespecificeerde archeologische verwachting, zoals geformuleerd in het bureauonderzoek, getoetst en aangevuld. Bij het veldonderzoek is informatie verkregen omtrent de aanwezige archeologische waarden, zoals de aard, omvang, datering, gaafheid, conservering en inhoudelijke kwaliteit verkregen. Hiermee wordt het waarnemingsnet verdicht. Op basis van deze gegevens is een waardering van de archeologische waarden in het plangebied opgesteld. Op basis van het vooronderzoek werd een inheems-Romeinse nederzetting verwacht onder een laklaag ten noorden van een zijtak van de Gantel. Het proefsleuvenonderzoek heeft uitgewezen dat de laklaag in grote delen van het plangebied aanwezig is, maar vaak ook is verstoord door (sub)recente omwerking van de bovengrond, zoals voor de aanleg van een drainagesysteem. De Romeinse vindplaats die werd verwacht op het niveau van de laklaag is niet gevonden. De aangetroffen sporen waren deels verstoord door de 20e eeuwse omwerking. Onder de verstoorde laag, die soms meer dan een meter dik was, zijn met name sloten en greppels aangetroffen (vindplaats 1), maar ook sporen die tot huisplaatsen uit de Nieuwe tijd kunnen worden gerekend (vindplaatsen 2 en 3). Vindplaats 1 De sloten en greppels zijn gegraven na de ontginning van het plangebied in de 13e eeuw en deden gedeeltelijk dienst tot in de 20e eeuw, toen het hele plangebied is ontwikkeld van weiland naar kascomplex. De beperkte hoeveelheid (dateerbaar) vondstmateriaal maakt het echter niet mogelijk een fasering te herkennen in het verkavelingssysteem. De sloten en greppels liggen parallel en haaks op de Poeldijkseweg. De sloten in het noordwesten zijn georiënteerd op de Poeldijkseweg en vertegenwoordigen vermoedelijk verschillende fases van de inrichting rondom de weg. Dit systeem lijkt tot (ver) buiten het plangebied door te lopen. Een deel van de sloten zijn vermoedelijk pas gedempt met het ontwikkelen van het terrein tot kas, waardoor ze nog duidelijk herkenbaar zijn in het profiel vanaf de bovengrond. De oudere greppels en sloten zijn deels omgewerkt, waardoor uitsluitend het onderste deel nog aanwezig is. Enkele greppels en sloten begrensden de huisplaatsen die zijn aangetroffen in het oosten en noordwesten van het plangebied. Vindplaats 2 De huisplaats in het oosten van het plangebied is aangetroffen in de vorm van twee muur(uitbraak)resten en enkele kuilen. Op historisch kaartmateriaal staat de huisplaats nog aangegeven tot in de 18e eeuw. In het begin van de 19e eeuw is uitsluitend ten zuiden van de vindplaats sprake van bebouwing. De begrenzing van de vindplaats kan op basis van het historisch kaartmateriaal worden gereconstrueerd. Omdat weinig sporen zijn aangetroffen van het erf, de resten van de bebouwing amper nog intact en onvolledig zijn, is de gaafheid en conservering van de vindplaats beperkt. De aangetroffen resten leveren niet meer dan een bevestiging van de aanwezigheid van de huisplaats. Vindplaats 3 De huisplaats in het noordwesten van het plangebied is aangetroffen door de resten van slechts één muurfundering. Deze huisplaats lag echter ter plaatse van de bebouwing aan de Poeldijkseweg 24, welke recent is gesloopt. Bij de bouw en sloop van deze woning zijn vermoedelijk een groot deel van de oudere resten vanaf mogelijk de Late Middeleeuwen verdwenen. De gaafheid van de vindplaats scoort daardoor laag, hoewel de individuele sporen wel goed geconserveerd zijn. Het is echter maar een klein deel dat is aangetroffen van een grotere huisplaats, die op basis van percelering en historische kaarten grofweg te begrenzen is. Door de verstoringen van de bouw en sloop is echter de meeste informatie over de huisplaats verdwenen. Het onderzoek heeft uitgewezen dat er resten van twee huisplaatsen uit de Late Middeleeuwen of Nieuwe tijd en systemen van greppels en sloten aanwezig zijn in het plangebied. Deze resten zijn grotendeels verstoord door (sub)recente grondwerkzaamheden. Deze resten zijn gewaardeerd en niet behoudenswaardig geacht. Geadviseerd wordt daarom geen nader onderzoek te laten uitvoeren

Poeldijkseweg 22-24 – Groenepad 2, wateringen, Gemeente Westland.: IDDS Archeologie rapport 2082

In opdracht van Den Breeijen Infra heeft archeologisch onderzoeksbureau IDDS Archeologie op 26 februari en van 12 tot en met 15 maart 2018 een inventariserend veldonderzoek door middel van proefsleuven (IVO-P), uitgevoerd aan de Poeldijkseweg 22 en 24 in Wateringen, gemeente Westland. Met het proefsleuvenonderzoek wordt de gespecificeerde archeologische verwachting, zoals geformuleerd in het bureauonderzoek, getoetst en aangevuld. Bij het veldonderzoek is informatie verkregen omtrent de aanwezige archeologische waarden, zoals de aard, omvang, datering, gaafheid, conservering en inhoudelijke kwaliteit verkregen. Hiermee wordt het waarnemingsnet verdicht. Op basis van deze gegevens is een waardering van de archeologische waarden in het plangebied opgesteld. Op basis van het vooronderzoek werd een inheems-Romeinse nederzetting verwacht onder een laklaag ten noorden van een zijtak van de Gantel. Het proefsleuvenonderzoek heeft uitgewezen dat de laklaag in grote delen van het plangebied aanwezig is, maar vaak ook is verstoord door (sub)recente omwerking van de bovengrond, zoals voor de aanleg van een drainagesysteem. De Romeinse vindplaats die werd verwacht op het niveau van de laklaag is niet gevonden. De aangetroffen sporen waren deels verstoord door de 20e eeuwse omwerking. Onder de verstoorde laag, die soms meer dan een meter dik was, zijn met name sloten en greppels aangetroffen (vindplaats 1), maar ook sporen die tot huisplaatsen uit de Nieuwe tijd kunnen worden gerekend (vindplaatsen 2 en 3). Vindplaats 1 De sloten en greppels zijn gegraven na de ontginning van het plangebied in de 13e eeuw en deden gedeeltelijk dienst tot in de 20e eeuw, toen het hele plangebied is ontwikkeld van weiland naar kascomplex. De beperkte hoeveelheid (dateerbaar) vondstmateriaal maakt het echter niet mogelijk een fasering te herkennen in het verkavelingssysteem. De sloten en greppels liggen parallel en haaks op de Poeldijkseweg. De sloten in het noordwesten zijn georiënteerd op de Poeldijkseweg en vertegenwoordigen vermoedelijk verschillende fases van de inrichting rondom de weg. Dit systeem lijkt tot (ver) buiten het plangebied door te lopen. Een deel van de sloten zijn vermoedelijk pas gedempt met het ontwikkelen van het terrein tot kas, waardoor ze nog duidelijk herkenbaar zijn in het profiel vanaf de bovengrond. De oudere greppels en sloten zijn deels omgewerkt, waardoor uitsluitend het onderste deel nog aanwezig is. Enkele greppels en sloten begrensden de huisplaatsen die zijn aangetroffen in het oosten en noordwesten van het plangebied. Vindplaats 2 De huisplaats in het oosten van het plangebied is aangetroffen in de vorm van twee muur(uitbraak)resten en enkele kuilen. Op historisch kaartmateriaal staat de huisplaats nog aangegeven tot in de 18e eeuw. In het begin van de 19e eeuw is uitsluitend ten zuiden van de vindplaats sprake van bebouwing. De begrenzing van de vindplaats kan op basis van het historisch kaartmateriaal worden gereconstrueerd. Omdat weinig sporen zijn aangetroffen van het erf, de resten van de bebouwing amper nog intact en onvolledig zijn, is de gaafheid en conservering van de vindplaats beperkt. De aangetroffen resten leveren niet meer dan een bevestiging van de aanwezigheid van de huisplaats. Vindplaats 3 De huisplaats in het noordwesten van het plangebied is aangetroffen door de resten van slechts één muurfundering. Deze huisplaats lag echter ter plaatse van de bebouwing aan de Poeldijkseweg 24, welke recent is gesloopt. Bij de bouw en sloop van deze woning zijn vermoedelijk een groot deel van de oudere resten vanaf mogelijk de Late Middeleeuwen verdwenen. De gaafheid van de vindplaats scoort daardoor laag, hoewel de individuele sporen wel goed geconserveerd zijn. Het is echter maar een klein deel dat is aangetroffen van een grotere huisplaats, die op basis van percelering en historische kaarten grofweg te begrenzen is. Door de verstoringen van de bouw en sloop is echter de meeste informatie over de huisplaats verdwenen. Het onderzoek heeft uitgewezen dat er resten van twee huisplaatsen uit de Late Middeleeuwen of Nieuwe tijd en systemen van greppels en sloten aanwezig zijn in het plangebied. Deze resten zijn grotendeels verstoord door (sub)recente grondwerkzaamheden. Deze resten zijn gewaardeerd en niet behoudenswaardig geacht. Geadviseerd wordt daarom geen nader onderzoek te laten uitvoeren

IDDS Archeologie rapport 2014

In opdracht van Gemeente Katwijk heeft archeologisch onderzoeksbureau IDDS Archeologie een onderzoek uitgevoerd voor het plangebied Rijnsoever Noord Fase 3B in Katwijk, gemeente Katwijk. Het uitgevoerde onderzoek bestaat uit een inventariserend veldonderzoek door middel van proefsleuven (IVO-P) dat is uitgevoerd in januari 2017 en een opgraving, variant archeologische begeleiding (AB) in april en juni 2017. De resultaten van beide onderzoeken zijn gecombineerd om een zo volledig mogelijk beeld van het plangebied te creëren. Daaruit is gebleken dat in het plangebied bebouwing aanwezig was vanaf de 15e eeuw tot en met de 21e eeuw, waarbij sprake was van vijf verschillende bewoningsfasen. Tijdens deze bewoningsfasen ontstaat een beeld van een boerderij met erf waarop herhaaldelijk nieuwbouw wordt gepleegd, maar tevens gebruik wordt gemaakt van de aanwezige materialen en structuren. Achter op het erf zijn resten gevonden van water- en beerputten terwijl de bebouwing met name in het midden van het plangebied heeft gestaan. De bebouwing zal in eerste instantie nog voornamelijk uit houtbouw hebben bestaan, met vanaf ten minste de 17e eeuw een stenen kamer. Daarna vindt een snelle verstening plaats en worden meer muurresten en putten uit baksteen opgetrokken. Er lijkt een nadruk te liggen in de 18e eeuw op basis van het vondstmateriaal. Uit het vondstmateriaal is tevens af te leiden dat met name vanaf de tweede helft van de 18e eeuw de bewoners een goede levensstijl hadden en zeker niet tot het arme deel van de bevolking hoorde. Dit valt samen met de uitbreiding van de boerderij met landerijen. De aangetroffen resten zijn niet compleet genoeg om uitspraken te kunnen doen over de indeling van de panden. Wel was het mogelijk om een chronologisch beeld van de ontwikkeling van de locatie te geven

IDDS Archeologie rapport 1981

In opdracht van de gemeente Alphen aan den Rijn heeft archeologisch onderzoeksbureau IDDS Archeologie van 11 tot en met 21 april 2017 een inventariserend veldonderzoek door middel van proefsleuven uitgevoerd in het plangebied Lage Zijde en Aargebouw in Alphen aan den Rijn, gemeente Alphen aan den Rijn. De aanleiding voor dit onderzoek zijn de plannen tot herinrichting van het gebied. Er zullen woningen worden gebouwd en aanpassingen plaatsvinden aan het wegenpatroon. Vooronderzoek had uitgewezen dat een proefsleuvenonderzoek noodzakelijk was, met uitzondering van die delen van het plangebied die reeds verstoord of bebouwd waren. Het doel van het inventariserend veldonderzoek door middel van proefsleuven is het aanvullen en toetsen van de gespecificeerde archeologische verwachting, zoals geformuleerd in het bureau- en booronderzoek. Aan de hand van het veldonderzoek wordt informatie verkregen omtrent de aanwezige archeologische waarden (aard, omvang, datering, gaafheid, conservering en inhoudelijke kwaliteit). Vervolgens wordt een waardering van de archeologische waarden in het plangebied opgesteld. Tijdens het proefsleuvenonderzoek zijn tien werkputten aangelegd van variërende oppervlaktes: die ten noorden van de Kromme Aar, drie ter plaatse van de historische woongrond op de zuidelijke oever van de Kromme Aar en vier in het zuiden van het plangebied. Het gebied ten noorden van de Kromme Aar bleek diep verstoord te zijn. Hoewel hier wel enkele sporen werden aangetroffen die mogelijk te relateren zijn aan een historische boerderijlocatie, krijgt deze vindplaats vanwege de lage gaafheid en conservering een lage waardering en is daarom niet behoudenswaardig. Ter plaatse van de historische woongrond op de zuidoever van de Kromme Aar waren bewoningssporen uit aanwezig. Het gaat om een gebouw uit de 17e eeuw en een gebouw uit de 18e/19e eeuw met een opvallende fundering van verticaal geplaatste dakpannen. Bij dit laatste gebouw is ook een houten bijgebouw aangetroffen. Vermoedelijk is ter plaatse van de 18e/19e-eeuwse bebouwing ook nog sprake van een oudere bebouwingsfase, waarvan enkele muurrestanten en greppels zijn aangetroffen. In het zuidelijke deel van het plangebied zijn alleen recente sporen aanwezig. De oudere (prehistorische) sporen die op basis van het vooronderzoek werden verwacht, zijn niet aangetroffen. De vindplaats op de historische woongrond wordt behoudenswaardig geacht en er wordt geadviseerd deze op te graven. De aanbevolen opgraving heeft een oppervlakte van ongeveer 1930 m2 en er dient rekening te worden gehouden met de aanleg van minimaal twee vlakken

3411 Katwijk

Onderzoeksrappor