Seed size and cold stratification affect Acer negundo and Acer ginnala seeds germination

The aim of this work is to determine how the germination of seeds of the invasive tree Acer negundo depends on the period of cold stratification under the snow and the duration of stratification in the air on the branches of the trees. For comparison with A. negundo, we used seeds of Acer ginnala, introduced but not invasive tree in the Middle Urals. The period of stratification in the air modeled by collecting seeds in October and December. The duration of cold stratification under the snow was 0, 1, 2, 3 and 4 months. We hypothesized that the duration of stratification in the air did not affect the germination of A. negundo and A. ginnala seeds. Cold stratification under the snow had a positive effect on seed germination of both species. The best seed germination of A. negundo and A. ginnala was after 4 months of cold stratification under the snow, the germination rate differs: in A. negundo 12 ± 4% (small seeds) and 79 ± 7% (large seeds), in A. ginnala – 1 ± 2% (small seeds) and 18 ± 4% (large seeds). In both species, large seeds germinated at 7 to 18 times more intensively than small ones. In A. ginnala case, even after cold stratification under snow for 4 months, no more than 22% of the seeds germinated. The germination of A. ginnala seeds was 4–5 times lower than that of A. negundo seeds

Усть-ишимская кость: минералогогеохимические свойства как источник палеонтологической, палеоантропологической и палеоэкологической информации

Ust-Ishim man was the representative of one of the ancestral groups of the Homo sapiens, Neanderthals and Denisovans. The first results of a comprehensive mineralogical and geochemical study of fossil bones using a wide range of physical, chemical and physico-chemical methods: thermal analysis, optical microscopy, scanning electron microscopy, atomic-force microscopy, nitrogen capillary condensation method, X-ray fluorescence analysis, ISP-MS, gas chromatography method, amino acid chromatography analysis’s, X-ray microprobe method, X-ray diffraction method, Raman and infrared spectroscopy, isotope spectrometry are presented in this article. The studied fragment of the skeleton is of higher preservation rate than the common bone detritus of this age and even the fossils of younger Pleistocene animals that allowed determining almost all its primary properties. The unique preservation presumably was provided by the favorable environment and a special way the Ust-Ishim man originally was buried. Results of study of the chemical and mineral composition of the bone fossils allowed a reconstruction of the Ust-Ishim man life history.Впервые проведено минералого-геохимическое исследование ископаемой кости с использованием широкого комплекса физических, физико-химических и химических методов: термического анализа, оптической, сканирующей электронной, сканирующей зондовой микроскопии, капиллярной конденсации азота, рентгенфлуоресцентного анализа, ИСП-МС, газовой хроматографии, рентгеноспектрального микрозондового анализа, рентгеновской дифракции, инфракрасной и КР спектроскопии, изотопной спектрометрии. Изученный нами фрагмент кости устьишимского человека на фоне костного детрита современных ему и даже значительно более молодых плейстоценовых промысловых животных характеризуется аномально высокой степенью сохранности практически по всем своим свойствам. Феномен столь аномальной сохранности можно объяснить тем, что устьишимский человек первоначально был захоронен либо в особом месте, либо особенным способом

Особенности контакта с лечащим врачом и удовлетворенность получаемой медицинской помощью у пациентов, госпитализированных в связи с подтвержденным COVID-19

Background. The number of hospitalized patients diagnosed with coronavirus infection in MarchMay 2020 increased in almost all countries. Of course, such a pandemic has become a challenge for the entire health care system. In the current conditions, maintaining high standards of quality of medical care, establishing contact between specialists and the patient is a separate difficult task; at the same time, it is precisely the contact with specialists and the subjectively perceived quality of care that plays an important role in establishing compliance, and, therefore, in the success of patient treatment. Our research is devoted to the search for ways to solve this problem. Aims to study the features of the emotional state of patients hospitalized for COVID-19 and describe the contribution of these features to interaction in the doctor-patient dyad and satisfaction with the medical care received. Methods. The study involved 127 people hospitalized with a confirmed diagnosis of COVID-19. The research methods used: 1) a questionnaire developed by the authors, which included socio-demographic data and a block of questions about interaction with a doctor and medical personnel; 2) the Russian-language version of the Beck Depression Inventory; 3) Russian-language version of the GAD-7 anxiety questionnaire. Results. 25.4% of participants have pronounced signs of anxiety, 24.13% signs of depression; 54% of patients indicate that the help they receive in the framework of hospitalization is sufficient; 7% speak of the need for support from a psychologist. Formulated information about what is happening with the patient is the key factor in contact with a doctor (for 62.9%), and a visible improvement in well-being is important only for 43.4%. The presence of anxious and depressive symptoms makes a qualitative difference in establishing contact with a doctor and assessing the severity of ones own condition. Conclusions. Based on the results of the study, in the future, it is possible to formulate various strategies for working with patients showing high rates of depressive and anxious experiences: such strategies should take into account the importance of close contact with the doctor and detailed information for patients. It is also important when building further work to take into account age characteristics (for example, a greater focus on working with a psychologist among the young population group), the time of hospitalization (whether they coincide with the dates traditionally significant in culture) and the gender of patients. It is also important to take into account that in a COVID-19 situation, it is decisive in contact with a doctor to obtain clear and accessible information about the patients condition and prescriptions made on time, and not a significant improvement in well-being.Обоснование. Численность госпитализированных пациентов с диагностированной коронавирусной инфекцией в мартемае 2020 г. росла практически во всех странах. Безусловно, пандемия стала вызовом для всей системы здравоохранения. В сложившихся условиях соблюдение высоких стандартов качества медицинской помощи, установление контакта между специалистами и пациентом представляют отдельную сложную задачу. При этом именно контакт со специалистом и субъективно воспринимаемое качество помощи играют большую роль в установлении комплаенса, а значит, и в успешности лечения пациентов. Поискам путей решения этой задачи посвящено наше исследование. Цель исследования изучить особенности эмоционального состояния пациентов, госпитализированных в связи с COVID-19, и описать вклад этих особенностей во взаимодействие в диаде врачпациент и удовлетворенность получаемой медицинской помощью. Методы. В исследовании приняли участие 127 человек, госпитализированных в клинику в связи с подтвержденным диагнозом COVID-19. В качестве методик исследования использовались: 1) разработанная авторами анкета, включавшая социодемографические данные и блок вопросов о взаимодействии с лечащим врачом и медицинским персоналом; 2) русскоязычная версия опросника депрессии Бека; 3) русскоязычная версия опросника тревоги GAD-7. Результаты. 25,4% участников имеют выраженные признаки тревожности; 24,13% признаки депрессии; 54% пациентов указывают, что получаемая ими в рамках госпитализации помощь достаточна; 7% говорят о необходимости поддержки психолога. Ключевым фактором в контакте с врачом оказывается доступно сформулированная информация о происходящем с пациентом (для 62,9%), а видимое улучшение самочувствия важно лишь для 43,4%. Наличие тревожной и депрессивной симптоматики вносит качественное отличие в построение контакта с врачом и оценку тяжести собственного состояния. Заключение. Результаты исследования позволят формировать различные варианты работы с пациентами, демонстрирующими высокие показатели депрессивных и тревожных переживаний: подобные варианты должны учитывать значимость близкого контакта с врачом и подробной информации для пациентов. Также важно при выстраивании дальнейшей работы принимать во внимание возрастные особенности, время госпитализации и пол пациентов. Следует учитывать, что в ситуации COVID-19 решающими в контакте с врачом оказываются получение понятной и доступной информации о состоянии пациента и вовремя сделанные предписания, а не значимое улучшение самочувствия

On the status and selectivity of the infant burials of the Yamnaya Archaeological Culture of the Southern Urals (based on the excavation materials of the burial mound No. 1 of the Boldyrevo-4 group)

Bioarchaeology is an important field of interdisciplinary research based upon the contextual study of anthropological materials. In particular, bioarchaeology of childhood appears to be the most specialised area of research, addressing quality of life and social patterns of ancient groups. In this paper, we continue the study of the infant remains from the burial mound No. 1 of the Boldyrevo-4 burial ground — one of the elite and largest burial mounds of the Yamnaya (Pit Grave) Culture in the northern part of the Volga-Urals. It was located on the left bank of the Irtek River, a tributary of the Ural, and had a diameter of 62 m and a reconstructed height of 8 m. The earliest horizon was represented by mounds Nos. 1 and 2 with close parameters. They contained one burial each (burials Nos. 3 and 4, respectively), located in the centers of the mound platforms, which belonged to children. Based on the results of our preliminary study, the child from burial No. 3 died of metastatic cancer (the most probable diagnosis is lymphocytic leukaemia). Burial No. 4 contained remains of two children. Child No. 1 from burial No. 4, represented only by the cranium, had possibly suffered from scurvy. Here we publish the results of the analysis of ancient DNA aimed at identifying the sex of the interred, as well as the results of the Sr isotope analysis, which allows determination of their ‘local’ or ‘distant’ origin. The quality of the ancient DNA was evaluated by targeted sequencing carried out using a specially designed panel of probes that allowed the selection of target sections of the genome for subsequent enrichment using the method of hybridisation, followed by the target NGS. The genetic data confirm that all three individuals belonged to the female sex. On the basis of Sr isotope ratios, the girls from burials Nos. 3 and 4 (No. 2) were born in the territories with different geochemical signals. Unfortunately, for the child No. 1 from burial No. 4 such observations could not be obtained. The biological age (around 6 years old), female sex attributes, and the presence of serious health conditions allows one to pose the question on the selective nature of the children burials in this mound of the Yamnaya Culture. Moreover, they could have received a special hereditary social status, which influenced the further erection of the burial mound for members of the elite

Анализ мутаций в генах CDC27, CTBP2, HYDIN и KMT5A при каротидных параганглиомах

Carotid paragangliomas (CPGLs) are rare neuroendocrine tumors that arise from paraganglionic tissue of the carotid body localizing at the bifurcation of carotid artery. These tumors are slowly growing, but occasionally they become aggressive and metastatic. Surgical treatment remains high-risk and extremely challenging; radiation and chemotherapy are poorly effective. The study of molecular pathogenesis of CPGLs will allow developing novel therapeutic approaches and revealing biomarkers. Previously, we performed the exome sequencing of 52 CPGLs and estimated mutational load (ML). Paired histologically normal tissues or blood were unavailable, so potentially germline mutations were excluded from the analysis with strong filtering conditions using 1000 Genomes Project and ExAC databases. In this work, ten genes (ZNF717, CDC27, FRG2C, FAM104B, CTBP2, HLA-DRB1, HYDIN, KMT5A, MUC3A, and PRSS3) characterized by the highest level of mutational load were analyzed. Using several prediction algorithms (SIFT, PolyPhen-2, MutationTaster, and LRT), potentially pathogenic mutations were identified in four genes (CDC27, CTBP2, HYDIN, and KMT5A). Many of these mutations occurred in the majority of cases, and their mutation type was checked using exome sequencing data of blood prepared with the same exome enrichment kit that was used for preparation of exome libraries from CPGLs. The majority of the mutations were germline that can apparently be associated with annotation errors in 1000 Genomes Project and ExAC. However, part of the mutations identified in CDC27, CTBP2, HYDIN, and KMT5A remain potentially pathogenic, and there is a large body of data on the involvement of these genes in the formation and progression of other tumors. This allows considering CDC27, CTBP2, HYDIN, and KMT5A genes as potentially associated with CPGL pathogenesis and requires taking them into account in further investigations. Thus, there is a necessity to improve the methods for identification of cancer-associated genes as well as pathogenic mutations.Каротидные параганглиомы (КПГ) - редкие нейроэндокринные опухоли, которые развиваются из параганглионарной ткани каротидного тельца и располагаются в области бифуркации сонной артерии. Эти опухоли характеризуются медленным ростом, однако в ряде случаев наблюдается агрессивное течение заболевания и метастазирование. Операции по удалению каротидных параганглиом сопряжены с высоким риском осложнений, в то время как лучевая и химиотерапия малоэффективны. Изучение молекулярного патогенеза КПГ может способствовать разработке новых подходов к терапии и открытию биомаркеров. Ранее нами выполнено высокопроизводительное секвенирование экзома 52 архивных образцов КПГ, одной из задач которого была оценка мутационной нагрузки. Из-за отсутствия парных образцов гистологически нормальных тканей или крови потенциально герминальные мутации были исключены из выборки с использованием баз данных 1000 Genomes Project и ExAC при строгих параметрах фильтрации. В настоящем исследовании проанализированы десять генов (ZNF717, CDC27, FRG2C, FAM104B, CTBP2, HLA-DRB1, HYDIN, KMT5A, MUC3A и PRSS3), характеризующихся наиболее высокой мутационной нагрузкой. В четырех генах (CDC27, CTBP2, HYDIN и KMT5A) идентифицированы потенциально патогенные мутации, согласно нескольким предсказательным алгоритмам (SIFT, PolyPhen-2, MutationTaster и LRT). Многие выявленные мутации оказались представленными в большом количестве образцов выборки, что заставило проверить их соматический статус с использованием дополнительных данных секвенирования экзома крови, выполненного с таким же набором для экзомного обогащения, как и при анализе опухолей КПГ. Обнаружено, что значительное число выявленных потенциально патогенных мутаций являются герминальными, что, по-видимому, связано с наличием ошибок аннотации в базах данных 1000 Genomes Project и ExAC. Однако часть идентифицированных мутаций в генах CDC27, CTBP2, HYDIN и KMT5A остаются предположительно патогенными, кроме того, имеются многочисленные данные о вовлеченности этих генов в формирование и прогрессию других видов опухолей. Это позволяет считать гены CDC27, CTBP2, HYDIN и KMT5A потенциально связанными с патогенезом КПГ и требует обратить на них особое внимание в дальнейших исследованиях. Таким образом, необходимо совершенствовать методики для выявления онко-ассоциированных генов и патогенных мутаций

Анализ мутаций в генах CDC27, CTBP2, HYDIN и KMT5A при каротидных параганглиомах

Carotid paragangliomas (CPGLs) are rare neuroendocrine tumors that arise from paraganglionic tissue of the carotid body localizing at the bifurcation of carotid artery. These tumors are slowly growing, but occasionally they become aggressive and metastatic. Surgical treatment remains high-risk and extremely challenging; radiation and chemotherapy are poorly effective. The study of molecular pathogenesis of CPGLs will allow developing novel therapeutic approaches and revealing biomarkers. Previously, we performed the exome sequencing of 52 CPGLs and estimated mutational load (ML). Paired histologically normal tissues or blood were unavailable, so potentially germline mutations were excluded from the analysis with strong filtering conditions using 1000 Genomes Project and ExAC databases. In this work, ten genes (ZNF717, CDC27, FRG2C, FAM104B, CTBP2, HLA-DRB1, HYDIN, KMT5A, MUC3A, and PRSS3) characterized by the highest level of mutational load were analyzed. Using several prediction algorithms (SIFT, PolyPhen-2, MutationTaster, and LRT), potentially pathogenic mutations were identified in four genes (CDC27, CTBP2, HYDIN, and KMT5A). Many of these mutations occurred in the majority of cases, and their mutation type was checked using exome sequencing data of blood prepared with the same exome enrichment kit that was used for preparation of exome libraries from CPGLs. The majority of the mutations were germline that can apparently be associated with annotation errors in 1000 Genomes Project and ExAC. However, part of the mutations identified in CDC27, CTBP2, HYDIN, and KMT5A remain potentially pathogenic, and there is a large body of data on the involvement of these genes in the formation and progression of other tumors. This allows considering CDC27, CTBP2, HYDIN, and KMT5A genes as potentially associated with CPGL pathogenesis and requires taking them into account in further investigations. Thus, there is a necessity to improve the methods for identification of cancer-associated genes as well as pathogenic mutations.Каротидные параганглиомы (КПГ) - редкие нейроэндокринные опухоли, которые развиваются из параганглионарной ткани каротидного тельца и располагаются в области бифуркации сонной артерии. Эти опухоли характеризуются медленным ростом, однако в ряде случаев наблюдается агрессивное течение заболевания и метастазирование. Операции по удалению каротидных параганглиом сопряжены с высоким риском осложнений, в то время как лучевая и химиотерапия малоэффективны. Изучение молекулярного патогенеза КПГ может способствовать разработке новых подходов к терапии и открытию биомаркеров. Ранее нами выполнено высокопроизводительное секвенирование экзома 52 архивных образцов КПГ, одной из задач которого была оценка мутационной нагрузки. Из-за отсутствия парных образцов гистологически нормальных тканей или крови потенциально герминальные мутации были исключены из выборки с использованием баз данных 1000 Genomes Project и ExAC при строгих параметрах фильтрации. В настоящем исследовании проанализированы десять генов (ZNF717, CDC27, FRG2C, FAM104B, CTBP2, HLA-DRB1, HYDIN, KMT5A, MUC3A и PRSS3), характеризующихся наиболее высокой мутационной нагрузкой. В четырех генах (CDC27, CTBP2, HYDIN и KMT5A) идентифицированы потенциально патогенные мутации, согласно нескольким предсказательным алгоритмам (SIFT, PolyPhen-2, MutationTaster и LRT). Многие выявленные мутации оказались представленными в большом количестве образцов выборки, что заставило проверить их соматический статус с использованием дополнительных данных секвенирования экзома крови, выполненного с таким же набором для экзомного обогащения, как и при анализе опухолей КПГ. Обнаружено, что значительное число выявленных потенциально патогенных мутаций являются герминальными, что, по-видимому, связано с наличием ошибок аннотации в базах данных 1000 Genomes Project и ExAC. Однако часть идентифицированных мутаций в генах CDC27, CTBP2, HYDIN и KMT5A остаются предположительно патогенными, кроме того, имеются многочисленные данные о вовлеченности этих генов в формирование и прогрессию других видов опухолей. Это позволяет считать гены CDC27, CTBP2, HYDIN и KMT5A потенциально связанными с патогенезом КПГ и требует обратить на них особое внимание в дальнейших исследованиях. Таким образом, необходимо совершенствовать методики для выявления онко-ассоциированных генов и патогенных мутаций