Observation on some of the environmental parameters and feed quality of selected golda (Macrobrachium rosenbergii) farms in Bangladesh

A study was conducted to ascertain the existing farm water, effluent and feed quality of selected giant freshwater prawn farms from major prawn farming areas (Bagerhat Sadar, Noakhali Sadar and Mymensingh) of Bangladesh during July to November 2005. Water quality parameters such as the mean values of dissolved oxygen, alkalinity, nitrite-nitrogen, phosphate-phosphorus and ammoniacal nitrogen did not show any significantly differences among the farming areas. Whereas significant differences (p < 0.05) were observed in the mean values of temperature, secchi disc visibility, pH and chlorophyll a. However, all the water quality parameters in the farming areas were within the suitable range for prawn culture. There was no significant variation in nutrients concentration of discharged effluent among the prawn farming areas. All of the nutrients measured in effluent water were within the acceptable range and did not seem to pose a direct threat to the recipient environment. The analysed crude protein contents of commercial CP, Quality and Saudi-Bangla prawn feeds were 31.84%, 27.21% and 28.97%, respectively, whereas all analysed farm made feeds were less than 25%. The other nutrients of prawn feeds varied largely with the source of feeds and ingredients used to prepare feed. The annual yield of prawn varied from 320.4 to 512.6 kg/ha (mean 412.3 kg/ha) depending on the management system

The Effect of Platelet Rich Plasma on Amniotic Membrane Derived Stem Cells

Kök hücreler gelişen teknoloji ile birlikte biyomedikal alanında oldukça önemli bir tedavi aracı haline gelmiştir. Amniotik membran, kök hücre kaynakları arasında daha az immunojenite ve multipotentten daha yüksek potansiyelleri ile önemli bir kaynaktır. Bu çalışmada atların amniotik membranından elde edilen kök hücreler izole edilerek, kültüre edildi ve onuncu pasaja kadar çoğaltıldı. Bununla beraber hücreler üzerinde adipojenik, osteojenik, kondrojenik farklılaşmalar ve nörosfer oluşumu çalışmaları yapıldı. İki katına çıkma süresi analizi ile üçüncü pasaj ile altıncı pasaj arasında hücre çoğalmalarının daha güçlü olduğu ve dördüncü pasajda hem epitel (AEH) hem de mezenkimal hücrelerde (AMH) çoğalmanın en yüksek olduğu belirlendi. Büyüme eğrisi analizinde AEH ve AMH'lerde beşinci pasajın en iyi büyüme kinetiği özelliğini sergilediği görüldü. At kanından yüksek konsantrasyonda (717.17±43.34×109/L) tombosit içeren PRP hazırlanışı için çift santrüfüjlü bir teknik geliştirildi. Çalışmada, taze ve inaktif (PRP-1), taze ve CaCl2 ile aktive edilen (PRP-2), CaCl2 ile aktive edildikten sonra dondurulan (PRP-3) ve dondurma çözdürme işlemi ile aktive edilen (PRP-4) dört grup PRP kullanıldı. Çalışmada PRP grupları arasında belirgin bir fark olmaksızın yüksek konsant- rasyonda Epidermal büyüme faktörü (EGF) gözlendi. PRP-4 grubunda en yüksek konsantrasyonda Trombosit kökenli büyüme faktörü (PDGF) saptandı. MTT analizi ile hem AEH hem de AMH’de dondurma çözdürme ile aktive edilen PRP’nin (PRP-4) daha iyi çoğalma sağladığı ortaya kondu. Canlı hücre sayımı da dondurma çözdürme ile aktive edilen PRP’nin (PRP-4) daha iyi hücre proliferasyonunu sağladığını gösterdi. Farklı dozlardaki PRP kullanımlarında, dondurma çözdürme ile aktive edilen %5 PRP konsantrasyonunun hem AEC hem de AMC’lerde bütün analizlerde hücre çoğalmasını arttırdığı belirlenirken, %10 ve %15 PRP konsantrasyonları ile de yakın sonuçlar elde edildi. Farklılaşma çalışmalarında iki tip hücre de başarı ile osteojenik, adipojenik ve kondrojenik hücrelere farklılaştırıldı; bu farklılaşmalar alizarin red boyaması, Oil Red O boyaması ve alsian mavisi boyaması ile gösterildi. Nörosfer oluşumunda iki tip hücrenin de küre benzeri, üç boyutlu sinir doku progenitör hücreleri oluşturabilme yeteneğinde olduğu gözlendi. PCR analizinde pluripotent hücre belirteçleri olan SOX2 ve OCT3/4’te oldukça güçlü ekspresyon gözlendi. Hem AMH hem de AEH’lerde P0, P3, P5 ve P7’de multipotent kök hücre belirteçleri CD14, CD44, CD73, CD90 ve CD105 ekspresyonları iyi seviyede gözlendi. Hemotopoetik hücre belirteci CD45 iki tip hücre için de negatif bulundu. Ayrıca MHC-II belirteci (CD74) de her iki hücre tipinde negatifdi. Bu sonuçlar, hem pluriopotent hem de multipotent kök hücre karakterizasyonu gösteren amnion membranından elde edilen kök hücrelerinin, allojenik uygulamalar için kullanılabilecek önemli bir kök hücre kaynağı olduklarını göstermektedir.Bu Tez Afyon Kocatepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi Tarafından 17.SAĞ.BİL.09 Proje Numarası ile Desteklenmiştir

The Effect of Platelet Rich Plasma on Amniotic Membrane Derived Stem Cells

Kök hücreler gelişen teknoloji ile birlikte biyomedikal alanında oldukça önemli bir tedavi aracı haline gelmiştir. Amniotik membran, kök hücre kaynakları arasında daha az immunojenite ve multipotentten daha yüksek potansiyelleri ile önemli bir kaynaktır. Bu çalışmada atların amniotik membranından elde edilen kök hücreler izole edilerek, kültüre edildi ve onuncu pasaja kadar çoğaltıldı. Bununla beraber hücreler üzerinde adipojenik, osteojenik, kondrojenik farklılaşmalar ve nörosfer oluşumu çalışmaları yapıldı. İki katına çıkma süresi analizi ile üçüncü pasaj ile altıncı pasaj arasında hücre çoğalmalarının daha güçlü olduğu ve dördüncü pasajda hem epitel (AEH) hem de mezenkimal hücrelerde (AMH) çoğalmanın en yüksek olduğu belirlendi. Büyüme eğrisi analizinde AEH ve AMH'lerde beşinci pasajın en iyi büyüme kinetiği özelliğini sergilediği görüldü. At kanından yüksek konsantrasyonda (717.17±43.34×109/L) tombosit içeren PRP hazırlanışı için çift santrüfüjlü bir teknik geliştirildi. Çalışmada, taze ve inaktif (PRP-1), taze ve CaCl2 ile aktive edilen (PRP-2), CaCl2 ile aktive edildikten sonra dondurulan (PRP-3) ve dondurma çözdürme işlemi ile aktive edilen (PRP-4) dört grup PRP kullanıldı. Çalışmada PRP grupları arasında belirgin bir fark olmaksızın yüksek konsant- rasyonda Epidermal büyüme faktörü (EGF) gözlendi. PRP-4 grubunda en yüksek konsantrasyonda Trombosit kökenli büyüme faktörü (PDGF) saptandı. MTT analizi ile hem AEH hem de AMH’de dondurma çözdürme ile aktive edilen PRP’nin (PRP-4) daha iyi çoğalma sağladığı ortaya kondu. Canlı hücre sayımı da dondurma çözdürme ile aktive edilen PRP’nin (PRP-4) daha iyi hücre proliferasyonunu sağladığını gösterdi. Farklı dozlardaki PRP kullanımlarında, dondurma çözdürme ile aktive edilen %5 PRP konsantrasyonunun hem AEC hem de AMC’lerde bütün analizlerde hücre çoğalmasını arttırdığı belirlenirken, %10 ve %15 PRP konsantrasyonları ile de yakın sonuçlar elde edildi. Farklılaşma çalışmalarında iki tip hücre de başarı ile osteojenik, adipojenik ve kondrojenik hücrelere farklılaştırıldı; bu farklılaşmalar alizarin red boyaması, Oil Red O boyaması ve alsian mavisi boyaması ile gösterildi. Nörosfer oluşumunda iki tip hücrenin de küre benzeri, üç boyutlu sinir doku progenitör hücreleri oluşturabilme yeteneğinde olduğu gözlendi. PCR analizinde pluripotent hücre belirteçleri olan SOX2 ve OCT3/4’te oldukça güçlü ekspresyon gözlendi. Hem AMH hem de AEH’lerde P0, P3, P5 ve P7’de multipotent kök hücre belirteçleri CD14, CD44, CD73, CD90 ve CD105 ekspresyonları iyi seviyede gözlendi. Hemotopoetik hücre belirteci CD45 iki tip hücre için de negatif bulundu. Ayrıca MHC-II belirteci (CD74) de her iki hücre tipinde negatifdi. Bu sonuçlar, hem pluriopotent hem de multipotent kök hücre karakterizasyonu gösteren amnion membranından elde edilen kök hücrelerinin, allojenik uygulamalar için kullanılabilecek önemli bir kök hücre kaynağı olduklarını göstermektedir.Bu Tez Afyon Kocatepe Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi Tarafından 17.SAĞ.BİL.09 Proje Numarası ile Desteklenmiştir.Kabul ve Onay................................................................................................... iii Önsöz................................................................................................................. iv İçindekiler.......................................................................................................... v Kısaltmalar....................................................................................................... ix Şekiller............................................................................................................... x Tablolar.............................................................................................................. xii ....... 1. GİRİŞ............................................................................................................ 1 1.1. Kök Hücreler.............................................................................................. 1 1.2. Kök Hücre Kaynakları................................................................................ 1 1.3. Kök Hücre Tedavisinin Avantaj ve Dezavantajları.................................... 2 1.3.1. Kök Hücre Tedavisinin Avantajları......................................................... 2 1.3.2. Kök Hücre Tedavisinin Dezavantajları................................................... 3 1.4. Kök Hücre Tedavisi.................................................................................... 3 1.5. Atlarda Amniotik Membran Histolojisi...................................................... 4 1.6. Kök Hücre Tedavisinin Büyük Hayvanlarda Kullanımı............................ 5 1.6.1. Tendinit................................................................................................... 5 1.6.2. Kıkırdak Yaralanmaları / Osteoartritis.................................................... 6 1.7. Trombositten Zengin Plazma..................................................................... 6 1.8. PRP’nin Tanımlanması............................................................................... 7 1.9. PRP’nin Hazırlanışı ve Aktivasyonu.......................................................... 8 1.10. Atlarda PRP.............................................................................................. 9 1.11. PRP’nin Uygulanması ......................................................................... 9 1.12. PRP’nin Mekanizması.............................................................................. 10 1.13. PRP ve Kök Hücreler................................................................................ 11 Sayfa 2. GEREÇ VE YÖNTEM........................................................................... 14 2.1. At Amniotik Dokularının Toplanması..................................................... 14 2.2. At Amniotik Membran Kaynaklı Epitel ve Mezenkimal Kökenli Hücrelerin Elde Edilmesi............................................................................... 14 2.3. At Amniotik Membran Kaynaklı Kök Hücrelerin Kültürü.................... 16 2.4. İkiye Katlanma Süresinin (Doubling Time) Hesaplanması..................... 16 2.5. AMH ve AEH’lerde Büyüme Eğrisinin (Growth Curve) Belirlenmesi... 17 2.6. Koloni Oluşturma Potansiyeli.................................................................. 17 2.7. AMH ve AEH’lerin Yapışma Profili...................................................... 17 2.8. Atlarda Yüksek Sayıda Trombosit Elde Etme Yönteminin Belirlenmesi.................................................................................................... 18 2.9. PRP’de PDGF ve EGF Konsantrasyonunun Ölçümü.............................. 18 2.9.1. PDGF ELİSA Protokolü.............................................................. 18 2.9.2. EGF ELİSA Protokolü................................................................ 19 2.10. At Kanından PRP Hazırlanması............................................................ 20 2.11. MTT ile Karşılaştırmalı Hücre Çoğalması Analizi............................... 22 2.12. Amniotik Membran Kaynaklı Kök Hücrelere Farklı Konsantrasyonlarda PRP Uygulamasının Hücre Proliferasyonuna Etkisi............................................................................................................... 23 2.13. AEC ve AMC’lerin Osteojenik Farklılaşması....................................... 23 2.13.1. Alizarin Red Boyama Protokü............................................................ 24 2.14. AEH ve AMH’lerin Yağ Dokusuna Farklılaşması............................... 24 2.14.1. Oil Red O Boya Solüsyonunun Hazırlanışı........................................ 25 2.14.2. Oil Red O Boyama Protokolü............................................................. 25 2.15. AEH ve AMH’lerin Kondrojenik Farklılaşması.................................. 26 2.15.1. Alsian Mavisi Solüsyonunun Hazırlanması........................................ 2.15.2. Alsian Mavisi Boyama Protokolü....................................................... 27 27 2.16. Nörosfer Eldesi................................................ ..................................... 27 2.17. RNA İzolasyonu................................................ .................................... 28 2.18. RNA Saflaştırma................................................ ................................... 29 2.19. cDNA Sentezi................................................ ....................................... 29 2.20. Jel Elektroforez................................................ ..................................... 30 Sayfa 2.21. İstatistiksel Analiz........................................................................... 30 3. BULGULAR................................................ ......................................... 31 3.1. Morfolojik Bulgular.......................................... ................................... 31 3.2. İkiye Katlanma Süresi (Doubling Time) .............................................. 36 3.3. Büyüme Eğrisi (Growth Curve) ........................................................... 37 3.4. Koloni Oluşturan Birim Analizi (Colony Forming Unit Assay) .......... 40 3. 5. Yapışma Profili (Adhesion profile) .................................................... 42 3.6. Osteojenik Farklılaşma............................. ........................................... 43 3.7. Adipojenik Farklılaşma............................. ......................................... 46 3.8. Kondrojenik Farklılaşma ............................. ....................................... 48 3.9. Nörosfere Farklılaştırma............................. ......................................... 49 3.10. PCR............................. ..................................................................... 51 3.11. At Kanı için En Fazla Sayıda Trombosit Elde Etme Protokolünün Seçimi ............................. ............................................................................ 52 3.12. Büyüme Faktörlerinin Ölçümü............................................................ 54 3.12.1. EGF (Epidermal Büyüme Faktörü) Knsantrasyonu......................... 54 3.12.2. PDGF (Trombosit Kökenli Büyüme Faktörü) Konsantrasyonu....... 55 3.13. MTT ile Karşılaştırmalı Hücre Proliferasyonu.................................... 56 3.14. Hücre Sayımı ile Hücre Proliferasyonunun Belirlenmesi................... 59 ...... 4. TARTIŞMA............................. ......................................................... 64 4.1. Amniotik Membran Kaynaklı Epitel ve Mezenkimal Kök Hücreler.... 64 4.2. İki Katına Çıkma Süresi....................................................................... 64 4.3. Büyüme Eğrisi....................................................................................... 65 4.4. Koloni Oluşturabilen Birim Analizi..................................................... 65 4.5. Yapışma Profili..................................................................................... 66 4.6. Çok Yönlü farklılaşma.......................................................................... 67 4.7. Nörosfer Oluşumu................................................................................. 67 4.8. PCR Analizi.......................................................................................... 68 Sayfa 4.9. Atlarda Yüksek Sayıda Trombosit Elde Etme Protokolünün Belirlenmesi.................................................................................................. 68 4.10. MTT ile Karşılaştırmalı Hücre Proliferasyon Analizi......................... 69 4.11. Hücre Sayımı ile Karşılaştırmalı Hücre Proliferasyonu...................... 71 4.12. Farklı Yöntemlerle Hazırlanan PRP'lerde EGF Değerleri................... 72 4.13. Farklı Yöntemlerle Hazırlanan PRP'lerde PDGF Değerleri................ 72 ....... 5. SONUÇ................................................................................................. 74 ÖZET......................................................................................................... 77 SUMMARY............................................................................................. 79 KAYNAKLAR....................................................................................... 81 ÖZGEÇMİŞ............................................................................................... 9

Fungal disease of freshwater fishes in Natore district of Bangladesh

An investigation was conducted on fungal disease of freshwater fishes in Natore district of Bangladesh from September 2005 to February 2006. A total of 2097 fish specimens where about 300 fishes under 15 fish species (8 culturable and 7 non culturable) were infected with fungal disease. Among culturable species most fungal infected fishes was C. mrigala (24.71%) where the total length, total weight and group of this infected fish was 10.8 to 40 cm, 10 to 995 g and 10.1 to 15 cm respectively followed by C. idellus (16.28%) and L. rohita (13.43%). Among non culturable species the most fungal infected fish was C. punctatus (22.42%) where the total length, total weight and group of this infected fish was 11 to 23 cm, 15 to 20 g and 20.1 to 25 cm respectively followed by C. striatus (16.88%) and P. ticto (15.31%). Disease in culturable fish species was less (13.40%) than non-culturable species (15.19%). Three genera of fungi were identified where Branchiomyces sp. was associated with gill rot disease and Saprolegnia sp. and Aphanomyces sp. were associated with ulcer types of disease. The incidence (%) of disease was highest in the month of December (22.49%) followed by November (20.25%) and January (18.00%)