Caractérisation des isolats de Phytophthora spp du verger cacaoyers de Côte d’Ivoire

Objectifs : La pourriture brune des cabosses due à Phytophthora spp. est l’affection la plus répandue et la plus importante dans la cacaoculture ivoirienne. Cette étude a été réalisée pour caractériser et identifier les isolats de Phytophthora spp à partir des caractères morphologiques et moléculaires.Méthodologie et résultats : Cinquante isolats provenant des principales zones (Est, Centre-Ouest, et Sudouest) du verger cacaoyers de la Côte d’ivoire ont été isolés à partir de cabosses immatures atteintes de pourriture brune. Les caractères phénotypiques asexués et moléculaires à savoir : la longueur, la largeur, le rapport longueur/largeur des sporocystes, la longueur du pédicelle, la forme et la caducité des sporocystes, le type de colonie et l’analyse des fragments de restriction de l’ADN des régions ITS (Espaceur Interne Transcrit) ont été évalués. Les sporocystes des isolats étudiés apparaissaient très variables dans leur forme d’un isolat à un autre. Ils étaient de forme ovoïde, ellipsoïde, obpyriforme, ovoïde-obpyriforme et arrondis à leur base. Les sporanges des isolats observés étaient caducs donc éparpillés avec un pédicelle court (2,92 ± 1,18 Gm). Les sporanges étaient également variables par leur taille, variant entre 33,25 à 55,00 Gm en longueur et entre 21,99 à 34,37 Gm en largeur avec un rapport longueur/largeur variant de 1,23 à 1,94. Les colonies sur culture carotte-agar brut étaient radiées, striés et/ou stellées, et pétaloïdes. L’amplification par ITS-PCR de l’ADN a généré un fragment spécifique de 900 bp. L’analyse des fragments de restriction obtenus après digestion par les endonucléases (AluI ; PvuII ; HaeIII ;HinfI et MspI) a montré que tous les isolats étudiés appartenaient à l’espèce Phytophthora palmivora.Conclusion et application de résultats : Il ressort de notre étude que la technique PCR-RFLP a été plus discriminante par rapport aux méthodes traditionnelles pour caractériser et identifier les isolats de Phytophthora spp. Les résultats montrent également que la technique PCR-RFLP est un moyen rapide sélectif et fiable dans l’identification des Phytophthora spp. En outre, cette méthode peut être utilisée comme outil de prévention et de gestion dans la lutte contre la pourriture brune des cabosses. Cette étude a confirmé la présence de Phytophthora palmivora comme l’espèce la plus prédominante bien que Phytophthora megakarya ait été récemment découverte dans l’Est du verger cacaoyers.Mots clés : pourriture brune ; sporange ; pédicelle ; papille ; Phytophthora spp ; région ITS ; PCR-RFL

Inhibition de Phytophthora palmivora, agent de pourriture brune des cabosses de cacaoyer en Côte d’Ivoire, par Trichoderma sp.

La pourriture brune des cabosses du cacaoyer causée par Phytophthora palmivora entraîne en Côte d’Ivoire 30 % de pertes sur les productions. Actuellement, pour combattre cette maladie, la lutte intégrée est envisagée. Elle inclue les pratiques culturales, la sélection des variétés résistances et l’utilisation des antagonistes contre Phytophthora sp. notamment les espèces du genre Trichoderma. Cette dernière approche nécessite l’isolement, l’établissement d’une collection des Trichoderma issus de la cacaoyère et l’évaluation du potentiel antagoniste de celle-ci pour le choix des antagonistes efficaces à Phytophthora palmivora. A cet effet, des confrontations directes in vitro aussi bien que in vivo sur feuilles et sur cabosses ont été réalisées. Quarante trois isolats de Trichoderma montrent une activité antagoniste vis à vis de Phytophthora palmivora sur milieu de culture, avec des taux d’inhibition de l’ordre de 34 à 79 % mais, aussi réduisent significativement la sensibilité foliaire de 6 clones de cacaoyer et de cabosses. Ces tests in vitro et in vivo ont permis de retenir les isolats T.spirale T4, T.virens T7, T.asperellum T54 et T.harzianum T40 à forte action inhibitrice vis à vis de Phytophthora palmivora, offrant une forte aptitude à réduire la sensibilité et surtout à renforcer la résistance intrinsèque du clone sensible NA32 au parasite. Ces tests d’antagonistes ont permis la sélection des Trichoderma sp. candidats aux essais au champ. La réalisation des essais au champ évaluera l’efficacité en milieu réel des antagonistes naturels sur le développement de la maladie.Cocoa black pod disease in Côte d’ivoire, due to Phytophthora palmivora , can cause crop losses up to 30%. At present, for controlling cocoa black pod rot, an integrated pest management strategie was envisaged, and include cultural pratices, selection for resistant cocoa varieties and biological control microorganisms. The latter approach need isolation, establishment of collection microorganisms found in the cocoa ecology of Côte d’Ivoire and evaluations for their ability to control P. palmivora for screening biocontrol candidates. In vitro direct confrontation also although leaf disc and the cocoa pod biocontrol screening biotest have been carried out. Fortythree of isolates Trichoderma expressed in vitro inhibition against P. palmivora on high-nutrient media, with in the order of 34 à 79 % of inhibition rate but, also were significantly reduced the level of susceptibility of six clones and cocoa pods to P. Palmivora. The isolates T.spirale T4, T.virens T7, T.asperellum T54 et T.harzianum T40 were found to be very effective against P. palmivora by these in vitro and in vivo tests, exhibiting high potential to reduce the susceptibility and especially to reinforce intrinsic resistant susceptible clone (NA32) towards P. palmivora. These screening tests pemitted the selection of Trichoderma isolates candidates for field trials. This field trials will assess for efficacy biocontrol candidates from cacao agrosystems on the evolution of disease.Mots clés : Pourriture brune, Phytophthora palmivora, lutte biologique, Trichoderma sp, cacaoye

Biological control of cacao diseases

This chapter discusses the advances in biological control of cacao diseases over the last 15 years. Most attention has been focused on biological control of frosty pod rot (Moniliophthora roreri), witches' broom (Moniliophthora perniciosa) and black pod disease (Phytophthora spp.). Research on biocontrol of other diseases in the cacao phyllosphere or rhizosphere is scarce or in its infancy. There is, however, a steady increase in information regarding the factors influencing and the mechanisms underlying biological control of cacao diseases as well as practical aspects such as inoculum production, formulation and application. There has been a clear shift away from inundative approaches using epiphytic BCAs towards more classical biocontrol approaches using bacterial and fungal endophytes as well as vesicular arbuscular mycorrhiza. These have the advantage that they can permanently establish themselves in the cacao tree. Moreover, besides direct competition for space and nutrients, antibiosis and mycoparasitism, through induced resistance and growth promotion, endophytes have a larger arsenal of mechanisms through which they can help protect their host. Endophytic BCAs could thus provide more effective and sustainable disease control. Recent advances in our understanding of the mechanisms through which endophytic biocontrol agents can reduce pest and disease impact provide possibilities for innovative disease control strategies, including combination therapies together with natural or chemical products. Continued work on production, formulation and application is also necessary in order for biocontrol to become economically interesting. However, biological control will not become a stand-alone solution for disease control but should become part of integrated pest management strategies, with cultural management as a central and reinforcing pillar. (Résumé d'auteur