Wykrywanie wybranych mutacji w genie CFTR w pojedynczych komórkach celem zastosowania w diagnostyce preimplantacyjnej mukowiscydozy

Abstract Cysitic fibrosis (CF) is one of the most common autosomal recessive diseases. The median life expectancy is currently about 30 years. Because of a considerable social meaning of CF, it is very important to create more specific and efficient methods diagnosing defects in the gene CFTR that are responsible for CF. The use of these methods in preimplantation diagnosis could prevent the disease and also the carrier state. Objectives: The aim of this study was to construct a diagnostic test for five CFTR gene mutations, the most frequent in Polish population, which can be used to analyze single cells while preimplantation genetic diagnosis. Material: The material used in research were 60 single cells – blastomers. The positive controls of the CFTR gene mutations : delF508, R117H, G542X, R553X, dele2,3 were obtained from blood of patients with CF. At first Nested Multiplex PCR reaction was performed. Its products were used as DNA template for the next reaction - ASA (allelespecific amplification) PCR. SSCP method (Single Strand Conformation Polymorphism) was used as a verification method. Results: The diagnostic test for the presence of the mutations: delF508, R117H, G542X, R553X and dele2,3 (when homozygosity) was constructed. Mutations: delF508 (3 cells – 5%), G542X (2 cells – 3,33%) and R553X (1 cell – 1,67%) were detected as a result of performing ASA PCR analysis for the presence of the CFTR gene mutations in 60 blastomers. The SSCP analysis for the mutations delF508, R117H, G542X, R553X confirmed the results of ASA PCR analysis. Conclusions: The constructed diagnostic test for the mutations delF508, G542X, R553X, R117H and dele2,3 can be used to analyze single cells during preimplantation genetic diagnosis.Streszczenie Mukowiscydoza jest jedna z najczęściej występujących chorób dziedziczonych w sposób autosomalny recesywny. Średnia wieku przeżycia pacjentów wynosi dziś około 30 lat. Ze względu na duże znaczenie społeczne mukowiscydozy przykłada się ogromna wagę do opracowywania coraz czulszych i skuteczniejszych metod diagnozujących defekty w genie CFTR, odpowiedzialnym za mukowiscydozę. Zastosowanie tych metod w diagnostyce preimplantacyjnej zapobiegłoby chorobie, a także nosicielstwu. Cel: Celem pracy była konstrukcja testu diagnostycznego dla pięciu mutacji genu CFTR, najczęściej występujących w populacji polskiej, który można zastosować do badania pojedynczych komórek podczas diagnostyki preimplantacyjnej. Materiał i metody: Materiałem wykorzystanym w badaniach było 60 pojedynczych komórek – blastomerow. Kontrole pozytywne mutacji: delF508, R117H, G542X, R553X i dele2,3 genu CFTR uzyskano z krwi obwodowej pacjentów chorych na mukowiscydozę. Wstępnie wykonywano reakcję Nested Multiplex PCR. Jej produkty posłużyły jako matryca DNA do kolejnej reakcji – ASA (allele-specific amplification) PCR. Celem weryfikacji zastosowano metodę SSCP (Single Strand Conformation Polymorphism). Wyniki: Skonstruowano test diagnostyczny na obecność mutacji delF508, R117H, G542X, R553X i dele2,3 (u homozygot). W wyniku przeprowadzenia analizy ASA PCR na obecność mutacji w genie CFTR w grupie 60 blastomerów wykryto mutacje delF508 (3 komorki-5%), G542X (2 komorki-3,33%) i R553X (1 komorka-1,67%). Analiza SSCP dla mutacji delF508, R117H, G542X i R553X potwierdziła wyniki reakcji ASA PCR. Wnioski: Skonstruowany test diagnostyczny dla mutacji delF508, G542X, R553X, R117H i dele2,3 można zastosować do badania pojedynczych komórek podczas diagnostyki preimpantacyjnej

Use of multidimensional maps in analysis of purchasing place preference

Rozwój marketingu zintegrowanego spowodował, że analiza sposobu w jaki konsument postrzega produkt oraz dokonuje określonych wyborów stała się głównym obszarem badań marketingowych. Na skutek tego nastąpił znaczący rozwój metod, które służą badaniu oaz analizowaniu preferencji i percepcji. Obecnie istnieje ogromna ilość metod statystycznych, która wykorzystywana jest w celu identyfikacji percepcji i preferencji konsumentów. W niniejszej pracy omówione zostały metody, które umożliwiają nie tylko analizę danych dotyczących wyborów konsumenckich, ale także graficzną prezentację otrzymanych wyników. W rozdziale pierwszym pokrótce scharakteryzowane zostały zachowania konsumentów. Na początku rozdziału zaprezentowane zostały modele zachowań konsumenckich, a następnie zdefiniowane zostały pojęcia, na których opierają się te modele czyli potrzeby, percepcja, preferencje, wrażliwość zmysłowa oraz postawy. W ramach drugiego rozdziału opisane zostały następujące techniki umożliwiające redukcję oraz graficzną prezentację danych: analiza korespondencji, wielowymiarowa analiza korespondencji, analiza głównych oraz analiza głównych składowych dla zmiennych kategorialnych. Charakterystyka metod dotyczyła opisu danych wejściowych, transformacji oryginalnych zmiennych, wymogów formalnych jakie musza spełniać analizowane dane oraz typów map graficznych możliwych do uzyskania w poszczególnych metodach. W rozdziale trzecim zestaw zmiennych dotyczących preferencji wyboru miejsca zakupu został poddany analizie z wykorzystaniem wszystkich czterech technik redukcji danych. Do analizy wykorzystano zbiór danych zastanych zgromadzonych przez Centrum Badania Opinii Społecznej. Aplikacja czterech różnych technik analizy danych dla jednego zestawu zmiennych przeprowadzona została w celu porównania tych metod, sprawdzenia stabilności uzyskanych rozwiązań, ukazania sposobu interpretacji otrzymanych wyników oraz w celu wykazania wad i zalet stosowania konkretnych metod dla określonego typu zmiennych. Analiza zestawu tych samych zmiennych pozwoliła sprawdzić i porównać działanie takich technik analizy danych jak: analiza głównych składowych, analiza głównych składowych dla zmiennych kategorialnych, analiza korespondencji oraz wielowymiarowa analiza korespondencji. Uzyskane rozwiązania pozwoliły stwierdzić, że miejsce dokonywania zakupów dzieli respondentów na dwie grupy. Pierwsza grupa to osoby, które kupują w sposób tradycyjny, a kontakt pomiędzy nabywcą a sprzedawcą to bezpośrednia relacja. Druga grupa to respondenci, którzy preferują zakupy pośrednie, bezpośredni kontakt ze sprzedawcą nie jest dla nich ważny, gdyż dobra nabywają przez internet lub katalogi wysyłkowe. Podsumowując, mapy wielowymiarowe są ciekawą alternatywą dla klasycznego sposobu prezentowania danych, czyli tabel. Zarówno, zmienne mierzone na poziomie ilościowym oraz zmienne jakościowe mogą zostać ukazane w ciekawy i oryginalny sposób, a zastosowanie technik redukcji danych pozwala odkryć i wyeksponować kluczowe zależności pomiędzy analizowanymi zmiennymi.The development of integrated marketing theories contributed to the fact that analysis of the way how the consumer perceives the product and makes choices about the product has became a major area of marketing research. As a result, the significant development of methods used in analysis of preferences and perception was observed in the last decades. Currently, the number of statistical methods that are used in analysis of perception and preferences is very huge. In this paper, methods which enable not only analysis of data of consumer preferences, but also a graphical representation of the analysis results were discussed. In the first chapter the issue concerning consumer behavior was briefly characterized. At the beginning of this chapter, models of consumer behavior and particular elements of these models like: needs, perception, preferences, sensual sensitivity and attitudes were described. In the second chapter the following techniques for reduction and graphical representation of data were characterized: correspondence analysis, multivariate correspondence analysis, principal component analysis and principal component analysis for categorical variables. The characteristics of these method concerned: description of input and output data, variable’s transformation, formal requirements for analysed variables and kinds of maps that may be generated with use of different methods. In the third chapter a set of variables relating to the choice purchase’s place preference was analyzed using all four data reduction techniques. Analysis were conducted on data that were collected by Public Opinion Research Center. The application of four different data analysis techniques to the one set of variables was performed to compare these methods, to verify the stability of obtained solutions and to demonstrate pros and cons in using the specific methods for the particular types of data. Analysis conducted on the same set of variables allowed to check and compare the performance of such data analysis techniques as: principal component analysis, principal component analysis for categorical variables, correspondence analysis and multivariate correspondence analysis. The obtained results leads to similar conclusion: the place of purchasing divides respondents into two groups. The first group consists of respondents who buy in the traditional way and the contact between the buyer and the seller is a direct relationship. The second group includes respondents who prefer shopping indirect, direct contact with the seller is not important for them, as they purchase by the Internet or order catalogs. To finally sum up, multidimensional maps are interesting and alternative way in comparison with the classical way of presenting the data using tables. Both, quantitative and qualitative variables can be shown in an interesting and original way. Moreover, the use of data reduction techniques allows to discover and highlight key relationships between the analyzed variables

The preparedness of schools and teachers to anticipate the education of children in primary school (on ​​the basis of selected schools in Malopolska)

Praca ta przedstawia stopień przygotowania nauczycieli w szkół na przyjęcie sześciolatków w związku z obniżeniem wieku szkolnego w wybranych szkołach małopolskich. Celem pracy jest nie tylko określenie słabych i mocnych stron przygotowania szkół i nauczycieli, ale także próba odpowiedzi o zasadność reformy obniżającej wiek szkolny na podstawie uzyskanych danych. W części teoretycznej pracy, przedstawione zostały uwarunkowania prawne i organizacyjne reformy oraz szanse i zagrożenia, jakie się z nią wiążą. Ponadto przedstawiona została charakterystyka rozwoju sześciolatka ze szczególnym uwzględnieniem jego dojrzałości szkolnej. Opisane zostały także wyniki badań przygotowania szkół, prowadzonych przez inne organy. W części poświęconej analizie badań, przedstawione zostały dane z badań prowadzonych w małopolskich szkołach, ze szczególnym uwzględnieniem stopnia przygotowania nauczycieli pod względem merytorycznym, metodycznym i organizacyjnym oraz stopnia przygotowania infrastruktury szkoły i rozwiązań organizacyjnych. Uzupełnienie do wyników badań stanowią zdjęcia ze szkół, zaprezentowane w końcowej części pracy.This thesis shows the degree of preparation of teachers in schools in the six-year students adoption connected with change of lower limit of school age in selected schools in Malopolska. The aim of the thesis is not only to determine the strengths and weaknesses of preparation of schools and teachers, but also attempt to answer the merits of lowering the age of school reform based on the data obtained. In the theoretical part of the work, it is presented a legal and organizational reforms and the opportunities and threats connected with change of school age. There is also presented characteristics of a six-year growth with particular emphasis on his school maturity. There are also presented information obtained by different organizations. In the section of analysis of the researches, there are prezented data from studies conducted in the Malopolska schools, with particular regard to the degree of preparation of teachers in terms of content, methodology and organization, and the degree of preparation of school infrastructure and organizational solutions. Supplement to the results of the researches are pictures of the schools, presented in the final part of the thesis

Mobilność arsenu i jego form jonowych w wybranych ziołach

The aim of the study was verification of the response of chamomile (Matricaria recutita (L.) Rauschert), peppermint (Mentha x piperita) lemon balm (Melissa officinalis L.), and sage (Salvia officinalis L.) on the elevated contents of inorganic As species in soils. The ability of herbs to accumulate arsenic was tested in pot experiment in which soils were contaminated by As(III) and As(V). The As(III), As(V), AB (arsenobetaine), MMA (monomethylarsonic acid) and DMA (dimethylarsinic acid) ions were successfully separated in the Hamilton PRP-X100 column with high performance-liquid chromatography-inductively coupled plasma-mass spectrometry (HPLC-ICP-MS) techniques. The study examined total arsenic contents in soil and plants, as well as the mobility of the arsenic species from the soil into the studied plants. Peppermint demonstrated the highest arsenic concentration and phytoaccumulation among studied plants. The sequential chemical extraction showed that arsenic in the contaminated soil was mainly related to the oxide and organic-sulfi de fractions. The results showed that the oxidized arsenic form had a greater ability to accumulate in herbs and was more readily absorbed from the substrate by plants. Research has shown that soil contaminated with As(III) or As(V) has different effects on the arsenic content in plants. The plant responses to strong environmental pollution varied and depended on their type and the arsenic species with which the soil was contaminated. In most cases it resulted in the appearance of the organic arsenic derivatives.Celem badań było sprawdzenie tolerancji rumianku (Matricaria recutita (L.) Rauschert), mięty pieprzowej (Mentha x piperita), melisy lekarskiej (Melissa officinalis L.) i szałwii (Salvia officinalis L.) na zwiększoną zawartość nieorganicznych form jonowych arsenu w glebie. Zdolność ziół do akumulacji arsenu została przetestowana w doświadczeniu wazonowym, w którym gleby były zanieczyszczone przez As(III) lub As(V). Formy specjacyjne arsenu: As(III), As(V), AB (arsenobetaina), MMA (kwas monometylowy) i DMA (kwas dimetylowy) rozdzielono na kolumnie Hamilton PRP-X100 za pomocą wysokosprawnej chromatografi i cieczowej połączonej ze spektrometrią mas z plazmą wzbudzoną indukcyjnie (HPLC-ICP-MS). W pracy zbadano zawartość arsenu w glebie i ziołach, a także mobilność form arsenu z gleby do badanych roślin zielnych. Mięta charakteryzowała się największym stopniem fitoakumulacji i stężenia arsenu wśród badanych roślin. Sekwencyjna ekstrakcja chemiczna wykazała, że arsen w zanieczyszczonej glebie był głównie związany z frakcjami tlenkowymi i siarczkowo-organicznymi. Wyniki pokazały również, że utleniona forma arsenu miała większą zdolność do akumulacji w ziołach i była łatwiej absorbowana z podłoża przez badane rośliny. Badania wykazały, że odpowiedź roślin na stres arsenowy była charakterystyczna dla danego gatunku i zróżnicowana w zależności od formy arsenu, którym zanieczyszczono glebę. W większości przypadków skutkowało to pojawieniem się organicznych pochodnych arsenu

Research on chromium and arsenic speciation in atmospheric particulate matter: short review

Atmospheric particulate matter (PM) plays an important role in the distribution of elements in the environment. The PM-bound elements penetrates into the other elements of the environment, in two basic forms - those dissolved in the atmospheric precipitation and those permanently bound to PM particles. Those forms differs greatly in their mobility, thus posing a potential threat to living organisms. They can also be an immediate threat, while being inhaled. Chromium (Cr) and arsenic (As) belong to the group of elements whose certain chemical states exhibit toxic properties, that is Cr(VI) and As(III). Thus, recognition of the actual threat posed by Cr and As in the environment, including those present in PM, is possible only through the in depth speciation analysis. Research on the Cr and As speciation in PM, more than the analogous studies of their presence in other compartments of the environment, have been undertaken quite rarely. Hence the knowledge on the speciation of PM-bound As and Cr is still limited. The state of knowledge in the field of PM-bound Cr and As is presented in the paper. The issues related to the characterization and occurrence of Cr and As species in PM, the share of Cr and As species mass in different PM size fractions, and in PM of different origin is also summarized. The analytical techniques used in the speciation analysis of PM-bound Cr and As are also discussed. In the existing literature there is no data on the physical characteristics of Cr and As (bound to a different PM size fractions), and thus it still lack of data needed for a comprehensive assessment of the actual environmental and health threat posed by airborne Cr and As

Research on chromium and arsenic speciation in atmospheric particulate matter: short review

Atmospheric particulate matter (PM) plays an important role in the distribution of elements in the environment. The PM-bound elements penetrates into the other elements of the environment, in two basic forms - those dissolved in the atmospheric precipitation and those permanently bound to PM particles. Those forms differs greatly in their mobility, thus posing a potential threat to living organisms. They can also be an immediate threat, while being inhaled. Chromium (Cr) and arsenic (As) belong to the group of elements whose certain chemical states exhibit toxic properties, that is Cr(VI) and As(III). Thus, recognition of the actual threat posed by Cr and As in the environment, including those present in PM, is possible only through the in depth speciation analysis. Research on the Cr and As speciation in PM, more than the analogous studies of their presence in other compartments of the environment, have been undertaken quite rarely. Hence the knowledge on the speciation of PM-bound As and Cr is still limited. The state of knowledge in the field of PM-bound Cr and As is presented in the paper. The issues related to the characterization and occurrence of Cr and As species in PM, the share of Cr and As species mass in different PM size fractions, and in PM of different origin is also summarized. The analytical techniques used in the speciation analysis of PM-bound Cr and As are also discussed. In the existing literature there is no data on the physical characteristics of Cr and As (bound to a different PM size fractions), and thus it still lack of data needed for a comprehensive assessment of the actual environmental and health threat posed by airborne Cr and As

Concentration and elemental composition of quasi-ultrafine particles in Upper Silesia

The ambient concentrations and elemental composition of particles with aerodynamic diameters between 30 and 108 nm (quasi-ultrafine particles, q-UFP) were studied. The data came from 6 sites in Katowice and Zabrze, big cities in Upper Silesia, where particulate matter was sampled at urban background site and crossroads in Katowice and Zabrze, at highway in Katowice, and at urban road in Zabrze. The ambient concentrations of q-UFP and of 24 q-UFP-bound elements at these six sampling sites have been discussed in the paper. The q-UFP mass concentrations in Upper Silesia did not appear high, they were not higher than in other areas. The percentages of the total mass of the examined elements in the q-UFP mass suggest that in Upper Silesia, within a typical residential area, q-UFP consist mainly of primary matter. At the sites under strong influence of road traffic emissions, where the contributions of the examined elements to the q-UFP mass were small, most probably, carbonaceous matter and elemental carbon build the core q-UFP mass. The majority of the elements in q-UFP are anthropogenic. Clear effects of local PM sources can be seen on the ambient concentrations of q-UFP-bound Al, Si, S, Cl, K, Sc, Ti, V, Cd, Cr, Mn, Co, and Sb