Expression and in vitro characterization of herpes simplex virus 1 (HSV-1) ORF P protein

Herpes simplex virus 1 (HSV-1) unspliced 8.3 latency associated transcript (LAT), which located in the long repeat sequences, has been shown to contain at least 16 open reading frames (ORF: A-P). One of these ORF, ORF P, maps almost entirely antisense to HSV-1 neurovirulence gene, ICP34.5. Both ORF P and ICP34.5 are located in the long repeat and are antisense overlapping genes. Therefore, in ORF P deletion mutants, ICP34.5 is also deleted and thus, the characterization of ORF P mutants is almost impossible. An alternative way to analyse its function is to determine those cellular and viral proteins which interact with ORF P. During these experiments, firstly, the expression of full length Glutatione-S-transferase (GST)-ORF P fusion protein was optimised and then, using GST-pull down, it was shown that ORF P interacts with a viral and a few cellular proteins in vitro. Conclusively, ORF P might have some functions in HSV-1 replication cycle

Seroprevalence of HBV, HCV and HIV infection among intravenous drug users in Shahr-e-Kord, Islamic Republic of Iran

This study was conducted in 2004 to evaluate the prevalence of hepatitis B (HBV), hepatitis C (HBC) and human immunodeficiency (HIV) virus infection in 133 injecting drug users (IDUs) attending a voluntary rehabilitation centre in Shahr-e-Kord, and to identify risk factors for these infections in this group. Serum samples were screened for HBV, HCV and HIV infection. Only 1 participant (0.8) was HIV positive, 15 (11.2) were HCV positive and 8 (6.0) were positive for HBV surface antigen. There was significant correlation between using shared syringes and infection with HIV, HCV and HBV

Sequence-based genotyping of hepatitis B virus in general population.

BACKGROUND Hepatitis B Virus (HBV) causes acute and chronic liver disease worldwide. HBV has eight genotypes (A to H) which is the reflection of its genome with their characteristic geographical distribution. Each genotype could have different pathogenic and therapeutic characteristics. There have been few records on HBV genotyping in general population from our region. This study aimed to determine hepatitis B genotypes using sequencing in the general population of Shahrekord, a Southwestern region of Iran. METHODS A total of 3000 serum samples (cluster sampling method) were enrolled from general population tested for HBsAg using ELISA. Using appropriate extraction kit, HBV DNA was extracted from HBsAg positive samples and each was subjected to nested PCR for detection of HBV DNA. Finally, using sequencing, the samples were used for HBV genotyping. Data were analyzed by SPSS 19 using descriptive statistics, chi square, and Fisher's exact test. P-value < 0.05 was considered as the level of significance. RESULTS Out of 3000 serum samples, 40 (1.3%) were positive for HBsAg. HBV DNA was detected in 10 out of 40 (25%) of the samples studied. Genotype D was the predominant HBV type found in all of these 10 HBV positive samples. CONCLUSION Genotype D is probably the predominant HBV type in our region

Acute respiratory viral infections among Tamattu' Hajj pilgrims in Iran

ABSTRACT: Respiratory infections are among some common health difficulties which may occur in journeys. Tamattu' Hajj, an annual congregation of more than 2 million (including 100000 Iranian) pilgrims from all over the world, embodies circumstances, e. g. close contact, shared sleeping accommodations and the dense air pollution, which potentially facilitate airborne respiratory disease transmission. With pilgrims' returning home, respiratory infections may be spread to different countries, leading to considerable expenditures imposed mainly on National Health Systems. Thus, this study was conducted to investigate acute respiratory viral infections among Hajj pilgrims. In this descriptive-analytical study, serum samples were taken from 338 Iranian pilgrims in order to be investigated, through enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), for antibodies to given viruses. 84 % of studied pilgrims, during their journey, presented with symptoms of infectious diseases, among which Adenoviruses (23.7%) occurred more prevalently compared to the other two viruses of concern, i. e., Influenza (3.6%) and RSV (7.4%). Several factors are involved in rate and type of acute respiratory infections among Hajj pilgrims. Despite high rate of infection with Influenza and Adenoviruses, since massive gatherings may help all pathogenic respiratory agents cause pandemics, other infectious agents should be seriously addressed as well

The relevance of related-risk behaviors and seroprevalence of HBV, HCV and HIV infection in intravenous drug users from Shahrekord, Iran, 2004

چکیده: زمینه و هدف: اعتیاد تزریقی یکی از مهمترین عوامل خطر برای عفونت هپاتیت ویروسی و ویروس نقص ایمنی انسانی (Human Immunodoficiency Virus=HIV) می باشد. مطالعه حاضر برای تعیین میزان شیوع سرمی هپاتیت C (HCV) و B (HBV) و HIV در معتادان تزریقی و همچنین بررسی برخی عوامل خطر در این گروه انجام شد. روش بررسی: این مطالعه در سال 1383 در شهرکرد به صورت توصیفی - تحلیلی انجام شد. تعداد 133 نفر از معتادان تزریقی مراجعه کننده به مراکز ترک اعتیاد شهرکرد انتخاب و اطلاعات جمعیت شناسی (سن، جنس) و رفتاری (اعتیاد تزریقی، سابقه زندان و غیره) مرتبط با بیماری های هپاتیت C و B و عفونت HIV بوسیله چک لیستی جمع آوری گردید و نمونه سرم برای بررسی افراد از نظر ابتلا به بیماری های فوق گرفته شد. نتایج از طریق آزمون کای دو و روشهای آمار توصیفی آنالیز شد و 05/0p(p. نتیجه گیری: بـر اساس نتاِیج این بررسی، معتادان تزریقی نسبت به جمعیت عادی میزان ابتلای بیشتری به این عفونت ها دارند و مهمترین عامـل خطر ابتلای به این عفونت ها، اعتیاد تزریقی و استفاده از سرنگ مشترک می باشد

Consequence modeling and analysis of explosion and fire hazards caused by methane emissions in a refinery in cold and hot seasons

Abstract Background and Aim: Methane is one of the gaseous materials with high potential of damage. Today, it is widely used in process, chemical industries and human environments. This study thus aimed to predict the emissions and the probable effects of liquid methane using ALOHA software in order to perform appropriate safety measures and consequently to reduce the plausible adverse effects. Materials and Methods: Considering the results of HAZOP studies, the worst case scenario was chosen and, using ALOHA software, possible methane gas leak scenarios from the reservoir were modeled. During the study, all the moral standards were observed. Results: Based on the results obtained, gas concentrations of liquid methane would reach 400000 ppm in a distance of 39 meters around the reservoir, which is in the range of PAC-3 demonstrating risk of death threatening the lives of surrounding people. In the event of a full leakage of 238 meters around the reservoir, the methane gas concentration is predicted to be 50000 ppm, which is equivalent to the low explosive charge (LEL) of methane gas. Wave pressure of vapor cloud caused by methane leaks exceeds 1 psi in a distance of 270 meters. Conclusion: The consequences of methane toxicity in the studied refinery are one of the most serious threats to the personnel. Therefore, preparing a reaction plan for emergency conditions will have an effective role in limiting the harmful effects of the toxic and dangerous materials emissions. Keywords: Methane gas, consequence modeling, refinery, ALOHA softwar

Investigation of host cell protein synthesis shut-off inhibition by a Herpes simplex virus type-1 gene, ICP34.5, in a neuronal cell line, SK-N-SH

زمینه و هدف: پا سخ سلولی به عفونت‌ ویروسی بک واکنش پیچیده‌ای است که شامل القاء اینترفرون می باشد. اینترفرون‌ها اجزاء مهم و کلیدی پاسخ‌های ایمنی طبیعی میزبان به عفونت ویروسی بوده و از طریق چندین مکانیزم تکتیر ویروس در سلول و در نتیجه ویرولانس آن را مهار می کند. در سلول های آلوده با ویروسهای مختلف، RNA دو رشته‌ای سنتز می‌شود که القاء کننده اینترفرون است. آ‌نزیم پروتئین کیناز R (‍ (PKRبوسیله اینترفرون القاء شده و یک وا‌سطه مهم و عمده پاسخ سلولی به عفونت ویروسی است. فعالیت این آنزیم منجر به فسفوریله ‌شدن جزء آلفا فاکتور آغاز گر (eIF2-a) و در نتیجه توقف سنتز پروتئین در سلول می‌گردد. در سلول آ‌لوده با هرپس سیمپلکس ویروس نوع یک (HSV-1)، نیز این عمل منجر به توقف زودرس سنتز پروتئین سلول میزبان می شود ولیکن این ویروس دارای ژ‌نی بنام ICP34.5 است که مانع این عمل در سلول آلوده با این ویروس می گردد. این ژن عامل تکثیر و ویرولانسHSV-1 در سیستم عصبی مرکزی (CNS) نیز بوده ولیکن برای تکثیر ویروس در تعدادی از کشت های سلولی ضروری نیست، نقش این ژن در کشت سلولی با منشاء عصبی بنام SK-N-SH آلوده با موتانت های نو‌تر‌کیبی ازHSV-1 که اختصا‌صاً ژن مذکور را بیا‌ن کند، بررسی نشده است. لذا هدف از این تحقیق، بررسی این نقش بوده است. روش مطالعه: بر ا‌ساس خاصیت نوترکیبی ژنتیکی، یک موتانت نو ترکیب از ویروس فوق الذکر سا خته شد، درستی اسیدنوکئیک آن با روش ساترن بلاتینگ تایید و سپس با روشهای وسترن بلاتینگ و جلوگیری از توقف سنتز پروتئین، خصوصیات آن بررسی گردید. نتایج: جلوگیری از توقف سنتز پروتئین بوسیله موتا‌‌نت نو‌تر‌کیب مذکور در مقایسه با یک موتانت حذ‌فی فا‌‌قد این ژن و نیز یک سویه وحشی از HSV-1 بنام (17+) در کشت سلولی SK-N-SH نشان داد که ژن مذکور برای حفظ سنتز پروتئین و در نتیجه تکثیر HSV-1 در این کشت سلولی ضروری می با شد. نتیجه گیری: احتمالاً این ژن مسئول جلوگیری از توقف سنتز پروتئین در سلول های فوق الذکر پس از عفونت با HSV-1 می با شد

Efficacy of Antimicrobial Photodynamic Therapy as an Adjunctive to Mechanical Debridement in the Treatment of Peri-Implant Diseases: A Randomized Controlled Clinical Trial

Introduction: The purpose of the present study was to assess the clinical effects of anti-microbial photodynamic therapy (PDT) after closed surface scaling in the treatment of peri-implant diseases.Methods: Ten patients with a total of 15 pairs of dental implants, showing clinical and radiographic signs of peri-implant diseases, were included in this study. In each patient, one implant randomly served as control implant and the other served as test implant. The control implants were treated with closed surface scaling only and the test implants received additionally PDT, using light with a wavelength of 630 nm and intensity of 2000 mw/cm2 for 120 seconds after application of photosensitizer in peri-implant sulcus. Clinical parameters were evaluated before and 1.5 and 3 months after treatment.Results: Statistical analysis showed significant differences in probing pocket depth (PPD), clinical attachment loss (CAL), bleeding on probing (BOP), and gingival index (GI) at each time point between the two groups. There were no statistically significant changes with respect to any of the parameters in the control group. Complete resolution of BOP at 3 months was achieved in 100% of test implants. At 1.5 and 3 months, there were significant differences in the mean probing depth and CAL gain measurements at implants in the test group.Conclusion: The present study revealed that adjunctive use of PDT following closed surface scaling could lead to clinical improvement of peri-implant diseases. Further studies are necessary to confirm our result

Determination of CTX-M genes in enterobacteriaceae producing extended-spectrum beta-lactamase using PCR method

زمینه و هدف:بتالاکتاماز وسیع الطیف گروه CTX-M در سراسر جهان به عنوان یک مکانیسم مهم مقاومت در مقابل سفالوسپورین در پاتوژن های گرم منفی شناخته شده و به سرعت در حال افزایش اند. هدف از این مطالعه تعیین ژن CTX-M در سویه های انتروباکتریاسه مولد بتالاکتامازهای وسیع الطیف ایزوله شده از بیمارستان های آموزشی شهرکرد به روش واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR) بود. روش بررسی: در این مطالعه توصیفی تحلیلی، 325 ایزوله انتروباکتریاسه از نمونه های ادرار، خون و زخم جداسازی و با آزمون های بیوشیمیایی تعیین هویت شدند. مقاومت باکتری ها نسبت به دیسک های سفوتاکسیم، سفتازیدیم، سفتریاکسون و آزترونام به روش دیسک دیفیوژن تعیین شد. ایزوله های مقاوم به آنتی بیوتیک های فوق بوسیله تست تاییدی دیسک های ترکیبی سفوتاکسیم-کلاولانیک اسید و سفتازیدیم-کلاولانیک اسید بررسی شدند. سپس در سویه های مولد بتالاکتامازهای وسیع الطیف، وجود ژن CTX-M با روش PCR بررسی شد. یافته ها: در تست فنوتیپی تاییدی 28 ایزوله ها بتالاکتامازهای وسیع الطیف تولید می کردند و فراوانی ژن بتالاکتاماز CTX-M در کل انتروباکتریاسه های فنوتیپ مثبت 5/50 در ایزوله های اشرشیاکلی، انتروباکتر و کلبسیلاپنومونیه به ترتیب 7/19، 4/15 و 4 بدست آمد (05/0