Lintuinfluenssarokotukset Suomessa : Suosituksen perusteet ja rokotusten kohderyhmät

Influenssa A(H5) -alatyypin lintuinfluenssavirukset ovat levinneet maailman lintupopulaatioissa vuo-desta 1996 lähtien aiheuttaen satunnaisia infektioita nisäkkäissä ja ihmisissä. Vuodesta 2020 alkaen H5-virus on vakiintunut Euroopan lintupopulaatioihin aiheuttaen suuria taudinpurkauksia sekä luonnonvaraisissa linnuissa että siipikarjassa. Virus on aiheuttanut entistä enemmän tartuntoja myös nisäkkäissä. Yksittäisten nisäkästartuntojen lisäksi on esiintynyt myös suuria epidemioita nisäkäspopulaatioissa. H5N1-lintuinfluenssavirus aiheutti Suomessa vuonna 2023 laajan epidemian tarhatuissa turkiseläimissä ja altisti satoja ihmisiä korkeapatogeeniselle lintuinfluenssavirukselle. Epidemiat nisäkkäissä ovat erityisen huolestuttavia viruksen muuntumisen ja mahdollisen pandeemisen viruksen syntymisen kannalta. Adaptiivisten mutaatioiden kautta tai sekoittumalla ihmisen kausi-influenssavirusten kanssa, eli ns. reassortoitumisen avulla, virus voi muuntua tartunta- ja taudinaiheuttamiskyvyltään ihmisväestössä herkemmin leviäväksi. Kuluneen vuosisadan aikana ihmiskuntaa on koetellut viisi influenssa A -pandemiaa, joissa H1-, H2- ja H3-alatyyppien virukset ovat syntyneet suoraan tai reassortaation kautta lintuinfluenssaviruksista. Influenssa A(H5) -alatyypin virusten muuntumista pidetään erityisen huolestuttavana, sillä väestöllä ei ole aiempaa immuniteettia viruksen H5-antigeenia kohtaan. Poikkeuksellisen epidemiatilanteen vuoksi ja viruksen muuttumisen estämiseksi sosiaali- ja terveysministeriö päätti hankkia lintuinfluenssarokotetta lintuinfluenssalle altistumisvaarassa oleville henkilöille. Rokotusten avulla pyritään suojaamaan altistumisvaarassa olevia viruksen aiheuttamalta vakavalta taudilta sekä torjumaan lintuinfluenssaviruksen muuntumista ihmisten välillä tarttuvaksi ja siten pandemian syntyä. THL on laatinut lintuinfluenssarokotuksen kohderyhmät yhteistyössä Ruokaviraston kanssa. Tässä työpaperissa kuvataan lintuinfluenssarokotusten perusteet sekä rokotusten kohderyhmät

Generation of a CRISPR database for Yersinia pseudotuberculosis complex and role of CRISPR-based immunity in conjugation.

International audienceThe clustered regularly interspaced short palindromic repeat - CRISPR-associated genes (CRISPR-Cas) system is used by bacteria and archaea against invading conjugative plasmids or bacteriophages. Central to this immunity system are genomic CRISPR loci that contain fragments of invading DNA. These are maintained as spacers in the CRISPR loci between direct repeats and the spacer composition in any bacterium reflects its evolutionary history. We analysed the CRISPR locus sequences of 335 Yersinia pseudotuberculosis complex strains. Altogether 1902 different spacer sequences were identified and these were used to generate a database for the spacer sequences. Only ∼10% of the spacer sequences found matching sequences. In addition, surprisingly few spacers were shared by Yersinia pestis and Y. pseudotuberculosis strains. Interestingly, 32 different protospacers were present in the conjugative plasmid pYptb32953. The corresponding spacers were identified from 35 different Y. pseudotuberculosis strains indicating that these strains had encountered pYptb32953 earlier. In conjugation experiments, pYptb32953-specific spacers generally prevented conjugation with spacer-positive and spacer-free strains. However, some strains with one to four spacers were invaded by pYptb32953 and some spacer-free strains were fully resistant. Also some spacer-positive strains were intermediate resistant to conjugation. This suggests that one or more other defence systems are determining conjugation efficiency independent of the CRISPR-Cas system

Characterization of the genome, proteome, and structure of yersiniophage φR1-37

The bacteriophage vB_YecM-φR1-37 (φR1-37) is a lytic yersiniophage that can propagate naturally in different Yersinia species carrying the correct lipopolysaccharide receptor. This large-tailed phage has deoxyuridine (dU) instead of thymidine in its DNA. In this study, we determined the genomic sequence of phage φR1-37, mapped parts of the phage transcriptome, characterized the phage particle proteome, and characterized the virion structure by cryo-electron microscopy and image reconstruction. The 262,391-bp genome of φR1-37 is one of the largest sequenced phage genomes, and it contains 367 putative open reading frames (ORFs) and 5 tRNA genes. Mass-spectrometric analysis identified 69 phage particle structural proteins with the genes scattered throughout the genome. A total of 269 of the ORFs (73%) lack homologues in sequence databases. Based on terminator and promoter sequences identified from the intergenic regions, the phage genome was predicted to consist of 40 to 60 transcriptional units. Image reconstruction revealed that the φR1-37 capsid consists of hexameric capsomers arranged on a T=27 lattice similar to the bacteriophage φKZ. The tail of φR1-37 has a contractile sheath. We conclude that phage φR1-37 is a representative of a novel phage type that carries the dU-containing genome in a φKZ-like head

Highly pathogenic avian influenza A(H5N1) virus infections on fur farms connected to mass mortalities of black-headed gulls, Finland, July to October 2023

Peer reviewe