Adhesion of Human Probiotic Lactobacillus rhamnosus to Cervical and Vaginal Cells and Interaction with Vaginosis-Associated Pathogens

Objectives. The ability of a probiotic Lactobacillus rhamnosus strain (Lcr35) to adhere to cervical and vaginal cells and to affect the viability of two main vaginosis-associated pathogens, Prevotella bivia, Gardnerella vaginalis, as well as Candida albicans was investigated. Methods. Adhesion ability was determined in vitro with immortalized epithelial cells from the endocervix, ectocervix, and vagina. Coculture experiments were performed to count viable pathogens cells in the presence of Lcr35. Results. Lcr35 was able to specifically and rapidly adhere to the three cell lines. In coculture assays, a decrease in pathogen cell division rate was observed as from 4 hours of incubation and bactericidal activity after a longer period of incubation, mostly with P. bivia. Conclusion. The ability of Lcr35 to adhere to cervicovaginal cells and its antagonist activities against vaginosis-associated pathogens suggest that this probiotic strain is a promising candidate for use in therapy

Trajectoire hydrogéomorphologique d'un petit cours d'eau périurbain francilien : aménagement, "désaménagement"?

The objective of this research is, first of all, to identify and characterize the spatio-temporal trajectory of a small low energy periurban river, through the example of the Merantaise River located in the Seine Basin. These objects of investigation are too often neglected by the scientific community even though the environmental issues of ecological restoration politics, advocated for several decades by the WFD, are important (impacts of urbanization and ancient watermills). An interdisciplinary geohistorical and hydromorphological approach allowed to reconstruct the past and present evolution of the river: the valley has been heavily developed since the Middle-Ages by modest hydraulic equipment but has beenaffected on more than 80% of the channel. Water mills were abandoned during the 20th century, partially clearing the channel. Nowadays, the current trajectory is marked by recent significant morphological adjustments and is less controlled by old hydraulical structures than by current anthropogenic pressures affecting the watershed (urbanization, transport and drainage network, intensification of agriculture). Finally, this thesis is also an opportunity to question the ecologically relevant and hydromorphologically sustainable nature of ecological restoration. This doctoral work also proposes to consider restoration operations as new river facilities responding to new socio-political needs and fully participating of the river's functional trajectory.L’objectif de la thèse est, tout d’abord, d’identifier et caractériser la trajectoire spatio-temporelle d’un petit cours d’eau périurbain de faible énergie, à travers l’exemple francilien de la Mérantaise (Essonne-Yvelines). Ces objets d’étude sont, en effet, trop souvent négligés par la communauté scientifique alors même que les enjeux environnementaux de restauration et de préservation écologique, préconisés depuis plusieurs décennies par la DCE, y sont importants (impacts de l’urbanisation et des aménagements anciens). Une approche croisée géohistorique et hydromorphologique a permis de reconstituerl’évolution passée et actuelle de la rivière : la vallée a été fortement aménagée depuis le Moyen-Âge par des équipements hydrauliques modestes mais ayant affecté plus de 80% du linéaire. Les moulins à eau ont été abandonnés au cours du 20ème siècle, libérant partiellement le chenal. Désormais, la trajectoire actuelle, marquée par des ajustements morphologiques significatifs récents, est moins commandée par les aménagements anciens que par les pressions anthropiques actuelles qui touchent le bassin versant(urbanisation, réseau de transports et de drainage, intensification de l’agriculture). Enfin, cette thèse est également l’occasion de s’interroger sur le caractère écologiquement pertinent et hydromorphologiquement durable des travaux de restauration des milieux aquatiques. Ce travail doctoral propose, par ailleurs, de considérer les opérations de restauration comme de nouveaux équipements de la rivière répondant à des besoins socio-politiques nouveaux et participants pleinement de la trajectoire fonctionnelle de la rivière

Hydrogeomorphological trajectory of a small periurban river of the Seine basin : landscaping river, "unlandscaping" river ?

L’objectif de la thèse est, tout d’abord, d’identifier et caractériser la trajectoire spatio-temporelle d’un petit cours d’eau périurbain de faible énergie, à travers l’exemple francilien de la Mérantaise (Essonne-Yvelines). Ces objets d’étude sont, en effet, trop souvent négligés par la communauté scientifique alors même que les enjeux environnementaux de restauration et de préservation écologique, préconisés depuis plusieurs décennies par la DCE, y sont importants (impacts de l’urbanisation et des aménagements anciens). Une approche croisée géohistorique et hydromorphologique a permis de reconstituerl’évolution passée et actuelle de la rivière : la vallée a été fortement aménagée depuis le Moyen-Âge par des équipements hydrauliques modestes mais ayant affecté plus de 80% du linéaire. Les moulins à eau ont été abandonnés au cours du 20ème siècle, libérant partiellement le chenal. Désormais, la trajectoire actuelle, marquée par des ajustements morphologiques significatifs récents, est moins commandée par les aménagements anciens que par les pressions anthropiques actuelles qui touchent le bassin versant(urbanisation, réseau de transports et de drainage, intensification de l’agriculture). Enfin, cette thèse est également l’occasion de s’interroger sur le caractère écologiquement pertinent et hydromorphologiquement durable des travaux de restauration des milieux aquatiques. Ce travail doctoral propose, par ailleurs, de considérer les opérations de restauration comme de nouveaux équipements de la rivière répondant à des besoins socio-politiques nouveaux et participants pleinement de la trajectoire fonctionnelle de la rivière.The objective of this research is, first of all, to identify and characterize the spatio-temporal trajectory of a small low energy periurban river, through the example of the Merantaise River located in the Seine Basin. These objects of investigation are too often neglected by the scientific community even though the environmental issues of ecological restoration politics, advocated for several decades by the WFD, are important (impacts of urbanization and ancient watermills). An interdisciplinary geohistorical and hydromorphological approach allowed to reconstruct the past and present evolution of the river: the valley has been heavily developed since the Middle-Ages by modest hydraulic equipment but has beenaffected on more than 80% of the channel. Water mills were abandoned during the 20th century, partially clearing the channel. Nowadays, the current trajectory is marked by recent significant morphological adjustments and is less controlled by old hydraulical structures than by current anthropogenic pressures affecting the watershed (urbanization, transport and drainage network, intensification of agriculture). Finally, this thesis is also an opportunity to question the ecologically relevant and hydromorphologically sustainable nature of ecological restoration. This doctoral work also proposes to consider restoration operations as new river facilities responding to new socio-political needs and fully participating of the river's functional trajectory

La restauration de la continuité écologique au regard des aménagements historiques et des dynamiques passées. Trajectoire héritée de la Mérantaise (Yvelines-Essonne)

International audienc

Suivi de l'érosion d'une berge par photogrammétrie Structure-from-motion

International audienceL’érosion des berges joue un rôle important dans les dynamiques des rivières. Cette érosion contrôleun certain nombre de paramètres d’évolution du chenal (migration des méandres, apport desédiments). C’est un sujet d’étude important notamment pour les gestionnaires de rivières puisquel’érosion des berges est responsable de pertes de terres, de dommages pour des structures ou desouvrages proches de rivières et a aussi un impact sur la diversité des écosystèmes.Plusieurs méthodes sont régulièrement utilisées pour suivre, quantifier et améliorer lacompréhension des processus d’érosion de berges. La mise en place de barres d’érosion enfoncéesdans la berge est souvent utilisée car facile à mette en œuvre. On détermine le retrait de la berge enmesurant la longueur de la barre d’érosion mise à nue. Cette méthode présente des inconvénients ;une information ponctuelle à l’échelle de la berge et des difficultés à évaluer un éventuel dépôt desédiments en pied de berge. D’autres approches font appel à l’utilisation de scanners terrestres (TLS)pour obtenir une reconstruction en 3D, mais le coût élevé de ces instruments reste encore un freinmajeur à sa diffusion. L’objectif de notre étude est de mettre en place un suivi régulier d’une berge àfaible coût, par le recours à la photogrammétrie Structure from motion (Sfm) et l’utilisation delogiciels libres pour toutes les étapes de post-traitement. Le site d’étude est une portion de berge dela rivière Mérantaise (Yvelines). Il s’agit d’une petite rivière (bassin versant de 36 km²) périurbainecaractérisée par un régime de faible énergie.La méthodologie mise en place a consisté à réaliser une campagne de mesures après chaqueévénement hydrologique afin d’obtenir des nuages de points en 3D reconstituant la berge enérosion. A chaque campagne, une centaine de photographies a été prise depuis la berge opposée. Lacomparaison des nuages de points entre deux dates pour établir la dynamique de la berge étudiéenécessite la création d’un système planimétrique local contrôlé par un réseau de benchmarks fixes.Une dizaine de clous d’arpentage, implantés dans la berge et relevés à la Station Totale, nous sert depoints de contrôle pour le référencement et la comparaison des nuages de points en post-traitement(Figure 1). La méthode des barres d’érosion a également été effectuée en parallèle pour valider laméthode Sfm. 10 campagnes de mesures ont été effectuées entre juin 2013 et décembre 2014.La reconstruction Sfm a été réalisée à partir du logiciel libre VisualSFM (Changchang Wu, 2007,2011). La reconstruction du nuage de points dense a été effectuée en utilisant les logiciels CMVS(Clustering View for Multiview Stereo) et PMVS (Patch-based Multiview Stereo) implémentés dansVisualSFM (Figure 2).Le nuage de points obtenu est ensuite importé dans le logiciel libre CloudCompare (GNU GPL). Leréférencement est réalisé dans CloudCompare à partir des coordonnées des clous relevées à laStation Totale. L’erreur RMS entre les coordonnées des clous mesurées à la Station Totale et lescoordonnées des clous obtenus après référencement est toujours inférieure à 7mm. Etant donné latrès grande densité de points (environ 50 000 points/m²), et afin de comparer les nuages de pointsentre eux, nous avons choisis de ne pas interpoler ces nuages de points afin de ne pas introduired’incertitude liée à l’interpolation. Nous avons utilisé l’algorithme M3C2 (Lague et al. 2013)implémenté dans CloudCompare pour calculer les différences directement entre deux nuages depoints à deux dates différentes (Figure 3) et obtenir une estimation de confiance statistique dans leschangements détectés. Une fois les traitements effectués, les valeurs d’érosion obtenues ont étéextraites du nuage de points des différences pour être comparées à celles mesurées sur le terrain parla méthode des barres d’érosion (Figure 4.)Les résultats obtenus permettent de suivre finement l’évolution de la berge que ce soit en termesd’érosion mais aussi d’accumulation en lien avec les différents événements hydrologiques etmétéorologiques. La haute résolution des données est bien adaptée à l’étude des rivières de faibleénergie dont l’évolution est parfois de quelques centimètres par an seulement. Le faibleinvestissement, à la fois financier par l’utilisation de logiciels libres et humain par l’utilisation de laméthode Sfm, satisfait pleinement nos exigences et a permis de répéter régulièrement lescampagnes de mesures. Enfin l’arrivée de nouveaux algorithmes permettant de comparer des nuagesde points directement entre eux sans passer par un maillage 2D accélère le traitement et permet decontinuer à travailler en 3D tout en s’affranchissant des incertitudes liées à l’interpolation

Suivi de l'érosion d'une berge par photogrammétrie Structure-from-motion

International audienceL’érosion des berges joue un rôle important dans les dynamiques des rivières. Cette érosion contrôleun certain nombre de paramètres d’évolution du chenal (migration des méandres, apport desédiments). C’est un sujet d’étude important notamment pour les gestionnaires de rivières puisquel’érosion des berges est responsable de pertes de terres, de dommages pour des structures ou desouvrages proches de rivières et a aussi un impact sur la diversité des écosystèmes.Plusieurs méthodes sont régulièrement utilisées pour suivre, quantifier et améliorer lacompréhension des processus d’érosion de berges. La mise en place de barres d’érosion enfoncéesdans la berge est souvent utilisée car facile à mette en œuvre. On détermine le retrait de la berge enmesurant la longueur de la barre d’érosion mise à nue. Cette méthode présente des inconvénients ;une information ponctuelle à l’échelle de la berge et des difficultés à évaluer un éventuel dépôt desédiments en pied de berge. D’autres approches font appel à l’utilisation de scanners terrestres (TLS)pour obtenir une reconstruction en 3D, mais le coût élevé de ces instruments reste encore un freinmajeur à sa diffusion. L’objectif de notre étude est de mettre en place un suivi régulier d’une berge àfaible coût, par le recours à la photogrammétrie Structure from motion (Sfm) et l’utilisation delogiciels libres pour toutes les étapes de post-traitement. Le site d’étude est une portion de berge dela rivière Mérantaise (Yvelines). Il s’agit d’une petite rivière (bassin versant de 36 km²) périurbainecaractérisée par un régime de faible énergie.La méthodologie mise en place a consisté à réaliser une campagne de mesures après chaqueévénement hydrologique afin d’obtenir des nuages de points en 3D reconstituant la berge enérosion. A chaque campagne, une centaine de photographies a été prise depuis la berge opposée. Lacomparaison des nuages de points entre deux dates pour établir la dynamique de la berge étudiéenécessite la création d’un système planimétrique local contrôlé par un réseau de benchmarks fixes.Une dizaine de clous d’arpentage, implantés dans la berge et relevés à la Station Totale, nous sert depoints de contrôle pour le référencement et la comparaison des nuages de points en post-traitement(Figure 1). La méthode des barres d’érosion a également été effectuée en parallèle pour valider laméthode Sfm. 10 campagnes de mesures ont été effectuées entre juin 2013 et décembre 2014.La reconstruction Sfm a été réalisée à partir du logiciel libre VisualSFM (Changchang Wu, 2007,2011). La reconstruction du nuage de points dense a été effectuée en utilisant les logiciels CMVS(Clustering View for Multiview Stereo) et PMVS (Patch-based Multiview Stereo) implémentés dansVisualSFM (Figure 2).Le nuage de points obtenu est ensuite importé dans le logiciel libre CloudCompare (GNU GPL). Leréférencement est réalisé dans CloudCompare à partir des coordonnées des clous relevées à laStation Totale. L’erreur RMS entre les coordonnées des clous mesurées à la Station Totale et lescoordonnées des clous obtenus après référencement est toujours inférieure à 7mm. Etant donné latrès grande densité de points (environ 50 000 points/m²), et afin de comparer les nuages de pointsentre eux, nous avons choisis de ne pas interpoler ces nuages de points afin de ne pas introduired’incertitude liée à l’interpolation. Nous avons utilisé l’algorithme M3C2 (Lague et al. 2013)implémenté dans CloudCompare pour calculer les différences directement entre deux nuages depoints à deux dates différentes (Figure 3) et obtenir une estimation de confiance statistique dans leschangements détectés. Une fois les traitements effectués, les valeurs d’érosion obtenues ont étéextraites du nuage de points des différences pour être comparées à celles mesurées sur le terrain parla méthode des barres d’érosion (Figure 4.)Les résultats obtenus permettent de suivre finement l’évolution de la berge que ce soit en termesd’érosion mais aussi d’accumulation en lien avec les différents événements hydrologiques etmétéorologiques. La haute résolution des données est bien adaptée à l’étude des rivières de faibleénergie dont l’évolution est parfois de quelques centimètres par an seulement. Le faibleinvestissement, à la fois financier par l’utilisation de logiciels libres et humain par l’utilisation de laméthode Sfm, satisfait pleinement nos exigences et a permis de répéter régulièrement lescampagnes de mesures. Enfin l’arrivée de nouveaux algorithmes permettant de comparer des nuagesde points directement entre eux sans passer par un maillage 2D accélère le traitement et permet decontinuer à travailler en 3D tout en s’affranchissant des incertitudes liées à l’interpolation

Trajectoire à long terme et restauration de cours d’eau : le cas de la Mérantaise (Essonne, 91 / Yveline, 78)

International audienceLes dynamiques contemporaines, via un relevé systématique des formes et objets anthropiques mis en relation avec le fonctionnement hydrologique

Trajectoire à long terme et restauration de cours d’eau : le cas de la Mérantaise (Essonne, 91 / Yveline, 78)

International audienceLes dynamiques contemporaines, via un relevé systématique des formes et objets anthropiques mis en relation avec le fonctionnement hydrologique