Bioinformática como suporte às biociências

Nas últimas décadas os progressos verificados a nível da biologia molecular e das tecnologias do DNA (nomeadamente a utilização da PCR-"Polymerase Chain Reaction" e dos processos de sequenciação automática, de ESTs-"Expressed Sequence Tags" e de SNPs-"Single Nucleotide Polymorphisms") levaram ao crescimento exponencial da informação biológica produzida pela comunidade científica. Para tal contribuiu muito o aparecimento de inúmeros projectos de sequenciação de genomas, sobretudo o ''Human Genom Project'', com início em 1990. No ano de 1996 existiam cerca de 280 000 ESTs nas bases de dados (1). Esta avalanche de informação teve de ser armazenada e organizada. No ano de 1998 as três grandes bases de dados de sequências nucleotídicas existentes (no Japão, Reino Unido e Estados Unidos da América, respectivamente "DNA Database of Japan": DDBJ, "European Molecular Biology Laboratory": EMBL, e GenBank) estabelecem um protocolo de colaboração, criando o "International Nucleotide Sequence Database" (INSD). Em cada uma delas se podem anotar novas sequências nucleotídicas decorrentes de trabalhos de investigação, ou corrigir as pré-existentes. Todas as correcções e novas entradas são partilhadas diariamente entre as três bases de dados, pelo que em todas elas a informação disponível é a mesma, embora com algumas diferenças de formato. O acesso aos dados é livre

Aplicação da bioinformática na deteção de fraudes alimentares

A partir de sequências nucleotidicas do genoma milocondrial de espécies animais existentes na base de dados da EMBL (hUp:l/www.ebLac.ukl), pretende-se delinear uma estratégia de identificação de espécies presentes em alimentos

A bioinformática na identificação de genes

Com o objectivo de identificar genes, avaliaram-se nove EST (“Expressed Sequence Tag”) de uma biblioteca de cDNA de Trichoderma harzianum. Numa primeira etapa, as ESTs foram sequenciadas, sendo as sequências analisadas com programas bioinformáticos de análise de similaridade em bancos de dados, utilizando ferramentas como Blast P e Fasta X. Identificaram-se duas ESTs que se enquadravam nos objectivos, sendo uma delas a EST-1279, usada para a completa elucidação do gene lip2 de Trichoderma harzianum, cuja sequência pode ser acedida na base de dados com os códigos de acesso AM774154. O gene lip2 de Trichoderma harzianum sequenciado apresenta 1992 pb, sendo a sua ORF (“open reading frame”) constituída por 1215 nucleótidos. Estão sequenciados 550 pb da região do promotor e 229 pb do terminador

Sistemas sexuais em isolamentos portugueses de Albugo candida

Apresenta-se a primeira caracterização sexual de isolamentos portugueses de A. candida. Foram examinados treze isolamentos de campo e isolamentos de pústula única (IPU) deles derivados, 5 de B. oleracea, 7 de B. rapa e um de Raphanus sativus. Alguns dos isolamentos de campo e IPU deles derivados apresentam produções de oósporos diferentes. A maioria dos IPU estudados são auto-estéreis (heterotálicos) excepto os Ac50 I (Belinho, Esposende) c Ac502 (Lourinhã, Lourinhã) que foram considerados homotálicos secundários porque: i) apresentaram um pequeno número de oósporos (I a 5) por cotilédone; e ii) por se comportarem como heterotálicos quando combinados com outros isolamentos provenientes de hospedeiros homólogos. Os IPU de B. rapa estudados pertencem todos a um mesmo grupo de emparelhamento ("mating type"). Nos IPU de B. oleracea foram observados dois grupos de compatibilidade sexual: i) com Ac50 I (Belinho, Esposende), Ac502 (Lourinhã, Lourinhã) e Ac504 (Santa Cruz, Torres Vedras); e ii) com Ac503 (Costa de Caparica) e Ac505 (Albogas, Loures). The present study presents the first sexual characterization of Portuguese isolares of A. candida. Thirtheen ficld isolares and single pustules (SP) derivares, 5 from B. oleracea, 7 from B. rapa and one from Raphanus sativus were examined. Some fie ld isolates and SP derivates presented diferent production of oosporcs. The majority of the SP isolares studied are self-sterile (hetherohalic) except Ac50 I (Belinho, Esposende) and Ac502 (Lourinhã, Lourinhã) that were considered secondary homotha lic because: i) they presented few number of oospores (I to 5) by cotyledone; and ii) they have a hetherothalic behaviour when combined wih isolates from homologous hosts. The SP isolates of B. rapa studied were all from the same mating type. ln B. oleracea isolares two mating types were observed: i) with Ac501 (Belinho, Esposende), Ac 502 (Lourinhã, Lourinhã) and Ac504 (Santa Cruz, Torres Vedras); and ii) with Ac 503 (Costa de Caparica, Almada) and Ac505 (Aibogas, Pero Pinheiro)

“A lusofonia é uma ave migratória”: entrevista a Olinda Beja, escritora e poetisa são-tomense

Olinda Beja, escritora e poetisa são-tomense com doze obras publicadas e uma no prelo, entre poesia, romance e contos, fala-nos da história do seu país, do panorama literário de São Tomé e Príncipe, do lugar que a língua portuguesa aí ocupa e do seu entendimento sobre o significado da lusofonia

Network performance of multi-service circuit switched networks simulational comparison of variants of DAR and RTNR

The use of dynamic routing methods has an important impact on the performance of multi-service networks namely in overload and failure conditions. The paper describes and compares the performance of variants of reference dynamic routing methods (DAR and RTNR). Two variants of DAR resulting from the extension to multi-service networks of the original formulation of the method are presented. Also a simplification of the trunk reservation mechanism per traffic class of RTNR is considered. The major results of extensive experimentation with these variants of the routing methods using a discrete event simulation platform are discussed. The simulation model includes Poisson and Engset type multi-class traffic flows. Conclusions concerning the relative performance of the methods at network level and per traffic class are put forward.Work partially supported by programme POSI of the IIIrd EU programme co-sponsored by FEDER and national funds.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Engaging students to learn forecasting methods

Presently, higher education institutions are faced with the challenge of developing student’s abilities and skills needed in their future workplace. In what concerns technological skills, the use of spreadsheets for calculations, analysis of data and forecasting is a common and important practice in companies. Particularly, the MS Excel software is widely used by professionals from all fields. In this sense, Economic, Business and Marketing graduates need competencies in forecasting methods, extremely useful for decision-making processes. It thus becomes imperative to implement pedagogical practices to encourage students to use these technological tools. The later will promote the development of competencies in forecasting methods to solve future real problems. In this paper, we attempt to address these issues by analysing the MS Excel software capabilities as a teaching tool in a forecasting methods course. It was proposed to the students to carry out a learning project involving statistical concepts, namely linear regression, performed in MS Excel. We examine the performance and engagement of two samples of students with different backgrounds and from distinct realities. One group is composed of ERASMUS’ students from several nationalities and fields of study and other group consists of Portuguese students of the Marketing Bachelor degree, both enrolled in an optional course of the bachelor degree in Marketing taught at Porto Accounting and Business School from Polytechnic of Porto. The effectiveness of this approach is shown through the analysis of results of students’ projects. We verify that students in both groups achieved the task proposed goals and applied appropriately the required concepts in an engaged way.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Trichoderma harzianum lipolytic enzymes – a contribution

Trichoderma has been related to the mycoparasitism process due to an extraordinary range of cell-wall degrading enzymes (CWDE): chitinases, β-1,3 and β-1,6 glucanases, celulases and proteases. However, the role of lipases and carboxylesterases in this process is less known, although lipids were up to 3% of fungal CW (Feofilova, 2010). According to Silva et al. (2009) and Lopes et al. (2012), in experiments involving T. reesei and Pythium ultimum, it seems that lipases are implicated in mycoparasitism and are secreted in a phytopathogen-dependent manner, as they, like most of the CWDE already described, are inducible by substrate. One of the purposes of this work was to find if the lipolytic enzymes of T. harzianum were alike homologous enzymes of other Trichoderma species. Here we present our contribution to the knowledge of T. harzianum T34 lipolytic enzymes (EC 3.1.1).info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Trichoderma harzianum Lip1 gene

An extraordinary panoply of cell-wall degrading enzymes has been related to the mycoparasitism process of Trichoderma sp. However, the role of lipolytic enzymes in this process is less known. The aim of this study is to characterize the first extracellular triacylglicerol lipase described in T. harzianum . The nucleotide sequence of Lip1 gene from T. harzianum CECT 2413 (T34) can be accessed in EMBL database (AM180877.1), including the 5’ upstream and the 3’ downstream regions. Lip1 open reading frame (ORF) has 1667 bp, encoding a predicted protein of 532 amino acids (Lip1), that can be accessed in UniProtKB (B0B099_TRIHA).info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Caracterização de isolamentos portugueses de Albugo candida (Pers.) Kuntze

Este trabalho é uma primeira tentativa de caracterização de isolamentos portugueses de Albugo candida (Pers.) Kuntze, causador da ferrugem branca das crucíferas. Dos treze isolamentos iniciais colhidos em campo (cinco em Brassica oleracea L., sete em B. rapa L. e um em Raphanus sativus L.), obtiveram-se os respectivos isolamentos de pústula única (IPU), e procedeu-se a cruzamentos entre IPU provenientes de hospedeiros homólogos para determinação de sistemas de compatibilidade sexual. À excepção de dois IPU provenientes de B. oleracea, Ac 501 e Ac 502, que parecem enquadrar-se num processo de homotalismo secundário, todos os outros são heterotálicos. Os IPU provenientes de B. rapa estudados pertencem todos a um mesmo grupo de emparelhamento ("mating type"). Nos IPU provenientes de B. oleracea foram observados dois grupos de emparelhamento: i) com Ac 501, Ac 502 e Ac 504; e ii) com Ac 503 e Ac 505. Foram avaliadas classes de interacção fenotípica de quarenta amostras de B. oleracea (pertencentes a diferentes variedades botânicas) e oito dos isolamentos iniciais, a nível cotiledonar. O grau de susceptibilidade das amostras aos três isolamentos homólogos testados foi variável. Algumas revelaram susceptibilidade a infecções cruzadas, nomeadamente a couve lombarda "Brusselse Winter", em que mais de 50% dos indivíduos se revelaram susceptíveis aos quatro isolamentos de B. rapa testados