Spotting effect in microarray experiments

BACKGROUND: Microarray data must be normalized because they suffer from multiple biases. We have identified a source of spatial experimental variability that significantly affects data obtained with Cy3/Cy5 spotted glass arrays. It yields a periodic pattern altering both signal (Cy3/Cy5 ratio) and intensity across the array. RESULTS: Using the variogram, a geostatistical tool, we characterized the observed variability, called here the spotting effect because it most probably arises during steps in the array printing procedure. CONCLUSIONS: The spotting effect is not appropriately corrected by current normalization methods, even by those addressing spatial variability. Importantly, the spotting effect may alter differential and clustering analysis

Intermediación urbana: Ciudades de América Latina en su entorno

El fenómeno de intermediación: Un abordaje de proceso urbano.- El proyecto de monitoreo.- Diferentes realidades para un mismo fenómeno: La intermediación presentación de los estudios de caso: Camilo Aldao, Argentina; Maranguape, Brasil; Manta, Ecuador; Cuenca, Ecuador.- Cuatro ciudades a la luz del concepto de intermediación: Análisis de los estudios de caso.- Comprender, informar, formar, construir: Algunas recomendaciones a favor de las ciudades intermedia

Optimisation et robustesse pour la prise de décision dans un contexte de conception intégrée et collaborative

La conception de produits est aujourd'hui une activité individuelle et collaborative. Une solution de modélisation pour le partage de l'information Produit-Processus-Organisation a été élaborée à travers le projet IPPOP. La solution conceptuelle et logicielle proposée repose sur un noyau de données commun auquel diverses applications expertes peuvent se connecter pour analyser les comportements du produit, du processus ou de l'organisation et de faire la synthèse (intégration) des nouvelles informations. Le papier présente les résultats concernant l'émergence progressive du produit fondée sur l'intégration d'expertise : le choix des composants technologiques. Chacune des expertises fait apparaître une proposition spécifique du produit (et sa géométrie associée). Ensuite, certaines techniques d'optimisation et d'analyse de la robustesse permettent d'analyser l'ensemble des variabilités de chacune des propositions de conception afin d'assister les acteurs dans la prise de décision

Considérations théoriques sur la diffusion de la lumière par les liquides transparents. Polarisation de la lumière diffusée latéralement

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Relation entre le degré de polarisation et l'intensité de la lumière diffusée par des molécules anisotropes. Nouvelle détermination de la constante d'Avogadro

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La diffusion moléculaire de la lumière dans les liquides. Contrôle expérimental des formules théoriques

L'étude théorique et expérimentale de la diffusion de la lumière par les liquides a donné quelques résultats discordants. Dans cet article, on discute d'abord les résultats expérimentaux pour contrôler ensuite les formules théoriques. 1. Le rapport entre l'intensité lumineuse diffusée latéralement par 1 cm3 du liquide et l'éclairement de ce liquide vaut 9,2 × 10^(-6) cm^(-1) pour l'éther (20°C et 4358 Å) et (10,7 ± 0,55) × 10^(-6)) cm^(-1) pour le benzène (23°C et 5 440 Å). Ces valeurs sont concordantes. A partir de l'une ou de l'autre, on passe aux autres liquides en utilisant les mesures relatives de Krishnan. 2. La formule d'Einstein corrigée d'anisotropie, R = π²/(2λ^4) . R1T/N . 1/β . (∂ε/∂p)² . 6(1 + ρ)/(6 - 7ρ) donne, pour tous les liquides, si l'on identifie le coefficient N au nombre d'Avogadro, une intensité trop grande. La valeur expérimentale du coefficient N, qui est 6,5 × 10^(23) dans le cas des gaz, devient 8 × 10^(23) environ pour tous les liquides étudiés. Aucune des théories actuelles n'explique ce fait. 3. La relation de Ramanathan entre la dépolarisation de la lumière par la vapeur et la dépolarisation par le liquide (relation qui suppose les molécules rigides) ne se vérifie pas dans la série grasse. On pense que les molécules à chaînes ouvertes sont déformées à l'état liquide et que cette déformation diminue leur anisotropie

Sur les erreurs systématiques que peut introduire la lumière parasite dans la mesure de la dépolarisation de la lumière diffusée par les gaz. Etude de quelques vapeurs organiques

Les valeurs numériques de la dépolarisation de la lumière diffusée par les gaz qui ont été obtenues par mes collaborateurs et moi sont généralement plus faibles que celles des autres physiciens. Ramanathan et Srinivasan ont pensé qu'elles étaient faussées par la lumière que diffuse le fond du champ d'observation. Je montre que cette cause d'erreur n'intervient pas dans nos mesures et que, d'ailleurs, elle produirait une erreur par excès. Je discute enfin les déterminations les plus récentes sur les vapeurs organiques

Sur l'origine des radiations émises par le ciel nocturne dans l'intervalle spectral 5 000-8 000 Å

Ce travail fait partie d'une série de recherches sur la composition spectrale de la lumière du ciel nocturne entreprises à Lyon, à Montpellier et au Pic du Midi avec la collaboration de MM. Dufay, Garrigue et Gauzit. J'analyse ici la partie la moins réfrangible du spectre, de 5 000 à 8 000 Å. On y trouve un spectre discontinu d'origine atmosphérique, identique à celui des aurores boréales avec prédominance des radiations 5 577 et 6 314 Å, communément appelées raies verte et rouge des aurores. En dehors de la raie 5 577 attribuée à l'atome O I, ce spectre paraît essentiellement constitué par le premier système positif de l'azote, les bandes telluriques de l'oxygène et le spectre de vibration de la molécule H2O. J'explique théoriquement les principales particularités de ce spectre