Transcriptional profiles of pilocytic astrocytoma are related to their three different locations, but not to radiological tumor features

List of genes differentiating between pilocytic astrocytomas by different clinical features (DOCX 117 kb

Gene Expression Analysis in Ovarian Cancer – Faults and Hints from DNA Microarray Study

The introduction of microarray techniques to cancer research brought great expectations for finding biomarkers that would improve patients’ treatment; however, the results of such studies are poorly reproducible and critical analyses of these methods are rare. In this study, we examined global gene expression in 97 ovarian cancer samples. Also, validation of results by quantitative RT-PCR was performed on 30 additional ovarian cancer samples. We carried out a number of systematic analyses in relation to several defined clinicopathological features. The main goal of our study was to delineate the molecular background of ovarian cancer chemoresistance and find biomarkers suitable for prediction of patients’ prognosis. We found that histological tumor type was the major source of variability in genes expression, except for serous and undifferentiated tumors that showed nearly identical profiles. Analysis of clinical endpoints [tumor response to chemotherapy, overall survival, disease-free survival (DFS)] brought results that were not confirmed by validation either on the same group or on the independent group of patients. CLASP1 was the only gene that was found to be important for DFS in the independent group, whereas in the preceding experiments it showed associations with other clinical endpoints and with BRCA1 gene mutation; thus, it may be worthy of further testing. Our results confirm that histological tumor type may be a strong confounding factor and we conclude that gene expression studies of ovarian carcinomas should be performed on histologically homogeneous groups. Among the reasons of poor reproducibility of statistical results may be the fact that despite relatively large patients’ group, in some analyses one has to compare small and unequal classes of samples. In addition, arbitrarily performed division of samples into classes compared may not always reflect their true biological diversity. And finally, we think that clinical endpoints of the tumor probably depend on subtle changes in many and, possibly, alternative molecular pathways, and such changes may be difficult to demonstrate

Current genetic methodologies in the identification of disaster victims and in forensic analysis

This review presents the basic problems and currently available molecular techniques used for genetic profiling in disaster victim identification (DVI). The environmental conditions of a mass disaster often result in severe fragmentation, decomposition and intermixing of the remains of victims. In such cases, traditional identification based on the anthropological and physical characteristics of the victims is frequently inconclusive. This is the reason why DNA profiling became the gold standard for victim identification in mass-casualty incidents (MCIs) or any forensic cases where human remains are highly fragmented and/or degraded beyond recognition. The review provides general information about the sources of genetic material for DNA profiling, the genetic markers routinely used during genetic profiling (STR markers, mtDNA and single-nucleotide polymorphisms [SNP]) and the basic statistical approaches used in DNA-based disaster victim identification. Automated technological platforms that allow the simultaneous analysis of a multitude of genetic markers used in genetic identification (oligonucleotide microarray techniques and next-generation sequencing) are also presented. Forensic and population databases containing information on human variability, routinely used for statistical analyses, are discussed. The final part of this review is focused on recent developments, which offer particularly promising tools for forensic applications (mRNA analysis, transcriptome variation in individuals/populations and genetic profiling of specific cells separated from mixtures)

Expression of the selected adhesive molecules (cadherin E, CD44, LGAL3 and CA50) in papillary thyroid carcinoma

Wstęp: Celem pracy było określenie ekspresji wybranych molekuł adhezyjnych w tkance raka brodawkowatego tarczycy zarówno w guzie pierwotnym, jak i w przerzutach do węzłów chłonnych oraz ocena ich przydatności dla celów diagnostycznych i prognostycznych. Materiał i metody: Badaniem objęto grupę 47 chorych na raka brodawkowatego tarczycy i 11 chorych operowanych z powodu wola niezłośliwego. Badania przeprowadzono metodą immunohistochemiczną. Wyniki: Pod względem znaczenia diagnostycznego wśród badanych markerów galektyna-3 okazała się jednym z najbardziej czułych i swoistych, o czym świadczy różnica między guzem (91% przypadków dodatnich) a otoczeniem (5%). Molekuła adhezyjna CA50 występowała prawie tak samo często w guzie pierwotnym (86% przypadków), jak i przerzutowym (85%). Jej obecność w otoczeniu zaobserwowano tylko w jednym przypadku (3%), reakcja miała charakter ogniskowy. Kadheryna E występowała w 91% przypadków guza pierwotnego i 84% otoczenia. Dodatnią reakcję obserwowano również w 63% przypadków wola guzkowego. Molekuła CD44, klon DF1485, był obecny w 100% przerzutów do węzłów chłonnych, w 89% guzów pierwotnych i w 48% przypadków otoczenia guza. Molekuła CD44, klon BBA10, występował częściej w przerzutach. Wnioski: Spośród badanych markerów największą wartość diagnostyczną w raku brodawkowatym tarczycy wykazał antygen CA50 i galektyna-3. Ekspresja CD44 (DF1485) w guzie pierwotnym jest znacznie silniejsza niż w otoczeniu, jednak jego wartość diagnostyczna jest niepewna, gdyż występuje on często w zmianach łagodnych tarczycy. Zastosowanie przeciwciała BBA10 zwiększa czułość metody, ale zmniejsza jej swoistość. Częste występowanie kadheryny E w komórkach raka brodawkowatego tarczycy, otoczeniu guza i zmianach łagodnych tarczycy nie pozwala na jej zastosowanie diagnostyczne.Introduction: The aim of the study was to determine the expression of selected adhesive molecules in papillary thyroid carcinoma. Material and methods: 47 papillary thyroid carcinoma cases and 11 nonmalignant goiter cases were analyzed by immunohistochemistry. Results: Galectin-3 (LGAL3) was a sensitive and specific marker, present in 91% of analyzed tumors and only in 5% of tumor margin. The presence of CA50 was 86% and 3% respectively with only 3% positive non-malignant cases. Cadherin E expression was noted in 91% of primary tumors, in 84% of the surrounding tissue and in 63% of non-malignant goiter. CD44 (DF1485) was observed in 89% of primary tumors and 48% of surrounding tissue; the reaction with BBA10 was more characteristic for metastases. Conclusions: Our study confirms the high diagnostic value of galectin-3 in papillary thyroid carcinoma and reveals the similar efficiency of CA50. CD44 (DF1485) expression in primary tumor is more intensive than in surrounding tissue, but the diagnostical inportance is not high because it is often observed in benign lesions. Using of BBA10 is more sensitive, but less specific. High expression of cadherin E in benign lesions impairs its diagnostical application in papillary thyroid cancer

Heterogeneity of the Clinical Presentation of the MEN1 LRG_509 c.781C>T (p.Leu261Phe) Variant Within a Three-Generation Family

Multiple neuroendocrine neoplasia type 1 (MEN1) is a rare genetic disorder with an autosomal dominant inheritance, predisposing carriers to benign and malignant tumors. The phenotype of MEN1 syndrome varies between patients in terms of tumor localization, age of onset, and clinical aggressiveness, even between affected members within the same family. We describe a heterogenic phenotype of the MEN1 variant c.781C>T (LRG_509t1), which was previously reported only once in a family with isolated hyperparathyroidism. A heterozygous missense variant in exon 4 of the gene was identified in the sequence of the MEN1 gene, i.e., c.781C>T, leading to the amino acid change p.Leu261Phe in a three-generation family. In the screened family, 5/6 affected members had already developed hyperparathyroidism. In the index patient and two other family members, an aggressive course of pancreatic neuroendocrine tumor (insulinoma and non-functioning neuroendocrine tumors) with dissemination was diagnosed. In the index patient, late diagnosis and slow progression of the disseminated neuroendocrine tumor have been observed (24 years of follow-up). The very rare variant of MEN1, LRG_509t1 c.781C>T /p.Leu261Phe (LRG_509p1), diagnosed within a three-generation family has a heterogenic clinical presentation. Further follow-up of the family members should be carried out to confirm the spectrum and exact time of clinical presentation

Clinical course and treatment of patients with differentiated

Celem pracy była analiza obrazu klinicznego i sposobu leczenia chorych na zróżnicowane raki tarczycy (ZRT) rozpoznane w Polsce w 1995 roku. Materiał obejmował grupę 478 chorych na raka tarczycy. Byli oni konsultowani, diagnozowani lub leczeni w Centrum Onkologii - Instytucie im. M Skłodowskiej- Curie w Gliwicach. Grupa ta stanowi 57,7% wszystkich raków tarczycy rozpoznanych w Polsce w tym roku. Do dalszej szczegółowej analizy włączono jedynie 352 chorych na zróżnicowane raki tarczycy leczonych operacyjnie. 292 osoby (60%) było dodatkowo leczone jodem radioaktywnym. Wszyscy chorzy otrzymywali supresyjne leczenie tyroksyną. W czasie obserwacji wznowa miejscowa wystąpiła u 37 chorych (8,6%). Odsetek 10-letnich przeżyć całkowitych wynosił 96,4%, a bezobjawowych 68%. Korzystając z faktu opublikowania przez Holtzera i wsp. danych dotyczących obrazu raka tarczycy rozpoznanego w Niemczech w 1996 roku w pracy dokonano dodatkowo porównania obu populacji. Przedstawiona analiza pozwala wnioskować, że postępowanie lecznicze w zróżnicowanych rakach tarczycy pozwala na uzyskanie satysfakcjonujących, dobrych wyników leczenia, a obraz kliniczny choroby i metody terapeutyczne są w Polsce i w Niemczech podobne.The aim of the study was to analyze the clinical course and therapy in patients with differentiated thyroid carcinoma (DTC) diagnosed in Poland within the year 1995. The group of 478 patients with thyroid cancer (57.7% of all thyroid cancer cases diagnosed this year in Poland) was analyzed. Patients were diagnosed or treated in Maria Skłodowska-Curie Memorial Cancer Center and Institute of Oncology, Gliwice Branch. Detailed analysis was performed in 352 patients with DTC who were treated by surgery. 292 patients (60%) received adjuvant radioiodine therapy. Hormonal (L-thyroxine) treatment was administered to all patients. In 37 patients (8.6%) local recurrence was observed. 10-year overall survival was 96.4% and disease-free survival was respectively 68%. The comparison of Polish data to analysis in German population published by Holtzer et al. (Cancer, 2000) was also performed in this study. We conclude that DTC therapy, currently recommended in our country, gives satisfactory results and that clinical outcome and therapeutic methods are similar both in Poland and Germany

Diagnostic and therapeutic guidelines for gastro-entero-pancreatic neuroendocrine neoplasms (recommended by the Polish Network of Neuroendocrine Tumours)

W ostatnim czasie obserwuje się większe zainteresowanie rzadkimi nowotworami neuroendokrynnymi żołądkowo-jelitowo-trzustkowymi (GEP NEN). Wykrywalność nowotworów neuroendokrynnych w ostatnich latach wzrosła. Ponad 50% GEP NEN stanowią rakowiaki, które najczęściej są znajdowane przypadkowo podczas zabiegu operacyjnego w jelicie cienkim i w wyrostku robaczkowym oraz w momencie rozpoznania przerzutów odległych, głównie do wątroby. Istnieje konieczność współdziałania specjalistów różnych dziedzin medycyny w celu opracowania właściwych zasad postępowania diagnostyczno-leczniczego w tej grupie chorych. W niniejszej publikacji przedstawiono ogólne zalecenia Polskiej Sieci Guzów Neuroendokrynnych dotyczące postępowania u chorych z GEP NEN, opracowane podczas Konferencji, która odbyła się w Kamieniu Śląskim w kwietniu w 2013 roku. Członkowie grup roboczych zaktualizowali rekomendacje z 2008 roku.W kolejnych częściach tego opracowania przedstawiono zasady postępowania w:— nowotworach neuroendokrynnych żołądka i dwunastnicy (z uwzględnieniem gastrinoma);— nowotworach neuroendokrynnych trzustki; — nowotworach neuroendokrynnych jelita cienkiego i wyrostka robaczkowego;— nowotworach neuroendokrynnych jelita grubego.Zaproponowane rekomendacje przez ekspertów polskich i zagranicznych reprezentujących różne dziedziny medycyny (endokrynologię, gastroenterologię, chirurgię, onkologię, medycynę nuklearną i patomorfologię) powinny być pomocne w diagnostyce i leczeniu tych chorych. (Endokrynol Pol 2013; 64 (6): 418–443)An increased interest in gastro-entero-pancreatic neuroendocrine neoplasms (GEP NENs) has recently been observed. These are rare neoplasms and their detection in recent years has improved. Over 50% of GEP NENs are carcinoids, and they are usually found incidentally during surgery in the small intestine and appendix and at diagnosis in distant metastases, mainly to the liver. There is a need for co-operation between specialists in various disciplines of medicine in order to work out the diagnostic and therapeutic guidelines. In this publication, we present general recommendations of the Polish Network of Neuroendocrine Tumours for the management of patients with GEP NENs, developed at the Consensus Conference which took place in Kamień Śląski in April 2013. Members of the guidelines working groups were assigned sections of the 2008 guidance to update.In the subsequent parts of this publication, we present the rules of diagnostic and therapeutic management of:— neuroendocrine neoplasms of the stomach and duodenum (including gastrinoma);— pancreatic neuroendocrine neoplasms;— neuroendocrine neoplasms of the small intestine and the appendix;— colorectal neuroendocrine neoplasms.The proposed recommendations by Polish and foreign experts representing different fields of medicine (endocrinology, gastroenterology, surgery, oncology, nuclear medicine and pathology) will be helpful in the diagnosis and treatment of GEP NENs patients. (Endokrynol Pol 2013; 64 (6): 418–443

Pancreatic neuroendocrine neoplasms — management guidelines (recommended by the Polish Network of Neuroendocrine Tumours)

W niniejszej publikacji przedstawiono zaktualizowane zalecenia dotyczące diagnostyczno-terapeutycznego postępowania w nowo­tworach neuroendokrynnych trzustki (PNEN) zaproponowane przez Polską Sieć Guzów Neuroendokrynnych. Zawierają one nowe dane uzyskane w latach 2013–2016, które albo potwierdziły wcześniejsze wytyczne, albo doprowadziły do zmian lub utworzenia dodatkowych zaleceń. W diagnostyce duże znaczenie mają badania biochemiczne, obrazowe (anatomiczne i czynnościowe), jak również rozpoznanie histopatologiczne, które determinuje postępowanie z chorymi na PNEN i musi być potwierdzone badaniem immunohistochemicznym. Terapia PNEN wymaga współpracy wielodyscyplinarnej grupy doświadczonych specjalistów zajmujących się nowotworami neuroendokrynnymi. Leczenie chirurgiczne jest podstawową metodą postępowania w wielu przypadkach. Dalsza terapia wymaga wielokierunkowego działania, dlatego omówiono zasady bioterapii, leczenia radioizotopowego, celowanego leczenia molekularnego oraz chemioterapii.This article presents updated diagnostic and therapeutic guidelines for the management of pancreatic neuroendocrine tumours (PNEN), proposed by the Polish Network of Neuroendocrine Tumours. The guidelines contain new data received in the years 2013–2016, which confirm previous recommendations, and have led to modification of previous guidelines or have resulted in the formulation of new guidelines. Biochemical and imaging (anatomical and functional) tests are of great importance in diagnostics, as well as histopathological diagnosis to determine the management of PNEN patients, but they must be confirmed by an immunohistochemical examination. PNEN therapy requires collaboration among the members a multidisciplinary team of specialists experienced in the management of these neoplasms. Surgery is the basic form of treatment in many cases. Further therapy requires a multidirectional procedure; therefore, the rules of biotherapy, peptide receptor radionuclide therapy, molecular targeted therapy, and chemotherapy are discussed

Colorectal neuroendocrine neoplasms — management guidelines (recommended by the Polish Network of Neuroendocrine Tumours)

Nowotwory neuroendokrynne (NENs) jelita grubego stanowią 20% wszystkich nowotworów neuroendokrynnych. Najczęstszą ich lokalizacją jest odbytnica. Nowotwory neuroendokrynne jelita grubego są wykrywane coraz częściej i liczba ta będzie wzrastać z uwagi na powszechność wykonywania kolonoskopii, w tym badań przesiewowych oraz usuwanie wykrytych zmian. W pracy przedstawiono aktualne zalecenia dotyczące diagnostyki i terapii NEN jelita grubego, z uwzględnieniem diagnostyki biochemicznej, patomorfologicznej, nowych technik obrazowania oraz leczenia endoskopowego, chirurgicznego, farmakologicznego i radioizotopowego. Omówiono także epidemiologię, charakterystykę kliniczną i monitorowanie leczenia. (Endokrynol Pol 2013; 64 (6): 494–504)Neuroendocrine neoplasms of the large intestine account for 20% of all neuroendocrine neoplasms (NENs) and are most commonly found in the rectum. The rate of detection of colorectal NENs is increasing, and this tendency will continue due to the widespread use of colonoscopy as a screening tool and the removal of all diagnosed lesions. This paper provides updated guidelines for the management of patients with colorectal NENs. Recent data on epidemiology, clinical characteristics, biochemical, and pathomorphological diagnosis as well as useful imaging techniques are presented. We look in detail at novel methods of treatment including endoscopic and surgical management, pharmacological and radioisotope therapy. We summarise monitoring of the treatment. (Endokrynol Pol 2013; 64 (6): 494–504

Gastroduodenal neuroendocrine neoplasms, including gastrinoma — management guidelines (recommended by the Polish Network of Neuroendocrine Tumours)

W niniejszej pracy przedstawiono uaktualnione zalecenia grupy ekspertów Polskiej Sieci Guzów Neuroendokrynnych dotyczące zasad postępowania w nowotworach neuroendokrynnych żołądka i dwunastnicy z uwzględnieniem gastrinoma. Omówiono epidemiologię, patogenezę i obraz kliniczny tych nowotworów. Przedstawiono zalecenia dotyczące zasad postępowania diagnostycznego, z uwzględ­nieniem diagnostyki biochemicznej, histopatologicznej oraz lokalizacyjnej. Przedstawiono także zasady postępowania terapeutycznego, w tym leczenie endoskopowe i chirurgiczne, oraz omówiono możliwości leczenia farmakologicznego i radioizotopowego. Przedstawiono także zalecenia odnośnie do monitorowania chorych z NEN żołądka, dwunastnicy z uwzględnieniem gastrinoma.This paper presents the updated Polish Neuroendocrine Tumour Network expert panel recommendations on the management of neuroendocrine neoplasms (NENs) of the stomach and duodenum, including gastrinoma. The recommendations discuss the epidemiology, pathogenesis, and clinical presentation of these tumours as well as their diagnosis, including biochemical, histopathological, and localisation diagnoses. The principles of treatment are discussed, including endoscopic, surgical, pharmacological, and radionuclide treatments. Finally, there are also recommendations on patient monitoring