Mechanism of grk mRNA anchoring during Drosophila oogenesis

Messenger RNA localization is a widespread mechanism of posttranscriptional regulation of gene expression in multicellular organisms ranging from yeast to mammals. In Drosophila oocytes, gurken (grk) mRNA is transported by Dynein to produce a local secreted signal to the overlying follicle cells. This signal is responsible for setting up the primary axes in the oocyte. grk mRNA is transcribed in nurse cells and transported into the oocyte where it localizes at two distinct stages of oogenesis, thus targeting the translation of Grk/TGFalpha protein, first to the posterior and later to the dorso-anterior (DA) corner where it is translated. Gurken protein signals to the overlying follicle cells to establish the dorsal fate of the oocyte. grk transcripts are transported by Dynein in EM-dense particles on microtubules. These particles are not associated with vesicles nor membrane-bound and contain many copies of grk mRNA, Dynein and hnRNP Squid. At the DA corner transport particles assemble into large EM-dense cytoplasmic anchoring complexes called Sponge Bodies. In this thesis I present evidence that at their dorso-anterior destination, grk transcripts are statically anchored by Dynein, independently of functional Egalitarian and Bicaudal D, which are required for Dynein transport. I show by the disrupting the protein’s function after it has fulfilled its role in transport that hnRNP Squid is involved in the formation and maintenance of these Sponge Bodies. I provide evidence by EM and fluorescent microscopy that Sponge Bodies share many of components of translational regulation pathways found in Processing Bodies. I show by small RNA interference experiments and by genetic analysis that the structural role of Dynein heavy chain is a unique feature of the Sponge Bodies and that such a function does not occur in Processing Bodies in Drosophila. I show that the localization and anchoring of RNA in Sponge Bodies is not a unique feature of grk mRNA but that I factor RNA is also localized to Sponge bodies. The work presented tries to elucidate the function of Sponge Bodies in translational control of grk mRNA and illustrates by EM the dynamic nature of the Sponge Body structure during oogenesis. My results suggest that Sponge Bodies are RNA granules that are similar to Processing Bodies in a way that they are involved in translational regulation but unlike Processing Bodies depend on Dynein for their structural integrity. I propose that Sponge Bodies are RNA dependent granules that form by the recruitment of proteins involved in the anchoring and translational regulation

Lanice conchilega structures carbon flows in soft-bottom intertidal areas

Biogenic reefs constructed by the tube-building ecosystem engineer Lanice conchilega (Terrebilidae, Polychaeta) have profound structuring impacts on the benthic environment by altering the biogeochemical and physical properties of the sediment. This study provides new insights in the functioning of L. conchilega reefs in intertidal sediments by quantifying the carbon flows in the food webs in the presence and absence of the tubeworm using linear inverse models (LIMs); yielding insights in the effects of L. conchilega reefs on food webs. The inverse food web models were based on an empirical dataset from two study sites, consisting of biomass and stable isotope data, and general physiological constraints from the literature. The carbon input into reef food webs (191 ± 50 mmol C m-2 d-1) is about 40 times higher compared to bare sand areas (5 ± 2 mmol C m-2 d-1) and is mainly derived from organic matter (OM) in the water column. Most of the OM input towards these reefs is consumed by suspension feeding macrofauna, particularly L. conchilega, however the worm is not an important source of carbon for other macrofaunal organisms. The ratio of OM input to primary production indicates that the OM needs to be produced in an area at least 15 times larger than the reef area, demonstrating significant OM ‘focussing’ within the reef food web. The reef structures created by L. conchilega act as a trap of OM, resulting in overall high macrofaunal biomass in the presence of the tubeworm, and much more diverse food webs

Вимоги до матеріалів, що приймаються до друку в збірнику наукових праць "Cучасна українська політика. Політики і політологи про неї"

We investigated the temporal variation of pelagic and benthic food sources in the diet of benthic taxa at a depositional site in the Southern Bight of the North Sea by means of fatty acid (FA) biomarkers and compound-specific stable isotope analysis (CSIA). The taxa were the non-selective deposit feeding nematodes (<em>Sabatieria</em> spp. and ‘other nematodes’), and three dominant macrobenthic species: two true suspension-deposit feeders (the bivalve <em>Abra alba</em> and the tube dwelling polychaete <em>Owenia fusiformis</em>) and the suspected predatory mud-dwelling anemone <em>Sagartia</em> sp. These species make up on average 16% (<em>Abra alba</em>), 17% (<em>Sagartia</em> sp.) and 20% (<em>Owenia fusiformis</em>) of the biomass in the <em>Abra alba–Kurtiella bidentata</em> community in this area. Phytoplankton dynamics in the suspended particulate matter of the water column as inferred from cell counts, chlorophyll-<em>a</em> and organic carbon content were clearly visible in sediment and animal FA abundance as well, whereas phytodetritus dynamics in the sediment FA composition were less clear, probably due to patchy distribution or stripping of FA by macrofauna. Nematodes appeared to assimilate mainly Polyunsaturated Fatty Acids (PUFAs) from their sedimentary environment and were further non-selectively accumulating more (<em>Sabatieria</em> spp.) or less (‘other nematodes’) FA from the deposited phytodetritus. In contrast, <em>Abra alba</em> FA composition was consistent with a diatom-dominated diet and consumption of <em>Phaeocystis</em> was observed in <em>Owenia fusiformis,</em> whereas <em>Sagartia</em> sp. showed evidence of a predatory behaviour. While the total FA content in <em>Owenia fusiformis</em> remained constant throughout the year, <em>Sagartia</em> sp. doubled and <em>Abra alba</em> increased its FA level more than 10-fold in response to the organic matter deposition from the phytoplankton bloom. This leads to the conclusion that there is no resource partitioning between non-selective deposit feeding nematodes and the suspension-deposit feeding macrobenthic organisms, suggesting they belong to separate parts of the benthic food web

Ze krijgen er niet genoeg van! Jongeren en gaming, een overzichtsstudie

Computergames staan onmiskenbaar en in toenemende mate in de belangstelling. Games zijn sedert hun ontstaan, ondertussen ongeveer 40 jaar geleden, van een subcultureel nicheproduct geëvolueerd naar een mainstream cultuurproduct met een breed doelpubliek. De game-industrie is in diezelfde periode wereldwijd uitgegroeid tot een gezonde, hoogtechnologische sector met stijl groeiende omzetcijfers, die op vele vlakken de vergelijking met de muzieken filmindustrie kan doorstaan. De release van een nieuwe generatie consoles, zoals onlangs de Nintendo Wii, of van een ‘blockbuster’ game, zoals binnenkort Grand Theft Auto IV, gaat niet zelden gepaard met een gigantische promotiecampagne. Op geregelde tijdstippen worden grootschalige gamebeurzen georganiseerd die – ook in ons land – de schaal van een mega-evenement aannemen. Gamers vinden verder hun gading in een wijdverspreid netwerk aan klein- en grootschalige retailers, en kunnen zich bij hun keuze oriënteren op en laten inspireren door diverse gespecialiseerde tijdschriften, websites en weblogs, en game-magazines op verschillende Vlaamse tv-zenders. Bovendien hebben ondertussen nagenoeg alle dag- en weekbladen, naast de besprekingen van recente cd’s, films of dvd’s, ook een vaste rubriek voor nieuwe games. Maar computergames hebben, ondanks het bovenstaande en hun ondertussen respectabele leeftijd, ook te kampen met een opvallend negatief publiek beeld. Met de regelmaat van een klok, en vaak gevoed door mediagenieke en spraakmakende, gewelddadige incidenten, worden games en de gamersgemeenschap in de publieke opinie en het politieke discours beladen met de zonden van Egypte. Ongetwijfeld het meest sprekende en vaakst geciteerde voorbeeld in dit verband, is de moordtocht van Harris en Klebold, leerlingen aan de Columbine High School in de Verenigde Staten, die aan 13 mensen het leven kostte. Eerder dan de alom toegankelijkheid van wapens of de schietgrage cultuur van de Amerikaanse maatschappij in vraag te stellen, werd het gewelddadige karakter van de populaire cultuur, met name het virtuele geweld in zogenaamde ‘killer-computergames’, met de vinger gewezen. Sedert kort hebben we evenwel ook in eigen land enkele voorbeelden van morele paniek gekend – een vicieuze cirkel waarbij publieke opinie en mediaberichtgeving elkaar versterken. Op meerdere plaatsen in dit rapport wordt aan deze casussen gerefereerd. De zaak ‘Hans Van Themsche’ is genoegzaam bekend. Van Themsche schoot op 11 mei 2006, in Antwerpen, Luna Drowart, Oulematou Niangadou en Songül Koç neer; de eerste twee lieten hierbij het leven. In de media werd impliciet, maar vaak ook expliciet, een causale link tussen Van Themsche’s voorliefde voor gewelddadige games en zijn moordtocht gesuggereerd. Deze link wordt overigens door Van Themsche zelf, op diens proces, bevestigd: ‘schieten kon hij, dat had hij geleerd op de kermis, en in zijn games’. Wanneer hij daar bovendien aan toevoegt dat, naar zijn mening, in ‘elke gamer een potentiële moordenaar schuilt’, suggereert hij een direct verband. Gezien de vele duizenden, honderduizenden spelers van gewelddadige games in Vlaanderen, geeft Van Themsche echter met zijn uitspraak ironisch genoeg zelf aan dat de ‘realiteit’ vele malen complexer is dan de simplistische causaliteit die wordt gesuggereerd. In de kerstperiode van 2005 trok een ander, minder dramatisch incident het maatschappelijke debat in Vlaanderen naar zich toe. Rockstar Games gaf, in 9 afwachting van de officiële release, enkele screenshots van hun game Bully vrij. Alhoewel het spel nog niet op de markt was, veroorzaakten deze screenshots aanzienlijke commotie en politieke deining; bezorgde leerkrachten organiseerden een petitie tegen Bully, een ‘pestsimulator pur sang’ werd gezegd, en drongen ondermeer aan op een verbod van dit spel bij de Vlaamse minister van onderwijs en de federale ministers van consumentenzaken en justitie. Ook hier concentreerde de commotie zich op de vermeende relatie tussen het virtuele geweld van het spel, in casu het pesten, en geweld in de realiteit. Het spel kwam later onder een andere naam – Canis Canem Edit – op de markt en werd een succes; ook de commotie bleek uiteindelijk, op basis van de gameplay, verregaand overtrokken. Beide incidenten beroerden de publieke opinie en het politieke discours. Het enge en gepolariseerde debat dat in de media werd gevoerd, drong ook door tot de verschillende parlementaire assemblees waar vragen werden gesteld. Het is dit debat dat mee aan de oorsprong lag van het onderzoeksproject, waarvan voorliggend rapport het eindresultaat is. Het bestek van het Vlaams Instituut voor Wetenschappelijk en Technologisch Aspectenonderzoek (viWTA), de opdrachtgever, verwijst expliciet naar de gepolariseerde en ongenuanceerde discussie die rond deze thematiek in de media en het politieke forum wordt gevoerd. De onderzoeksequipe deelt deze bezorgdheid, en wenst met dit rapport de heersende eenzijdige en enge beeldvorming rond games en de gamecultuur te doorbreken. Dit was meteen ook de onderliggende filosofie en rode draad doorheen de studiedag ‘U play 2? Gaming: uitdagingen voor een beleid van vandaag en morgen’, op 14 november 2007, georganiseerd door de opdrachtgever van deze studie, het viWTA, in samenspraak met het Departement Cultuur, Jeugd, Sport en Media van de Vlaamse Gemeenschap, het kabinet van Vlaams minister voor Cultuur en Jeugd Bert Anciaux, Groep T en Villanella vzw. De dag richtte zich expliciet naar de stakeholders op dit domein: beleidsmakers en actoren uit de domeinen cultuur, jeugd, sport, media, onderwijs, welzijn, economie en innovatie en uit de game-industrie. Op deze studiedag presenteerde de onderzoeksequipe de eerste resultaten van voorliggend rapport. Centraal in dit rapport staat een intellectueel eerlijk en wetenschappelijk onderbouwd debat rond vier door de opdrachtgever aangedragen en onderscheiden facetten, die meteen ook de vier delen van dit rapport omvatten. Het viWTA wenst een exploratie van en inzicht in vier thema’s: ‘games als industrie’, de ‘effecten van games’, ‘games als nieuwe sociale netwerken’, en ‘games en educatie’. Het spreekt uiteraard voor zich dat deze vier thema’s, alhoewel als vier onderscheiden delen in dit rapport gepresenteerd, niet autonoom naast elkaar staan. Overlap is onvermijdelijk, en tegelijk ook noodzakelijk. Je kan niet ten volle ingaan op het educatief potentieel van games, zonder hierbij de positieve effecten ervan in herinnering te brengen. Evengoed oriënteert de game-industrie zich op nieuwe evoluties en trends in de cultuur en beleving van de gamers of ‘toekomstige’ gamers, en omgekeerd. En tezelfdertijd worden de kansen van een volwaardige game-industrie of de mogelijke toepassingen van games binnen onderwijs en educatie, deels ook gehypothekeerd door een nog steeds overwegend, en door incidenten telkens opnieuw gevoed, negatief imago. In dit rapport worden deze kruisverwijzingen, waar relevant, gelegd. De vier besproken deeldomeinen bestrijken een breed spectrum, maar hebben niet de ambitie of pretentie om de thematiek op een exhaustieve wijze te behandelen. De opdrachtgever opteerde voor een exploratieve studie over de effecten van games, het economische potentieel, nieuwe sociale netwerken en de educatieve kansen; dit is een legitieme en door de onderzoekers ondersteunde keuze, ook al houdt dit in dat bepaalde aspecten – we denken bijvoorbeeld aan het groeiende gebruik van games in de kunst- en cultuursector – misschien minder of niet in beeld komen. 10 We stellen ons, in een eerste deel, de vraag wat het belang is van de Vlaamse game-industrie en op welke manier deze verder kan worden uitgebouwd. Er wordt met name in kaart gebracht wat de noden van de sector zijn, en welke initiatieven de overheid kan ontplooien om de game-industrie in Vlaanderen te stimuleren of te promoten. In een tweede deel komt het hierboven aangehaalde gewelddebat terug, wordt het op zijn wetenschappelijke merites beoordeeld en tot zijn ware proporties herleid; het krijgt een plaats binnen een bredere discussie over de effecten, zowel negatieve als ook positieve, van het gamen. Wederom mondt één en ander uit in de vraag wat een overheid kan doen – indien wenselijk – om mogelijke negatieve effecten te minimaliseren en positieve effecten te maximaliseren. Het derde deel sluit daar nauw bij aan, en gaat meer in detail in op de potentiële rol die games kunnen spelen bij het vormen van zogenaamde nieuwe sociale netwerken. Ook hier stelt zich de vraag hoe men vanuit het beleid diverse doelgroepen kan informeren, begeleiden en leren omgaan met deze nieuwe ‘virtuele realiteit’ en hybride vormen van sociabiliteit. In een vierde deel tenslotte, wordt ingegaan op de mogelijke toepassingen van computergames in educatie en onderwijs; de vraag stelt zich hoe, waar en op welke manier games doeltreffend kunnen worden ingezet in het onderwijs, maar eveneens wat een overheid kan doen om jongeren kritisch te leren omgaan met games. In de vier onderzoeksluiken werd grotendeels eenzelfde methodologie gehanteerd. De nadruk van de studie lag in de eerste plaats op een exploratie en verkenning van het domein; aan de basis hiervan lag telkens een uitgebreid literatuuronderzoek en documentenanalyse van relevante binnen- en buitenlandse publicaties. Deze literatuurstudie werd, waar noodzakelijk en informatief, aangevuld met interviews van relevante (Vlaamse) stakeholders aangaande de behandelde thematiek. Verder grepen de onderzoekers ook de kans om de resultaten van de namiddagdebatten op de hierboven reeds vermelde studiedag ‘U play 2? Gaming: uitdagingen voor een beleid van vandaag en morgen’ (14 november 2007), mee op te nemen. Via de ‘open space’ methodologie werd in kleine groepen en korte sessies gediscussieerd over concrete, door de deelnemers aangedragen thema’s en doelstellingen. Op verschillende plaatsen in dit rapport werden de bevindingen van het onderzoek mee ondersteund en geïllustreerd door de aanbevelingen, opmerkingen en verzuchtingen die tijdens de studiedag door de aanwezige stakeholders werden geopperd. Tenslotte werd voor het onderzoeksluik rond ‘games als nieuwe sociale netwerken’ een exploratieve online bevraging (N=354) bij gamende jongeren uitgevoerd, en enkele kwalitatieve interviews bij gamers afgenomen. Op basis van de resultaten en verworven inzichten opgedaan in de vier delen van het onderzoek, worden door de onderzoekers (beleids-)conclusies en aanbevelingen geformuleerd en mogelijke pistes voor verder onderzoek aangeduid. Het project orienteert zich expliciet op jongeren en gaming. Uit een vorig viWTAonderzoek naar ‘Cyberpesten’ kwam reeds nadrukkelijk naar voor dat nagenoeg alle Vlaamse jongeren tussen 10 en 18 jaar toegang hebben tot internet, actief chatten en sms-en, en games spelen. Jongeren geboren na 1980 vormen wellicht de eerste generatie die zich even gemakkelijk in de virtuele wereld beweegt als in de reële wereld; men spreekt dan ook over de ‘digitale generatie’. Ook in voorliggende studie lag de initiële focus van het viWTA als opdrachtgever op deze digitale generatie. Immers, niet alleen is het toespitsen op ‘jongeren en gaming’ bijzonder illustratief voor een bredere discussie over ‘jongeren en ICT’, deze doelgroep vormt ongetwijfeld ook de meest ‘evident’ en tegelijk, zo blijkt ook uit 11 het onderzoek naar cyberpesten, meest ‘kwetsbare’ groep gebruikers. Anderzijds, en ook daar blijft het onderzoek niet blind voor, oriënteren games zich geenszins uitsluitend op kinderen- en jongeren, maar bereiken ze onmiskenbaar een ruimer publiek. Games vormen geen exclusief tijdverdrijf voor jongeren, ook onder volwassenen en ouderen zijn steeds meer gamers te vinden. Veel van wat in dit rapport ter sprake komt, geldt dan ook voor deze bredere doelgroep

Development and application of a screening assay for glycoside phosphorylases

A

Offshore wind farm footprint on organic and mineral particle flux to the bottom

Offshore windfarms (OWFs) offer part of the solution for the energy transition which is urgently needed to mitigate effects of climate change. Marine life has rapidly exploited the new habitat offered by windfarm structures, resulting in increased opportunities for filter- and suspension feeding organisms. In this study, we investigated the effects of organic matter (OM) deposition in the form of fecal pellets expelled by filtering epifauna in OWFs, on mineralization processes in the sediment. OM deposition fluxes produced in a 3D hydrodynamic model of the Southern Bight of the North Sea were used as input in a model of early diagenesis. Two scenarios of OWF development in the Belgian Part of the North Sea (BPNS) and its surrounding waters were calculated and compared to a no-OWF baseline simulation. The first including constructed OWFs as of 2021, the second containing additional planned OWFs by 2026. Our results show increased total mineralization rates within OWFs (27–30%) in correspondence with increased deposition of reactive organic carbon (OC) encapsulated in the OM. This leads to a buildup of OC in the upper sediment layers (increase by ∼10%) and an increase of anoxic mineralization processes. Similarly, denitrification rates within the OWFs increased, depending on the scenario, by 2–3%. Effects were not limited to the OWF itself: clear changes were noticed in sediments outside of the OWFs, which were mostly opposite to the “within-OWF” effects. This contrast generated relatively small changes when averaging values over the full modeling domain, however, certain changes, such as for example the increased storage of OC in sediments, may be of significant value for national / regional carbon management inventories. Our results add to expectations of ecosystem-wide effects of windfarms in the marine environments, which need to be researched further given the rapid rate of expansion of OWFs.Face-I